Name: O Conceito Terroir Interpretado através da baga da uva Metabolomics e transcriptómica (Vídeo) | JoVE Journal
Uploaded: 2016-10-05T13:00:00.000+00:00
Duration: 13 min 2 s
Description: Explore a metabolômica e transcriptômica de bagas de uva Corvina para identificar assinaturas de terroir em diferentes regiões vinícolas. Este estudo utiliza análises estatísticas multivariadas para revelar padrões químicos distintos.

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Este trabalho beneficiou das atividades de ligação em rede coordenadas no âmbito da AÇÃO COST FA1106 financiada pela UE "Uma abordagem de sistemas integrados para determinar os mecanismos de desenvolvimento que controlam a qualidade dos frutos carnudos em tomate e videira". Este trabalho foi apoiado pelo projeto «Completamento del Centro di Genomica Funzionale Vegetale», financiado pela Fundação CARIVERONA Bank, e pelo projeto «Valorizzazione dei Principali Vitigni Autoctoni Italiani e dei loro Terroir (Vigneto)», financiado pelo Ministério das Políticas Agrícolas e Florestais italiano. O SDS foi financiado pelo Ministério Italiano da Universidade e Pesquisa FIRB RBFR13GHC5 projeto "A Plasticidade Epigenômica da Videira no Genótipo por Interações Ambientais".

<ol><li>Jessome, L. L., Volmer, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ion+suppression%3A+A+major+concern+in+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Lc+Gc+N+Am%22%5BJournal%5D)">Ion suppression: A major concern in mass spectrometry.</a> Lc Gc N Am. 24 (5), 498-510 (2006).</li>
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<li>Toffali, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Novel+aspects+of+grape+berry+ripening+and+post-harvest+withering+revealed+by+untargeted+LC-ESI-MS+metabolomics+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Metabolomics%22%5BJournal%5D)">Novel aspects of grape berry ripening and post-harvest withering revealed by untargeted LC-ESI-MS metabolomics analysis.</a> Metabolomics. 7 (3), 424-436 (2011).</li>
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<li>Velasco, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+high+quality+draft+consensus+sequence+of+the+genome+of+a+heterozygous+grapevine+variety%5BTitle%5D)+AND+%22Plos+One%22%5BJournal%5D)">A high quality draft consensus sequence of the genome of a heterozygous grapevine variety.</a> Plos One. 2 (12), (2007).</li>
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<li>Anesi, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Towards+a+scientific+interpretation+of+the+terroir+concept%3A+plasticity+of+the+grape+berry+metabolome%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Plant+Biol%22%5BJournal%5D)">Towards a scientific interpretation of the terroir concept: plasticity of the grape berry metabolome.</a> BMC Plant Biol. 15, 1-17 (2015).</li>
<li>Berdeja, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Water+limitation+and+rootstock+genotype+interact+to+alter+grape+berry+metabolism+through+transcriptome+reprogramming%5BTitle%5D)+AND+%22Hort+Res%22%5BJournal%5D)">Water limitation and rootstock genotype interact to alter grape berry metabolism through transcriptome reprogramming.</a> Hort Res. 2, 1-13 (2015).</li>
<li>Carbonell-Bejerano, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Solar+ultraviolet+radiation+is+necessary+to+enhance+grapevine+fruit+ripening+transcriptional+and+phenolic+responses%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Plant+Biol%22%5BJournal%5D)">Solar ultraviolet radiation is necessary to enhance grapevine fruit ripening transcriptional and phenolic responses.</a> BMC Plant Biol. 14, 1-16 (2014).</li>
<li>Carbonell-Bejerano, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Reducing+sampling+bias+in+molecular+studies+of+grapevine+fruit+ripening%3A+transcriptomic+assessment+of+the+density+sorting+method%5BTitle%5D)+AND+%22Theor+Exp+Plant+Phys%22%5BJournal%5D)">Reducing sampling bias in molecular studies of grapevine fruit ripening: transcriptomic assessment of the density sorting method.</a> Theor Exp Plant Phys. 28 (1), 109-129 (2016).</li>
<li>Carbonell-Bejerano, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Circadian+oscillatory+transcriptional+programs+in+grapevine+ripening+fruits%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Plant+Biol%22%5BJournal%5D)">Circadian oscillatory transcriptional programs in grapevine ripening fruits.</a> BMC Plant Biol. 14, 1-15 (2014).</li>
<li>Cavallini, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+diversification+of+grapevine+MYB5a+and+MYB5b+in+the+control+of+flavonoid+biosynthesis+in+a+petunia+anthocyanin+regulatory+mutant%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+%26+Cell+Physiol%22%5BJournal%5D)">Functional diversification of grapevine MYB5a and MYB5b in the control of flavonoid biosynthesis in a petunia anthocyanin regulatory mutant.</a> Plant & Cell Physiol. 55 (3), 517-534 (2014).</li>
<li>Cramer, G. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transcriptomic+analysis+of+the+late+stages+of+grapevine+%28Vitis+vinifera+cv.+Cabernet+Sauvignon%29+berry+ripening+reveals+significant+induction+of+ethylene+signaling+and+flavor+pathways+in+the+skin%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Plant+Biol%22%5BJournal%5D)">Transcriptomic analysis of the late stages of grapevine (Vitis vinifera cv. Cabernet Sauvignon) berry ripening reveals significant induction of ethylene signaling and flavor pathways in the skin.</a> BMC Plant Biol. 14, 1-21 (2014).</li>
<li>Dal Santo, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+plasticity+of+the+grapevine+berry+transcriptome%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol%22%5BJournal%5D)">The plasticity of the grapevine berry transcriptome.</a> Genome Biol. 14 (6), 1-17 (2013).</li>
<li>Fasoli, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Grapevine+Expression+Atlas+Reveals+a+Deep+Transcriptome+Shift+Driving+the+Entire+Plant+into+a+Maturation+Program%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Cell%22%5BJournal%5D)">The Grapevine Expression Atlas Reveals a Deep Transcriptome Shift Driving the Entire Plant into a Maturation Program.</a> Plant Cell. 24 (9), 3489-3505 (2012).</li>
<li>Gambino, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Co-evolution+between+Grapevine+rupestris+stem+pitting-associated+virus+and+Vitis+vinifera+L.+leads+to+decreased+defence+responses+and+increased+transcription+of+genes+related+to+photosynthesis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Bot%22%5BJournal%5D)">Co-evolution between Grapevine rupestris stem pitting-associated virus and Vitis vinifera L. leads to decreased defence responses and increased transcription of genes related to photosynthesis.</a> J Exp Bot. 63 (16), 5919-5933 (2012).</li>
<li>Ghan, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Five+omic+technologies+are+concordant+in+differentiating+the+biochemical+characteristics+of+the+berries+of+five+grapevine+%28Vitis+vinifera+L.%29+cultivars%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">Five omic technologies are concordant in differentiating the biochemical characteristics of the berries of five grapevine (Vitis vinifera L.) cultivars.</a> BMC Genomics. 16 (1), 1-26 (2015).</li>
<li>Pastore, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Selective+defoliation+affects+plant+growth%2C+fruit+transcriptional+ripening+program+and+flavonoid+metabolism+in+grapevine%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Plant+Biol%22%5BJournal%5D)">Selective defoliation affects plant growth, fruit transcriptional ripening program and flavonoid metabolism in grapevine.</a> BMC Plant Biol. 13, 1-13 (2013).</li>
<li>Pastore, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Increasing+the+source%2Fsink+ratio+in+Vitis+vinifera+%28cv+Sangiovese%29+induces+extensive+transcriptome+reprogramming+and+modifies+berry+ripening%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">Increasing the source/sink ratio in Vitis vinifera (cv Sangiovese) induces extensive transcriptome reprogramming and modifies berry ripening.</a> BMC Genomics. 12, 1-23 (2011).</li>
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<li>Royo, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Developmental%2C+transcriptome%2C+and+genetic+alterations+associated+with+parthenocarpy+in+the+grapevine+seedless+somatic+variant+Corinto+bianco%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Bot%22%5BJournal%5D)">Developmental, transcriptome, and genetic alterations associated with parthenocarpy in the grapevine seedless somatic variant Corinto bianco.</a> J Exp Bot. , 259-273 (2015).</li>
<li>Venturini, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((De+novo+transcriptome+characterization+of+Vitis+vinifera+cv.+Corvina+unveils+varietal+diversity%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">De novo transcriptome characterization of Vitis vinifera cv. Corvina unveils varietal diversity.</a> BMC Genomics. 14, 1-13 (2013).</li>
<li>Commisso, M., Strazzer, P., Toffali, K., Stocchero, M., Guzzo, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Untargeted+metabolomics%3A+an+emerging+approach+to+determine+the+composition+of+herbal+products%5BTitle%5D)+AND+%22Comput+Struct+Biotechnol+J%22%5BJournal%5D)">Untargeted metabolomics: an emerging approach to determine the composition of herbal products.</a> Comput Struct Biotechnol J. 4, 1-7 (2013).</li>
<li>Pluskal, T., Castillo, S., Villar-Briones, A., Oresic, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MZmine+2%3A+Modular+framework+for+processing%2C+visualizing%2C+and+analyzing+mass+spectrometry-based+molecular+profile+data%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">MZmine 2: Modular framework for processing, visualizing, and analyzing mass spectrometry-based molecular profile data.</a> BMC Bioinformatics. 11, 1-11 (2010).</li>
<li>Ashburner, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Gene+Ontology%3A+tool+for+the+unification+of+biology%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Genet%22%5BJournal%5D)">Gene Ontology: tool for the unification of biology.</a> Nat Genet. 25 (1), 25-29 (2000).</li>
</ol>

Os autores não têm nada a divulgar.

Este artigo descreve os metabolômica, transcriptomics e protocolos de análise estatística utilizados para interpretar o conceito de terroir baga da uva. Metabolómica análise por meio de HPLC-ESI-MS é suficientemente sensível para detectar um grande número de metabolitos simultaneamente, mas a quantificação relativa é afectado pelo efeito da matriz e de iões de supressão / realce. No entanto, uma abordagem semelhante já foi usado para descrever o amadurecimento e fulminante pós-colheita de frutos Corvina, e a correção de...

análise de dados em larga escala com base nos genomas, transcriptomes, proteomas e metabolomes de plantas oferece uma visão sem precedentes sobre o comportamento de sistemas complexos, tais como as características terroir do vinho que refletem as interações entre plantas de videira e seu ambiente. Porque o terroir de um vinho pode ser diferente, mesmo quando clones de videira idênticos são cultivadas em vinhedos diferentes, a análise genômica é de pouca utilidade, porque os genomas clonais são idênticos. Em vez disso, é necessário olhar para as correlações entre a expressão do gene e as propriedades metabólicas das bagas, que determinam os traços de vinho de qualidade. A análise da expressão do gene ao nível dos benefícios transcriptoma de as propriedades químicas semelhantes de todos os transcritos, o que facilita a análise quantitativa por exploração das características universais, tais como hibridação com sondas imobilizadas em microarrays. Em contraste, os métodos analíticos universais em proteômica umnd metabolômica são mais difíceis por causa da enorme diversidade física e química de proteínas e metabólitos individuais. No caso de metabolômica esta diversidade é ainda mais extrema, porque metabólitos individuais diferem muito em tamanho, polaridade, abundância e volatilidade, de forma que nenhum processo de extração única ou método analítico oferece uma abordagem holística. Entre as plataformas de análise adequados para os metabolitos não voláteis, os baseados em cromatografia líquida de alto desempenho acoplada a espectrometria de massa (HPLC-MS) são muito mais sensíveis do que as alternativas, tais como a CLER com raios ultravioleta ou de diodos detectores de matriz (HPLC-UV, HPLC-DAD ) ou espectroscopia de ressonância magnética nuclear (RMN), mas a análise quantitativa por meio de HPLC-MS pode ser influenciado por fenómenos tais como o efeito da matriz e de supressão de iões / realce 1-3. A investigação de tais efeitos durante a análise dos bagos de uva Corvina por HPLC-MS usando uma fonte de ionização electrospray (HPLC-ESI-MS), mostrou que os açúcares e outras moléculas com as menores tempos de retenção foram fortemente subestimada, provavelmente reflectindo também o grande número de moléculas nesta zona, e que a abundância de outras moléculas pode ser subestimada, excessivas ou afectada pelo efeito matriz , mas a normalização de dados para o efeito de matriz parecia ter impacto limitado sobre o resultado de 4,5 global. O método aqui descrito é otimizado para a análise dos metabolitos média polaridade que se acumulam em níveis elevados em bagos de uva durante a maturação e que são significativamente impactados pelo terroir. Eles incluem antocianinas, flavonóis, flavan-3-ols, procianidinas, outros flavonóides, resveratrol, estilbenos, ácidos hidroxicinâmico e ácidos hidroxibenzóico, que, juntos, determinam a cor, sabor e propriedades relacionadas com a saúde de vinhos. Outros metabolitos, tais como os açúcares e os ácidos orgânicos alifáticos, são ignorados porque a quantificação por meio de HPLC-MS não é fiável devido à matriz effect e supressão de íons fenômenos 5. Dentro da gama de polaridade seleccionada por este método, a abordagem é não segmentado em que visa detectar como muitos metabolitos diferentes quanto possível 6. Transcriptomics métodos que permitem que milhares de transcritos de videira para ser monitorizada simultaneamente são facilitado pela disponibilidade da sequência do genoma completo videira 7,8. métodos transcriptômica início com base em high-throughput seqüenciamento de cDNA evoluíram com o advento do sequenciamento de última geração em um conjunto de procedimentos descritos coletivamente como a tecnologia de RNA-Seq. Esta abordagem está se tornando rapidamente o método de escolha para estudos transcriptômica. No entanto, um grande corpo de literatura com base no micro-arranjo, o que permite milhares de transcritos para ser quantificada em paralelo por hibridização, tem acumulado para vinha. Na verdade, antes de RNA-Seq tornou-se uma tecnologia mainstream, muitas plataformas de microarrays comerciais dedicados tinha sidodesenvolvido permitindo transcriptoma vinha a ser inspeccionado em grande detalhe. Entre a grande variedade de plataformas, apenas dois permitiu a análise do transcriptoma do genoma 9. A matriz mais evoluído permitiu a hibridização de cerca de 12 amostras independentes de um único dispositivo, reduzindo assim os custos de cada experiência. As 12 sub-matrizes cada um composto 135.000 sondas 60-mer representando 29,549 transcrições de videira. Este dispositivo foi usado em um grande número de estudos 10-24. Estas duas plataformas já foram interrompidas, mas um novo microarray personalizado foi recentemente concebido e representa um desenvolvimento mais recente, já que contém um número ainda maior de sondas que representam genes de videira recém-descobertos mais 25. Os conjuntos de dados de grande venda produzidas por transcriptomics e metabolômica análise requer métodos estatísticos adequados para a análise de dados, incluindo técnicas de análise multivariada para determinar correlações entre forma diferentes de dados. As técnicas de análise multivariada mais utilizados são aqueles com base em projeção, e estes podem ser sem supervisão, tais como análise de componentes principais (PCA), ou supervisionado, como projeção ortogonal bidirecional com estruturas latentes análise discriminante (O2PLS-DA) 26. O protocolo apresentado neste artigo utiliza PCA para análise exploratória de dados e O2PLS-DA para identificar diferenças entre grupos de amostras.

<table><tbody><tr><td>Moedor</td><td>de Moinho IKA</td><td>IKA A11 amostrador</td> automático de HPLC básico <td></td></tr><tr><td></td><td>Beckman Coulter</td><td>&nbsp;-</td><td>System Gold 508 Autosampler</td></tr><tr><td>HPLC System</td><td>Beckman Coulter</td><td>&nbsp;-</td><td>System Gold 127 Módulo de Solvente HPLC</td></tr><tr><td>C18 Guard Column</td><td>Grace</td><td>&nbsp;-</td><td>Alltima HP C18 (7.5 mm x 2.1 mm; 5 &mu; m) Coluna de Guarda</td></tr><tr><td>C18 Coluna</td><td>Grace</td><td>&nbsp;-</td><td>Alltima HP C18 (150 mm x 2.1 mm; 3 &mu; m)</td></tr><tr><td>Espectômetro de Massa em Coluna</td><td>Bruker Daltonics</td><td>&nbsp;-</td><td>Bruker Esquire 6000; O espectômetro de massa foi equipado com uma fonte ESI e o analisador era uma armadilha de íons.</td></tr><tr><td>Solventes de extração e tampões de HPLC</td><td>Sigma</td><td>34966</td><td>Metanol LC-MS grau</td></tr><tr><td>Sigma</td><td>94318</td><td>Ácido fórmico LC-MS grau</td><td></td></tr><tr><td>Sigma</td><td>34967</td><td>Acetonitrila LC-MS grau</td><td></td></tr><tr><td>Sigma</td><td>39253</td><td>Água&nbsp; Filtros de</td> seringa Minisart RC 4 de grau <td></td>LC-MS</tr><tr><td>(0,2 &mu; m)</td> <td>Sartorius</td><td>17764</td><td></td></tr><tr><td>Softwares para coleta de dados (a) e processamento (b)</td> <td>Bruker Daltonics-Bruker</td><td></td> <td>Daltonics Esquire 5.2 Controle (a); Esquire 3.2 Análise de Dados e MzMine 2.2 softwares (b)</td></tr> <tr><td>Spectrum Plant Total RNA kit</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>STRN250-1KT</td><td>Para extrato total de RNA de pericarpos de uva</td></tr><tr><td>Nanodrop 1000</td><td>Thermo Scientific</td><td>1000</td><td></td></tr><tr><td>BioAnalyzer 2100</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2939A</td><td></td></tr><tr><td>RNA 6000 Nano Reagentes</td><td>Agilent Technologies</td><td>5067-1511</td><td></td></tr><tr><td>Chips de RNA</td><td>Agilent Technologies</td><td>5067-1511</td><td></td></tr><tr><td>Agilent Tampão de Lavagem de Expressão Gênica 1</td><td>Agilent Technologies</td><td>5188-5325</td><td></td></tr><tr><td>Tampão de Lavagem de Expressão Gênica Agilent 2</td><td>Agilent Technologies</td><td>5188-5326</td><td></td></tr><tr><td>Kit de Rotulagem QuickAmp de Baixa Entrada One-Color</td><td>Agilent Technologies</td><td>5190-2305</td><td></td></tr><tr><td>Kit RNA Spike In - One-Color</td><td>Agilent Tecnologias</td><td>5188-5282</td><td></td></tr><tr><td>Kit de Hibridização de Expressão Gênica</td><td>Agilent Technologies</td><td>5188-5242</td><td></td></tr><tr><td>RNeasy Mini Kit (50)</td><td>Qiagen</td><td>74104</td><td>Para Purificação de cRNA</td></tr><tr><td>Agilent SurePrint HD 4X44K 60-mer Microarray</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2514F-048771&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>eArray</td><td>Agilent Technologies</td><td>-</td><td><a href="https://earray.chem.agilent.com/earray/">https://earray.chem.agilent.com/earray/</a></td></tr><tr><td>Lâminas de junta</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2534-60012</td><td>Habilitar Agilent SurePrint Microarray 4-array Hibridização</td></tr><tr><td>Banho Termostático</td><td>Câmara de Hibridização Julabo-Hybridization</td><td></td><td></td></tr> <tr><td></td><td>Agilent Technologies</td><td>G2534-60001</td><td></td></tr><tr><td>Forno de Hibridização de Microarray</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2545A</td><td></td></tr><tr><td>Rack de Rotador de Forno de Hibridização</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2530-60029</td><td></td></tr><tr><td>Haste de Conversão de Rack de Rotador</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2530-60030</td><td></td></tr><tr><td>Kit de coloração</td><td>Bio-Optica</td><td>10-2000</td><td>Prato de coloração deslizante e rack de slides</td></tr><tr><td>Dispositivo de agitador magnético</td><td>AREX Aquecedor Magnético Agitador Magnético</td><td>F20540163&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Forno termostático</td><td>Thermo Scientific</td><td>Heraeus - 6030</td><td></td></tr><tr><td>Agilent Microarray Scanner</td> Carrossel <td>de scanner de G2565CA</td><td></td><td>de Agilent Technologies</td></tr><tr><td>, 48 posições</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2505-60502</td><td></td></tr><tr><td>Suportes de slides</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2505-60525</td><td></td></tr><tr><td>Software de extração de recursos v11.5</td><td>Agilent Tecnologias</td><td></td> <td>dentro do scanner de microarray Agilent G2565CA</td></tr><tr><td>SIMCA + V13 Software</td><td>Umetrics</td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

o conceito terroir interpretado através da baga da uva metabolomics e transcriptómica

The Terroir Concept Interpreted through Grape Berry Metabolomics and Transcriptomics

Terroir refere-se à combinação de fatores ambientais que afetam as características das culturas como videira (Vitis vinifera) de acordo com determinados habitats e práticas de gestão. Este artigo mostra como certos assinaturas terroir pode ser detectado no metaboloma baga e transcriptoma do Corvina videira cultivar utilizando análise estatística multivariada. O método requer primeiro um plano de amostragem adequada. Neste estudo de caso, um clone específico da cultivar Corvina foi selecionado para minimizar as diferenças genéticas, e amostras foram coletadas em sete vinhas representando três diferentes macro-regiões durante as três estações de crescimento diferentes. Uma abordagem não segmentados metabolômica LC-MS é recomendado devido à sua alta sensibilidade, acompanhado de processamento de dados eficiente usando software MZmine e uma estratégia de identificação metabólito com base na análise da árvore de fragmentação. análise de transcriptoma global pode ser conseguido usando microarrayscontendo sondas cobrindo ~ 99% de todos os genes de videira preditos, permitindo a análise simultânea de todos os genes expressos diferencialmente no contexto de diferentes terrenos de. Finalmente, a análise de dados multivariados com base em métodos de projecção pode ser utilizado para ultrapassar o efeito forte específico da vindima, permitindo que os dados e metabolômicas transcriptômica a ser integrados e analisados ​​em pormenor, para identificar as correlações informativos.

O estudo de caso descrito neste artigo resultou em uma matriz de dados final com 552 sinais (m / z recursos), incluindo iões moleculares mais seus isótopos, adutos e alguns fragmentos, relativamente quantificados entre 189 amostras (7 vinhas x 3 estádios de maturação x 3 períodos de crescimento x 3 repetições biológicas). O número total de pontos de dados foi, portanto, 104.328. A análise da árvore fragmentação resultou na anotação de 282 características m / z, correspo...

Este artigo descreve a aplicação de metabolômica irrelevantes, transcriptomics e análise estatística multivariada para transcrições baga da uva e metabolitos, a fim de ter uma visão sobre o conceito terroir, ou seja, o impacto do meio ambiente sobre características de qualidade de baga.

O Conceito Terroir Interpretado através da baga da uva Metabolomics e transcriptómica

Terroir refers to the combination of environmental factors that affect the characteristics of crops such as grapevine (Vitis vinifera) according to ...

O objetivo geral desses procedimentos experimentais é observar as diferentes assinaturas de terroir no metaboloma e transcriptoma da baga da cultivar de videira Corvina. O estudo de caso descrito aqui envolveu a coleta e análise de amostras em três estádios de maturação provenientes de sete vinhas em três zonas macroclimáticas ao longo de três safras. As técnicas descritas revelam o efeito predominante da safra sobre o metaboloma da baga.Assinaturas químicas específicas representando as três macrozonas também foram identificadas nas bagas maduras. A assinatura do terroir no nível da macrozona foi revelada por meio de técnicas estatísticas adequadas, como a ACP, que é a análise de componentes principais, e a auto BLSDA, que é a projeção ortogonal bidirecional para estruturas plúmbeas, análise discreta, para analisar tanto a matriz de dados de transcriptômica quanto de metabolômica. Por outro lado, as diferenças entre vinhas individuais são mais sutis e também exigem abordagens estatísticas mais sofisticadas e sensíveis.Inicie o experimento elaborando um plano de amostragem apropriado. Certifique-se de que o plano de amostragem indique os locais e horários de coleta, bem como o proce

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Research

JoVE Journal

Genetics

Genética

A espectrometria de massa de tempo de reação de transferência de prótons de voo permite a análise de alta sensibilidade, rápida e não invasiva de compostos orgânicos voláteis. Para demonstrar seu potencial, damos três exemplos: fermentação de ácido lático de iogurte (monitoramento on-line de bioprocessos), diferentes genótipos de maçã (triagem em larga escala) e espaço retronasal após beber café (análise do espaço nasal).

PTR-ToF-MS acoplado com um sistema automatizado da amostragem e uma análise costurada dos dados para estudos do alimento: Monitoração do Bioprocess, seleção e análise do espaço do nariz

Este protocolo descreve um procedimento experimental para quantitativamente e exaustivamente investigar o metabolismo de várias fontes de nutrientes. Este fluxo de trabalho, com base em uma combinação de experiências de traçador isotópico e um procedimento analítico, permite que o destino dos nutrientes consumidos e a origem metabólica de moléculas synthetized por microorganismos a ser determinada.

Fluxo de trabalho baseado na combinação de traçador isotópico experimentos para investigar o metabolismo microbiano de múltiplas fontes de nutrientes

Este artigo descreve o procedimento para a identificação e caracterização de uma família de gene em videira aplicada à família de Arabidopsis Tóxicos em Levadura (ATL) E3 ubiquitina ligases.

Fluxo de trabalho abrangente para a identificação de todo o genoma e Meta-análise da expressão da ATL E3 ubiquitina Ligase Gene família em videira

Aqui, apresentamos um protocolo para descrever a metagenômica amplicon para determinar a comunidade bacteriana de uvas Traminette, uvas em fermentação e vinho final.

Perfil da Comunidade Bacteriana de Fermentação de Uvas Traminette durante a Produção de Vinho utilizando Sequenciamento Metagenômico Amplicon

Neste manuscrito, descrevemos um protocolo para examinar funcionalmente a transcrição e a atividade inibitória de agentes antibacterianos direcionados à transcrição bacteriana.

Transcrição in vitro Ensaios e sua aplicação em Drug Discovery

A mosca-das-frutas do Mediterrâneo Ceratitis capitata (Diptera: Tephritidae) é uma praga mundial da agricultura. Uma compreensão mais profunda de sua biologia é fundamental para controlar as populações de moscas e, assim, reduzir o impacto econômico. A microinjeção de embriões é uma ferramenta fundamental que permite tanto a transformação da linha germinativa quanto os estudos genéticos reversos nesta espécie.

Entrega de Ácidos Nucleicos através de microinjeção de embriões na Worldwide Agrícola praga de insectos,<em&gt; Ceratitis capitata</em

Este protocolo descreve um fluxo de trabalho comparativo de montagem e anotação de transcriptoma de novo para bioinformáticos iniciantes. O fluxo de trabalho está disponível gratuitamente inteiramente através do CyVerse e conectado pelo Data Store. A linha de comando e as interfaces gráficas do usuário são usadas, mas todo o código necessário está disponível para copiar e colar.

Aproveitando os Recursos CyVerse para<em&gt; De Novo</em&gt; Transcriptômica Comparativa de Organismos Não Servidos (não Modelos)

Estudar canais iônicos através de um sistema heterólogo expressar tornou-se uma técnica nuclear em pesquisa biomédica. Neste texto, apresentamos um método eficiente tempo para conseguir uma expressão de canal iónico com força controlada através da realização de transfecção transiente, sob o controlo de um promotor indutível.

Controlável Expressão Ion Canal através de transfecção transiente Induzível

Galaxy e David surgiram como ferramentas populares que permitem que os investigadores sem formação bioinformática para analisar e interpretar dados de RNA-Seq. Descreve-se um protocolo para C. elegans investigadores para executar ARN-Seq experiências, o acesso e processar o conjunto de dados usando Galaxy e obter informação biológica significativa a partir das listas de genes utilizando DAVID.

Análise transcriptomic de<em&gt; C</em&gt;.<em&gt; elegans</em&gt; RNA Sequenciação de dados através da Suíte Tuxedo no Projeto Galaxy

Este artigo demonstra um protocolo detalhado para isolamento de DNA e construção de biblioteca de sequenciamento da elevado-produção de material de herbário, incluindo resgate de má qualidade excepcionalmente DNA.

Isolamento do DNA robusto e construção de biblioteca de sequenciamento de alto rendimento para espécimes de herbário

Explore a metabolômica e transcriptômica de bagas de uva Corvina para identificar assinaturas de terroir em diferentes regiões vinícolas. Este estudo utiliza análises estatísticas multivariadas para revelar padrões químicos distintos.

O Conceito Terroir Interpretado através da baga da uva Metabolomics e transcriptómica

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