Name: Sequenciamento de captura de DNA de ligação de metilo em tecidos de pacientes (Vídeo) | JoVE Journal
Uploaded: 2016-10-31T12:30:00.000+00:00
Duration: 8 min 40 s
Description: Aprenda a usar o sequenciamento MBDCap-seq para analisar metilação de DNA em grandes coortes de pacientes. Este método computacional identifica biomarcadores epigenéticos para diagnóstico e terapia.

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O trabalho é apoiado pelo CPRIT Research Training Award RP140105, bem como parcialmente suportado pelo US National Institutes of Health (NIH) concede R01 GM114142 e por William &amp; Ella Owens Medical Research Foundation.

Todos os tecidos são obtidos após a aprovação da comissão Institutional Review Board e quando todos os participantes consentiram em ambas as análises moleculares e estudos de acompanhamento. Os protocolos são aprovados pela Comissão de Estudos Humanos da Universidade do Texas Health Science Center em San Antonio. 1. Captação de ligação ao ADN de metilo (MBDCap) <ol><li> Coleta de amostras e isolamento de ADN <ol><li> Recolha tumor granel ou amostras de tecidos normais a partir de amostras de tecido embebidos em parafina de pacientes. </li><li> Usar um DNA Mini Kit comercial para isolar o ADN genómico a partir das amostras de tecido embebidos em parafina de acordo com o protocolo do fabricante. </li><li> Use um kit de enriquecimento de DNA metilado com o processo aqui descrito de acordo com o protocolo do fabricante. </li></ol></li><li> Lavagem talão inicial Nota: Os grânulos são utilizados para acoplar com a proteína MBD-Biotina, que detecta a metilação de ADN no genoma. Grânulos são usualmente suspensoem uma solução de estoque. Use estas etapas para lavar este líquido. <ol><li> Ressuspender o estoque de contas de estreptavidina (Veja a Tabela de Materiais) cuidado pipetando para cima e para baixo para obter uma suspensão homogénea. Não misture as contas em vórtice. </li><li> Para um ug de ADN de entrada, ADD10 uL de esferas para um tubo com 90 ul de 1x Bind Buffer / lavagem. Gire durante 1 min. Não misturar em vórtice. </li><li> Colocar o tubo (s) em uma cremalheira magnético durante 1 minuto. </li><li> Remover o líquido com uma pipeta e eliminar o líquido. </li><li> Adicionar 250 ul de 1x tampão de Bind / lavagem para os grânulos e girar durante 1 min. </li><li> Repita os passos 1.2.3 - 1.2.5 duas vezes. </li></ol></li><li> O acoplamento da proteína MBD-Biotina para os grânulos <ol><li> Para 1,2 ug de ADN de entrada, adicionar 7 ul (3,5 ug) de proteína MBD-Biotina a cada tubo. </li><li> Adicionar 93 ul de 1x Bind Buffer / lavagem à proteína para fazer um volume final de 100 uL. </li><li> Misturar a proteína de grânulos-mistura em um misturador rotativo à temperatura ambiente durante 1 h. </li></ol></li><li> DNA fragmentado (entrada) <ol><li> Sonicar ADN pela adição de 1,2 ug de ADN genómico total em 96 uL de tampão TE e 24? L de 5x tampão de Bind / lavagem para fazer uma solução de 120 uL. Use 30 s ON poder e 30 s OFF energia durante sonicação, 20 - 25 vezes. </li><li> Corra 1 uL de solução de ADN sonicada usando um sistema Bioanalyzer com um kit de ADN comercial de alta sensibilidade para verificar o tamanho dos fragmentos de estar na gama de 150-350 pb de acordo com o protocolo do fabricante. </li></ol></li><li> Lave as MBD-esferas <ol><li> Colocar o tubo contendo MBD-esferas em uma cremalheira magnético durante 1 minuto. </li><li> Retirar e descartar o líquido com uma pipeta sem tocar as esferas. </li><li> Ressuspender as esferas com 250 ul de 1x tampão de Bind / lavagem. </li><li> Misturar os grânulos num misturador rotativo à temperatura ambiente durante 5 min. </li><li> Repita os passos 1.5.1 - 1.5.4 duas vezes. </li&gt; </ol></li><li> Reação de captura de DNA fragmentado (1 ug de DNA de entrada) <ol><li> Transferir a mistura de ADN / tampão ao tubo contendo os MBD-grânulos. </li><li> Misturar os grânulos com MBD-ADN em um misturador rotativo durante 1 h à TA. Como alternativa, misture O / N a 4 o C. </li></ol></li><li> A remoção de DNA não-capturado a partir das pérolas <ol><li> Depois de misturar o ADN e MBD-grânulos, colocar o tubo na cremalheira magnética durante 1 min a concentrar-se todas as esferas na parede interior do tubo. </li><li> Remover o líquido sobrenadante com uma pipeta e salve-o em um tubo de microcentrífuga livre de DNase limpo como DNA não metilado. Armazenar esta amostra em gelo. </li><li> Adicionar 200 ul de 1x tampão de Bind / lavagem para os grânulos para lavar as pérolas. </li><li> Misturar os grânulos num misturador rotativo durante 3 min. </li><li> Colocar o tubo na cremalheira magnético durante 1 minuto. </li><li> Retirar o líquido com uma pipeta e salve-o em um tubo de microcentrífuga. </li><li> para capture reações de ≤1 mg de DNA de entrada, repita os passos 1.7.3 - 1.7.6 para mais 2 frações de lavagem no total. </li></ol></li><li> Eluição em dose única <ol><li> Misture solução salina diluída com tampão de alto teor salino (1: 1) para obter tampão de eluição (NaCl 1,000 mM). </li><li> Ressuspender as pérolas em 200 ul de tampão de eluição (NaCl 1,000 mM). </li><li> Incubar os grânulos num misturador rotativo durante 3 min. </li><li> Colocar o tubo na cremalheira magnético durante 1 minuto. </li><li> Com o tubo no lugar na prateleira magnética, remover o líquido com uma pipeta sem tocar as contas com a ponta da pipeta, e guardá-lo em um tubo de microcentrífuga limpo livre de DNase de 1,5 mL. Armazenar esta amostra em gelo. </li><li> Repita os passos 1.8.1 - 1.8.4 uma vez, a segunda coleta no mesmo tubo (volume total será de 400 mL). Armazenar a amostra colectiva no gelo. </li></ol></li><li> Precipitação com etanol (limpeza do ADN) <ol><li> Para cada noncaptured, lavagem e eluição fração from os passos anteriores, adicionar 1 ul de glicogénio (20 mg / mL, incluídos no kit), Volume 10/1 amostra de acetato de sódio 3M, pH 5,2 (por exemplo, 40 ul por 400 ul de amostra) e 2 volumes de amostra de 100% etanol (por exemplo, 800 mL por 400 mL de amostra). O volume total é de 1.241 mL. </li><li> Misturar bem e incubar à temperatura de -80 ° C durante pelo menos 2 h. </li><li> Centrifuga-se o tubo durante 15 minutos a 11363 xg, a 4 o C. </li><li> Cuidadosamente descartar o sobrenadante sem perturbar o sedimento. </li><li> Adicionar 500 uL de etanol frio a 70%. </li><li> Centrifugue o tubo por 5 min a 11.363 xg a 4 o C. </li><li> Cuidadosamente descartar o sobrenadante sem perturbar o sedimento. </li><li> Repita os passos 1.9.6 - 1.9.7 uma vez e remover qualquer sobrenadante residual. </li><li> Ar seco o sedimento para ~ 5 min. Não secar completamente o sedimento. </li><li> Ressuspender o sedimento de DNA em 37,5 uL de água sem ADNase ou outravolume apropriado de tampão. </li><li> Coloque o DNA em gelo ou armazenar o DNA a -20 ° C ou inferior até à sua utilização. </li><li> Verifique se a quantidade total de DNA é superior a 20 ng, (por exemplo, usar o sistema de quantificação fluorimétrica, veja Materiais Tabela). </li></ol></li></ol> 2. Sequencing <ol><li> Use os fragmentos de DNA recuperados de procedimento MBDCap para o sequenciamento. Para cada amostra a ser sequenciada, uma quantidade total de 20 - 40 ng de ADN é necessária para a preparação da biblioteca. </li><li> Para a preparação da biblioteca de ADN-SEQ usar um sistema de construção da biblioteca totalmente automatizado (Ver Tabela Materiais) e seguir o protocolo padrão fornecido pelo fabricante. Seleccione fragmentos de DNA de tamanho 200-400 bp para a preparação da biblioteca. O sistema de preparação biblioteca de automação permite padronizar o procedimento de preparação da biblioteca e minimizar a variação entre as amostras devido à preparação manual. </li><li> privilegiada uso do adaptadorrs e diluir a concentração de 100x. Deste, use 10 mL para cada amostra. </li><li> Seguindo o passo 2.2, levar a cabo a reacção, e quantificar a biblioteca de ADN-SEQ usando um sistema de quantificação fluorométrico (Ver Tabela Materiais). <ol><li> Configurar o procedimento de amplificação PCR. A escolha de PCR Master Mix é melhorar a eficiência da PCR da região CG enriquecida do genoma. Num tubo de PCR, adicionar biblioteca 15? L DNA-SEQ, 25 pL de PCR mestre de mistura (Ver Tabela Materiais), 2 uL do iniciador de PCR mix (ver Materiais Tabela), e 8 mL de H 2 O. </li></ol></li><li> Seguir a recomendação PCR do fabricante da PCR Master Mix, alterando vezes ciclismo e temperaturas para diferentes matérias-primas: 98 o C durante 45 s, ciclos X de 98 o C durante 15 s, 65 ° C durante 30 s, 72 ° C durante 30 s, e em seguida 72 ° C durante 1 min. Segure a 4 o C. <ol><li> perform ciclos suficientes para acabar com 2-10 nM de DNA biblioteca (8 - 10 ciclos). </li></ol></li><li> Limpar reacção de PCR com 1: 1 de PCR grânulos de purificação de acordo com o protocolo do fabricante (Ver Tabela Materiais). </li><li> Eluir com 20 - 30 ul de tampão de eluição. </li><li> Código de barras de cada amostra e piscina 4 amostras juntos em uma pista de uma célula de fluxo. Use o protocolo de leitura padrão de 50 bp única para sequenciação (Ver Tabela de Materiais). </li></ol> 3. Análise Bioinformatics Nota: Além disso processar os arquivos fastq brutos obtidos a partir do sequenciamento para realizar o controle de qualidade e mapear as sequências de DNA curtas (lê) para o genoma. <ol><li> Use Bowtie alinhador curto ler, ferramenta de mapeamento do genoma em cada arquivo de amostra fastq para mapear a lê para o genoma de referência. Muitas ferramentas de mapeamento de leitura estão disponíveis para realizar esta etapa e pode ser usado com base na preferência individual. <ol><li> Permitir até 2 inadequações no whole lê enquanto mapeamento para o genoma de referência. Relatar até 20 melhores alinhamentos para cada leitura. Por exemplo, usar gravata borboleta -v 2 --best -k 20 --chunkmbs 200 &lt;ebwt&gt; &lt;fastqFile&gt; &lt;alignFile&gt;. </li></ol></li><li> Use LONUT 9 para recuperar a multiplicar lê mapeado para melhorar a detecção das regiões enriquecidas. Para cada leitura, no máximo, um alinhamento seria recuperado quando se está perto o suficiente para qualquer um dos picos acima chamada. Por exemplo, use: perl lonut.pl -g hg19 -w 250 -p 99 &lt;alignFile&gt; &lt;OutputPath&gt;. LONUT irá realizar os seguintes passos. <ol><li> alinhamentos dividido em mapeados exclusivamente lê e se multiplicam mapeados lê. Pico de chamadas na mapeados exclusivamente lê usando chamador pico CORREIA 11. A opção -w 250 e -p 99 no comando exemplo são para cinto. </li><li> Combine exclusivamente mapeado lê com o recuperado leituras obtidas a partir de LONUT, e o combinado lê, em formato CAMA, vai ser utilizado em análises posteriores. Calcule o número de Combined lê para a normalização futuro. </li></ol></li><li> Bin as leituras. Extrato lê na região de interesse usando script perl: perl methyPipeline.pl &lt;sampleInfoFile&gt; &lt;refGeneFile&gt; -up &lt;comprimento que se estende a montante&gt; -dn &lt;comprimento que se estende a jusante&gt;. Para cada arquivo de cama listados na sampleInfoFile, o script perl executa as tarefas abaixo. Nota: Ver o arquivo de codificação complementar para o script perl. <ol><li> Bin as leituras em tamanho de posição fixa, por exemplo, de 100 pb, por 24 cromossomos. </li><li> Para cada gene especificado em refGeneFile, extrair os recipientes em torno do local de início da transcrição (SST), até ao comprimento que se estende especificado por -up opção e -dn. Por exemplo, extrair os dados da região que é a montante ea jusante 4 KB de TSS. No bin tamanho de 100 pb, este extraíram os dados têm 81 caixas, ea bin centro corresponde ao TSS. </li><li> Para o gene da cadeia anti-sentido, inverter a região extraído da esquerda para a direita, para que caixas de upstream são sempre placed na esquerda com o script perl. </li><li> Além disso dividir TSS ± ​​região de 4 kb em três sub-regiões: esquerda, a montante 4 kb a montante de 2 kb; Oriente, a montante ea jusante 2 kb; Direita, a jusante 2 kb a 4 kb. </li><li> Para cada amostra, dividir a contagem de leituras em cada bin pelo número total de Combinado mapeados lê calculada em 3.3.3. A normalização vai eliminar a amostra específica ler diferenças e permite comparar as leituras entre amostras diferentes. </li></ol></li><li> Executar o script de festa (como indicado no ficheiro de script) para executar o teste estatístico na normalizada leituras obtidas a partir da região esquerda, para detectar a metilação diferencial entre o grupo normal e o caso nas regiões descritas como na região do flanco. Nota: Consulte o arquivo de codificação complementar para o script bash. Com base nas regiões que são diferencialmente metilados, existem sete combinações: Toda a região: metilação diferencial ao longo ± região 4 kb do TSS middlmetilação diferencial tanto em região média e esquerda: eLeft metilação diferencial tanto em meio e direita região: MiddleRight metilação diferencial em ambas as regiões esquerda e direita: flanco Esquerda: metilação diferencial na região deixou apenas metilação diferencial na região direito só: Direito metilação diferencial na região média apenas: Médio </li><li> Use o mesmo script bash para visualizar a metilação diferencial em uma trama tornado. Traçar os hiper e hipo genes metilados em um painel separado, e classificar na ordem da combinação região, conforme descrito em 3.4, respectivamente. </li></ol>

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</ol>

Este protocolo é desenvolvido nos laboratórios do Dr. Tim Huang e Dr. Victor Jin da Universidade do Texas Health Science Center em San Antonio.

A técnica MBDCap-seq é uma abordagem de enriquecimento de afinidade 3, considerada como uma alternativa de custo eficaz quando se investiga coortes com um grande número de pacientes 15. O gasoduto apresentado aqui descreve uma abordagem abrangente, desde a colheita de amostra para análise de dados e interpretação. Um dos passos mais importantes é a criação de um procedimento de amplificação por PCR para melhorar a eficiência da PCR das regiões GC enriquecido no genoma como este é onde ocorre a metilação do DNA. Além di...

Regulação epigenética de genes por meio de metilação do ADN é um dos mecanismos essenciais necessários para determinar o destino da célula por diferenciação estável de diferentes tipos de tecidos do corpo 1. A desregulação deste processo tem sido conhecido por causar diversas doenças, incluindo o cancro 2. Este processo envolve, principalmente, a adição de grupos metilo no resíduo de citosina nos dinucleótidos CpG de ADN 3. Existem algumas técnicas diferentes, actualmente utilizados para investigar este mecanismo, tendo cada um as suas próprias vantagens, conforme descrito em muitos estudos 2-8. Aqui vamos discutir uma destas técnicas chamados metil-Binding Captura de sequenciamento de DNA (MBDCap-seq), onde usamos uma técnica de enriquecimento de afinidade para identificar regiões metiladas do DNA. Esta técnica baseia-se na capacidade de ligação de metilo da proteína MBD2 para enriquecer os fragmentos de DNA genómico contendo locais CpG metilados. Nós utilizamos um kit de enriquecimento de DNA metilado comercialpara o isolamento destas regiões metiladas. O nosso laboratório fez a triagem centenas de amostras de pacientes, utilizando esta técnica e aqui nós fornecemos um protocolo optimizado abrangente, que pode ser usado para investigar grandes grupos de pacientes. Como é evidente, com qualquer tecnologia de sequenciamento de próxima geração, MBDCap-seq também requer uma abordagem bioinformática específicos, a fim de quantificar com precisão os níveis de metilação através das amostras. Tem havido muitos estudos recentes em um esforço para otimizar o processo de normalização e análise dos dados de sequenciamento 9, 10. Neste protocolo, demonstramos um destes métodos de aplicação de uma abordagem única de recuperação de leitura - LONUT - seguido pela normalização linear de cada amostra, a fim de permitir comparações imparciais toda grande número de amostras de doentes.

<table><tbody><tr><td>Kit de enriquecimento de DNA Methylminer</td><td>Invitrogen</td><td>ME10025</td><td></td></tr><tr><td>Dynabeads M-280 Streptavidin</td><td>Invitrogen</td><td>112-05D</td><td></td></tr><tr><td>Bioruptor Plus Dispositivo de Sonicação</td><td>diagenode</td><td>B01020001</td><td></td></tr><tr><td>acetato de sódio 3 M, pH 5.2</td><td>Sigma</td><td>S7899</td><td>100 mL</td></tr><tr><td>Sistema de Biblioteca de Fragmentos SPRIworks I</td><td>Beckman Coulter</td><td>A50100</td><td>Sistema de construção de biblioteca totalmente automatizado</td></tr><tr><td>Adaptador Primers</td><td>Bioo Scientific</td><td>514104</td><td>PCR primer mix</td></tr><tr><td>Qubit</td><td>Invitrogen</td><td>Q32854</td><td>Sistema de quantificação fluorométrica</td></tr><tr><td>PCR master mix</td><td>KAPA scientific</td><td>KK2621</td><td>PCR master mix</td></tr><tr><td>AMPure XP</td><td>Beckman Coulter</td><td>A63881</td><td>PCR Purification beads</td></tr><tr><td>EB Buffer</td><td>Qiagen</td><td>19086</td><td></td></tr><tr><td>HiSeq 2000 Sistema de Sequenciamento</td><td>Illumina</td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

sequenciamento de captura de dna de ligação de metilo em tecidos de pacientes

Methyl-binding DNA capture Sequencing for Patient Tissues

A metilação é uma das modificações epigenética essenciais para o DNA, o qual é responsável pela regulação precisa dos genes necessários para o desenvolvimento e diferenciação estável de diferentes tipos de tecidos. A desregulação deste processo é frequentemente a característica de diversas doenças como o cancro. Aqui, nós descrevemos uma das técnicas de sequenciação recentes, Metil-Binding sequenciação de ADN de captura (MBDCap-SEQ), usada para quantificar a metilação em vários tecidos normais e de doença para grandes grupos de pacientes. Descreve-se um protocolo detalhado desta abordagem de enriquecimento por afinidade ao longo de uma conduta bioinformática para alcançar quantificação ideal. Esta técnica tem sido utilizada para sequenciar centenas de pacientes em vários tipos de câncer, como parte do projeto methylome 1.000 (Sistema Methylome Câncer).

Usámos MBDCap-SEQ de estudar as alterações de metilação do DNA em um grande número de pacientes de diversos tipos de cancro incluindo cancro da mama 12, 13 do endométrio, próstata 14, e cancros do fígado, entre outros. Aqui demonstramos algumas informações a partir do estudo do cancro da mama publicou recentemente 12. Neste exemplo, utilizou-se toda a abordagem de sequenciação do genoma para identificar ilhas CpG que são diferencialmente metilados no tumor em relação à perpendicular entre diferent...

Aqui apresentamos um protocolo para investigar a metilação do DNA do genoma ampla em grande escala estudos de triagem de pacientes clínicos utilizando o Metil-Binding tecnologia de sequenciamento de DNA Captura (MBDCap-seq ou MBD-seq) eo gasoduto análise bioinformática subsequentes.

Sequenciamento de captura de DNA de ligação de metilo em tecidos de pacientes

Methylation is one of the essential epigenetic modifications to the DNA, which is responsible for the precise regulation of genes required for stable ...

O objetivo geral desta técnica é investigar de forma sistemática o panorama da metilação do DNA em todo o genoma em grandes coortes de pacientes. Este método pode ajudar a responder perguntas fundamentais na área da epigenética, especialmente em relação às regiões do panorama de metilação do DNA que ficam desreguladas em pacientes. A principal vantagem desta técnica é que um grande número de pacientes pode ser analisado de maneira economicamente viável.Essa tecnologia pode ter implicações positivas no tratamento e no diagnóstico do paciente, pois podemos investigar biomarcadores existentes e também identificar novos biomarcadores. Embora este método possa fornecer informações sobre coortes de pacientes, ele também pode ser aplicado a outros sistemas, como metilação de DNA em células derivadas de linhagens celulares cultivadas a partir de amostras derivadas de camundongos. Demonstrar este procedimento juntamente com o Dr. Ya-Ting Hsu será o Sr. Joseph Liu, um técnico do nosso laboratório.A parte de sequenciamento será demonstrada pela Sra. Dawn Garcia, que é técnica no nosso núcleo de sequenciamento. Após o isolamento de DNA genômico de tecido tumoral ou normal de acordo com o proto

methyl-binding-dna-capture-sequencing-for-patient-tissues

Research

JoVE Journal

Genetics

Genética

Este vídeo demonstra o protocolo para imunoprecipitação DNA metilado (MEDIP). MEDIP é um procedimento dois dias que, seletivamente, extratos de fragmentos de DNA metilado partir de uma amostra do DNA genômico utilizando anticorpos com especificidade para 5-metilcitosina (anti-5 mC).

Imunoprecipitação DNA metilado

O padrão ouro para a análise de metilação do DNA é sequenciamento genômico de DNA convertidos bissulfito. Este método tira vantagem do aumento da sensibilidade em comparação com 5 citosina-metilcitosina (5-MEC) para bissulfito de desaminação em condições ácidas. Citosinas não metiladas pode ser distinguida de citosinas metiladas após a amplificação do DNA genômico alvo.

A metilação do DNA: Modificação e Análise de bissulfito

Um fluxo de trabalho simplificado para estudar a metilação do DNA e alterações de expressão gênica em início de vida estresse é mostrado. A partir de separação materno de ratos recém-nascidos e isolamento de tecidos cerebrais discretas, que representam um protocolo para simultaneamente isolar DNA e RNA de punções de tecido cerebral para a sequenciação bissulfito subsequente e RT-PCR.

Análise otimizado de metilação do DNA e expressão gênica de pequenas áreas anatomicamente definidos do Cérebro

Descrita é um processo de rotulagem em duas etapas usando β-glicosiltransferase (β-GT) para transferir uma azida de glucose para 5 HMC, seguido por química do clique para transferir de um ligante de biotina para o enriquecimento fácil e densidade independente. Este método de marcação eficiente e específico permite o enriquecimento de 5 HMC com fundo extremamente baixo e de alto rendimento de mapeamento epigenômico via sequenciamento de última geração.

Captura selectivo de 5-hydroxymethylcytosine a partir de DNA genómico

Este vídeo demonstra o procedimento de modificação do bissulfito do DNA genômico de amostras de câncer gastrointestinal. A técnica é benéfica para investigar a relação entre os padrões de metilação dos genes e estabelecer sua contribuição para a carcinogênese.

Conversão de bissulfito de DNA genômico: um método para estudar a metilação do DNA em amostras de DNA genômico de tecido de câncer gastrointestinal

O sequenciamento de bissulfito de representação reduzida aprimorada é um método para a preparação de bibliotecas de sequenciamento para análise de metilação de DNA com base na digestão de enzimas de restrição combinada com conversão de bissulfito de citosina. Este protocolo requer 50 ng de material de partida e produz dados de resolução de pares de bases em regiões genômicas ricas em GC.

Aprimorada Redução Representação Bisulfite Sequencing para a Avaliação de metilação de DNA na resolução de pares de bases

O sequenciamento de amplicon de bissulfito (BSAS) é um método para quantificar a metilação da citosina em regiões genômicas alvo de interesse. Este método usa conversão de bissulfito emparelhada com amplificação de PCR de regiões-alvo antes do sequenciamento de próxima geração para produzir quantificação absoluta da metilação do DNA em um nível específico de base.

Alvejado DNA análise de metilação por Sequenciação de próxima geração

Este trabalho descreve um protocolo optimizado de sequenciação de domínio de ligação de metil-CpG (MBD) e uma tubagem computacional para identificar regiões ricas em CpG diferencialmente metiladas em pacientes com leucemia linfocítica crônica (CLL).

Análise abrangente de metilação de DNA usando um método baseado em captação de domínio de ligação de metil-CpG em pacientes com leucemia linfocítica crônica

Aqui, descrevemos um procedimento para análise genoma de metilação de DNA em cânceres gastrointestinais. O procedimento é de relevância para estudos que investigam relações entre padrões de metilação de genes e fatores que contribuem para a carcinogênese em cânceres gastrointestinais.

Análise genoma-em todo o DNA da metilação de DNA no câncer gastrointestinal

O presente estudo descreve o fluxo de trabalho para gerenciar dados de metilação de DNA obtidos por tecnologias de microarray. O protocolo demonstra passos desde a preparação da amostra até a análise de dados. Todos os procedimentos são descritos em detalhes, e o vídeo mostra os passos significativos.

Preparação amostral para análise bioinformática da metilação de DNA: Estratégia de Associação para Obesidade e Estudos de Traços Relacionados

Aqui, apresentamos um protocolo para a seleção in vitro de repressores transcricionais projetados (ETRs) com alta, longa duração, estável, eficiência de silenciamento no alvo e baixa atividade fora do alvo em todo o genoma. Esse fluxo de trabalho permite reduzir um repertório inicial e complexo de ETRs candidatos a uma lista curta, adequada para avaliação adicional em cenários terapeuticamente relevantes.

In vitro Seleção de Repressores Transcricionais Projetados para Silenciamento Epigenético Direcionado

Aprenda a usar o sequenciamento MBDCap-seq para analisar metilação de DNA em grandes coortes de pacientes. Este método computacional identifica biomarcadores epigenéticos para diagnóstico e terapia.

Sequenciamento de captura de DNA de ligação de metilo em tecidos de pacientes

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