Name: Split-and-piscina Síntese e Caracterização de Peptídeos Terciário Amide Biblioteca (Vídeo) | JoVE Journal
Uploaded: 2014-06-20T13:00:00.000+00:00
Duration: 13 min 37 s
Description: Aprenda a sintetizar bibliotecas combinatoriais de amidas terciárias de peptídeos usando aminoácidos naturais e suporte sólido. Este método robusto permite triagem de alto rendimento para descoberta de novos ligantes proteicos.

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Os autores gostariam de agradecer ao Dr. Jumpei Morimoto e Dr. Todd Doran para a assistência valiosa. Este trabalho foi apoiado por um contrato do NHLBI (no1-HV-00242).

<ol><li>Xiao, X., Yu, P., Lim, H. -S., Sikder, D., Kodadek, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Design+and+Synthesis+of+a+Cell-Permeable+Synthetic+Transcription+Factor+Mimic%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Combinatorial+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Design and Synthesis of a Cell-Permeable Synthetic Transcription Factor Mimic.</a> Journal of Combinatorial Chemistry. 9, 592-600 (2007).</li>
<li>Miller, S. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Proteolytic+Studies+of+Homologous+Peptide+and+N-Substituted+Glycine+Peptoid+Oligomers%5BTitle%5D)+AND+%22Bioorganic+%26+Medicinal+Chemistry+Letters%22%5BJournal%5D)">Proteolytic Studies of Homologous Peptide and N-Substituted Glycine Peptoid Oligomers.</a> Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters. 4, 2657-2662 (1994).</li>
<li>Grauer, A., Konig, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Peptidomimetics+-+A+Versatile+Route+to+Biologically+Active+Compounds%5BTitle%5D)+AND+%22European+Journal+of+Organic+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Peptidomimetics - A Versatile Route to Biologically Active Compounds.</a> European Journal of Organic Chemistry. 30, 5099-5111 (2009).</li>
<li>Zuckermann, R. N., Kerr, J. M., Kent, S. B. H., Moos, W. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Efficient+method+for+the+preparation+of+peptoids+%5Boligo%28N-substituted+glycines%29%5D+by+submonomer+solid-phase+synthesis%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">Efficient method for the preparation of peptoids [oligo(N-substituted glycines)] by submonomer solid-phase synthesis.</a> Journal of the American Chemical Society. 114, 10646-10647 (1992).</li>
<li>Figliozzi, G. M., Goldsmith, R., Ng, S. C., Banville, S. C., Zuckermann, R. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Synthesis+of+N-substituted+glycine+peptoid+libraries%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Enzymology%22%5BJournal%5D)">Synthesis of N-substituted glycine peptoid libraries.</a> Methods in Enzymology. 267, 437-447 (1996).</li>
<li>Seebach, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((beta-peptides%3A+Synthesis+by+Arndt-Eistert+homologation+with+concomitant+peptide+coupling.+Structure+determination+by+NMR+and+CD+spectroscopy+and+by+X-ray+crystallography.+Helical+secondary+structure+of+a+beta-hexapeptide+in+solution+and+its+stability+towards+pepsin%5BTitle%5D)+AND+%22Helv+Chim+Acta%22%5BJournal%5D)">beta-peptides: Synthesis by Arndt-Eistert homologation with concomitant peptide coupling. Structure determination by NMR and CD spectroscopy and by X-ray crystallography. Helical secondary structure of a beta-hexapeptide in solution and its stability towards pepsin.</a> Helv Chim Acta. 79, 913-941 (1996).</li>
<li>Lam, K. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+New+Type+of+Synthetic+Peptide+Library+for+Identifying+Ligand-Binding+Activity%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">A New Type of Synthetic Peptide Library for Identifying Ligand-Binding Activity.</a> Nature. 354, 82-84 (1991).</li>
<li>Simon, R. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Peptoids+-+a+Modular+Approach+to+Drug+Discovery%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+of+the+United+States+of+America%22%5BJournal%5D)">Peptoids - a Modular Approach to Drug Discovery.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 89, 9367-9371 (1992).</li>
<li>Burkoth, T. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Toward+the+synthesis+of+artificial+proteins%3A+the+discovery+of+an+amphiphilic+helical+peptoid+assembly%5BTitle%5D)+AND+%22Chem+Biol%22%5BJournal%5D)">Toward the synthesis of artificial proteins: the discovery of an amphiphilic helical peptoid assembly.</a> Chem Biol. 9, 647-654 (2002).</li>
<li>Alluri, P. G., Reddy, M. M., Bachhawat-Sikder, K., Olivos, H. J., Kodadek, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+of+protein+ligands+from+large+peptoid+libraries%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">Isolation of protein ligands from large peptoid libraries.</a> Journal of the American Chemical Society. 125, 13995-14004 (2003).</li>
<li>Lim, H. S., Archer, C. T., Kodadek, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+a+peptoid+inhibitor+of+the+proteasome+19S+regulatory+particle%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">Identification of a peptoid inhibitor of the proteasome 19S regulatory particle.</a> Journal of the American Chemical Society. 129, 7750-7751 (2007).</li>
<li>Wrenn, S. J., Weisinger, R. M., Halpin, D. R., Harbury, P. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Synthetic+ligands+discovered+by+in+vitro+selection%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">Synthetic ligands discovered by in vitro selection.</a> Journal of the American Chemical Society. 129, 13137-13143 (2007).</li>
<li>Aina, O. H., Marik, J., Liu, R. W., Lau, D. H., Lam, K. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+novel+targeting+peptides+for+human+ovarian+cancer+cells+using+%26%2334%3Bone-bead+one-compound%26%2334%3B+combinatorial+libraries%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cancer+Ther%22%5BJournal%5D)">Identification of novel targeting peptides for human ovarian cancer cells using &#34;one-bead one-compound&#34; combinatorial libraries.</a> Mol Cancer Ther. 4, 806-813 (2005).</li>
<li>Udugamasooriya, D. G., Dineen, S. P., Brekken, R. A., Kodadek, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Peptoid+%E2%80%9CAntibody+Surrogate%E2%80%9D+That+Antagonizes+VEGF+Receptor+2+Activity%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">A Peptoid “Antibody Surrogate” That Antagonizes VEGF Receptor 2 Activity.</a> Journal of the American Chemical Society. 130, 5744-5752 (2008).</li>
<li>Shah, N. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Oligo%28+N-aryl+glycines%29%3A+A+New+Twist+on+Structured+Peptoids%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">Oligo( N-aryl glycines): A New Twist on Structured Peptoids.</a> Journal of the American Chemical Society. 130, 16622-16632 (2008).</li>
<li>Chongsiriwatana, N. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Peptoids+that+mimic+the+structure%2C+function%2C+and+mechanism+of+helical+antimicrobial+peptides%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+of+the+United+States+of+America%22%5BJournal%5D)">Peptoids that mimic the structure, function, and mechanism of helical antimicrobial peptides.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 105, 2794-2799 (2008).</li>
<li>Paul, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((N-Naphthyl+Peptoid+Foldamers+Exhibiting+Atropisomerism%5BTitle%5D)+AND+%22Organic+Letters%22%5BJournal%5D)">N-Naphthyl Peptoid Foldamers Exhibiting Atropisomerism.</a> Organic Letters. 14, 926-929 (2012).</li>
<li>Crapster, J. A., Guzei, I. A., Blackwell, H. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+peptoid+ribbon+secondary+structure%5BTitle%5D)+AND+%22Angewandte+Chemie%22%5BJournal%5D)">A peptoid ribbon secondary structure.</a> Angewandte Chemie. 52, 5079-5084 (2013).</li>
<li>Gorske, B. C., Stringer, J. R., Bastian, B. L., Fowler, S. A., Blackwell, H. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((New+strategies+for+the+design+of+folded+peptoids+revealed+by+a+survey+of+noncovalent+interactions+in+model+systems%5BTitle%5D)+AND+%22J+Am+Chem+Soc%22%5BJournal%5D)">New strategies for the design of folded peptoids revealed by a survey of noncovalent interactions in model systems.</a> J Am Chem Soc. 131, 16555-16567 (2009).</li>
<li>Stringer, J. R., Crapster, J. A., Guzei, I. A., Blackwell, H. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Extraordinarily+robust+polyproline+type+I+peptoid+helices+generated+via+the+incorporation+of+alpha-chiral+aromatic+N-1-naphthylethyl+side+chains%5BTitle%5D)+AND+%22J+Am+Chem+Soc%22%5BJournal%5D)">Extraordinarily robust polyproline type I peptoid helices generated via the incorporation of alpha-chiral aromatic N-1-naphthylethyl side chains.</a> J Am Chem Soc. 133, 15559-15567 (2011).</li>
<li>Huang, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+threaded+loop+conformation+adopted+by+a+family+of+peptoid+nonamers%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">A threaded loop conformation adopted by a family of peptoid nonamers.</a> Journal of the American Chemical Society. 128, 1733-1738 (2006).</li>
<li>Lee, J. H., Kim, H. S., Lim, H. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Design+and+Facile+Solid-Phase+Synthesis+of+Conformationally+Constrained+Bicyclic+Peptoids%5BTitle%5D)+AND+%22Organic+Letters%22%5BJournal%5D)">Design and Facile Solid-Phase Synthesis of Conformationally Constrained Bicyclic Peptoids.</a> Organic Letters. 13, 5012-5015 (2011).</li>
<li>Gao, Y., Kodadek, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Synthesis+and+Screening+of+Stereochemically+Diverse+Combinatorial+Libraries+of+Peptide+Tertiary+Amides%5BTitle%5D)+AND+%22Chem+Biol%22%5BJournal%5D)">Synthesis and Screening of Stereochemically Diverse Combinatorial Libraries of Peptide Tertiary Amides.</a> Chem Biol. 20, 360-369 (2013).</li>
<li>Urban, J., Vaisar, T., Shen, R., Lee, M. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Lability+of+N-alkylated+peptides+towards+TFA+cleavage%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Pept+Protein+Res%22%5BJournal%5D)">Lability of N-alkylated peptides towards TFA cleavage.</a> Int J Pept Protein Res. 47, 182-189 (1996).</li>
<li>Rzuczek, S. G., Gao, Y., Tang, Z., Thornton, C. A., Kodadek, T., Disney, M. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Features+of+Modularly+Assembled+Compounds+That+Impart+Bioactivity+Against+an+RNA+Target%5BTitle%5D)+AND+%22ACS+Chemical+Biology%22%5BJournal%5D)">Features of Modularly Assembled Compounds That Impart Bioactivity Against an RNA Target.</a> ACS Chemical Biology. 8 (10), 2312-2321 (2013).</li>
<li>Thern, B., Rudolph, J., Jung, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Triphosgene+as+highly+efficient+reagent+for+the+solid-phase+coupling+of+N-alkylated+amino+acids%E2%80%94total+synthesis+of+cyclosporin+O%5BTitle%5D)+AND+%22Tetrahedron+Letters%22%5BJournal%5D)">Triphosgene as highly efficient reagent for the solid-phase coupling of N-alkylated amino acids—total synthesis of cyclosporin O.</a> Tetrahedron Letters. 43, 5013-5016 (2002).</li>
<li>Sleebs, M. M., Scanlon, D., Karas, J., Maharani, R., Hughes, A. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Total+Synthesis+of+the+Antifungal+Depsipeptide+Petriellin+A%5BTitle%5D)+AND+%22J+Org+Chem%22%5BJournal%5D)">Total Synthesis of the Antifungal Depsipeptide Petriellin A.</a> J Org Chem. 76, 6686-6693 (2011).</li>
<li>Vaisar, T., Urban, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Gas-phase+fragmentation+of+protonated+mono-N-methylated+peptides.+Analogy+with+solution-phase+acid-catalyzed+hydrolysis%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Mass+Spectrometry%22%5BJournal%5D)">Gas-phase fragmentation of protonated mono-N-methylated peptides. Analogy with solution-phase acid-catalyzed hydrolysis.</a> Journal of Mass Spectrometry. 33, 505-524 (1998).</li>
<li>Creighton, C. J., Romoff, T. T., Bu, J. H., Goodman, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mechanistic+studies+of+an+unusual+amide+bond+scission%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+American+Chemical+Society%22%5BJournal%5D)">Mechanistic studies of an unusual amide bond scission.</a> Journal of the American Chemical Society. 121, 6786-6791 (1999).</li>
<li>Sewald, N., Sewald, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Efficient%2C+racemization-free+peptide+coupling+of+N-alkyl+amino+acids+by+using+amino+acid+chlorides+generated+in+situ--total+syntheses+of+the+cyclopeptides+cyclosporin+O+and+omphalotin+A%5BTitle%5D)+AND+%22Angewandte+Chemie+%28International+ed.+in+English%29%22%5BJournal%5D)">Efficient, racemization-free peptide coupling of N-alkyl amino acids by using amino acid chlorides generated in situ--total syntheses of the cyclopeptides cyclosporin O and omphalotin A.</a> Angewandte Chemie (International ed. in English). 41, 4661-4663 (2002).</li>
<li>Astle, J. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Seamless+Bead+to+Microarray+Screening%3A+Rapid+Identification+of+the+Highest+Affinity+Protein+Ligands+from+Large+Combinatorial+Libraries%5BTitle%5D)+AND+%22Chem+Biol%22%5BJournal%5D)">Seamless Bead to Microarray Screening: Rapid Identification of the Highest Affinity Protein Ligands from Large Combinatorial Libraries.</a> Chem Biol. 17, 38-45 (2010).</li>
<li>Strohalm, M., Kavan, D., Novak, P., Volny, M., Havlicek, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((mMass+3%3A+a+cross-platform+software+environment+for+precise+analysis+of+mass+spectrometric+data%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Chem%22%5BJournal%5D)">mMass 3: a cross-platform software environment for precise analysis of mass spectrometric data.</a> Anal Chem. 82, 4648-4651 (2010).</li>
</ol>

Os autores declaram que não têm interesses financeiros concorrentes.

Peptídeo amidas terciárias (PTAs) são uma superfamília de oligômeros peptidomiméticas. Além dos peptídeos bem estudadas, peptoids e peptídeos N-metilados, uma grande parte dos compostos que compõem a família permanece pouco estudado, majoritariamente devido à falta de método sintético para acessar gerais peptídeos N-alquilados. Aqui, descrevemos um método eficiente para sintetizar APCs com os blocos de construção quirais derivados de amino ácidos. Anteriormente, relataram usar uma nova rota sub-monômero para bibliotecas...

Os peptidomiméticos são compostos que imitam a estrutura dos péptidos naturais. Eles são concebidos para reter a bioactividade ao superar alguns dos problemas associados com os péptidos naturais, incluindo a permeabilidade celular e a estabilidade contra a proteólise 1-3. Devido à natureza oligomérica destes compostos, grandes bibliotecas sintéticas pode ser facilmente acedido através de vias sintéticas monoméricas ou sub-monoméricos 4-7. Uma das classes mais estudados da peptidomimetics é peptoids. Peptóides são oligómeros de glicinas N-alquilados que podem ser facilmente sintetizados utilizando uma estratégia de sub-monómero de 8, 9. Muitos ligantes de proteínas úteis foram identificados com sucesso desde a triagem de grandes bibliotecas peptoid sintética contra alvos da proteína 1, 10-14. No entanto, os &quot;hits&quot; identificados a partir de bibliotecas peptoid raramente arquivar muito elevada afinidade para proteínas alvo 1,10-14,22. Uma major diferença entre peptóides e péptidos naturais é que a maioria dos peptóides geralmente não têm a capacidade de formar estruturas secundárias devido à falta de centros quirais e restrições conformacionais. Para resolver este problema, várias estratégias foram desenvolvidas ao longo da última década, em grande parte, com foco na modificação de cadeias laterais contidos os principais átomos de nitrogênio da cadeia de 15-22. Recentemente, desenvolvemos uma nova via de síntese para introduzir as cadeias laterais de aminoácidos naturais em uma espinha dorsal peptoid para criar péptidos amidas terciárias 23. Peptídeo amidas terciárias (PTA) são uma super-família de peptidomiméticos que incluem mas não estão limitados a péptidos (R 2 = H), peptóides (R1 = H) e os péptidos N-metilados (R1 ≠ H, R2 = Me) . (Ver Figura 1) A via sintética emprega aminoácidos de ocorrência natural como fonte de quiralidade e cadeias laterais na45; de carbono, e as aminas primárias disponíveis comercialmente para proporcionar N-substituições. Por conseguinte, um espaço maior do que o químico de péptidos simples, peptóides ou péptidos N-metilados podem ser exploradas. Os espectros de dicroísmo circular demonstraram que as moléculas de PTA são altamente estruturado em solução. Caracterização de um dos complexos de proteína-PTA mostra claramente que os constrangimentos conformacionais de ATP são necessários para a ligação. Recentemente, nós também descobrimos que algumas das moléculas de PTA possuem melhorada a permeabilidade celular do que os seus homólogos peptoid e peptídicas. Acreditamos que essas bibliotecas PTA pode ser uma boa fonte de ligantes de alta afinidade para proteínas alvo. Neste artigo, vamos discutir a síntese de uma amostra de um talão de um composto (OBOC) biblioteca de PTA em detalhes, juntamente com alguns melhores condições para o acoplamento e clivagem destes compostos.

<table><tbody><tr><td>2,4,6 trimetilpiridina</td><td>ACROS</td><td>161950010</td><td>CAS:108-75-8</td></tr><tr><td>2-morfolinoetanamina</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>06680</td><td>CAS:2038-03-1&nbsp; &nbsp;</td></tr><tr><td>Solução aquosa HBr a 48%</td><td>ALFA AESAR</td><td>AA14036AT</td><td>CAS:10035-10-6</td></tr><tr><td>Acetaldeído</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>402788</td><td>CAS:75-07-0&nbsp; &nbsp;</td></tr><tr><td>Acetonitrila</td><td>Fisher</td><td>SR015AA-19PS</td><td>CAS: 75-05-8</td></tr><tr><td>Tetrahidrofurano anidro (THF)</td> <td>EMD</td><td>EM-TX0277-6</td><td>CAS: 109-99-9</td></tr><tr><td>Benzilamina</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>185701</td><td>CAS: 100-46-9</td></tr><tr><td>carbonato de bis (triclorometil) (BTC)</td> <td>ACROS</td><td>258950050</td><td>CAS: 32315-10-9</td></tr><tr><td>Ácido bromoacético</td><td>ACROS</td><td>106570010</td><td>CAS: 79-08-3</td></tr><tr><td>Cloranil</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>23290</td><td>CAS: 118-75-2</td></tr><tr><td>Ciclohexanometilamina</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>101842</td><td>CAS: 3218-02-8</td></tr><tr><td>D2O</td><td>Cambridge Isótopo</td><td>DLM-4-99.8-1000</td><td>CAS: 7789-20-0</td></tr><tr><td>D-Alanina</td><td>Anaspec</td><td>61387-100</td><td>CAS: 338-69-2</td></tr><tr><td>Diclorometano (DCM)</td> <td>Fisher</td><td>BJ-NS300-20</td><td>CAS: 75-09-2</td></tr><tr><td>Dimetilformamida (DMF)</td> <td>Fisher</td><td>BJ-076-4</td><td>CAS: 68-12-2</td></tr><tr><td>Etilenoglicol</td><td>Oakwood</td><td>44710</td><td>CAS: 107-21-1</td></tr><tr><td>Isopentalamina</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>W321907</td><td>CAS: 107-85-7</td></tr><tr><td>KBr</td><td>ACROS</td><td>424070025</td><td>CAS: 7758-02-3</td></tr><tr><td>L-Alanina</td><td>Anaspec</td><td>61385-100</td><td>CAS: 56-41-7</td></tr><tr><td>3-metoxipropilamina</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>M25007</td><td>CAS: 5332-73-0</td></tr><tr><td>2-metoxietilamina</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>143693</td><td>CAS: 109-85-3</td></tr><tr><td>N- (3-aminopropil) -2-pirrolidinona</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>136565</td><td>CAS: 7663-77-6;</td></tr><tr><td>N,N'-Diisopropilcarbodiimida (DIC)</td><td>ACROS</td><td>115211000</td><td>CAS:693-13-0</td></tr><tr><td>N,N-Diisopropiletilamina (DIPEA)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>D125806</td><td>CAS:7087-68-5</td></tr><tr><td>NaNO2</td><td>ACROS</td><td>424340010</td><td>CAS:7631-99-4</td></tr><tr><td>NAOD solução a 40% em água</td><td>ACROS</td><td>200058-506</td><td>CAS:7732-18-5</td></tr><tr><td>Piperidina</td><td>ALFA AESAR</td><td>A12442-AE</td><td>CAS: 110-89-4</td></tr><tr><td>Piperonilamina</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>P49503</td><td>CAS: 2620-50-0</td></tr><tr><td>Propilamina</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>240958</td><td>CAS: 107-10-8</td></tr><tr><td>Ácido trifluoroacético</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>299537</td><td>CAS: 76-05-1</td></tr><tr><td>&alfa;-Ciano-4-hidroxicinâmico Ácido</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>39468</td><td>CAS: 28166-41-8; &nbsp;</td></tr><tr><td>&alfa;-Cetoglutarato</td><td>ALFA AESAR</td><td>AAA10256-22</td><td>CAS: 328-50-7</td></tr><tr><td>Resina Tentagel com ligante RINK</td><td>Rapp-Polymere</td><td>S30023</td><td></td></tr><tr><td>Alanina transaminase</td><td>Roche</td><td>10105589001</td><td>AKA: Glutamato-Piruvato Transaminase (GPT)</td></tr> <tr><td>Incubadora</td><td>New Brunswick Scientific</td><td>Innova44</td><td></td></tr><tr><td>NMR</td><td>Bruker</td><td>400 MHz</td><td></td></tr><tr><td>Espectrômetro de massa MALDI</td><td>Applied Biosystems</td><td>4800 MALDI-TOF/TOF</td><td></td></tr><tr><td>Liofilizador</td><td>SP Scientific</td><td>VirTis bancada K</td><td></td></tr><tr><td>Reator de seringa</td><td>INTAVIS</td><td>Coluna de reação</td><td>3 ml, 5 ml, 10 ml, 20 ml</td></tr><tr><td>Coletor de vácuo</td><td>Promega</td><td>A7231</td><td>Vac-Man</td></tr></tbody></table>

split-and-piscina síntese e caracterização de peptídeos terciário amide biblioteca

Split-and-pool Synthesis and Characterization of Peptide Tertiary Amide Library

Peptidomimetics são excelentes fontes de proteínas ligantes. A natureza oligomérica destes compostos nos permite aceder a grandes bibliotecas sintéticos em fase sólida, utilizando química combinatória. Uma das classes mais bem estudados da peptidomimetics é peptoids. Peptóides são fáceis de sintetizar e têm mostrado ser resistentes à proteólise e célula-permeável. Ao longo da última década, muitos ligantes protéicos úteis foram identificados através de pesquisa de bibliotecas peptoid. No entanto, a maioria dos ligantes identificados a partir de bibliotecas peptoid não exibem uma elevada afinidade, com raras excepções. Isto pode ser devido, em parte, à falta de centros quirais e restrições conformacionais em moléculas peptoid. Recentemente, descrevemos uma nova rota sintética para acessar peptídeo amidas terciárias (PTAs). APCs são uma super família de peptidomiméticos que incluem mas não estão limitados a peptídeos, peptóides e peptídeos N-metilados. Com cadeias laterais em ambos α-carbono e principais átomos de nitrogênio da cadeia,a conformação, estas moléculas são grandemente limitado por impedimento estérico e alílico 1,3 estirpe. (Figura 1) O nosso estudo sugere que estas moléculas PTA são altamente estruturado em solução e pode ser utilizada para identificar ligandos de proteína. Acreditamos que estas moléculas podem ser uma fonte de futuro ligandos proteicos de alta afinidade. Aqui nós descrevemos o método sintético que combina o poder de ambos split-and-piscina e estratégias sub-monômero para sintetizar uma amostra de um talão de um composto (OBOC) biblioteca de PTAs.

Aqui nós mostramos três espectros MALDI representativas de um trímero PTA com vinculador. Como mostrado na Figura 6A, quando clivada sob condições de temperatura ambiente, utilizando 50% de solução de TFA / DCM, degradação significativa é observada. Na Figura 6A, o pico 593 e 484 correspondem ao ligante e o trímero de PTA, respectivamente, mostram que a molécula inteira foi sintetizado com sucesso no talão mas degradados durante a clivagem. Quando clivada sob a condição de baixa tempera...

Peptídeo amidas terciárias (PTA) são uma super família de peptidomiméticos que incluem mas não estão limitados a péptidos, peptóides e peptídeos N-metilados. Aqui nós descrevemos um método sintético que combina split-and-piscina e estratégias sub-monômero para sintetizar um talão biblioteca de um composto de PTAs.

Split-and-piscina Síntese e Caracterização de Peptídeos Terciário Amide Biblioteca

Peptidomimetics are great sources of protein ligands. The oligomeric nature of these compounds enables us to access large synthetic libraries on solid ...

O objetivo geral deste procedimento é demonstrar como sintetizar bibliotecas combinatórias contendo unidades de amida terciária peptídica ou PTA. Isso é realizado primeiramente preparando um submonômero PTA a partir de aminoácidos naturais. O segundo passo é sintetizar uma região de ligador peptídico em suporte sólido.Em seguida, é sintetizada uma biblioteca combinatória contendo subunidades de PTA e peptídeos. O passo final é caracterizar a biblioteca sintetizada para garantir a qualidade da síntese. Em última instância, é obtida uma biblioteca combinatória contendo subunidades de PTA com restrição conformacional, a qual pode ser utilizada em triagens de alto rendimento para fornecer ligantes proteicos e contribuir para a descoberta de novos fármacos.Assim, a química que é o tema deste artigo foi desenvolvida na tentativa de encontrar moléculas muito mais rígidas do que alguns dos peptídeos e outras substâncias com as quais havíamos trabalhado anteriormente. A ideia é que, ao identificar bibliotecas de moléculas mais rígidas, elas se ligarão a alvos proteicos com afinidades muito maiores, e consideramos isso extremamente importante para o desenvolvimento futuro de fármacos ou mesm

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Research

JoVE Journal

Chemistry

Química

Um simples e gerais método de síntese manual de peptoid envolvendo equipamentos básicos e reagentes disponíveis comercialmente é delineado, permitindo Peptóides para ser facilmente sintetizado na maioria dos laboratórios. A síntese, purificação e caracterização de um 36mer peptoid anfifílicos é descrito, bem como a sua auto-montagem em altamente ordenado nanofolhas.

Síntese em fase sólida Submonomer de Polímeros Peptoid e seus Automontagem em altamente ordenada nanofolhas

A síntese de péptidos em fase sólida eficiente de um trímero bis péptido-funcionalizado utilizando um "fecho de segurança" procedimento de clivagem a partir de resina de HMBA é descrito.

Síntese em Fase Sólida de um funcionalizada Bis Peptide-Usando o &quot;Safety Catch&quot; Metodologia

Um protocolo para sintetizar peptóides com funcionalidade catiônica mista na mesma sequência é apresentado (monômeros do tipo lisina e arginina). Testes subsequentes desses compostos contra Leishmania mexicana, os protozoários parasitas causadores da leishmaniose cutânea, também são descritos.

Um método eficiente para a Síntese de Peptóides com Monómeros Mixed tipo de lisina / arginina-tipo e avaliação da sua actividade anti-leishmaniose

Este trabalho apresenta um método que envolve a síntese e caracterização de micelas de amphiphile peptídeo monócito-direcionamento e o correspondente ensaios para testar a capacidade do micelle para vincular a monócitos e biocompatibilidade.

Síntese de monócitos-direcionamento do Peptide Amphiphile micelas para a imagem latente da aterosclerose

Um protocolo é descrito para a síntese manual de oligo-peptoids seguido por análise de sequência por espectrometria de massa.

Síntese e análise de espectrometria de massa de Oligo-peptoids

Apresentamos um protocolo para a construção de vinil/Tioéter peptídeos helicoidais sulfeto-amarrados usando foto-induzido thiol-ene/thiol-ino hydrothiolation.

Construindo Tioéter/sulfeto de vinil-amarrados induzida por peptídeos helicoidais Via foto Thiol-ene/ino Hydrothiolation

A síntese do peptídeo poliamina-baseado amphiphiles (CAE) é um desafio significativo devido à presença de múltiplos nitrogênios de amina, que exige o uso criterioso de proteger grupos para mascarar estas funcionalidades reativas. Neste trabalho, descrevemos um método fácil para a preparação destas nova classe de auto-montagem de moléculas.

Facile protocolo para a síntese de auto montagem baseada em poliamina peptídeo Amphiphiles (CAE) e biomateriais relacionados

Um protocolo para a síntese de um 1,2-Ditiolano modificado de peptídeo e a caracterização das estruturas supramoleculares resultantes do peptide auto-montagem.

Síntese e caracterização de 1,2-Ditiolano modificado peptídeos auto-montagem

Rica em cisteína peptídeos dobram em distintas estruturas tridimensionais dependendo sua conectividade de dissulfeto. Síntese alvo de isómeros de bissulfeto individual é necessária quando oxidação de reserva não implica que a conectividade de bissulfeto desejado. O protocolo lida com a síntese seletiva de peptídeos 3-bissulfeto-ligado e sua análise estrutural usando estudos NMR e MS/MS.

Síntese e determinação da estrutura de µ-conotoxina PIIIA isômeros com bissulfeto diferentes conetividades

Um protocolo é apresentado para a síntese de oligômeros peptoides codificados por informações e para a auto-montagem dirigida por sequência desses peptoides em escadas moleculares usando aminas e aldeídos como pares reagentes covalentes dinâmicos e Lewis ácido rare-terra triflates metálicos como reagentes multi-função.

Síntese de Peptoides portadores de informações e sua Auto-montagem Dinâmica Covalent e dirigida por sequência

Este protocolo apresenta a síntese de peptídeos cíclicos via bisalquilação entre cisteína e metionina e a reação fácil tiol-yne desencadeada pelo centro de propargil sulfônio.

Construindo peptídeos cíclicos usando um centro de sulfônio on-tether

Aprenda a sintetizar bibliotecas combinatoriais de amidas terciárias de peptídeos usando aminoácidos naturais e suporte sólido. Este método robusto permite triagem de alto rendimento para descoberta de novos ligantes proteicos.

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