Name: Automated Gel seleção de tamanho para melhorar a qualidade das bibliotecas de sequenciação de próxima geração Preparado a partir de amostras de água do ambiente (Vídeo) | JoVE Journal
Uploaded: 2015-04-17T15:00:00.000+00:00
Duration: 13 min 26 s
Description: Aprenda a seleção automatizada de tamanho em gel para purificação de fragmentos de DNA de amostras de água ambiental. Este método melhora a qualidade e o rendimento das bibliotecas de sequenciamento de próxima geração.

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Este trabalho foi financiado pela Genome BC, Genome Canada e Coastal Genomics. Os autores agradecem a Kirby Cronin e Michael Chan por sua ajuda na coleta e processamento de amostras. Também gostaríamos de agradecer a Thea Van Rossum e à Dra. Fiona Brinkman pela assistência em bioinformática.

1. Coleta de Água e Filtração <ol><li> Coletar amostras de água doce de vários sites (Figura 1). Passe amostras através de uma série de filtros: filtro de 1 um, 0,2 um filtro, e de 30 kDa de corte de filtro de fluxo tangencial para sistematicamente eucariótica separada, partículas de tamanho bacterianas e virais, respectivamente. Nota: Apenas a purificação e análise do material recuperado nos filtros de 0,2 um (bactérias de vida livre) é descrito neste relatório, mas estratégias semelhantes podem ser usadas para outras partículas recuperadas a partir dos filtros. </li></ol> 2. Concentração bacteriana, ADN Extracção e Purificação <ol><li> Remover o filtro de membrana de 0,2 um (s) a partir do sistema de filtração de água (diagrama esquemático, Figura 2). Dobre o filtro de 0,2 um disco ao meio e coloque-o em um tubo de 50 ml com o lado aberto para cima. Adicionar 5 ml de solução tamponada com fosfato (PBS 1x) e 0,01% de Tween, pH 7,4 emo tubo. Se mais do que um filtro é utilizado durante o processo de empregar um tubo diferente por filtro. Tubo (s) de loja com filtro a 4 ° C até serem processadas. Caso contrário, vá para o passo 2.2. </li><li> Remover o filtro de membrana de 0,2 um a partir do tubo de 50 ml com uma pinça estéril. Ponto de filtro (s) em uma placa de Petri (deixar o tampão PBS no tubo). <ol><li> Com uma pinça estéril e tesoura estéril, cortou o filtro em pequenas tiras (1 cm x 1 cm). Desinfetar pinça e tesouras por imersão em 70% isopropanol, limpando com uma superfície descontaminante DNA e enxaguar com água ultrapura do tipo 1 entre as diferentes amostras. </li></ol></li><li> Colocar o filtro de corte em tiras de volta para o mesmo tubo de 50 ml. Adicionar 10 ml de 1x PBS e 0,01% de Tween, pH 7,4 para o filtro, de modo que há um total de 15 mL de tampão no tubo de 50 ml. </li><li> Adicione 6 esferas de tungstênio limpo (3 mm de diâmetro) para cada tubo de 50 ml, cobrir o tubo com Parafilm e vortex vigorosamente durante 20 min (use 50 ml tubos adaptador vortex). Se multiple filtros são processados ​​a partir de uma amostra, e transferência da piscina todo o homogeneizado para um tubo limpo de 50 ml. Centrifugar os tubos a 3300 xg durante 15 min a 4 ° C. </li><li> Ressuspender o sedimento de células bacterianas e alíquotas (~ 1 ml) em aliquotas de 1,7 ml tubos de microcentrífuga. Note-se que haverá cinco microtubos por amostra. </li><li> Girar os tubos de microcentrífuga a 10000 xg durante 10 min, e remover a maior parte do sobrenadante para baixo de ~ 200 ul marca. </li><li> Armazenar as amostras a -80 ° C, ou prosseguir para extrair ADN bacteriano usando um kit de isolamento de ADN comercialmente disponíveis de acordo com as instruções do fabricante. Durante a utilização de bactérias de extracção de ADN PBS ou água como um controlo negativo de extracção, e E. coli como controlo positivo extracção. </li><li> Como o DNA de vários tubos estão a ser extraídos, piscina sub-alíquotas paralelas a partir de uma mesma amostra em um tubo de 2 ml. Em seguida, conduzir uma precipitação S / N usando uma solução composta por 0,1volumes de acetato de sódio 3M, 2 volumes de etanol a 100%, e 5 uL de 5 ug / ul acrilamida linear. Misturar bem e armazenar amostras a -80 ° C. </li><li> Centrifuga-se a velocidade máxima (17000 xg) durante 30 min a 4 ° C. Lavar pelete com 1 ml de etanol a 70% arrefecido com gelo, ar seco numa câmara de biosegurança para não mais do que 5 minutos e ressuspender o sedimento de ADN em 34 ul de 10 mM Tris-Cl, pH 8,5. Nota: acrilamida linear irá ajudar a visualizar sedimento de DNA após a precipitação S / N. </li><li> Determinar a quantidade de ADN e de qualidade utilizando uma alta sensibilidade do ensaio de quantificação de ácidos nucleicos fluorescente e um espectrofotómetro microvolume, respectivamente, seguindo as instruções do fabricante (ver o quadro de Materiais). Nota: Se várias amostras são preparadas na hora, um ensaio nucleico fluorescente ultrasensitive ácido para quantificar dsDNA e baseado em placa fluorometer / espectrofotômetro pode ser usado em seu lugar. </li></ol> 3. Preparação de ADN da biblioteca <ol><li&gt; Normalizar o ADN genómico bacteriano extraído de amostras de água a uma concentração de ~ 0,2 ng / mL. </li><li> Enzimaticamente fragmento de um nanograma de ADN bacteriano usando um método baseado em transposões (tagmentation). Adicionar sequências de adaptador e de índice para DNA fragmentado seguindo as instruções do fabricante. Objecto tagmented amostras a 12 ciclos de PCR, como indicado nas instruções do fabricante, no ponto em que os índices de sequenciação são incorporados. </li></ol> 4. Automated Gel Seleção Tamanho <ol><li> Ir padrão pós-PCR passo de limpeza descrito nas instruções do fabricante (Ver Tabela de Materiais). Tamanho selecione amostras pós-PCR diretamente usando uma plataforma automatizada de seleção de tamanho com base em gel. <ol><li> Adicionar 3,5 uL de tampão de carga para cada amostra. </li><li> Seguindo o protocolo do fabricante, carregar as amostras para a estação de trabalho electroforese, especificando um tamanho alvo-selecção de 500-800 pb, num extracto de 300 uldo volume de iões, utilizando um pré-moldado de 1,5% de agarose a cassete. </li><li> Concentra-se o material resultante em bruto (300 uL) para baixo para 25 ul por precipitação com etanol. Nota: Como alternativa, use a estação de trabalho de eletroforese para automatizar concentração para um maior número de amostras através de placa de filtro e tubo de vácuo. <ol><li> Precipitar o volume de eluição em bruto utilizando 0,1 volumes de acetato de sódio 3M, 2 volumes de etanol a 100% e 5 uL de 5 ug / ul acrilamida linear. Misture bem, coloque as amostras a -80 ° CO / N. Centrifugar as amostras a 17.000 xg durante 30 min. </li><li> Rejeitar sobrenadante e prosseguir a lavagem sedimento de DNA com 1 mL de etanol gelado a 70%. </li><li> Centrifugar as amostras novamente a 17.000 xg durante 30 min, os sobrenadantes descartar, ar seco, e finalmente ressuspender pelota de ADN em 25 ul de 10 mM Tris-Cl, pH 8,5. </li></ol></li></ol></li><li> (Opcional) Use 1 ml de tamanho bibliotecas de DNA selecionado com a plataforma de seleção de tamanho de gel automatizado para fazer um cincodiluição -fold usando uma solução tampão de Tris-EDTA, pH 8,0. Analisar bibliotecas utilizando um instrumento de eletroforese capilar baseada em chip para analisar a qualidade de dsDNA de acordo com as instruções do fabricante. </li></ol> 5. Biblioteca Normalização e Sequencing <ol><li> Prossiga para normalizar amostras utilizando contas de normalização de biblioteca (incluído no kit de preparação biblioteca baseada transposon), conforme descrito no guia de preparação do fabricante. <ol><li> Alternativamente, bibliotecas de dsDNA medir utilizando um ensaio de quantificação de ácido nucleico de alta sensibilidade fluorescente, seguido por agrupamento em proporções equimolares até atingir uma concentração final de 2 nM dsDNA. Avance para desnaturar bibliotecas utilizando 10 ul de bibliotecas reunidas e 10 ul de NaOH 0,2 N, incubar durante 5 min à TA. Diluir bibliotecas desnaturados utilizando tampão de hibridação (incluída com o kit de preparação à base de transposão) para um volume final de 1 ml e a concentração de 23:05. </li></ol></li><li> Amostra de cargas em uma plataforma de sequenciamento de próxima geração, seguindo os protocolos de seqüenciamento padrão do fabricante. </li></ol>

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</ol>

Jared R. Slobodan e Matthew J. Nesbitt tanto deter ações da Coastal Genomics, uma empresa British Columbia propriedade privada oferecendo a tecnologia Ranger.

A presença de dímeros de adaptador e aglomeração de pequenas dimensões de inserção preferencialmente sendo sequenciados em plataformas atuais representam uma diminuição nos rendimentos utilizáveis ​​e subutilização da capacidade do equipamento 15. A utilização de métodos de batimento grânulos combinados com uma abordagem baseada no transposão para preparar bibliotecas podem resultar em mais de cisalhamento de ADN em comparação com os outros métodos de extracção de 4,5. No entanto, todos os métodos ...

Metagenômica envolve o sequenciamento de todo o material genético em uma amostra para caracterizar as comunidades microbianas presentes. É um processo complexo e caro que envolve a conversão de ácidos nucléicos extraídos em bibliotecas de DNA, seguida de sequenciamento de última geração. Bibliotecas de alta qualidade são essenciais para a saída máxima de dados e análises metagenômicas precisas. Amostras ambientais, como amostras de água, muitas vezes representam desafios significativos para a geração de bibliotecas de alta qualidade, devido às baixas quantidades de DNA que também podem ser degradadas1-3 e à presença de inibidores da PCR4-6. 
Bibliotecas de alta qualidade consistem idealmente em segmentos mais longos de DNA dentro de uma faixa estreita de comprimentos. Para maximizar a quantidade de dados úteis gerados por execução de sequenciamento, o comprimento do DNA na biblioteca deve ser pelo menos tão longo quanto o comprimento máximo de leitura do método de sequenciamento que está sendo usado. Ao usar uma tecnologia de sequenciamento por síntese, como o Illumina MiSeq, o tamanho dos fragmentos de DNA afeta a eficiência com que os clusters são gerados na célula de fluxo. Por exemplo, quando uma biblioteca contém fragmentos de DNA mais curtos e mais longos, os mais curtos serão super-representados nos dados de sequenciamento7,8. Em contraste, uma biblioteca com fragmentos de DNA de tamanho semelhante será proporcionalmente representada nos dados de sequenciamento. Muitos kits de preparação de bibliotecas usam métodos baseados em ligação para adicionar adaptadores aos fragmentos de DNA e a seleção de tamanho é necessária para remover dímeros adaptadores que não contêm uma inserção9,10. Existem vários métodos11,12 para conseguir isso, mas a técnica que dá os resultados mais consistentes é a separação eletroforética do DNA seguida pela recuperação dos comprimentos desejados de DNA13,14. Esse processo pode ser realizado manualmente para um pequeno número de amostras, mas quando confrontado com o processamento de centenas de amostras, são necessárias soluções automatizadas. As plataformas atualmente disponíveis para seleção automatizada do tamanho do gel são de baixo rendimento e novas plataformas são necessárias para processar um grande número de amostras para sequenciamento. A tecnologia Ranger pode ser integrada às estações de trabalho de manuseio de líquidos existentes para permitir o uso de eletroforese em gel de agarose para seleção de tamanho e fins analíticos em uma escala que satisfaça o ambiente de alto rendimento de hoje.

<table><tbody><tr><td>Bomba peristáltica Masterflex P/S 1400 Series</td><td>Thermo Scientific&nbsp;</td><td>1400-1620</td><td></td></tr><tr><td>0,2 &micro; m Supor Membrane</td><td>VWR</td><td>CA28143-969</td><td>Pall Corporation, Ann Harbor, MI</td></tr><tr><td>Esferas de carboneto de tungsténio 3 mm (200)</td><td>Qiagen</td><td>69997</td><td></td></tr><tr><td>Álcool isopropílico 70%</td><td>Jedmon Products</td><td>825751</td><td>Healthcare Plus</td></tr><tr><td>DNA away</td><td>VWR</td><td>7010</td><td>Molecular BioProducts, Inc. San Diego, CA</td></tr><tr><td>Sistema de purificação de água Milli-Q</td><td>Fisher Scientific</td><td>ZMQS6VF0Y</td><td>Merck Millipore. Este sistema foi descontinuado.</td></tr><tr><td>20x PBS pH 7.5</td><td>VWR</td><td>E703-1L</td><td>Amresco, Inc., Solon, OH</td></tr><tr><td>Tween 20</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP337-100</td><td>Fisher chemicals</td></tr><tr><td>Adaptador de vórtice para 2 (50&nbsp; ml) VWR</td><td></td><td>13000-V1-50</td><td>MoBio, Carlsbad, CA</td></tr><tr><td>Vortex-Genie 2, 120&nbsp; V (Modelo G560)</td><td>VWR</td><td>SI-0236</td><td>Scientific Industries, Inc.</td></tr><tr><td>Centrífuga Beckman</td><td>Raeyco Lab Equipment Systems Management Ltd</td><td>Modelo J-6B</td><td></td></tr><tr><td>PowerLyzer Powersoil Kit de isolamento de DNA</td><td>VWR</td><td>12855-100</td><td>MoBio, Carlsbad, CA</td></tr><tr><td>Adaptador de vórtice para 24 tubos (1,5-2 ml)</td><td>VWR</td><td>13000-V1-24</td><td>MoBio, Carlsbad, CA</td></tr><tr><td>Centrífuga Microfuge 18</td> Estação de trabalho <td>Beckman Coulter</td><td>367160</td><td></td></tr><tr><td>Nimbus Select com Ranger Technology</td><td>Hamilton Robotics</td><td>92720-01</td><td>Inclui a estação de trabalho de manuseio de líquidos e Ranger Tech integrado (hardware de eletroforese)</td></tr> <tr><td>Kit de reagentes</td><td>Ranger Coastal Genomics</td><td>CG-10600-150-12-21</td><td>Inclui buffer de carregamento e</td></tr><tr><td>Álcool etílico (anidro)</td> <td>Álcoois comerciais</td><td>P016EAAN</td><td>Greenfield Etanol</td></tr><tr><td>Acetato de sódio</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>S2889-250G</td><td></td></tr><tr><td>Acrilamida linear (5&nbsp; mg/ml)</td> <td>Life Technologies</td><td>AM9520</td><td>Ambion</td></tr><tr><td>Eppendorf centrífuga refrigerada</td><td>Raeyco Lab Equipment Systems Management Ltd.</td><td>5417R</td><td></td></tr><tr><td>Buffer EB (250 ml)</td><td>Qiagen</td><td>19086</td><td></td></tr><tr><td>NanoDrop 1000 Espectrofotômetro</td><td>Thermo Scientific</td><td>ND-1000</td><td></td></tr><tr><td>Qubit fluorômetro</td><td>Life Technologies</td><td>Q32857</td><td>Invitrogen. Este produto foi descontinuado.</td></tr><tr><td>Kit de ensaio Qubit dsDNA HS</td><td>Life Technologies</td><td>Q32854</td><td>Invitrogen</td></tr><tr><td>Reagente de DNA de alta sensibilidade</td><td>Agilent Technologies</td><td>5067-4626</td><td></td></tr><tr><td>Chips de DNA de alta sensibilidade</td><td>Agilent Technologies</td><td>5067-4626</td><td></td></tr><tr><td>Agilent 2011 Bioanalyzer</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2938B</td><td></td></tr><tr><td>Nextera XT kit de preparação de amostras de DNA</td><td>Illumina</td><td>FC-131-1024</td><td></td></tr><tr><td>Kit de índice Nextera XT</td><td>Illumina</td><td>FC-131-1001</td><td></td></tr><tr><td>Kit de reagentes MiSeq v2 (500 ciclos)</td><td>Illumina</td><td>MS-102-2003</td><td></td></tr><tr><td>Sistema Miseq</td><td>Illumina</td><td>SY-410-1003</td><td></td></tr></tbody></table>

automated gel seleção de tamanho para melhorar a qualidade das bibliotecas de sequenciação de próxima geração preparado a partir de amostras de água do ambiente

Automated Gel Size Selection to Improve the Quality of Next-generation Sequencing Libraries Prepared from Environmental Water Samples

O sequenciamento de próxima geração de amostras ambientais pode ser desafiador devido à quantidade e qualidade variáveis de DNA nessas amostras. Bibliotecas de DNA de alta qualidade são necessárias para obter os melhores resultados do sequenciamento de próxima geração. Amostras ambientais, como água, podem ter baixa qualidade e quantidades de DNA, bem como contaminantes que co-precipitam com o DNA. Os processos mecânicos e enzimáticos envolvidos na extração e preparação da biblioteca podem danificar ainda mais o DNA. A seleção do tamanho do gel permite a purificação e recuperação de fragmentos de DNA de um tamanho definido para aplicações de sequenciamento. No entanto, essa tarefa é uma das etapas mais demoradas no fluxo de trabalho de preparação da biblioteca de DNA. O protocolo descrito aqui permite a automação completa do carregamento de gel de agarose, análise eletroforética e recuperação de fragmentos de DNA direcionados. 
Neste estudo, descrevemos uma abordagem de alto rendimento para preparar bibliotecas de DNA de alta qualidade a partir de amostras de água doce que podem ser aplicadas também a outras amostras ambientais. Usamos uma abordagem indireta para concentrar células bacterianas de amostras ambientais de água doce; O DNA foi extraído usando um kit de extração de DNA disponível comercialmente, e as bibliotecas de DNA foram preparadas usando um protocolo comercial baseado em transposon. Fragmentos de DNA de 500 a 800 pb foram selecionados em tamanho de gel usando a Ranger Technology, uma estação de trabalho de eletroforese automatizada. O sequenciamento das bibliotecas de DNA selecionadas por tamanho demonstrou melhorias significativas no comprimento da leitura e na qualidade das leituras de sequenciamento.

Concentração DNA, e Avaliação da Qualidade As concentrações de DNA bacterianas, variou de 0,01-0,11 ng ​​/ ml por amostra de água dos diferentes sítios de bacias (Tabela 1). O ADN isolado a partir de uma fracção bacteriana teve 260/280 e 260/230 A rácios de 1,4 a 1,8 e 0,3 a 1,6, respectivamente. Enquanto alguns dos rácios Um 260/230 foram relativamente baixos, não foi observada inibição aparente na biblioteca preparada e out...

Este manuscrito descreve uma abordagem automatizada de seleção de tamanho de gel para purificar fragmentos de DNA para sequenciamento de próxima geração. A tecnologia Ranger fornece automação completa de todo o processo de carregamento de gel de agarose, análise eletroforética e recuperação de fragmentos de DNA direcionados, permitindo bibliotecas de sequenciamento de última geração de alto rendimento e alta qualidade.

Automated Gel seleção de tamanho para melhorar a qualidade das bibliotecas de sequenciação de próxima geração Preparado a partir de amostras de água do ambiente

Next-generation sequencing of environmental samples can be challenging because of the variable DNA quantity and quality in these samples. High quality DNA ...

Este vídeo demonstra o uso de um instrumento automatizado de seleção por tamanho em gel para obter leituras aprimoradas em plataformas de sequenciamento de nova geração. Primeiro, amostras de água ambiental são coletadas e passadas por uma série de filtros para separar sistematicamente partículas de tamanho eucariótico, bacteriano e viral. As bactérias retidas são posteriormente concentradas por centrifugação.Em seguida, o DNA bacteriano é extraído. O DNA extraído é utilizado para preparar bibliotecas nas quais adaptadores e índices são incorporados ao DNA fragmentado. O DNA é então amplificado por PCR, e as amostras são carregadas na estação de eletroforese.Fragmentos de DNA dentro de uma faixa específica são então selecionados automaticamente. A análise de traços provenientes da eletroforese capilar baseada em chip e a bioinformática adicional demonstram que este método produz quantidades adequadas de fragmentos de DNA para análises posteriores, com agrupamento mínimo de fragmentos indesejados com menos de 200 pares de bases. A principal vantagem da estação quadrada de eletroforese automatizada ou de esferas paramagnéticas e outros sistemas comerciais é que ela permite uma faixa

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Research

JoVE Journal

Environment

Ambiente

Caracterizar a comunidade microbiana tem sido um objetivo de longa data na microbiologia ambiental. Os métodos de sequenciamento de última geração agora permitem a caracterização de comunidades microbianas em uma profundidade sem precedentes, com custo e mão de obra mínimos. Detalhamos aqui nossa abordagem para sequenciar genes de RNA ribossômico 16S bacteriano usando um sequenciador de bancada.

O sequenciamento de próxima geração de 16S RNA ribossomal Gene amplicons

O sequenciamento de bissulfito de representação reduzida aprimorada é um método para a preparação de bibliotecas de sequenciamento para análise de metilação de DNA com base na digestão de enzimas de restrição combinada com conversão de bissulfito de citosina. Este protocolo requer 50 ng de material de partida e produz dados de resolução de pares de bases em regiões genômicas ricas em GC.

Aprimorada Redução Representação Bisulfite Sequencing para a Avaliação de metilação de DNA na resolução de pares de bases

O sequenciamento de amplicon de bissulfito (BSAS) é um método para quantificar a metilação da citosina em regiões genômicas alvo de interesse. Este método usa conversão de bissulfito emparelhada com amplificação de PCR de regiões-alvo antes do sequenciamento de próxima geração para produzir quantificação absoluta da metilação do DNA em um nível específico de base.

Alvejado DNA análise de metilação por Sequenciação de próxima geração

Um sistema integrado para sequenciamento direcionado de próxima geração de amostras oncológicas é descrito. Este sistema multiplataforma é otimizado para biópsias tumorais de baixa qualidade e baixa quantidade, acomoda baixas entradas de DNA, inclui controles multivariantes bem caracterizados e apresenta um novo chamador de variante que é informado por medidas quantitativas de controle de qualidade pré-analítica.

Integração de Wet and Processes bancada secos Otimiza alvejado Seqüenciamento Next-geração de baixa qualidade e biópsias de tumores de baixa quantidade

Nós descrevemos um método eficiente, robusto e de baixo custo para extração de ácidos nucleicos de cotonetes para a caracterização das comunidades bacterianas usando 16S rRNA amplicon gene seqüenciamento. O método permite uma abordagem comum para processamento de múltiplos tipos de amostras e acomoda uma série de processos analíticos jusante.

Eficiente de Ácido Nucleico Extração e sequenciamento genético 16S rRNA para Bacteriana Comunidade Caracterização

Análises de conteúdo de intestino mais comuns de macroinvertebrados são visuais. Exigindo intenso conhecimento sobre diversidade morfológica de organismos de presas, eles falta suave rapina encorpada e, devido à forte cominuição de rapina, são quase impossíveis para alguns organismos, incluindo anfípodes. Nós fornecemos abordagens genéticas detalhadas, a novela de macroinvertebrados presas identificação na dieta de anfípodes.

Protocolo do laboratório para análises genéticas de conteúdo intestino de rDNA usando de macroinvertebrados aquáticos grupo-específicos Primers

Gel-seq permite aos investigadores simultaneamente preparar bibliotecas para ambos DNA - e RNA-seq insignificante custo adicionado a partir de 100-1000 células usando um dispositivo simples de hidrogel. Este trabalho apresenta uma abordagem detalhada para a fabricação do dispositivo, bem como o protocolo biológico para gerar bibliotecas emparelhadas.

Gel-seq: Um método para a preparação de biblioteca simultânea de sequenciamento de DNA e RNA usando matrizes de hidrogel

Sequenciamento proviral individual completo (aletas) fornece um método eficiente e de alta produtividade para a amplificação e sequenciamento de single, perto de provírus completos de HIV-1 (intactos e com defeito) e permite a determinação do seu potencial replicação-competência. FLIPS supera as limitações dos ensaios anteriores projetados para sequenciar o reservatório latente do HIV-1.

Amplificação de perto completos provírus HIV-1 para a próxima geração de sequenciamento

A identificação das interações físicas entre genes e dos elementos reguladores é um desafio, mas tem sido facilitada pelos métodos de captura de conformação de cromossomo. Esta modificação no protocolo de 4C-seq atenua o viés PCR, minimizando a amplificação excessiva de modelos PCR e maximiza o mappability de leituras, incorporando um passo de digerir adição da enzima de restrição.

Identificação do elevado-throughput de sequências de genes regulatórios utilizando a próxima geração sequenciamento de conformação Circular cromossoma capturar (4C-seq)

Fornecemos um protocolo que pode ser geralmente aplicado a aptâmeros selecionados que se ligam apenas a vírus infecciosos e não a vírus que foram tornados não infecciosos por um método de desinfecção ou a quaisquer outros vírus semelhantes. Isso abre a possibilidade de determinar o estado de infectividade em testes portáteis e rápidos.

Seleção In Vitro de Aptamers para Diferenciar Vírus Infecciosos de Não-Infecciosos

Este protocolo fornece um fluxo de trabalho fácil de seguir para conduzir a purificação de RNA poli(A), conversão de bissulfito e preparação de biblioteca usando equipamentos padronizados para uma amostra biológica de interesse.

Enriquecimento de mRNA e preparação de bibliotecas de bissulfito-mRNA para sequenciamento de próxima geração

Aprenda a seleção automatizada de tamanho em gel para purificação de fragmentos de DNA de amostras de água ambiental. Este método melhora a qualidade e o rendimento das bibliotecas de sequenciamento de próxima geração.

Automated Gel seleção de tamanho para melhorar a qualidade das bibliotecas de sequenciação de próxima geração Preparado a partir de amostras de água do ambiente (Vídeo) | JoVE Journal

Automated Gel seleção de tamanho para melhorar a qualidade das bibliotecas de sequenciação de próxima geração Preparado a partir de amostras de água do ambiente

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