Name: Identificação de Proteínas de gelo Planta de ligao por meio da avaliação da Inibição de gelo-recristalização e isolamento utilizando purificação por afinidade de gelo (Vídeo) | JoVE Journal
Uploaded: 2017-05-05T13:00:00.000+00:00
Duration: 9 min 43 s
Description: Aprenda a identificar proteínas de ligação ao gelo em plantas tolerantes ao frio usando purificação por afinidade ao gelo. Este método simplificado permite isolar IBPs nativos sem técnicas complexas de purificação.

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Este trabalho foi financiado por uma concessão NSERC (Canadá) a VKW.

Configuração Aparelho 1. Splat <ol><li> Encher um banho de água circulante de temperatura programável com etileno glicol (50% v / v em água). NOTA: Verde automóvel etileno-glicol pode ser usado. </li><li> Para montar a câmara externa, utilizar um tubo de plástico com isolamento para ligar o banho de água para uma bacia de vidro de parede dupla. Isolar a taça de vidro com espuma de poliestireno e cobrir com uma tampa de plástico prato de petri. Cortar um furo 4/3 polegada na parte inferior da câmara de poliestireno de modo a que a fonte de luz pode ser vista através da câmara de vidro. </li><li> Montar a câmara externa de um microscópio de dissecação, munido com uma porta de câmara e uma lente da objectiva de 4X polarizada com uma lente ocular 10x. Colocar uma peça adicional de película polarizada na parte inferior da câmara exterior. </li><li> Grampo um tubo de 1-1,5 m (aproximadamente 5 cm de diâmetro) para uma estante de retorta e lugar dentro de um grande recipiente de poliestireno, juntamente com um bloco de arrefecimento posicionado por baixo do tubo na base da estante de retorta. </li></ol> 2. Preparação de proteína nativa Extrai para Análise IRI <ol><li> Para induzir a expressão de IBPs em gramas freeze-tolerantes ou de outras espécies de plantas freeze-tolerantes, plantas aclimatar frio para até 1 semana a 4 ° C, em condições de baixa luminosidade (6 h de luz / 18 horas de escuro). Isto não se aplica para amostras colhidas no campo que já tenham sido expostos a condições de baixa temperatura e períodos de aclimatação. </li><li> Obter, aproximadamente 0,1 g de tecido de folha através do corte na base do caule e, em seguida, colocar num tubo de 1,5 mL. piscar imediatamente congelar a amostra em azoto líquido e armazenar a -80 ° C até à sua utilização. </li><li> Para lisar as células, moer amostra de tecido em um pó fino usando um almofariz e pilão em azoto líquido. Certifique-se de que o azoto líquido não evapora durante o processo de homogeneização. </li><li> Colocar imediatamente amostras trituradas em gelo e permitir que o nitrogénio líquido se evapore completamente. Adicionar 1 ml de uma proteína nativa extractiem tampão contendo Tris-HCl a 10, NaCl 25 mM (pH 7,5), com dois comprimidos de inibidor de protease isento de EDTA adicionado imediatamente antes da utilização. Pipeta para misturar; não vórtice. NOTA: Aditivos adicionais podem precisar de ser utilizado se o ligado contém metabolitos secundários (ver discussão). </li><li> Agitar suavemente as amostras durante a noite (18-24 h) a 4 ° C. Realizar os passos restantes, a 4 ° C. </li><li> Remover os detritos celulares por centrifugação de amostras a ~ 16000 xg durante 5 min. Reter a fracção solúvel e centrifuga-se durante um adicional de 5 min, se os detritos celulares persistir. As amostras clarificadas pode ser armazenado a -20 ° C até à sua utilização. </li></ol> 3. Ensaio de splat Pré-configuração da experiência <ol><li> Pour 100 mL de hexano para dentro da câmara externa configurada com o filme polarizada e adicionar 5-6 grânulos dessecação para evitar que a humidade acumular-se sobre as lâminas. Adicionar uma pequena quantidade de massa lubrificante de vácuo para a placa de cobertura e o banho de torcer para assegurar uma boa vedação e evitar a evaporação do hexano. </li&gt; <li> Arrefece-se o banho de hexano entre -4 ° C e -6 ° C usando banho de água programável aproximadamente 3/2 h antes de iniciar o experimento. Certifique-se verificar a temperatura do hexano com um termómetro, antes do inicio da experiência. </li><li> Colocar o bloco de arrefecimento numa caixa de poliestireno directamente abaixo do tubo de plástico e cobrir completamente com gelo seco, 40 min antes de se iniciar o experimento. </li><li> Antes de iniciar o ensaio, assegurar que o tubo está nivelado. Para determinar onde no bloco de arrefecimento da amostra vai cair, primeiro teste o procedimento com água e indicam onde a amostra de gotas com um marcador (como descrito abaixo). </li><li> Remover gelo seco a partir do topo do bloco de frio e colocar uma tampa de lâmina de microscópio de vidro sobre o ponto de gota que foi determinada com água. </li><li> Imediatamente antes de iniciar o ensaio, ligar a fonte de luz e raspe qualquer gelo que se tenha formado na parte inferior da câmara de vidro. Evite manter a fonte de luz a menos cristais de geloestão a ser visualizado para evitar o aquecimento do hexano. </li></ol> 4. Realização do Ensaio de Splat <ol><li> Mergulhar a ponta descartável afixada a uma pipeta automática (1-20 uL) em óleo de imersão, utilizando uma toalha de papel remover qualquer excesso de óleo. Este passo permitirá que a amostra a cair em vez de aderir ao exterior da pipeta. Nota: remover o excesso de óleo da pipeta é fundamental para garantir que gotículas de óleo não formam sobre os cristais de gelo, tornando difícil visualização. </li><li> Pipetar 10 ul de amostra e pipeta lugar directamente sobre o tubo de plástico antes de libertar a amostra. Um som distinto &#39;splat&#39; deve ser ouvida quando a amostra atinge a lâmina de vidro de cobertura, criando uma monocamada de cristais de gelo. </li><li> De forma rápida e cuidadosamente remover a lâmina de microscópio do bloco frio usando uma pinça e o lugar em banho de hexano em cima da película de polarização. </li><li> Olhando sob o microscópio, colocou a lâmina de microscópio para o campo de visão e adapenas a lente da objectiva de modo que a polarização cruzada permite a visualização de cristais de gelo de alto contraste. Ajuste a ampliação 40x. </li><li> Fixe a câmera ao microscópio e ajustar as configurações para &quot;macro&quot; para permitir a visualização clara de cristais de gelo e capturar a imagem. NOTA: À espera de até 1 h para permitir que os cristais de gelo a crescer pode dar uma imagem mais clara. </li><li> Repita os passos de 4,1-4,5 para todas as amostras. Tipicamente, coloca-se a 6 desliza com uma amostra diferente na câmara de hexano. </li><li> Desligar a fonte de luz e colocar uma placa de plástico por cima do banho de hexano, garantindo uma vedação estanque. Permitir que os cristais de gelo para hibridar durante a noite (12-24 h, mantendo um período de recozimento consistente dentro de um determinado ensaio). A seguir à incubação, as imagens de captura dos filmes de gelo tal como descrito acima. Nota: Algumas amostras podem recristalizar mais rapidamente do que outros. Se não recristalização é aparente depois de 12 h, deixar cristais para recozer durante até 24 h, para assegurar que nenhum recrystallização irá ocorrer. </li></ol> Análise 5. Splat Ensaio de Dados <ol><li> Enviar as fotos para o computador e comparar diretamente o tamanho dos cristais de gelo antes e após recozimento. As amostras com actividade gelo recristalização não irão crescer, enquanto que as amostras sem nenhuma actividade IRI recristalizar formação de cristais de gelo visivelmente maiores. interferência da luz vai fazer grandes cristais de gelo aparecer em ligeiramente diferentes matizes e, portanto, são fáceis de ver. </li></ol> 6. Ice-afinidade Setup Purificação Equipment <ol><li> Encher um banho de água circulante de temperatura programável com etileno-glicol. Verde etileno glicol automóvel pode ser utilizado. </li><li> Ligar o banho de uma sonda oca, latão utilizando tubo de plástico com isolamento 15. </li><li> Construir um contentor de poliestireno dentro do qual um copo de 150 mL pode estar apertado. Criar uma tampa para o recipiente com um buraco no centro para o dedo frio de bronze. </li></ol> 7.Preparação de amostras para a purificação por afinidade de gelo <ol><li> aclimatar frio tecido da planta, tal como descrito na secção 2.1. </li><li> Recolhe ~ 100-150 g da biomassa do solo (passo 2.3) em 20 mL e tubos de flash imediatamente congelar. As amostras podem ser mantidos à temperatura de -80 ° C antes da utilização. </li><li> Prepare a amostra, tal como descrito nas secções 2,3-2,5. Usar uma proporção 1: 1 (mg de tecido: mL de tampão de extracção de proteína nativa) para a ressuspensão de tecido foliar. Use comprimidos inibidores da protease adicionais para evitar a degradação de IBPs por proteases endógenas. NOTA: Se a amostra de tecido é demasiado concentrada, para ajustar a relação de 1: 2 ou 1: 3 (mg de tecido: mL de tampão de extracção de proteína nativa). </li><li> Para remover os restos celulares, o lisado crivo através de 2 camadas de gaze, 3 vezes. Sedimentar os detritos por centrifugação a 30000 xg durante 40 min a 4 ° C. </li><li> Aumentar o volume da amostra para 120 ml usando tampão de extracção de proteína nativa. Usar o lisado imediatamente para purificação por afinidade de geloevitar qualquer perda de actividade de ligação ao gelo. </li></ol> 8. A realização de purificação de gelo-afinidade <ol><li> Antes da purificação, definir o banho de água para arrefecer programável de -0,5 ° C a -3 ° C a uma taxa de -0,04 ° C / h. NOTA: A taxa de arrefecimento pode ser ajustada de acordo com o volume inicial da amostra. </li><li> Arrefece-se o dedo de gelo para -0,5 ° C e subsequentemente mergulhe para um tubo de 50 ml contendo água destilada fria. Adicionar alguns pedaços de gelo para facilitar a nucleação de gelo e deixa uma camada fina de gelo de modo a formar no dedo. Este processo geralmente leva entre 20 e 30 min. Nota: Todas as protuberâncias sobre o dedo revestido com gelo, deve ser alisada com uma mão enluvada antes de colocar em amostra. Se uma camada de gelo não se forma a -0,5 ° C, baixar a temperatura de -0,75 ° C. </li><li> Colocar a amostra em um copo de vidro de 150 ml contendo uma pequena barra de agitação magnética para uma caixa de poliestireno por cima de um agitador magnético. Certifique-se de que o dedo de gelo écentrado e reduzido, pelo menos, a meio caminho para o líquido amostra. Selar o recipiente. </li><li> Permitir que o programa seja executado por cerca de dois dias, verificando a cada 24 h. Uma vez que 50% da amostra é congelada, parar o programa. Incorporação de IBPs para o hemisfério de gelo irá resultar em &quot;ice-ataque&quot;. NOTA: experiências de purificação pode ser feito usando maiores volumes de amostra com o comprimento de tempo no qual o programa é executado ajustada em conformidade. </li><li> A fim de remover o hemisfério de gelo, aquecer a sonda a 4 ° C, lavar o hemisfério com água destilada para remover a proteína não ligada, e então descongelar a 4 ° C. NOTA: A maioria dos IBPs não são estáveis em água e um tampão apropriado (por exemplo, Tris-HCl a 50, pH 8 ou 50 mM de bicarbonato de amónio, pH 8) terá que ser adicionado periodicamente durante o processo de descongelamento (cerca de 1 mL / 2 h) . hemisférios de gelo pode ser embrulhado em papel de alumínio e armazenadas a -20 ° C antes de descongelação. </li><li> Se o gelo do hemisfério ainda contêms pigmento, ou para aumentar a purificação da amostra, repetir os passos 8.1-8.5 2-3 vezes. Nota: Embora a concentração de IBP pode ser inferior a seguir várias rondas de purificação, a pureza é mais valioso do que o rendimento se as amostras purificadas serão analisadas usando o MS. Se o material está disponível suficiente, três ciclos de purificação de gelo-afinidade é recomendado. </li></ol> 9. Identificação de IBPs <ol><li> Desde IBPs estão contidos em um grande volume seguinte descongelamento do gelo hemisférico, concentrar as amostras. Concentra-se amostras contendo ~ 100 g de tecido a ~ 1-3 ml utilizando tubos de concentração centrífugas com um 3000 Da de peso molecular de corte para evitar a perda de proteínas pequenas. </li><li> Antes de enviar amostras para MS, determinar a concentração de proteína utilizando um ensaio de quantificação de proteína, tais como um BCA ou ensaio de Bradford. Estimar a pureza das amostras por electroforese em gel, tais como SDS-PAGE. Testar as proteínas purificadas para a actividade antes de se IRInding para MS para assegurar que a proteína activa foi conservada ao longo das etapas de purificação e concentração. </li><li> Use amostras concentradas directamente para análise por espectrometria de massa 10. </li></ol>

<ol><li>Sidebottom, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Heat-stable+antifreeze+protein+from+grass%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Heat-stable antifreeze protein from grass.</a> Nature. 406 (6793), 256(2000).</li>
<li>Duman, J. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Antifreeze+and+ice+nucleator+proteins+in+terrestrial+arthropods%5BTitle%5D)+AND+%22Annu+Rev+Physiol%22%5BJournal%5D)">Antifreeze and ice nucleator proteins in terrestrial arthropods.</a> Annu Rev Physiol. 63, 327-357 (2001).</li>
<li>Davies, P. L., Hew, C. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biochemistry+of+fish+antifreeze+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22FASEB+J%22%5BJournal%5D)">Biochemistry of fish antifreeze proteins.</a> FASEB J. 4 (8), 2460-2468 (1990).</li>
<li>Gilbert, J. A., Hill, P. J., Dodd, C. E., Laybourn-Parry, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Demonstration+of+antifreeze+protein+activity+in+Antarctic+lake+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiology%22%5BJournal%5D)">Demonstration of antifreeze protein activity in Antarctic lake bacteria.</a> Microbiology. 150 (Pt 1), 171-180 (2004).</li>
<li>Knight, C. A., Cheng, C. C., DeVries, A. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Adsorption+of+alpha-helical+antifreeze+peptides+on+specific+ice+crystal+surface+planes%5BTitle%5D)+AND+%22Biophys.+L%22%5BJournal%5D)">Adsorption of alpha-helical antifreeze peptides on specific ice crystal surface planes.</a> Biophys. L. 59 (20), 409-418 (1991).</li>
<li>Yeh, Y., Feeney, R. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Antifreeze+proteins%3A+structures+and+mechanisms+of+function%5BTitle%5D)+AND+%22Chem.+Rev%22%5BJournal%5D)">Antifreeze proteins: structures and mechanisms of function.</a> Chem. Rev. 96 (2), 601-618 (1996).</li>
<li>Smolin, N., Daggett, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Formation+of+ice-like+water+structure+on+the+surface+of+an+antifreeze+protein%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Phys.+Chem.+B%22%5BJournal%5D)">Formation of ice-like water structure on the surface of an antifreeze protein.</a> J. Phys. Chem. B. 112 (19), 6193-6202 (2008).</li>
<li>Graham, L. A., Davies, P. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Glycine-rich+antifreeze+proteins+from+snow+fleas%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Glycine-rich antifreeze proteins from snow fleas.</a> Science. 310 (5747), 461(2005).</li>
<li>Hawes, T. C., Marshall, C. J., Wharton, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Antifreeze+proteins+in+the+Antarctic+springtail%2C+Gressittacantha+terranova%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Comp.+Physiol.+B%22%5BJournal%5D)">Antifreeze proteins in the Antarctic springtail, Gressittacantha terranova.</a> J. Comp. Physiol. B. 181 (6), 713-719 (2011).</li>
<li>Basu, K., Graham, L. A., Campbell, R. L., Davies, P. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Flies+expand+the+repertoire+of+protein+structures+that+bind+ice%5BTitle%5D)+AND+%22Proc.+Natl.+Acad.+Sci.+U.S.A%22%5BJournal%5D)">Flies expand the repertoire of protein structures that bind ice.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 112 (3), 737-742 (2015).</li>
<li>Guo, S., Garnham, C. P., Whitney, J. C., Graham, L. A., Davies, P. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Re-evaluation+of+a+Bacterial+Antifreeze+Protein+as+an+Adhesin+with+Ice-Binding+Activity%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Re-evaluation of a Bacterial Antifreeze Protein as an Adhesin with Ice-Binding Activity.</a> PLoS One. 7 (11), e48805(2012).</li>
<li>Marshall, C. B., Fletcher, G. L., Davies, P. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Hyperactive+antifreeze+protein+in+a+fish%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Hyperactive antifreeze protein in a fish.</a> Nature. 429 (6988), 153(2004).</li>
<li>Zhang, D. Q., Liu, B., Feng, D. R., He, Y. M., Wang, J. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Expression%2C+purification+and+antifreeze+activity+of+carrot+antifreeze+protein+and+its+mutants%5BTitle%5D)+AND+%22Protein+Expr.+Purif%22%5BJournal%5D)">Expression, purification and antifreeze activity of carrot antifreeze protein and its mutants.</a> Protein Expr. Purif. 35 (2), 257-263 (2007).</li>
<li>Gupta, R., Dreswal, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Low+temperature+stress+modulated+secretome+analysis+and+purification+of+antifreeze+protein+from+Hippophae+rhamnoides%2C+a+Himalayan+wonder+plant%5BTitle%5D)+AND+%22Proteome+Res%22%5BJournal%5D)">Low temperature stress modulated secretome analysis and purification of antifreeze protein from Hippophae rhamnoides, a Himalayan wonder plant.</a> Proteome Res. 11 (5), 2684-2696 (2012).</li>
<li>Kuiper, M. J., Lankin, C., Gauthier, S. Y., Walker, V. K., Davies, P. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Purification+of+antifreeze+proteins+by+adsorption+to+ice%5BTitle%5D)+AND+%22Biochem.+Biphys.+Res.+Commun%22%5BJournal%5D)">Purification of antifreeze proteins by adsorption to ice.</a> Biochem. Biphys. Res. Commun. 300 (3), 645-648 (2003).</li>
<li>Middleton, A. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+and+characterization+of+ice-binding+proteins+from+higher+plants%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol.+Biol%22%5BJournal%5D)">Isolation and characterization of ice-binding proteins from higher plants.</a> Methods Mol. Biol. 1166, 255-277 (2014).</li>
<li>Bredow, M., Vanderbeld, B., Walker, V. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ice-binding+proteins+confer+freezing+tolerance+in+transgenic+Arabidopsis+thaliana%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Biotechnol.+J%22%5BJournal%5D)">Ice-binding proteins confer freezing tolerance in transgenic Arabidopsis thaliana.</a> Plant Biotechnol. J. , (2016).</li>
<li>Olijve, L. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Blocking+rapid+ice+crystal+growth+through+nonbasal+plane+adsorption+of+antifreeze+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22Proc.+Natl.+Acad.+Sci.+U.S.A%22%5BJournal%5D)">Blocking rapid ice crystal growth through nonbasal plane adsorption of antifreeze proteins.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 113 (14), 3740-3745 (2016).</li>
<li>Zakharov, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ice+Recrystallization+in+a+Solution+of+a+Cryoprotector+and+Its+inhibition+by+a+Protein%3A+Synchrotron+X-Ray+Diffraction+Study%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Pharm.+Sci%22%5BJournal%5D)">Ice Recrystallization in a Solution of a Cryoprotector and Its inhibition by a Protein: Synchrotron X-Ray Diffraction Study.</a> J. Pharm. Sci. 105 (7), 2129-2138 (2016).</li>
<li>Capicciotti, C. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Small+molecule+ice+recrystallization+inhibitors+enable+freezing+of+human+red+blood+cells+with+reduced+glycerol+concentrations%5BTitle%5D)+AND+%22Sci.+Rep%22%5BJournal%5D)">Small molecule ice recrystallization inhibitors enable freezing of human red blood cells with reduced glycerol concentrations.</a> Sci. Rep. 5, 9692(2015).</li>
<li>Knight, C. A., Cheng, C. C., DeVries, A. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Adsorption+of+alpha-helical+antifreeze+peptides+on+specific+ice+crystal+surface+planes%5BTitle%5D)+AND+%22Biophys.+J%22%5BJournal%5D)">Adsorption of alpha-helical antifreeze peptides on specific ice crystal surface planes.</a> Biophys. J. 59 (2), 409-418 (1991).</li>
<li>Van Driessche, E., Beeckmans, S., Dejaegere, R., Kanarek, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Thiourea%3A+the+antioxidant+of+choice+for+the+purification+of+proteins+from+phenol+rich+plant+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22Anal.+Biochem%22%5BJournal%5D)">Thiourea: the antioxidant of choice for the purification of proteins from phenol rich plant tissues.</a> Anal. Biochem. 141 (1), 184-188 (1984).</li>
<li>Marshall, C. J., Basu, K., Davies, P. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ice-shell+purification+of+ice-binding+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22Cryobiology%22%5BJournal%5D)">Ice-shell purification of ice-binding proteins.</a> Cryobiology. 72 (3), 258-263 (2016).</li>
<li>Basu, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Determining+the+ice-binding+planes+of+antifreeze+proteins+by+fluorescence-based+ice+plane+affinity%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Vis.+Exp%22%5BJournal%5D)">Determining the ice-binding planes of antifreeze proteins by fluorescence-based ice plane affinity.</a> J. Vis. Exp. (83), e51185(2014).</li>
<li>Sandve, S. R., Rudi, H., Asp, T., Rognli, O. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tracking+the+evolution+of+a+cold+stress+associated+gene+family+in+cold+tolerant+grasses%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Evol.+Biol%22%5BJournal%5D)">Tracking the evolution of a cold stress associated gene family in cold tolerant grasses.</a> BMC Evol. Biol. 8 (245), (2008).</li>
<li>Middleton, A. J., Brown, A. M., Davies, P. L., Walker, V. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+the+ice-binding+face+of+a+plant+antifreeze+protein%5BTitle%5D)+AND+%22FEBS+Lett%22%5BJournal%5D)">Identification of the ice-binding face of a plant antifreeze protein.</a> FEBS Lett. 583 (4), 815-819 (2009).</li>
</ol>

Os autores não têm nada a revelar.

Para a análise bem sucedida e purificação de IBPs, é importante compreender a natureza sensível à temperatura de algumas destas proteínas. Determinada planta IBPs tornar-se instável a temperaturas acima de 0 ° C, resultando no desdobramento, precipitação e inactividade. A fim de obter IBPs activas, é muitas vezes crítico que as plantas são transformadas numa sala fria (~ 4 ° C) e as amostras são mantidas em gelo durante a experimentação. Outro factor a considerar quando se usa lisados ​​brutos de células inteiras é a de...

Proteínas de ligação de gelo (IBPs) são uma família diversa de proteínas protectoras que foram descobertas em uma série de organismos, incluindo plantas, insectos 1 2, 3, peixes e micróbios 4. A principal característica destas proteínas é a sua capacidade única de adsorver especificamente e eficientemente a cristais de gelo, modificando o seu crescimento. IBPs têm várias propriedades documentados, com os dois mais bem caracterizado sendo histerese térmica (TH) e a inibição de gelo-recristalização (IRI). actividade TH é mais facilmente observado em IBPs produzidos em animais freeze-intolerante. Esta actividade resulta no abaixamento do ponto de congelação de fluidos intersticiais ou circulatórias dos organismos para evitar o congelamento. Em contraste, nos organismos freeze-tolerantes, que vai, inevitavelmente, congelar a temperaturas abaixo de zero, IBPs parecem ter baixa actividade TH. Apesar da baixa actividade TH, uma elevada actividade de IRI para restringir grito geloStal é freqüentemente observado com essas proteínas. Para o organismo tolerante ao congelamento, esta actividade IRI presumivelmente ajuda a proteger as células do crescimento descontrolado de gelo em compartimentos extracelulares. O &quot;botão de colchão&quot; modelo pode ser usado para descrever o mecanismo pelo qual IBPs impedir o crescimento de cristais de gelo 5 . Sob este modelo, os IBPs adsorvem-se especificamente à superfície do cristal de gelo a intervalos, de tal modo que as moléculas de água só podem incorporar-se com a rede de cristais de gelo crescente no espaço entre os IBPs ligados. Isto cria uma curvatura que torna a incorporação de moléculas de água adicionais desfavoráveis, um evento que pode ser descrito pelo efeito Gibbs-Thomson 6 . A hipótese de águas de clatrato ancoradas proporciona um mecanismo para a ligação específica de IBPs à superfície de cristal de gelo, pelo que a presença de resíduos carregados, especificamente posicionada no local de ligação de gelo de proteína, resulta na reoRGANIZAÇÃO de moléculas de água assim que combinam um ou mais planos da estrutura de cristal de gelo 7. actividade TH pode ser quantificado através da medição da diferença entre a fusão e temperaturas de congelação de um único cristal de gelo na presença de um IBP. Embora a actividade TH é um método amplamente aceite de avaliar a actividade de IBPs, o fosso baixo TH produzido pela planta IBPs (normalmente apenas uma fracção de um grau) normalmente requer uma concentração de proteína elevada, equipamento especializado e experiência do operador. Embora não IBPs pode restringir o crescimento de cristais de gelo, que é uma propriedade partilhada por todos os IBPs e, assim, o teste para a actividade de IRI é uma tela inicial eficaz para a presença de IBPs, especialmente para aqueles com baixa actividade TH. A metodologia utilizada para testar esta actividade é conhecido como um &#39;ensaio de esmagamento&#39;, através do qual uma amostra de proteína é congelado rapidamente para produzir uma monocamada de pequenos cristais de gelo, os quais são observados durante um período de tempo para se determinarO crescimento do cristal de gelo é restrito. Ao contrário de outros métodos usados ​​para pesquisar uma amostra de tecido de origem para a presença de IBPs, esta técnica é aplicável a baixas concentrações de proteína no intervalo de 10-100 ng, utiliza equipamento facilmente fabricado e gera dados que são rápida e facilmente interpretados. No entanto, é importante ressaltar que este ensaio proporciona uma primeira tela para IBPs que deve ser seguida pela determinação de TH e formação de cristais de gelo. O isolamento de proteínas nativas é desafiador, muitas vezes requerendo informação sobre as propriedades estruturais e bioquímicas de uma proteína de interesse. A afinidade de IBPs por gelo permite o isolamento destas proteínas utilizando gelo como substrato para fins de purificação. Uma vez que a maioria das moléculas são empurradas à frente da fronteira gelo-água durante o crescimento de cristais de gelo, o crescimento lento de um hemisfério de gelo na presença de uma amostra IBP resulta numa amostra altamente purificada, desprovida de grande quantits de proteínas contaminantes e solutos. Este método tem sido utilizado para identificar IBPs de insectos 8, 9, 10, 11 bactérias, peixes e plantas 12 13, 14. Além disso, as fracções de IBP-enriquecidos obtidos através deste método também podem ser utilizados para análise bioquímica jusante. Este documento descreve a identificação de IBPs em plantas através da indução e extracção de IBPs, a análise da actividade IRI para confirmar a presença de proteínas, e o isolamento de proteínas utilizando a purificação por afinidade de gelo.

<table><tbody><tr><td>Tubos de microcentrífuga de 1,5 mL</td><td>Fisher</td><td>05-408-129</td><td></td></tr><tr><td>Tomada de laboratório ajustável</td><td>Fisher</td><td>S63080</td><td></td></tr><tr><td>Centrífuga de bancada</td><td>Desaga MC2</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Sonda de latão</td><td>Câmera de</td> câmera/câmera personalizada <td></td><td>Canon</td></tr><tr><td></td><td></td><td>Power Shot SX110 câmera digital; porta</td> de microscópio personalizada <td></td></tr><tr><td>Gaze</td><td>Purewipe/Fisher Scientific</td><td>06-665-25A</td><td></td></tr><tr><td>Tubos de concentração (0,5 mL)</td><td>EMD Millipore</td><td>UFC501008</td><td></td></tr><tr><td>Tubos de concentração (15 mL)</td><td>EMD Millipore</td><td>UFC900308</td><td></td></tr><tr><td>Tubos cônicos (50 mL)</td><td>Thermo Fisher</td><td>AM12502</td><td></td></tr><tr><td>Bloco de resfriamento</td><td>VWR</td><td>13259</td><td>Use um bloco</td></tr> <tr><td>de aquecimento de metalDesumidificador</td><td>Whirlpool</td><td></td><td>50 pint Energy Star desumidificador; compra de fornecedor local</td></tr><tr><td>Dessciation beads</td><td>t.h.e. Dessecante/VWR</td><td>EM-DX0017-2</td><td>6-8 tamanho de malha; 100% indicando</td></tr><tr><td>microscópio de dissecção Olympus</td><td>Tokyo</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Tigela de vidro de parede dupla</td><td>Genérica</td><td></td><td>Compra do fornecedor local de vidraria de laboratório</td></tr><tr><td>Gelo seco</td><td>Genérico</td><td></td><td>Use fornecedor local; perigoso</td></tr><tr><td>Comprimidos inibidores de EDTA-protease</td><td>Sigma Aldrich</td><td>11836170001</td><td>Roche cOmplete mini</td></tr><tr><td>etilenoglicol</td><td>Genérico</td><td></td><td>verde etilenoglicol automotivo pode ser comprado em qualquer loja de ferragens local (i.e. Home Depot)</td></tr><tr><td>Hexano</td><td>Sigma Aldrich</td><td>296090</td><td>Anidro, 95%; óleo de</td></tr><tr><td>imersão</td> perigoso <td>Sigma Aldrich</td><td>56822</td><td></td></tr><tr><td>Centrífuga JA10/20</td><td>Beckman</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Grande placa de Petri de plástico</td><td>Genérica</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Nitrogênio líquido</td><td>Uso genérico</td><td></td><td>fornecedor local; perigoso&nbsp;</td></tr><tr><td>Placa de agitação magnética</td><td>Hanna Instruments</td><td>HI190M</td><td></td></tr><tr><td>Microscópio cover slides</td><td>Fisher</td><td>12-542A</td><td></td></tr><tr><td>Tubo de plástico</td><td>Compra genérica</td><td></td><td>Tubo de PVC de loja de ferragens local</td></tr><tr><td>Filme polarizado</td><td>Edmund Optics</td><td>43-781</td><td></td></tr><tr><td>Espuma de poliestireno</td><td>Genérica</td><td></td><td>Pode ser construída a partir de caixas de transporte de poliestireno</td></tr><tr><td>Almofariz e pilão Poreclain</td><td>Fisher</td><td>FB961</td><td></td></tr><tr><td>PVPP</td><td>Sigma Aldrich</td><td>77627</td><td>110 &micro; m tamanho de partícula</td></tr><tr><td>Suporte de retorta</td><td>Fisher</td><td>12-000</td><td></td></tr><tr><td>Barra de agitação pequena</td><td>Fisher</td><td>14-513-51</td><td></td></tr><tr><td>Banho-maria programável por temperatura</td><td>VWR</td><td>13271-118</td><td></td></tr><tr><td>Graxa a vácuo</td><td>Dow Corning/Sigma Aldrich</td><td>Z273554</td><td></td></tr><tr><td>Tubo de vinil</td><td>Genérico</td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

identificação de proteínas de gelo planta de ligao por meio da avaliação da inibição de gelo-recristalização e isolamento utilizando purificação por afinidade de gelo

Identification of Plant Ice-binding Proteins Through Assessment of Ice-recrystallization Inhibition and Isolation Using Ice-affinity Purification

proteínas de ligação de gelo (IBPs) pertencem a uma família de proteínas induzidas por stress que são sintetizados por determinados organismos expostos a temperaturas abaixo de zero. Em plantas, danos causados ​​por congelamento ocorre quando os cristais de gelo crescem extracelulares, resultando na ruptura das membranas plasmáticas e possível morte celular. Adsorção de IBPs de cristais de gelo restringe ainda mais o crescimento de um processo conhecido como inibição de gelo-recristalização (IRI), reduzindo desse modo o dano celular. IBPs também demonstram a capacidade de diminuir o ponto de congelação de uma solução abaixo do ponto de fusão de equilíbrio, uma propriedade conhecida como actividade de histerese térmica (TH). Estas propriedades protectoras despertaram o interesse na identificação de novos IBPs devido ao seu potencial uso em aplicações industriais, médicas e agrícolas. Este artigo descreve a identificação de planta IBPs através de 1) a indução e extracção de IBPs em tecido vegetal, 2) o rastreio de extractos de actividade IRI, e 3) o isolamento e Purificação de IBPs. Após a indução de IBPs por exposição a baixa temperatura, extratos são testados quanto à actividade RII usando um &#39;ensaio de esmagamento&#39;, o que permite a observação do crescimento do cristal de gelo utilizando um microscópio de luz padrão. Este ensaio necessita de uma baixa concentração de proteína e gera resultados que são obtidos rapidamente e facilmente interpretadas, proporcionando uma tela inicial de actividade de ligação de gelo. IBPs pode então ser isolado a partir de proteínas contaminantes, utilizando a propriedade de IBPs para adsorver a gelo, por meio de uma técnica chamada de &#39;purificação de gelo-afinidade&#39;. Utilizando lisados ​​de células recolhidos a partir de extractos de plantas, um hemisfério de gelo pode ser crescido lentamente em uma sonda de latão. Esta incorpora IBPs na estrutura cristalina do gelo policristalino. Que não requer um conhecimento ou bioquímica estrutural priori do IBP, este método permite a recuperação de proteína activa. fracções de proteína purificada de gelo pode ser utilizado para aplicações a jusante, incluindo a identificação de pepsequências de marés por espectrometria de massa e a análise bioquímica de proteínas nativas.

Para facilidade de afinação, a Figura 1 e Figura 2 estão incluídos como representações visuais do equipamento utilizado para a análise e purificação de IRI gelo-afinidade, respectivamente. Os resultados da análise IRI usando extractos recolhidos a partir de plantas daninhas mostarda com e sem IBPs estão representados na Figura 3. Estes resultados mostram que os extractos obtidos a...

Este documento descreve a identificação de proteínas de ligação de gelo a partir de plantas freeze-tolerantes através da avaliação da actividade de inibição de recristalização de gelo e subsequente isolamento de IBPs nativas usando gelo purificação por afinidade.

Identificação de Proteínas de gelo Planta de ligao por meio da avaliação da Inibição de gelo-recristalização e isolamento utilizando purificação por afinidade de gelo

Ice-binding proteins (IBPs) belong to a family of stress-induced proteins that are synthesized by certain organisms exposed to subzero temperatures. In ...

O objetivo geral deste protocolo é identificar novas proteínas ligadoras de gelo ou IBPs em plantas, testando a atividade de ligação ao gelo e isolando peptídeos nativos por meio de purificação com afinidade ao gelo. Este método pode ajudar a responder perguntas fundamentais na área da tolerância ao congelamento em plantas, especificamente sobre proteínas ligadoras de gelo. A principal vantagem dessa técnica é que ela permite isolar proteínas ligadoras de gelo a partir de extratos nativos sem o uso de métodos de purificação complexos.A demonstração visual deste método é essencial, pois a montagem do equipamento pode ser difícil de conceituar. Inicie este protocolo com a montagem do aparelho de impacto conforme descrito no protocolo textual. Para induzir a expressão de proteínas ligadoras de gelo, ou IBPs, em gramíneas tolerantes ao congelamento ou em outras espécies vegetais tolerantes ao congelamento, aclimatize as plantas ao frio por até uma semana a quatro graus Celsius sob condições de pouca luminosidade.Obtenha aproximadamente 0,1 grama de tecido foliar cortando na base do caule e, em seguida, coloque em um tubo de 1,5 mililitro. Congele imediatamente a amostra em nitrogênio líquido e armazene a menos 80 graus Celsius até o uso. Para lisar as células, triture a amostra de tecido em um pó fino usando um almofariz e um pistilo sob nitrogênio líquido.Certifique-se de que o nitrogênio líquido não evapore durante o processo de homogeneização. Coloque imediatamente as amostras moídas sobre gelo e permita que o nitrogênio líquido evapore completamente. Em seguida, adicione um mililitro de um tampão de extração de proteínas nativas e pipete para homogeneizar.Agite suavemente as amostras durante a noite a quatro graus Celsius e realize os passos restantes na mesma temperatura. No dia seguinte, remova os detritos celulares centrifugando as amostras a aproximadamente 1.600 × g por cinco minutos. Mantenha a fração solúvel e centrifugue por mais cinco minutos caso persistam detritos celulares.As amostras clarificadas podem ser armazenadas a menos 20 graus Celsius até o uso. Despeje 100 mililitros de hexano na câmara externa montada com o filme polarizado e adicione cinco a seis perlas de secagem para prevenir o acúmulo de umidade nas lâminas. Em seguida, adicione uma pequena quantidade de graxa a vácuo na placa que cobre o banho e gire para garantir um selo hermético e evitar a evaporação do hexano.40 minutos antes de iniciar o experimento, coloque o bloco de refrigeração em uma caixa de poliestireno diretamente abaixo do tubo de plástico e cubra-o completamente com gelo seco. Antes de iniciar o ensaio, certifique-se de que o tubo esteja nivelado. Em seguida, remova o gelo seco da parte superior do bloco frio.Primeiro, teste este procedimento com água para determinar onde na placa de resfriamento a amostra irá cair. Mergulhe a ponteira descartável acoplada a uma pipeta automática em óleo de imersão, o que permitirá que a amostra caia ao invés de aderir ao exterior da pipeta. Use uma toalha de papel para remover qualquer excesso de óleo.Em seguida, aspire 10 microlitros de água. Coloque a pipeta diretamente sobre o tubo de plástico antes de liberar a água. Um som distinto de estalo deve ser ouvido quando a água atingir o bloco de resfriamento, formando uma monocamada de cristais de gelo.Em seguida, coloque uma lamínula de microscópio de vidro sobre a gota marcada que foi determinada com água. Imediatamente antes de iniciar o ensaio, ligue a fonte de luz e remova qualquer gelo que tenha se formado na parte inferior da câmara de vidro. Em seguida, realize o ensaio de impacto com a amostra, como feito com a água, liberando 10 microlitros da amostra sobre a lamínula de vidro para criar uma monocamada de cristais de gelo.Remova rapidamente e com cuidado a lâmina do microscópio do bloco frio usando pinças e coloque-a na banho de hexano sobre a película polarizadora. Observando pelo microscópio, posicione a lâmina no campo de visão e ajuste a lente objetiva de modo que a polarização cruzada permita a visualização de cristais de gelo com alto contraste. Conecte a câmera ao microscópio e ajuste as configurações para macro, permitindo uma visualização nítida dos cristais de gelo, e capture a imagem.Repita esses passos para todas as amostras. Normalmente, coloque até seis lâminas com uma amostra diferente na câmara de hexano. Após concluir, desligue a fonte de luz.Em seguida, coloque uma placa de plástico sobre o banho de hexano, garantindo um selo hermético, e deixe os cristais de gelo anelarem durante a noite. Após a incubação, capture imagens das películas de gelo como anteriormente. Depois de aclimatar o tecido vegetal ao frio como antes, colete aproximadamente 100 a 150 gramas da biomassa moída em tubos de 20 mililitros.Congele rapidamente as amostras e mantenha-as a menos 80 graus Celsius antes do uso. Prepare a amostra como anteriormente, utilizando uma proporção de um para um para a ressuspensão do tecido foliar. Use comprimidos adicionais de inibidor de protease para evitar a degradação das IBPs por proteases endógenas.Para remover os detritos celulares, filtre o lisado através de duas camadas de gaze três vezes. Peline os detritos por centrifugação a 30.000 × g durante 40 minutos a quatro graus Celsius. Em seguida, aumente o volume da amostra para 120 mililitros usando tampão de extração de proteínas nativas e utilize o lisado imediatamente para purificação por afinidade com gelo, a fim de evitar qualquer perda de atividade de ligação ao gelo.Após resfriar o dedo de gelo a menos 0,5 graus Celsius, mergulhe-o subsequentemente em um tubo de 50 mililitros contendo água destilada fria. Adicione alguns fragmentos de gelo para facilitar a nucleação do gelo e permita que uma camada fina de gelo se forme no dedo. Esse processo geralmente leva entre 20 e 30 minutos.Coloque a amostra em um béquer de vidro de 150 mililitros contendo um pequeno bastão magnético de agitação, que deve ser posicionado dentro de um recipiente de poliestireno sobre o agitador magnético. Certifique-se de que o dedo de gelo esteja centralizado e baixado pelo menos até a metade da amostra líquida. Em seguida, feche o recipiente.Permita que o programa seja executado por aproximadamente dois dias, verificando a cada 24 horas. Quando 50% da amostra estiver congelada, interrompa o programa. A incorporação de IBPs no hemisfério de gelo resultará em gravação do gelo.Para remover o hemisfério de gelo, aqueça a sonda a quatro graus Celsius. Em seguida, lave o hemisfério com água destilada para remover proteína não ligada e descongele a quatro graus Celsius. Se o hemisfério de gelo ainda contiver pigmento, ou para aumentar a purificação da amostra, repita os passos de purificação duas a três vezes.Mostram-se aqui extratos coletados de um controle com tamp&atilde;o sem PBIs e extratos de Arabidopsis thaliana selvagem que n&atilde;o cont&ecirc;m PBIs. Ap&oacute;s 18 horas, o controle com tamp&atilde;o e os extratos de A. thaliana s&atilde;o incapazes de restringir o crescimento de cristais de gelo. Em contraste, os pequenos cristais de gelo observados com extratos de A. thaliana transg&ecirc;nica expressando PBIs de Lolium perenne aclimatado ao frio restringem significativamente o crescimento de cristais de gelo.Após a primeira rodada de purificação, o alto grau de corrosão por gelo na superfície do hemisfério indica que as IBPs se adsorveram ao gelo e modificaram o crescimento dos cristais de gelo. Para remover solutos adicionais, pigmentos e proteínas contaminantes, foi utilizada uma segunda rodada de afinidade pelo gelo, resultando em um hemisfério de gelo mais claro. Após este procedimento, a conformação do gelo e a histerese térmica podem ser avaliadas usando um osmômetro de nanolitros, a fim de caracterizar ainda mais as proteínas ligadoras de gelo.Além disso, frações isoladas podem ser enviadas para espectrometria de massas com o objetivo de identificar as sequências de peptídeos.

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Research

JoVE Journal

Biochemistry

Bioquímica

Aqui nós descrevemos uma nova técnica proteômica quantitativa para a identificação de complexos de proteína em Saccharomyces cerevisiae. Neste estudo, nós utilizamos o método SILAC juntamente com purificação de afinidade seguido por espectrometria de massa para identificar com alta especificidade dos parceiros de ligação de uma proteína ER, Scs2p.

Identificação de complexos de proteínas com proteômica quantitativa em S. cerevisiae

Proteínas de ligação de gelo (IBPS), também conhecidas como proteínas anticongelantes, inibir o crescimento do gelo e são um aditivo promissor para uso na criopreservação de tecidos. A principal ferramenta utilizada para investigar IBPS é o osmómetro nanolitro. Nós desenvolvemos uma casa projetada fase de arrefecimento montado em um microscópio óptico e controlados usando uma custom-built rotina LabVIEW. O osmómetro nanolitro descrito aqui manipulado a temperatura da amostra de forma...

LabVIEW operado Osmometer nanolitro Novel de Investigações de gelo ligação às proteínas

Descrevemos aqui um protocolo para a purificação e caracterização de complexos de proteínas de plantas. Nós demonstramos que por imunoprecipitando uma única proteína dentro de um complexo, para que possamos identificar as suas modificações pós-traducionais e seus parceiros que interagem.

Identificação de modificações pós-translacionais de Complexos de proteína vegetal

Proteínas anticongelantes (AFPs) se ligam a planos específicos de gelo para prevenir ou retardar o crescimento do gelo. A análise de afinidade de aviões de gelo baseada em fluorescência (FIPA) é uma modificação do método original de gravação de gelo para determinação de aviões de gelo ligados à AFP. Os AFPs são rotulados fluorescentemente, incorporados em cristais de gelo simples macroscópicos, e visualizados sob luz UV.

Determinando os planos de ligação de gelo de proteínas anticongelantes pela afinidade do plano de gelo baseado em fluorescência

Este protocolo combina a caracterização de uma amostra de proteínas por eletroforese em gel capilar e uma triagem rápida ligação para ligantes carregadas por eletroforese capilar de afinidade. É recomendável para proteínas com uma estrutura flexível, tais como proteínas intrinsecamente desordenadas, para determinar as diferenças de ligação para diferentes conformistas.

Análise de AtHIRD11 desordem intrínseca e ligação para íons metálicos por eletroforese em Gel capilar e afinidade de eletroforese capilar

Apresentamos abordagens para a caracterização estrutural e biofísica das glicoproteínas com a dobra de imunoglobulina por cristalografia de raios x, Calorimetria de Titulação Isotérmica e interferometria de biolayer.

Caracterização de Glicoproteínas com Dobra da Imunoglobulina por Cristalografia de Raios-X e Técnicas Biofísicas

Apresentamos um protocolo para a detecção óptica em tempo real de proteínas sem rótulo única, como eles são secretados de células vivas. Isto é baseado em microscopia de dispersão interferométricas (iSCAT), que pode ser aplicada a uma variedade de diferentes sistemas biológicos e configurações.

Etiqueta-Free Imaging de único proteínas secretadas de células vivas através de iSCAT microscopia

Este protocolo centra-se na identificação de proteínas que se ligam a fosfatos de inositol ou fosfoinositídeos. Ele usa a cromatografia de afinidade com fosfatos de inositol biotinylated ou fosfoinositídeos que são imobilizados via estreptavidina para agarose ou grânulos magnéticos. Fosfato de inositol ou proteínas de ligação Fosfoinositídeo são identificados por western blotting ou espectrometria de massa.

Identificação de fosfato de inositol ou proteínas Fosfoinositídeo interagindo por cromatografia de afinidade acoplada a Western blot ou espectrometria de massas

Descrito aqui é um método de rotulagem de proximidade para identificação de parceiros de interação do domínio TIR do receptor imunológico NLR no tecido da folha Nicotiana benthamiana. Também é fornecido um protocolo detalhado para a identificação de interações entre outras proteínas de interesse utilizando essa técnica em Nicotiana e outras espécies vegetais.

Rotulagem de proximidade baseada em turboid para identificação na planta de redes de interação proteína-proteína

Este artigo apresenta um método para gerar cristais proteicos derivados com I3C (5-amino-2,4,6-triiodoisophthalic ácido) utilizando microseeding para gerar novas condições de cristalização em telas de matriz esparsas. As bandejas podem ser configuradas usando robôs de distribuição de líquidos ou à mão.

Derivatização de Cristais de Proteína com I3C usando Triagem de Matriz Microseada Aleatória

Aqui, apresentamos um protocolo passo-a-passo para a realização do experimento de marcação por proximidade (PL) em pepino (Cucumis sativus L.) usando AT4G18020 (APRR2)-proteína AirID como modelo. O método descreve a construção de um vetor, a transformação de um construto através de agroinfiltração, infiltração de biotina, extração de proteínas e purificação de proteínas marcadas com biotina através da técnica de purificação por afinidade.

Marcação de proximidade baseada em AirID para interação proteína-proteína em plantas

Aprenda a identificar proteínas de ligação ao gelo em plantas tolerantes ao frio usando purificação por afinidade ao gelo. Este método simplificado permite isolar IBPs nativos sem técnicas complexas de purificação.

Identificação de Proteínas de gelo Planta de ligao por meio da avaliação da Inibição de gelo-recristalização e isolamento utilizando purificação por afinidade de gelo (Vídeo) | JoVE Journal

Identificação de Proteínas de gelo Planta de ligao por meio da avaliação da Inibição de gelo-recristalização e isolamento utilizando purificação por afinidade de gelo

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