Name: Spin Transferência Saturação Diferença NMR (SSTD RMN): Uma nova ferramenta obter Kinetic Parâmetros de processos químicos de câmbio (Vídeo) | JoVE Journal
Uploaded: 2016-11-12T13:00:00.000+00:00
Duration: 11 min 44 s
Description: Aprenda a usar o método SSTD NMR para obter parâmetros cinéticos de processos de troca química em moléculas orgânicas e organometálicas. Esta técnica permite medir constantes de taxa e tempos de relaxação simultaneamente.

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Cuidado: Por favor, consulte todas as folhas de dados de segurança pertinentes (MSDS) antes do uso. 1. Preparação da Amostra RMN <ol><li> Pesar 5 mg de N, N-dimetilacetamida, adicionar a um tubo de RMN adequado para baixas temperaturas e dissolver em 0,6 ml de tolueno-d 8. </li></ol> Setup 2. RMN Experimental 25 <ol><li> Aquisição Spectra NOE <ol><li> Realizar um experimento unidimensional NOE (efeito overhauser). 26 NOTA: efeitos NOE pode acontecer em qualquer temperatura. Um NOE um espectro dimensional irradiação do sinal que vai ser irradiada na experiência SSTD RMN foi registado à temperatura de -40 ° C para se certificar de que a transferência de rotação e a magnetização da amostra usado aqui foi minimizada e, portanto, o NOE, se existente, predominaria e ser medido neste experimento. Idealmente, os efeitos NOE entre os dois núcleos troca should não estar presente para evitar interferências com o método SSTD. </li></ol></li><li> SSTD RMN Setup Experimentos <ol><li> Insira a amostra no ímã por primeira ej digitação na linha do software de comando para ligar o fluxo de ar. Em seguida, coloque a amostra no topo do ímã e em seguida, digite ij. Espere até que a amostra está dentro do ímã. </li><li> Uma vez que a amostra está no ímã, tipo edte na linha de comando. Mudar a temperatura para a primeira temperatura seleccionada para realizar o experimento (295,5 K, neste caso). Deixe que a amostra de estabilizar à temperatura escolhida durante pelo menos 20 min. </li><li> Executar uma experiência 1D 1 H-RMN na amostra. <ol><li> Criar um novo conjunto de dados de um experimento 1 H-RMN. Para isso, clique em Arquivo / Novo e nomeie o novo experimento. </li><li> Digite sequencialmente e esperando o comando anterior ao fim: bloqueio, atma, topshim, getprosol e RGA. </li><li> Digite &lt;em&gt; zg para adquirir a experiência de protões. Uma vez que é terminado tipo EFP e apk a transformada de Fourier-lo e ajustar a fase. </li></ol></li><li> Criar um novo conjunto de dados de, por exemplo, um experimento 1 H RMN. Para isso, clique em Arquivo / Novo e nomeie o novo experimento. </li><li> Neste novo conjunto de dados, digite rpar na linha de comando. Escolha um dos &quot;STDDIFF&quot; conjuntos de parâmetros da lista, por exemplo STDDIFFESGP, e clique em &quot;ler&quot; e, em seguida, &quot;ler tudo&quot; (Figura 1). Como alternativa, fazer isso digitando STDDIFFESGP rpar todos. NOTA: O ensaio pode ser realizado com esta sequência de impulsos. No entanto, o programa de pulso utilizada em nosso experimento foi STDDIFF. </li><li> Para selecionar a sequência de impulsos STDDIFF, clique no botão com três pontos na linha PULPROG (Figuras 2 e 3). </li><li> Antes de realizar o experimento SSTD RMN, calibrar o 1 H 90 ° puls rígidose (p1). Para este efeito, assegurar que a amostra está no íman à temperatura desejada (Passo 2.2.2). Tipo pulsecal na linha de comando e copiar o valor do impulso de 90 ° na parte superior de alimentação (PL1 = -1 dB, neste caso), ou seja, aquela que dá o pulso curto (Figura 4). </li><li> Introduzir os valores para o pulso disco calibrado no experimento. Tipo getprosol 1H (valor para p1 obtidas no passo 2.2.7) (valor para pl1) (Figura 5). </li><li> Definir o comprimento do impulso em forma. Tipo de p13 e introduzir um valor de 50,000 ms (Figura 6). </li><li> Defina a forma de pulso seletivo. Para fazer isso, vá para o Poder e clique no botão &quot;Editar ...&quot; botão ao lado de forma (Figura 7). Ir para o pulso em forma de 13 e escolha: Gaus 1,1000 (Figura 8). </li><li> Defina o poder do pulso seletiva (SP13). Configurá-lo para algo apropriado, ou seja, </em&gt;, Neste sistema entre 40-60 dB (correspondente a uma intensidade de campo de cerca de 120 Hz) (Figura 8). Intensidades de campo excessivas pode levar a efeitos de saturação inaceitáveis. 27-29 NOTA: 50 dB foi ideal em nosso caso. Levar em conta que isto é uma escala de atenuação, de modo que o menor valor da mais elevada a energia da radiofrequência. Pois corresponde à cascata Gaussian saturação, que é aplicado por muito tempo (alguns segundos), SP13 não deve ir abaixo de 40 dB (se necessário, consulte as especificações do instrumento, como pulsos longos com alto poder poderia danificar o probehead). Na nossa experiência 41-61 dB acima da atenuação do disco 1 H 90 ° pulso (-1 dB neste trabalho) funciona bem. Tente selecionar sempre o mais alto possível atenuação levando a nível de saturação similar. </li><li> Digite ns e configurá-lo para 8 e digitar ds e configurá-lo para 4. </li></ol></li></ol> 3. Aquisição de Dados RMN umProcessamento d 25 <ol><li> Aquisição Experiment SSTD NMR <ol><li> Abra o experimento 1 H NMR realizada no passo 2.2.3 para verificar onde o sinal de que vai ser irradiado é. Para isso, busca a experiência no navegador de software, clique direito no conjunto de dados e clique em &quot;Exibir em uma nova janela&quot;. </li><li> Mover a linha de cursor para o centro do sinal para irradiar e anotar o deslocamento químico em ppm. Seleccionar a largura espectral que irá ser utilizada na experiência. NOTA: neste caso, o sinal que vai ser irradiada é de 2,17 ppm, e a largura espectral utilizada foi de 1,46 ppm. Garantir que nenhuma correção deslocamento químico é usado ou a frequência de irradiação pode ser definido incorretamente. </li><li> Ir para o experimento SSTD RMN previamente criado com a configuração mencionados na secção 2.2. </li><li> Criar uma lista com as frequências de irradiação. Para isso, digite fq2list na linha de comando e selecione uma lista existente. </li><li> Editar a listade frequências de irradiação incluindo os seguintes dados nas 3 primeiras linhas (Figura 9): Fileira 1. P (indica que os seguintes dados está em ppm); Row 2 Freqüência do sinal a ser irradiados em ppm, medido em 3.1.. 1; Fila 3,40 ppm (uma frequência que é medida a partir dos sinais 1H do composto de modo a irradiação em que a frequência não alterem o espectro). </li><li> Salvar a lista com um novo nome e, em seguida, digite fq2list na linha de comando e selecione a lista recém-criada. </li><li> Para centrar o experimento nos sinais sob estudo, e seleccione tipo o1p como o centro da experiência do desvio químico do sinal que vai ser irradiada. </li><li> Tipo SW para seleccionar a largura espectral (1,46 ppm, neste caso, mas qualquer outra largura espectral pode ser escolhido). NOTA: Se o tempo de aquisição obtido depois de mudar a largura espectral é muito longo (que irá introduzir mais ruído no espectro) que can ser ajustada digitando AQ para fornecer a resolução desejada Livre Indução de decaimento (FID) (FIDRES, 0,25 Hz, neste caso). </li><li> Escolha o valor para o InterScan D1 atraso relaxamento. Certifique-se de que ele é, pelo menos, 1 a 5 vezes o valor do T 1 do mais lento relaxante protões. NOTA: Nós configurá-lo para 40 segundos, que é o tempo de saturação mais longa (D20) no experimento. Desta forma, todos os experimentos irá manter o mesmo total &quot;por varredura&quot; de tempo (atraso + saturação tempo + impulsos + tempo de aquisição). </li><li> Digite D1 e configurá-lo para 40 seg. </li><li> Definir o primeiro valor para o tempo de saturação, digitando D20 e defini-la para 40 seg. Determine o ganho do receptor (rg) automaticamente digitando RGA. </li><li> Criar o próximo experimento, digitando iexpno. Digite D20 e selecione um tempo de saturação de 20 seg neste experimento. Digite RGA para determinar automaticamente rg. </li> &lt;li&gt; Repita o último passo para D20 = 10, 5, 2,5, 1,25, 0,625, 0,3 seg. </li><li> Uma vez que todas as experiências são criados, abra o primeiro e na linha de comando tipo multizg e especificar o número de experimentos, 8, neste caso (ou seja, multizg 8). </li></ol></li><li> Processamento Experiment SSTD NMR <ol><li> Abra o PROCNO 1 (número do processo) a partir EXPNO 1 (Número Experiment) do conjunto (aquele com o tempo de saturação superior). </li><li> Na linha de comando tipo lb e defina o valor para 1,5. NOTA: Para obter espectros com rácios muito elevados de sinal-para-ruído este valor poderia ser diminuído; Inversamente, ele poderia ser aumentada para experiências ruidosos, se a resolução espectral não é severamente afectados. </li><li> Na linha de comando tipo EFP eo processo FID # = 1 (espectro &quot;on-ressonância&quot;) em PROCNO = 2 (Figura 10). </li><li> Corrigir a fase do experimento, clicando a correção b fase interativautton e guardá-lo como uma experiência 2D. Salvar e sair (Figura 11). </li><li> Tipo rep 1 na linha de comando para ir para o PROCNO 1. </li><li> Na linha de comando tipo EFP eo processo FID # = 2 ( &quot;off-ressonância&quot; spectrum) em PROCNO = 3 (Figura 12). </li><li> No comando linha de tipo Md e depois rep 2 para mostrar uma janela de exibição múltipla com dois espectros processados: 2 (aquele com o sinal no meio saturada) e 3 (aquele em que o trem de pulsos de saturação foi aplicado a 40 ppm ) (Figura 13). </li><li> Clique no botão com o sinal delta (Figura 13) para calcular o espectro de diferença e salve-o em PROCNO 4. Saia da janela de exposição múltipla. </li><li> Seleccionar um intervalo de integração do sinal do lado esquerdo (sinal, no qual vai ser observada a transferência de saturação devido ao processo de permuta química). Sempre integrar a mesma região em PROCNO 3 e 4 PROCNO. <br/&gt; NOTA: O intervalo de integração utilizado neste experimento foi de 2,55-2,67 ppm. </li><li> Uma vez integrado, vá para a aba &quot;Integrais&quot; em cada um dos experimentos e copiar o valor de &quot;Integral [abs]&quot; (Figura 14). </li><li> Dividir o integral no PROCNO 4 pela integral em PROCNO 3. Isto é o valor de SSTD η para um tempo de saturação de 40 seg (= η SSTD rotação Saturação transferência de parâmetros Diferença). 21 </li><li> Repetir o procedimento para o restante das experiências com diferentes tempos de saturação. </li></ol></li></ol> 4. Análise de Dados 30 <ol><li> A análise dos dados para obter os parâmetros cinéticos <ol><li> Traçar os valores SSTD r | obtidos em relação ao tempo de saturação. 21 </li><li> Executar um ajuste exponencial para ajustar as curvas obtidas para a equação <img alt="equação 1" src="/files/ftp_upload/54499/54499eq1.jpg" /> <img alt = &quot;Equação 2&quot; src = &quot;/ files / ftp_upload / 54499 / 54499eq2.jpg&quot; /&gt; <img alt="equação 3" src="/files/ftp_upload/54499/54499eq3.jpg" /> = <img alt="equação 4" src="/files/ftp_upload/54499/54499eq4.jpg" /> no tempo de saturação muito longo t = tempo </li><li> Calcular os valores de η SSTD MAX e δ e usá-los para calcular os valores das constantes de velocidade (k) e tempos de relaxamento (T 1A) de acordo com as seguintes equações: <img alt="equação 5" src="/files/ftp_upload/54499/54499eq5.jpg" /> T 1A = longitudinal constante de tempo de relaxamento de rotação A k = mútua local constante de velocidade cinética de troca <ol><li> Obter a constante de velocidade cinética por: <img alt="equação 6" src="/files/ftp_upload/54499/54499eq6.jpg" /></li></ol></li></ol></li><li> Eyring Plot para obter os parâmetros termodinâmicos <ol><li> Lote ln (k / t) em função de 1 / T (T = temperatura absoluta), utilizando os valores da vacas<html> taxas de tiques a diferentes temperaturas. </li><li> Execute um ajuste linear para ajustar os dados obtidos com a equação de Eyring: <img alt="equação 7" src="/files/ftp_upload/54499/54499eq7.jpg" /> <img alt="equação 8" src="/files/ftp_upload/54499/54499eq8.jpg" /> <img alt="equação 9" src="/files/ftp_upload/54499/54499eq9.jpg" /> <img alt="equação 10" src="/files/ftp_upload/54499/54499eq10.jpg" /> R = constante de gás k B = constante de Boltzmann T = temperatura absoluta </li><li> Calcule os parâmetros termodinâmicos AH ≠ e ≠ Ds. </li><li> Calcular os valores para E A (298) e ΔG ≠ (298), utilizando as seguintes equações: <img alt="equação 11" src="/files/ftp_upload/54499/54499eq11.jpg" /> <img alt="equação 12" src="/files/ftp_upload/54499/54499eq12.jpg" /> s / ftp_upload / 54499 / 54499eq13.jpg &quot;/&gt; <img alt="equação 14" src="/files/ftp_upload/54499/54499eq14.jpg" /> </li></ol></li></ol>

<ol><li>Bain, A. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chemical+Exchange+in+NMR%5BTitle%5D)+AND+%22Prog.+Nuc.+Mag.+Res.+Spect%22%5BJournal%5D)">Chemical Exchange in NMR.</a> Prog. Nuc. Mag. Res. Spect. 43, 63-103 (2003).</li>
<li>Bain, A. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chemical+Exchange%5BTitle%5D)+AND+%22Modern+Magnetic+Resonance%22%5BJournal%5D)">Chemical Exchange.</a> Modern Magnetic Resonance. , 421-427 (2006).</li>
<li>Bain, A. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chapter+2+-+Chemical+Exchange%5BTitle%5D)+AND+%22Ann.+Rep.+NMR+Spect%22%5BJournal%5D)">Chapter 2 - Chemical Exchange.</a> Ann. Rep. NMR Spect. 63, 23-48 (2008).</li>
<li>Reeves, L., Shaddick, R., Shaw, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nuclear+Magnetic+Resonance+Studies+of+Multi-site+Chemical+Exchange.+III.+Hindered+Rotation+in+Dimethylacetamide%2C+Dimethyl+Trifluoro-acetamide%2C+and+Dimethyl+Benzamide%5BTitle%5D)+AND+%22Can.+J.+Chem%22%5BJournal%5D)">Nuclear Magnetic Resonance Studies of Multi-site Chemical Exchange. III. Hindered Rotation in Dimethylacetamide, Dimethyl Trifluoro-acetamide, and Dimethyl Benzamide.</a> Can. J. Chem. 49, 3683-3691 (1971).</li>
<li>Drakenberg, T., Dahlqvist, K., Forsen, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Barrier+to+Internal+Rotation+in+Amides.+IV.+N%2CN-Dimethylamides.+Substituent+and+Solvent+Effects%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Phys.+Chem%22%5BJournal%5D)">Barrier to Internal Rotation in Amides. IV. N,N-Dimethylamides. Substituent and Solvent Effects.</a> J. Phys. Chem. 76, 2178-2183 (1972).</li>
<li>Fujiwara, F., Airoldi, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Carbon-13+NMR+Study+of+the+Barrier+to+Internal+Rotation+of+N%2CN-Dimethylacetamide+in+the+Adduct+with+Antimony%28III%29+Chloride%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Phys.+Chem%22%5BJournal%5D)">Carbon-13 NMR Study of the Barrier to Internal Rotation of N,N-Dimethylacetamide in the Adduct with Antimony(III) Chloride.</a> J. Phys. Chem. 88, 1640-1642 (1984).</li>
<li>Gutowsky, H. S., Holm, C. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rate+Processes+and+Nuclear+Magnetic+Resonance+Spectra.+II.+Hindered+Internal+Rotation+of+Amides%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Chem.+Phys%22%5BJournal%5D)">Rate Processes and Nuclear Magnetic Resonance Spectra. II. Hindered Internal Rotation of Amides.</a> J. Chem. Phys. 25, 1228-1234 (1956).</li>
<li>Forsen, S., Hoffman, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+New+Method+for+the+Study+of+Moderately+Rapid+Chemical+Exchange+Rates+Employing+Nuclear+Magnetic+Double+Resonance%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Chem.+Scand%22%5BJournal%5D)">A New Method for the Study of Moderately Rapid Chemical Exchange Rates Employing Nuclear Magnetic Double Resonance.</a> Acta Chem. Scand. 17, 1787-1788 (1963).</li>
<li>Forsen, S., Hoffman, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Study+of+Moderately+Rapid+Chemical+Exchange+Reactions+by+Means+of+Nuclear+Magnetic+Double+Resonance%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Chem.+Phys%22%5BJournal%5D)">Study of Moderately Rapid Chemical Exchange Reactions by Means of Nuclear Magnetic Double Resonance.</a> J. Chem. Phys. 39, 2892-2901 (1963).</li>
<li>Williams, T. J., Kershaw, A. D., Li, V., Wu, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+Inversion+Recovery+NMR+Kinetics+Experiment%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Chem.+Educ%22%5BJournal%5D)">An Inversion Recovery NMR Kinetics Experiment.</a> J. Chem. Educ. 88, 665-669 (2011).</li>
<li>Bain, A. D., Cramer, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Slow+Chemical+Exchange+in+an+Eight-Coordinated+Bicentered+Ruthenium+Complex+Studied+by+One-Dimensional+Methods.+Data+Fitting+and+Error+Analysis%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Magn.+Res.%2C+Series+A%22%5BJournal%5D)">Slow Chemical Exchange in an Eight-Coordinated Bicentered Ruthenium Complex Studied by One-Dimensional Methods. Data Fitting and Error Analysis.</a> J. Magn. Res., Series A. 118, 21-27 (1996).</li>
<li>Sandstrom, J. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aSandstrom%2C+J+%22Dynamic+NMR+Spectroscopy%22">Dynamic NMR Spectroscopy</a>. , Academic. New York. ISBN: 0126186200 9780126186208 (1982).</li>
<li>Castanar, L., Nolis, P., Virgili, A., Parella, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Measurement+of+T1%2FT2+Relaxation+Times+in+Overlapped+Regions+from+Homodecoupled+1H+Singlet+Signals%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Magn.+Reson%22%5BJournal%5D)">Measurement of T1/T2 Relaxation Times in Overlapped Regions from Homodecoupled 1H Singlet Signals.</a> J. Magn. Reson. 244, 30-35 (2014).</li>
<li>Muñoz, M. P., de la Torre, M. C., Sierra, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((New+Platinum-Catalysed+Dihydroalkoxylation+of+Allenes%5BTitle%5D)+AND+%22Adv.+Synth.+Catal%22%5BJournal%5D)">New Platinum-Catalysed Dihydroalkoxylation of Allenes.</a> Adv. Synth. Catal. 352, 2189-2194 (2010).</li>
<li>Muñoz, M. P., de la Torre, M. C., Sierra, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Platinum-Catalysed+Bisindolylation+of+Allenes%3A+A+Complementary+Alternative+to+Gold+Catalysis%5BTitle%5D)+AND+%22Chem.+Eur.+J%22%5BJournal%5D)">Platinum-Catalysed Bisindolylation of Allenes: A Complementary Alternative to Gold Catalysis.</a> Chem. Eur. J. 18, 4499-4504 (2012).</li>
<li>Hurtado-Rodrigo, C., Hoehne, S., Muñoz, M. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+New+Gold-Catalysed+Azidation+of+Allenes%5BTitle%5D)+AND+%22Chem.+Comm%22%5BJournal%5D)">A New Gold-Catalysed Azidation of Allenes.</a> Chem. Comm. 50, 1494-1496 (2014).</li>
<li>Vrieze, K., Volger, H. C., Gronert, M., Praat, A. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Intramolecular+Rearrangements+in+Platinum--Tetramethylallene+Compounds+as+Influenced+by+Ligands+Trans+to+the+Allene+Group%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Organometal.+Chem%22%5BJournal%5D)">Intramolecular Rearrangements in Platinum--Tetramethylallene Compounds as Influenced by Ligands Trans to the Allene Group.</a> J. Organometal. Chem. 16, 19-22 (1969).</li>
<li>Vrieze, K., Volger, H. C., Praat, A. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Complexes+of+Allenes+with+Platinum+%28II%29+and+Rhodium+%28I%29%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Organometal.+Chem%22%5BJournal%5D)">Complexes of Allenes with Platinum (II) and Rhodium (I).</a> J. Organometal. Chem. 21, 467-475 (1970).</li>
<li>Brown, T. J., Sugie, A., Leed, M. G. D., Widenhoefer, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structures+and+Dynamic+Solution+Behavior+of+Cationic%2C+Two-Coordinate+Gold%28I%29-%CF%80-Allene+Complexes%5BTitle%5D)+AND+%22Chem.+Eur.+J%22%5BJournal%5D)">Structures and Dynamic Solution Behavior of Cationic, Two-Coordinate Gold(I)-π-Allene Complexes.</a> Chem. Eur. J. 18, 6959-6971 (2012).</li>
<li>Yang, W., Hashmi, S. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mechanistic+Insights+into+the+Gold+Chemistry+of+Allenes%5BTitle%5D)+AND+%22Chem.+Soc.+Rev%22%5BJournal%5D)">Mechanistic Insights into the Gold Chemistry of Allenes.</a> Chem. Soc. Rev. 43, 2941-2955 (2014).</li>
<li>Quiros, M. T., Angulo, J., Munoz, M. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Kinetics+of+Intramolecular+Chemical+Exchange+by+Initial+Growth+Rates+of+Spin+Saturation+Transfer+Difference+Experiments+%28SSTD+NMR%29%5BTitle%5D)+AND+%22Chem.+Commun%22%5BJournal%5D)">Kinetics of Intramolecular Chemical Exchange by Initial Growth Rates of Spin Saturation Transfer Difference Experiments (SSTD NMR).</a> Chem. Commun. 51, 10222-10225 (2015).</li>
<li>Mayer, M., Meyer, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Characterization+of+Ligand+Binding+by+Saturation+Transfer+Difference+NMR+Spectroscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Ang.+Chem.+Int.+Ed%22%5BJournal%5D)">Characterization of Ligand Binding by Saturation Transfer Difference NMR Spectroscopy.</a> Ang. Chem. Int. Ed. 38, 1784-1788 (1999).</li>
<li>Angulo, J., Nieto, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((STD-NMR%3A+Application+to+Transient+Interactions+Between+Biomolecules+-+A+Quantitative+Approach%5BTitle%5D)+AND+%22Eur.+Biophys.+J%22%5BJournal%5D)">STD-NMR: Application to Transient Interactions Between Biomolecules - A Quantitative Approach.</a> Eur. Biophys. J. 40, 1357-1369 (2011).</li>
<li>Kemper, S., Patel, M. K., Errey, J. C., Davis, B. G., Jones, J. A., Claridge, T. D. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Group+Epitope+Mapping+Considering+Relaxation+of+the+Ligand+%28GEM-CRL%29%3A+Including+Longitudinal+Relaxation+Rates+in+the+Analysis+of+Saturation+Transfer+Difference+%28STD%29+Experiments%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Magn.+Reson%22%5BJournal%5D)">Group Epitope Mapping Considering Relaxation of the Ligand (GEM-CRL): Including Longitudinal Relaxation Rates in the Analysis of Saturation Transfer Difference (STD) Experiments.</a> J. Magn. Reson. 203, 1-10 (2010).</li>
<li>TopSpin program. , Bruker Corp. Available from: 
 <a target="_blank" href="http://www.bruker.com/products/mr/nmr/nmr-software/software/topspin/">http://www.bruker.com/products/mr/nmr/nmr-software/software/topspin/</a> (2015).</li>
<li>Berger, S., Braun, S. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aBerger%2C+S+%22200+and+More+NMR+Experiments%3A+A+Practical+Course%22">200 and More NMR Experiments: A Practical Course</a>. , Wiley. ISBN. ISBN: 978-3-527-31067-8 (2004).</li>
<li>Cutting, B., Shelke, S. V., Dragic, Z., Wagner, B., Gathje, H., Kelm, S., Ernst, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sensitivity+Enhancement+in+Saturation+Transfer+Difference+%28STD%29+Experiments+Through+Optimized+Excitation+Schemes%5BTitle%5D)+AND+%22Magn+Reson+Chem%22%5BJournal%5D)">Sensitivity Enhancement in Saturation Transfer Difference (STD) Experiments Through Optimized Excitation Schemes.</a> Magn Reson Chem. 45, 720-724 (2007).</li>
<li>Ley, N. B., Rowe, M. L., Williamson, R. A., Howard, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Optimising+Selective+Excitation+Pulses+To+Maximize+Saturation+Transfer+Difference+NMR+Spectroscopy%5BTitle%5D)+AND+%22RSC+Adv%22%5BJournal%5D)">Optimising Selective Excitation Pulses To Maximize Saturation Transfer Difference NMR Spectroscopy.</a> RSC Adv. 4, 7347-7351 (2014).</li>
<li>Antanasijevic, A., Ramirez, B., Caffrey, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparison+of+the+Sensitivities+of+WaterLOGSY+and+Saturation+Transfer+Difference+NMR+Experiments%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Biomol.+NMR%22%5BJournal%5D)">Comparison of the Sensitivities of WaterLOGSY and Saturation Transfer Difference NMR Experiments.</a> J. Biomol. NMR. 60 (1), 37-44 (2014).</li>
<li>Origin 6.0 software. , OriginLab Corp. Available from: 
 <a target="_blank" href="http://originlab.com">http://originlab.com</a> (2016).</li>
<li>Jarek, R. L., Flesher, R. J., Shin, S. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Kinetics+of+Internal+Rotation+of+N%2CN-Dimethylacetamide%3A+A+Spin-Saturation+Transfer+Experiment%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Chem.+Ed%22%5BJournal%5D)">Kinetics of Internal Rotation of N,N-Dimethylacetamide: A Spin-Saturation Transfer Experiment.</a> J. Chem. Ed. 74, 978-982 (1997).</li>
<li>Forsen, S., Hoffman, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exchange+Rates+by+Nuclear+Magnetic+Multiple+Resonance.+III.+Exchange+Reactions+in+Systems+with+Several+Nonequivalent+Sites%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Chem.+Phys%22%5BJournal%5D)">Exchange Rates by Nuclear Magnetic Multiple Resonance. III. Exchange Reactions in Systems with Several Nonequivalent Sites.</a> J. Chem. Phys. 40, 1189-1196 (1964).</li>
</ol>

Os autores declaram que não têm interesses financeiros concorrentes.

Uma das vantagens mais óbvias dessa metodologia é que as constantes de taxa e o tempo de relaxamento para uma determinada temperatura podem ser obtidos com um único conjunto de experimentos, com uma sequência de pulso robusta (a mesma usada para experimentos de DST para estudar interações proteína-ligante, que normalmente é encontrada no conjunto de experimentos disponíveis do fabricante do espectrômetro). Isso simplifica a configuração experimental, pois não há necessidade de medir T1 ou atingir a saturação em estado estacionário. Além disso, é notável que este método não depende da força do ímã, como os métodos de coalescência. Por outro lado, a principal limitação é que esta técnica não pode ser aplicada a processos de troca química muito rápidos ou muito lentos, o que dependeria da faixa de temperatura da máquina de RMN ou dos solventes utilizados.
Esta nova técnica para o cálculo de parâmetros cinéticos pode ser aplicada a uma grande variedade de substratos e sua aplicabilidade já foi demonstrada com algumas moléculas interessantes. 21 Os parâmetros cinéticos do 4-N,N-dimetilamido[2.2]paraciclofano, um substrato desafiador no qual o sinal de um dos grupos metil de interesse se sobrepõe a outros sinais da molécula, foram calculados com sucesso usando SSTD NMR. Curiosamente, essa metodologia pode ser aplicada desde que um dos sinais de estudo seja isolado. SSTD NMR também é um protocolo útil para o cálculo de parâmetros cinéticos em moléculas nas quais a temperatura de coalescência é tão alta que a molécula se decompõe antes de atingi-la. É o caso do PtCl2(dimetilallene)(piridina), no qual a metodologia foi aplicada com sucesso sem a necessidade de atingir coalescência. A escolha de solventes e temperaturas é fundamental para a obtenção de bons resultados, uma vez que as taxas de troca química podem variar significativamente com esses parâmetros. Além disso, além dos critérios em um experimento de RMN normal, as principais etapas em um experimento de RMN SSTD são a seletividade da irradiação, bem como o controle de temperatura. Ambos os fatores devem ser precisos para garantir o sucesso do experimento.
Os resultados representativos aqui apresentados são para a cinética de troca química intramolecular, mas a técnica também pode ser aplicada para estudar a cinética de troca química intermolecular e também de troca de ligantes, processos comuns no comportamento dinâmico de complexos de metais de transição. 
Finalmente, desde que seja feita uma modificação adequada das equações,32 esse método poderia ser estendido para lidar com trocas multi-locais e populações desiguais, como foi feito em experimentos anteriores de ressonância dupla,8-9 aumentando a utilidade dessa técnica para o estudo de processos de troca química em compostos desafiadores.

permuta química geralmente refere-se a qualquer processo intermolecular ou intramolecular, em que um núcleo se move a partir de um ambiente para outro, em que os seus parâmetros de RMN (de desvio quimico, acoplamento escalar, acoplamento dipolar, taxa de relaxação) diferem. Existem numerosos exemplos de permuta química de moléculas orgânicas e organometálicas (por exemplo, barreiras rotativas, biarilos em barreiras lançando anel e equilíbrio conformacional, inversão de azoto, a ligação do ligando, de permuta de ligandos degenerada e tautomerização). 03/01 A taxa de troca química está relacionada com a termodinâmica da barreira do processo de troca e, portanto, seu estudo é de importância crucial para entender a dinâmica molecular desses sistemas. O sinal clássico de troca dinâmica em NMR é uma mudança dramática na linha-forma dos sinais de RMN como as mudanças de temperatura. A baixas temperaturas, o processo é lento e dois desvios químicos são distintos observed. A altas temperaturas, os dois sinais de fundir-se um sinal, que é conhecido como &quot;coalescência&quot;. A temperaturas intermédias, os sinais de tornar-se muito amplo. Esta sensibilidade do espectro de RMN de permuta química torna RMN um método muito eficiente para estudar a dinâmica de moléculas em solução. Dois métodos têm sido utilizados principalmente no estudo de processos dinâmicos em solução:. Análise linha forma, 4-7 e saturação de spin experiências de transferência 8-9 Além disso, também vale a pena mencionar o método 10 eo CIFIT programa de transferência de inversão 11 para a extração direta de constantes de velocidade, que são uma abordagem relativamente eficiente para medições de câmbio em sistemas simples. Embora estes métodos dão muito bons resultados na maioria dos casos, que, no entanto, têm uma série de inconvenientes. A principal desvantagem da análise line-forma é as altas temperaturas necessárias para atingir a coalescência em algumas amostras. 12 As principais questões a considerar quando se carrying a rotação experiências de transferência de saturação são: os longos tempos de saturação necessários para atingir a constante de transferência de saturação de estado entre os locais de troca, e a necessidade de determinar a longitudinal tempo de relaxamento constante, t 1, o qual pode ser difícil, se não existe sobreposição dos diferentes sinais na região de estudo 13. Como parte das nossas investigações nos mecanismos organometálicos, 14-16 nosso grupo está a estudar o comportamento fluxional de complexos de platina-Allène em solução. Esta é uma tarefa complexa que envolve, pelo menos, três processos diferentes, sendo um deles a troca π-face ou rotação do metal em torno de um eixo das aleno. Encontramos que as experiências de VT e técnicas de análise de linha-forma que têm sido empregadas antes em sistemas similares normal, 17-19 não eram adequadas em nosso estudo, devido a uma rotação muito lenta no nosso complexo de platina-allene que fez a temperatura de coalescência do signais de juro superior à temperatura de decomposição do complexo. A fim de superar esta limitação, desenvolvemos e informou recentemente um novo protocolo NMR (SSTD RMN) para estudar processos de mútua local de permuta química. 20 Como o nome sugere este método combina o método de rotação Saturação Transferência usado para pequenas moléculas, com a transferência de saturação Diferença método NMR empregada para o estudo das interações proteína-ligante, 21-24 medindo transitória rotação de transferência de saturação ao longo aumentando os tempos de saturação (build-up curvas) em pequenas moléculas submetidas a permuta química. Com este novo método (SSTD RMN) que têm mostrado que se pode obter os parâmetros cinéticos de permuta química intramolecular em pequenas moléculas orgânicas e organometálicas com algumas vantagens adicionais em relação às abordagens tradicionais: não é necessária a coalescência dos sinais, de modo que uma gama de temperatura mais flexível pode ser usadono estudo; sinal de sobreposição não interfere, embora pelo menos uma das ressonâncias troca deve ser isolado; não há necessidade de medir a T 1 ou atingir a saturação em estado estacionário; os valores das constantes de velocidade são medidos directamente e os valores de t 1 são obtidos na mesma experiência, utilizando apenas um conjunto de experiências. Outra vantagem notável da metodologia SSTD RMN é que, em contraste com LineShape análise, a determinação das constantes de velocidade cinética não é limitado pelo aumento da temperatura de coalescência associados com elevados campos magnéticos. Assim, nossa metodologia é, então, muito bem apropriado para ambos os campos magnéticos de baixa e alta. Este artigo destina-se a ajudar os novos usuários aplicar este novo método para seus próprios sistemas passando por permuta química, e descreve a preparação da amostra, arranjo experimental, aquisição de dados, e um exemplo de processamento e análise de dados em uma molécula orgânica simples.

<table><tbody><tr><td>N,N-dimetilacetamida</td><td>Aldrich</td><td>38840</td><td>Toxicidade aguda</td></tr><tr><td>Tolueno-d8</td><td>Fluorochem</td><td>D-005</td><td>Inflamável e tóxico</td></tr><tr><td>500 MHz 7" Tubos NMR Série Select</td><td>GPE LTD</td><td>S-5-500-7</td><td></td></tr><tr><td>TopSpin 2.1</td><td>Programa TopSpin, Bruker Corp., http://www.bruker.com/products/mr/nmr/nmr-software/software/topspin/ (2015).</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Origem 6.0</td><td>Software Origem 6.0, OriginLab Corp., http://originlab.com.</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Bruker Avance III 500 MHz equipado com sonda SmartProbeTM BBFOplus Z-gradient observada de banda larga de 5 mm</td><td>&nbsp; Bruker Corp., http://www.bruker.com</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Espectrômetro de RMN de Ressonância Tripla Inversa Bruker Avance I 500 MHz equipado com uma sonda TXI Z-gradient de 5 mm</td><td>&nbsp; Bruker Corp., http://www.bruker.com</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Spinner de Cerâmica sistemas de calços de furo padrão (5 mm)</td><td>&nbsp; Bruker Corp., http://www.bruker.com</td><td>H00804</td><td></td></tr></tbody></table>

spin transferência saturação diferença nmr (sstd rmn): uma nova ferramenta obter kinetic parâmetros de processos químicos de câmbio

Spin Saturation Transfer Difference NMR (SSTD NMR): A New Tool to Obtain Kinetic Parameters of Chemical Exchange Processes

Este protocolo detalhado descreve a nova transferência de spin Saturação Diferença Nuclear Magnetic Resonance protocolo (SSTD RMN), recentemente desenvolvido no nosso grupo para estudar processos de mútuo local de permuta química que são difíceis de analisar por métodos tradicionais. Tal como o nome sugere, este método combina o método da rotação Saturação de transferência utilizadas para as moléculas pequenas, com a transferência de saturação Diferença método (DST) RMN empregue para o estudo de interacções proteína-ligando, medindo a transferência de saturação rotação transiente juntamente aumentando os tempos de saturação (compilação curvas -up) em pequenas moléculas orgânicas e organometálicas submetidos a permuta química. As vantagens deste método em relação às existentes são: não há necessidade de se chegar a coalescência dos sinais de troca; o método pode ser aplicado enquanto um sinal dos locais de troca é isolado; não há necessidade de medir a T 1 ou atingir a saturação em estado estacionário; va constante de velocidadelores são medidos directamente, e os valores de t 1 são obtidos na mesma experiência, utilizando apenas um conjunto de experiências. Para testar o método, estudamos a dinâmica da rotação impedida de -dimethylamides N, N, para a qual está disponível a quantidade de dados para comparação. Os parâmetros termodinâmicos obtidos utilizando SSTD são muito semelhantes aos reportados (técnicas de transferência de spin-de saturação e de análise de linha-forma). O método pode ser aplicado a substratos mais difíceis que não podem ser estudadas através de métodos anteriores. Prevemos que o experimental simples configurar e a ampla aplicabilidade do método para uma grande variedade de substratos vai fazer isso uma técnica comum entre os químicos orgânicos e organometálicos sem extensa experiência em RMN.

A técnica SSTD RMN foi aplicado para o cálculo dos parâmetros cinéticos na rotação da ligação amida de N, N-dimetilacetamida. 21 Este é um exemplo simples, para o qual os dados extensos para comparação pode ser encontrada na literatura 31. A rotação impedida em torno da ligação amida, devido ao carácter ligação dupla parcial sob a forma de ressonância, difere os dois grupos metilo em dois sinais no 1 H-RMN Os espectros (2,61 e 2,17 ppm a 22,5 ° C). Rotação saturação do sinal do grupo metilo a 2,17 ppm (Me B) conduz ao desaparecimento do seu sinal no RMN de 1H. Após a saturação de me B, transferência de saturação para o outro grupo metilo (Me A), devido ao processo de rotação interna pode ser observado por uma diminuição na intensidade de um H no sinal a 2,61 ppm. o magnitude diminuição do presente vai depender do tempo de saturação. A Figura 15 mostra o espectro de 1 H RMN do N-dimetilacetamida, N a 22,5 ° C, e as expansões mostram os espectros sem (a) e com (b) a saturação da metílico grupo a 2,17 ppm, assim como o espectro de diferença (C), utilizado para calcular os valores de SSTD η. O factor η SSTD é calculado dividindo o valor da integral de me uma no espectro de RMN SSTD (c) pelo valor do integral do Me Um espectros em (a), como explicado no protocolo. Os valores obtidos de SSTD η para cada tempo de saturação em diferentes temperaturas estão reunidos na Tabela 1. A trama dos valores obtidos de SSTD η em relação ao tempo de saturação deu curvas exponenciais em que um platô foi alcançado em momentos de saturação mais elevados. Para uma determinada temperatura, o ajuste exponencial da curva permite o cálculo da taxaconstante (k) e o tempo de relaxação do 1 H do sinal medido (t 1A) (Figura 16). A Figura 17 mostra todas as curvas obtidas, juntamente com a K e T 1A valores obtidos nos ajustes. Finalmente, a representação gráfica de ln (k / t) em função de 1 / T e o ajuste para a equação de Eyring (Figura 18) foram utilizados para calcular a entalpia e entropia de activação. Os parâmetros de activação determinados são apresentados na Tabela 2, juntamente com os parâmetros previamente reportados, calculados usando diferentes metodologias. Como pode ser observado na Tabela 2, os valores dos parâmetros de activação obtidas com a técnica de transferência da rotação Saturação Diferença (SSTD RMN) estão em concordância excelente com os dados relatados anteriormente usando outras técnicas, tais como a SST ou RMNanálise da forma de linha. A vasta gama de valores reportados para Ds ‡ é devido à dificuldade na medição deste parâmetro com técnicas de RMN. 31 Tal como para o resto dos parâmetros de activação, os valores obtidos com o nosso método não só são realmente semelhantes aos já relatados mas também mais exacto, uma vez que os erros (SD) são menores em todos os casos. <img alt="figura 1" src="/files/ftp_upload/54499/54499fig1.jpg" /> Figura 1: Lista de experiências depois de digitar rpar. A figura mostra os diferentes conjuntos de parâmetros entre os quais STDDIFFESGP devem ser selecionados. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54499/54499fig1large.jpg" target="_blank">Por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.</a> <img alt="Figura 2" src="/files/ftp_upload/54499/54499fig2.jpg" /><br/&gt; Figura 2:.. Parâmetros de aquisição O botão destacado em um quadrado vermelho leva a uma lista de diferentes programas de pulso <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54499/54499fig2large.jpg" target="_blank">Por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.</a> <img alt="Figura 3" src="/files/ftp_upload/54499/54499fig3.jpg" /> Figura 3:.. Lista de programas de pulso A figura mostra o programa de pulso selecionada no experimento (STDDIFF) <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54499/54499fig3large.jpg" target="_blank">Por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.</a> <img alt="Figura 4" src="/files/ftp_upload/54499/54499fig4.jpg" /> Figura 4: Pop-up janela apareceu após a calibração 90 ° pulso A figura mostra os valores da calibrada 90 &amp;.<html> # 176; pulso em diferentes níveis de potência. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54499/54499fig4large.jpg" target="_blank">Por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.</a> <img alt="Figura 5" src="/files/ftp_upload/54499/54499fig5.jpg" /> Figura 5:.. Imagem da linha de comando A figura mostra como introduzir o valor para o pulso dura calibrado <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54499/54499fig5large.jpg" target="_blank">Por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.</a> <img alt="Figura 6" src="/files/ftp_upload/54499/54499fig6.jpg" /> Figura 6:. Valor para o comprimento do impulso em forma de A figura mostra como introduzir o valor para o comprimento do impulso em forma.<html> g6large.jpg &quot;target =&quot; _ blank &quot;&gt; Clique aqui para ver uma versão maior desta figura. <img alt="Figura 7" src="/files/ftp_upload/54499/54499fig7.jpg" /> Figura 7:.. Parâmetros de aquisição A figura mostra os parâmetros de potência <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54499/54499fig7large.jpg" target="_blank">Por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.</a> <img alt="Figura 8" src="/files/ftp_upload/54499/54499fig8.jpg" /> Figura 8:. Parâmetros para o pulso em forma Os valores para o pulso em forma será introduzido na linha 13. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54499/54499fig8large.jpg" target="_blank">Por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.</a> <html> pload / 54499 / 54499fig9.jpg &quot;/&gt; . Figura 9: Lista de frequências de irradiação O número inclui os seguintes dados nas 3 primeiras linhas: Linha 1. P (indica que os seguintes dados está em ppm); Row 2 Freqüência do sinal a ser irradiados em ppm, medida. em 3.1.1; Row 3,40 ppm (uma frequência que está longe de ser os sinais H 1 do composto de modo a irradiação em que a freqüência não afeta o espectro). <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54499/54499fig9large.jpg" target="_blank">Por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.</a> <img alt="Figura 10" src="/files/ftp_upload/54499/54499fig10.jpg" /> Figura 10:. Processamento do primeiro FID A figura mostra a janela pop-up que aparece depois de digitar efp.<html> nk &quot;&gt; Por favor, clique aqui para ver uma versão maior desta figura. <img alt="Figura 11" src="/files/ftp_upload/54499/54499fig11.jpg" /> Figura 11:.. Correção de fase Captura de tela mostrando a janela para a correção de fase Manual <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54499/54499fig11large.jpg" target="_blank">Por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.</a> <img alt="Figura 12" src="/files/ftp_upload/54499/54499fig12.jpg" /> Figura 12:. Processamento do segundo FID A figura mostra a janela pop-up que aparece depois de digitar efp. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54499/54499fig12large.jpg" target="_blank">Por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.</a> Figura 13 &quot;src =&quot; / files / ftp_upload / 54499 / 54499fig13.jpg &quot;/&gt; Figura 13: tela múltipla de espectros 2 e 3. O botão destacado em um quadrado vermelho é o único a calcular o espectro de diferença. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54499/54499fig13large.jpg" target="_blank">Por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.</a> <img alt="Figura 14" src="/files/ftp_upload/54499/54499fig14.jpg" /> Figura 14:.. Guia Integrais A figura mostra os valores dos integrais absolutos e relativos <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54499/54499fig14large.jpg" target="_blank">Por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.</a> <img alt="Figura 15" src="/files/ftp_upload/54499/54499fig15.jpg" /> Figura 15: Estrutura e 1 </stron<html> g&gt; H RMN Os espectros de N, N-dimetilacetamida a 22,5 ° C em tolueno-d 8. (a) RMN de 1H expansão da região 2,13-2,66 ppm antes da irradiação. (B) expansão da mesma região após a irradiação do grupo metilo a 2,17 ppm. (C) espectro de diferença [(a) - (b)]. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54499/54499fig15large.jpg" target="_blank">Por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.</a> <img alt="Figura 16" src="/files/ftp_upload/54499/54499fig16.jpg" /> Figura 16: Exemplo do enredo da SSTD η e seu ajuste exponencial a 278 K. Reproduzido a partir da informação de suporte de referência 21 com permissão da Royal Society of Chemistry.http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54499/54499fig16large.jpg &quot;target =&quot; _ blank &quot;&gt; Clique aqui para ver uma versão maior desta figura. <img alt="Figura 17" src="/files/ftp_upload/54499/54499fig17.jpg" /> Figura 17: A parcela de η SSTD vs. tempo de saturação em diferentes temperaturas. A figura mostra o gráfico de N, N-dimetilacetamida e a tabela com as constantes taxas obtidas e tempos de relaxação. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54499/54499fig17large.jpg" target="_blank">Por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.</a> <img alt="Figura 18" src="/files/ftp_upload/54499/54499fig18.jpg" /> Figura 18:. Trama Eyring A figura mostra o gráfico de N, N-dimetilacetamida. <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54499/54499fig18large.jpg" target="_blank">Por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.</a> <table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody><tr><td rowspan="2"> t sentou (seg) </td><td> η SSTD </td><td> η SSTD </td><td> η SSTD </td><td> η SSTD </td><td> η SSTD </td><td> η SSTD </td><td> η SSTD </td></tr><tr><td> (T = 278 K) </td><td> (T = 283 K) </td><td> (T = 285,5 K) </td><td> (T = 288 K) </td><td> (T = 290,5 K) </td><td> (T = 293 K) </td><td> (T = 295,5 K) </td></tr><tr><td> 40 </td><td> 0,2526 </td><td> 0,3957 </td><td> 0,4671 </td><td> 0,5461 </td><td> 0,626 </td><td> 0,6969 </td><td> 0,7535 </td></tr><tr><td> 20 </td><td> 0,2526 </td><td> 0,3957 </td><td> 0,4671 </td><td> 0,5461 </td><td> 0,626 </td><td> 0,6969 </td><td> 0,7535 </td></tr><tr><td> 10 </td><td> 0,2383 </td><td> 0,3806 </td><td> 0,4537 </td><td> 0,5355 </td><td> 0,6199 </td><td> 0,6969 </td><td> 0,7535 </td></tr><tr><td> 5 </td><td> 0,1904 </td><td> 0,3193 </td><td> 0,3919 </td><td> 0,481 </td><td> 0,5734 </td><td> 0,6638 </td><td> 0,7318 </td></tr><tr><td> 2.5 </td><td> 0,1263 </td><td> 0,2204 </td><td> 0,2812 </td><td> 0,3589 </td><td> 0,4449 </td><td> 0,5461 </td><td> 0,626 </td></tr><tr><td> 1,25 </td><td> 0,0761 </td><td> 0,1353 </td><td> 0,171 </td><td> 0,2247 </td><td> 0,2868 </td><td> 0,3732 </td> &lt;td&gt; 0,4449 </td></tr><tr><td> 0,625 </td><td> 0,0467 </td><td> 0,0739 </td><td> 0,099 </td><td> 0,1327 </td><td> 0,171 </td><td> 0,2291 </td><td> 0,2758 </td></tr><tr><td> 0,3 </td><td> 0.0238 </td><td> 0,044 </td><td> 0,0472 </td><td> 0,0644 </td><td> 0,0847 </td><td> 0,1169 </td><td> 0,1463 </td></tr></tbody></table> Tabela 1:. Valores de SSTD η A tabela mostra os valores obtidos a diferentes tempos de saturação para a N, N- dimetilacetamida na gama de temperaturas 278-295.5 K. <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="585"><colgroup><col /><col span="5" /></colgroup><tbody><tr height="34"><td height="34" style="height:34px;width:145px;"> Método </td><td style="width:88px;"> SSTD NMR </td><td rowspan="2" style="width:88px;"> SST RMN 31 </<html> td&gt; <td style="width:88px;"> Análise de linha-forma </td><td style="width:88px;"> Análise de linha-forma </td><td style="width:88px;"> Análise de linha-forma </td></tr><tr height="22"><td height="22" style="height:22px;width:145px;"> Parâmetro </td><td style="width:88px;"> (Este trabalho) </td><td style="width:88px;"> (1H RMN) 4 </td><td style="width:88px;"> (1H RMN) 5 </td><td style="width:88px;"> (13 C RMN) 6 </td></tr><tr height="21"><td height="21" style="height:21px;width:145px;"> E um (KJ mol -1) 298 </td><td style="width:88px;"> 79,7 ± 0,1 </td><td style="width:88px;"> 73,1 ± 1,4 </td><td style="width:88px;"> 70,5 ± 1,7 </td><td style="width:88px;"> 82,0 ± 1,3 </td><td style="width:88px;"> 79,5 ± 0,4 </td></tr><tr height="21">21px; width: 145px; &quot;&gt; AH ‡ (KJ mol -1) </td><td style="width:88px;"> 77,2 ± 0,1 </td><td style="width:88px;"> 70,6 ± 1,4 </td><td style="width:88px;"> 68 </td><td style="width:88px;"> 79,5 ± 0,4 </td><td style="width:88px;"> 76,6 ± 0,4 </td></tr><tr height="21"><td height="21" style="height:21px;width:145px;"> Ds ‡ (J K -1 mol -1) </td><td style="width:88px;"> 11,5 ± 0,4 </td><td style="width:88px;"> -10.5 ± 5.0 </td><td style="width:88px;"> -15,0 ± 5.1 </td><td style="width:88px;"> 13 ± 8 </td><td style="width:88px;"> 3 ± 4 </td></tr><tr height="21"><td height="21" style="height:21px;width:145px;"> ΔG ‡ 298 (kJ mol -1) </td><td style="width:88px;"> 73,8 ± 0,1 </td><td style="width:88px;"> 73,7 ± 2,0 </td><td style="width:88px;"> 72.5 </td><td style="width:88px;"> 75,3 ± 0,4 </td><td style="width:88px;"> 75,7 ± 0,4 </td></tr><tr height="21"><td height="21" style="height:21px;width:145px;"> Solvente </td><td style="width:88px;"> Tol- d 8 </td><td style="width:88px;"> Tol- d 8 </td><td style="width:88px;"> CCl4 </td><td style="width:88px;"> Acetona-d 6 </td><td style="width:88px;"> puro </td></tr></tbody></table> Tabela 2:. Parâmetros de Activação A tabela mostra os parâmetros de activação para a rotação interna de N, N-dimetilacetamida obtida pelo método SSTD RMN comparados com os mesmos parâmetros obtidos usando os diferentes métodos de RMN para análise 4,5,6 Erros nesta tabela. referem-se a erros de desvio padrão (SD). (Reproduzido de referência 21 com permissão da Royal Society de Química).

Um protocolo detalhado descrevendo o método SSTD NMR é apresentado aqui para ajudar novos usuários a aplicar este novo método para obter os parâmetros cinéticos de seus próprios sistemas submetidos a troca química.

Spin Transferência Saturação Diferença NMR (SSTD RMN): Uma nova ferramenta obter Kinetic Parâmetros de processos químicos de câmbio

This detailed protocol describes the new Spin Saturation Transfer Difference Nuclear Magnetic Resonance protocol (SSTD NMR), recently developed in our ...

O objetivo geral deste experimento é obter os parâmetros cinéticos e os processos de troca química mútua em moléculas orgânicas e organometálicas pequenas que são difíceis de medir por métodos tradicionais. Este método pode ajudar a compreender a dinâmica molecular de moléculas orgânicas e organometálicas que passam por troca química. Por exemplo, variação rotacional, equilíbrio conformacional, inversão de nitrogênio, troca de lignina e tautomerização.As principais vantagens desta técnica são que não há necessidade de coalescência dos sinais em troca e que a constante de velocidade e o tempo de relaxação são obtidos no mesmo experimento. Tivemos inicialmente a ideia deste método ao investigar o comportamento funcional de complexos de íons de platina em solução e percebemos que as técnicas de análise de alinhamento dependente da temperatura não eram adequadas. Com base em nossa experiência com interações proteína-lignina por RMN, percebemos que, na verdade, abordagens semelhantes de RMN poderiam ser aplicadas para estudar processos de troca em moléculas orgânicas, e isso acabou se confirmando.Adicione cinco miligramas de nn-dimetilacetamida a um tubo de RMN apropriado para baixas temperaturas e dissolva em zero vírgula seis mililitros de tolueno deuteriorado. Para configurar os experimentos de RMN com supressão de solvente por transferência de saturação, insira primeiro a amostra no ímã. Uma das etapas principais para auxiliar o experimento de RMN é o controle de temperatura, portanto certifique-se de deixar a amostra estabilizar na temperatura selecionada por pelo menos 20 minutos.Uma vez que a amostra esteja no ímã, digite EDTE na linha de comando. Altere a temperatura para a primeira temperatura selecionada para realizar o experimento. Deixe a amostra estabilizar na temperatura escolhida por pelo menos 20 minutos.Realize um experimento de RMN de prótonos com uma única denominação na amostra conforme descrito no protocolo do texto, em seguida crie um novo conjunto de dados de um experimento de RMN de prótonos clicando em Arquivo, Novo e nomeie o novo experimento. No novo conjunto de dados, digite RPAR na linha de comando. Selecione um dos conjuntos de parâmetros STDDIFF da lista.Para selecionar a sequência de pulso STDDIFF, clique no botão com três pontos na linha do programa de pulso. Antes de realizar o experimento de RMN SSTD, calibre o pulso duro de 90 graus do próton P1. Digite pulsecal na linha de comando e copie o valor do pulso de 90 graus na potência mais alta, que é o que fornece o pulso mais curto.Introduza os valores para o pulso duro calibrado no experimento com o comando getprosol. Em seguida, defina a duração do pulso ajustado, digite P13 e insira um valor de 50.000 microssegundos. Defina a forma do pulso seletivo acessando potência e clicando no botão editar ao lado de forma, depois vá até a forma do pulso 13 e escolha o pulso Gaussiano.Defina a potência do pulso seletivo SP13 em 50 decibéis. Digite NS e defina-o em oito, depois digite DS e defina-o em quatro. Para adquirir o experimento SSTD de RMN, abra o experimento de RMN de próton para verificar onde está o sinal que será irradiado.Para fazer isso, pesquise o experimento no navegador do software, clique com o botão direito no conjunto de dados e clique em exibir em uma nova janela. A seletividade da irradiação deve ser precisa para garantir o sucesso do experimento. Certifique-se de que nenhum produto químico de correção seja usado ou a frequência de irradiação poderá ser configurada incorretamente.Mova a linha do cursor para o centro do sinal a ser irradiado e anote o deslocamento químico em partes por milhão. Selecione a largura espectral que será utilizada no experimento. Neste caso, o sinal a ser irradiado está em 2,17 partes por milhão e a largura espectral utilizada é de 1,46 partes por milhão.Em seguida, vá até o experimento de RMN SSTD criado anteriormente, crie uma lista com as frequências de irradiação digitando FQ2LIST na linha de comando e selecionando uma lista existente. Edite a lista de frequências de irradiação conforme descrito no protocolo textual. Salve a lista com um novo nome.Em seguida, digite FQ2LIST na linha de comando e selecione a lista recém-criada. Para centralizar o experimento no sinal em estudo, digite O1P e selecione o deslocamento químico no sinal que será irradiado como centro do experimento. Digite SW para selecionar a largura espectral.Escolha o valor para o atraso de relaxamento entre varreduras D1. Certifique-se de que ele seja pelo menos de uma a cinco vezes o valor do T1 do próton com relaxamento mais lento. Digite D1 e defina-o como 40 segundos. Defina o primeiro valor para o tempo de saturação digitando D20 e ajustando-o para 40 segundos.Determine automaticamente o ganho do receptor digitando RGA. Crie o próximo experimento digitando IEXPNO. Digite D20 e selecione um tempo de saturação de 20 segundos.Em seguida, digite RGA para determinar automaticamente RG. Repita o último passo para D20 igual a 10, cinco, 2,5, 1,25, 0,625 e 0,3 segundos. Após a criação de todos os experimentos, abra o primeiro e, na linha de comando, digite multizg e especifique o número de experimentos. Para processar os dados, abra o experimento número um do conjunto de experimentos com o tempo de saturação mais alto.No terminal, digite LB e defina o valor como 1,5. No terminal, digite EFP e processe o número de FID igual a um, número em processo igual a dois. Corrija a fase do experimento clicando no botão interativo de correção de fase e salve-o como um experimento 2G, depois salve e saia.Digite REP 1 na linha de comando para ir ao processo número um. Na linha de comando, digite EFP e número de FID do processo igual a dois, número do processo igual a três. Em seguida, na linha de comando, digite ponto MD e depois REP 2 para exibir uma janela de exibição múltipla com os espectros dos processos dois e três.Clique no botão com o sinal delta para calcular os espectros de diferença e salve-o no processo número quatro. Em seguida, saia da janela de exibição múltipla. Selecione um intervalo de integração a partir do sinal à esquerda.Sempre integre a mesma região no processo número três e no processo número quatro. Após a integração, vá até a aba de integrais em cada um dos experimentos e copie o valor absoluto da integral. Repita o procedimento para o restante dos experimentos com diferentes tipos de saturação.Para obter os parâmetros cinéticos, primeiro extraia os valores dos parâmetros SSTD obtidos em função do tempo de saturação. Prossiga com a análise dos dados conforme descrito no protocolo textual. A rotação impedida ao redor da ligação amídica diferencia os dois grupos metila em dois sinais nos espectros de RMN de próton.A saturação por rotação do grupo metila em 2,17 partes por milhão leva ao desaparecimento do seu sinal na RMN de prótons. Após a saturação do grupo metila B em 2,17 partes por milhão, a transferência de saturação para o grupo metila A em 2,16 partes por milhão, devido à rotação interna, pode ser observada por meio da diminuição da intensidade do próton no sinal em 2,61 partes por milhão. O fator de parâmetro SSTD é calculado dividindo-se o valor da integral do grupo metila A no espectro de diferença pelo valor da integral do grupo metila A no espectro original.Para uma determinada temperatura, o gráfico dos valores do parâmetro SSTD em função do tempo de saturação apresentou curvas exponenciais. O ajuste dessas curvas fornece a constante de velocidade e o tempo de relaxação do próton do sinal medido. Os gráficos do parâmetro SSTD em função do tempo de saturação em diferentes temperaturas geraram as respectivas constantes de velocidade e tempos de relaxação.A equação de Eyring foi utilizada para calcular os parâmetros termodinâmicos. Os valores obtidos com a RMN SSTD estão em excelente acordo com os dados relatados utilizando outras técnicas. Após dominar um conjunto de experimentos em uma temperatura determinada, obter um valor da constante de velocidade e do tempo de relaxação pode ser feito em cerca de três horas, se realizado corretamente.Ao realizar este procedimento, é importante lembrar que a escolha dos solventes e das temperaturas é fundamental para obter bons resultados, uma vez que as taxas de troca química podem variar significativamente com esses parâmetros. Seguindo este procedimento, outros processos, como a troca química intermolecular suave cinética e a troca de lignina, também podem ser estudados; além disso, este método pode ser estendido para tratar trocas em múltiplos sítios e populações desiguais, desde que seja feita uma modificação adequada da equação.Após assistir a este vídeo, você deverá ter uma boa compreensão de como realizar experimentos de diferença de transferência de saturação por rotação e de como utilizar a transferência de magnetização para obter parâmetros cinéticos e termodinâmicos em moléculas que sofrem troca química. Não se esqueça de que trabalhar com produtos químicos pode ser extremamente perigoso e que precauções, como o uso de óculos de segurança e luvas, devem sempre ser tomadas durante a preparação da amostra neste procedimento.

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Research

JoVE Journal

Chemistry

Química

Este vídeo descreve a técnica de espectroscopia de ressonância magnética nuclear para estudar as interações proteína-proteína entre 15proteínas envoplakin mutantes e do tipo selvagem marcadas com N e a proteína vimentina não marcada. A interação bem-sucedida entre a envoplaquina do tipo selvagem e a vimentina leva a um extenso alargamento da linha e ao desaparecimento do pico nos espectros de RMN, enquanto a ausência de uma interação entre a envoplaquina mutada e a vimentina resulta em picos...

Ressonância Magnética Nuclear para Estudo de Interações Proteína-Proteína em Nível Atômico

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Transferência de prótons e Proteína Conformação Dynamics em fotossensíveis Proteínas por Time-resolvido Passo-scan-Fourier Transform Infrared Spectroscopy

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Local Dirigido Labeling rotação e EPR espectroscópicos Estudos de Canais pentamérica Ligand-Gated Ion

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15 N CPMG Relaxation Dispersão para a Investigação da Dinâmica Conformacional de Proteínas na escala de tempo μs-ms

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Aspectos práticos da preparação e configuração da amostra de 1H R1ρ Experimentos de dispersão de relaxamento do RNA

Aqui, apresentamos um protocolo detalhando a aquisição, processamento e análise de uma série de experimentos de RMN destinados a caracterizar as interações proteína-glicano em solução. As metodologias mais comuns baseadas em ligantes e proteínas são descritas, o que, sem dúvida, contribui para os campos da glicobiologia estrutural e estudos de reconhecimento molecular.

Desembaraçando as interações glicano-proteína: ressonância magnética nuclear (RMN) para o resgate

Este protocolo baseado em RMN investiga interações proteína-glicano fracas usando cianovirina-N e D-manose. Combinando métodos detectados por ligantes e proteínas, ele mapeia locais de ligação, detecta efeitos alostéricos e identifica complexos de encontro. A abordagem descreve a preparação de amostras e a análise de dados, oferecendo insights estruturais e dinâmicos valiosos para diagnósticos específicos de glicanos e mecanismos de reconhecimento.

Explorando as interações proteína-glicano: avanços na ressonância magnética nuclear

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Uso de RMN em solução para caracterizar condensados biomoleculares sob condições bifásicas

Aprenda a usar o método SSTD NMR para obter parâmetros cinéticos de processos de troca química em moléculas orgânicas e organometálicas. Esta técnica permite medir constantes de taxa e tempos de relaxação simultaneamente.

Spin Transferência Saturação Diferença NMR (SSTD RMN): Uma nova ferramenta obter Kinetic Parâmetros de processos químicos de câmbio (Vídeo) | JoVE Journal

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