Name: Isolamento do DNA robusto e construção de biblioteca de sequenciamento de alto rendimento para espécimes de herbário (Vídeo) | JoVE Journal
Uploaded: 2018-03-08T14:30:00.000+00:00
Duration: 13 min 3 s
Description: Aprenda a isolar DNA de espécimes de herbário degradados e construir bibliotecas de sequenciamento de alto rendimento. Este método robusto maximiza o uso de coleções históricas em estudos filogenômicos sem amostragem destrutiva extensiva.

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Agradecemos a Taylor AuBuchon-Elder, Jordan Teisher e Kristina Zudock para assistência em espécimes de herbário de amostragem e o jardim botânico de Missouri para o acesso aos espécimes de herbário para amostragem destrutiva. Este trabalho foi apoio por um subsídio da Fundação Nacional de ciência (DEB-1457748).

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</ol>

Os autores declaram que eles têm não tem interesses concorrente.

O protocolo aqui apresentado é um método abrangente e robusto para isolamento de DNA e sequenciamento de preparação da biblioteca de amostras de planta seca. A consistência do método e necessidade mínima de alterá-lo baseado em amostra qualidade fazer escalável para projetos de sequenciamento de grande baseada no herbário. A inclusão de uma etapa opcional reamplification para baixo rendimento bibliotecas permite a inclusão de baixa qualidade, baixa quantidade, rara ou historicamente importantes amostras que não seriam ap...

Coleções de herbário são uma fonte potencialmente valiosa de espécies e diversidade genômica para estudos incluindo filogenética1,2,3, genética de populações4,5, conservação Biologia6, espécies invasoras biologia7e de evolução do traço8. A capacidade de obter uma rica diversidade de espécies, populações, localizações geográficas e pontos de tempo destaca o "tesouro"9 que é o herbário. Historicamente, a natureza degradada do herbário-derivada de ADN tem prejudicado projetos baseados em PCR, muitas vezes relegando pesquisadores usando apenas marcadores encontrados em cópia elevada, tais como regiões do genoma do cloroplasto ou do espaçador transcrito interno (ITS) do ribossômico RNA. Qualidade dos espécimes e DNA variam amplamente baseado em métodos de preservação9,10, com quebras de dupla-hélice e fragmentação do calor usado no processo de secagem, sendo as formas mais comuns de danos, criando o so-called 90% DNA de lock-up que tem hipotecada estudos baseados em PCR11. Além de fragmentação, a questão segundo mais prevalente no herbário genómica é contaminação, tais como que derivado de fungos endofíticos13 ou fungos adquiriram após a morte, após a colheita, mas antes de montar no herbário12, embora Este problema pode ser resolvido bioinformatically dado do banco de dados bem fúngico (veja abaixo). Um terceiro e menos comum, o problema é a modificação de sequência a citosina desaminação (C/G→T/A)14, embora estima estar baixa (~ 0,03%) em espécimes de herbário11. Com o advento do sequenciamento de alto rendimento (HTS), a questão da fragmentação pode ser superada com leituras curtas e sequenciamento profundidade12,15, permitindo a aquisição de dados de nível de genômica de numerosos espécimes com baixa qualidade DNA e por vezes mesmo permitindo de sequenciamento do genoma inteiro15.
Amostras de herbário são cada vez mais frequentemente utilizadas e são um componente maior de projetos filogenética16. Um desafio atual da utilização de espécimes de herbário para HTS é consistentemente a obtenção suficiente DNA encalhado dobro, uma condição prévia necessária para protocolos de sequenciamento, de inúmeras espécies em tempo hábil, sem a necessidade de otimizar métodos para indivíduo espécimes. Neste trabalho, um protocolo para extração de DNA e preparação da biblioteca de espécimes de herbário é demonstrado que tira proveito dos métodos existentes e modifica-los para permitir resultados rápidos e replicáveis. Este método permite a completo de processamento de amostra para uma biblioteca de 24 amostras em 13 h, com tempo de hands-on de 8 h, ou 16 h, com tempo de hands-on 9 h, quando a etapa opcional reamplification é necessária. Processamento simultâneo de mais amostras é viável, embora o fator limitante é centrífuga capacidade e habilidade técnica. O protocolo é projetado para exigir apenas típico equipamento de laboratório (thermocycler, centrífuga e suportes magnéticos) em vez de equipamentos especializados, tais como um nebulizador ou sonicador, para a tosquia de DNA.
Qualidade de DNA, tamanho do fragmento e a quantidade estão limitando fatores para a utilização de espécimes de herbário em experimentos de sequenciamento de alto rendimento. Outros métodos para isolar o DNA de herbário e criar bibliotecas de sequenciamento de alta produtividade têm demonstrado a utilidade de usar tão pouco quanto 10 ng de DNA16; no entanto eles exigem experimentalmente determinando o número ideal de PCR ciclos necessários para a preparação de biblioteca. Isso se torna impraticável quando lidar com quantidades extremamente pequenas de duplo viável encalhado DNA (dsDNA), como alguns espécimes de herbário produzem DNA apenas suficiente para uma preparação única biblioteca. O método aqui apresentado usa um único número de ciclos, independentemente da qualidade da amostra, para que nenhum DNA é perdido em passos de otimização de biblioteca. Em vez disso, um passo de reamplification é invocado quando bibliotecas não respeitem os valores mínimos necessários para sequenciamento. Muitas amostras de herbário são raras e possuem pouco material, tornando-se difícil justificar a amostragem destrutiva em muitos casos. Para combater isso, o protocolo apresentado permite dsDNA entrada tamanhos menos de 1.25 ng para o processo de preparação de biblioteca, ampliando o escopo das amostras viáveis para alta produtividade de sequenciamento e minimizando a necessidade de amostragem destrutiva de espécimes.
O protocolo seguinte foi otimizado para gramíneas e testado em centenas de espécies diferentes de amostras de herbário, embora esperamos que o protocolo pode ser aplicado a muitos outros grupos de plantas. Ele inclui uma etapa de recuperação opcional que pode ser usada para salvar a baixa qualidade e/ou espécimes raros. Este protocolo baseado em mais de 200 espécimes de herbário testados, funciona em espécimes com tecido baixa entrada e qualidade, permitindo a preservação de espécimes raros através de amostragem destrutiva mínima. Aqui é mostrado que este protocolo pode fornecer bibliotecas de alta qualidade que podem ser sequenciadas para projetos baseados em phylogenomics.

<table><tbody><tr><td>Termociclador Veriti</td><td>Applied Biosystems</td><td>4452300</td><td>96 poços&nbsp;</td></tr><tr><td>Sistema de Imagem em Gel</td><td>Azure Biosystems</td><td>c300</td><td></td></tr><tr><td>Microfuge 20 Series</td><td>Beckman Coulter</td><td>B30137</td><td></td></tr><tr><td>Banho Seco Digital</td><td>Benchmark Scientific</td><td>BSH1001</td><td></td></tr><tr><td>Sistema de Eletroforese</td><td>EasyCast</td><td>B2</td><td></td></tr><tr><td>PURELAB flex 2 (Água ultra pura)</td><td>ELGA&nbsp;</td><td>89204-092</td><td></td></tr><tr><td>Tubo de DNA LoBind&nbsp;</td><td>Eppendorf</td><td>30108078</td> Mini centrífuga <td>de 2 ml</td></tr><tr><td></td><td>Fisher Scientific</td><td>12-006-901</td><td></td></tr><tr><td>Vortex-Genie 2</td><td>Fisher Scientific</td><td>12-812</td><td></td></tr><tr><td>Mortar</td><td>Fisher Scientific</td><td>S02591</td><td>pilão de porcelana</td></tr><tr><td></td><td>fisher Scientific</td><td>S02595</td> tubos <td></td></tr><tr><td>de centrífuga</td> de porcelana <td>fisher Scientific</td><td>21-403-161</td><td></td></tr><tr><td>Microondas</td><td>Kenmore</td><td>405.7309231</td><td></td></tr><tr><td>Qubit Tubos de Ensaio</td><td>Invitrogen</td><td>Q32856</td><td></td></tr><tr><td>0.2 ml Tubo de tira e tampa para PCR</td><td>VWR</td><td>20170-004</td><td></td></tr><tr><td>Qubit 2.0 Fluorômetro</td><td>Invitrogen</td><td>Q32866</td><td></td></tr><tr><td>Balance</td><td>Mettler Toledo</td><td>PM2000</td><td></td></tr><tr><td>Armazenamento</td> <td>de Curto Prazo de Nitrogênio LíquidoSuporte</td> de Anel Magnético Nalgene <td>F9401</td><td></td></tr><tr><td></td><td>ThermoFisher Scientific&nbsp;</td><td>AM10050</td><td>96 poços</td></tr><tr><td>Banho-maria</td><td>VWR</td><td>89032-210</td><td></td></tr><tr><td>Agitadores de placa quente</td><td>VWR</td><td>97042-754</td><td></td></tr><tr><td>Nitrogênio líquido</td><td></td><td>Airgas UN1977</td><td></td></tr><tr><td>1 X TE Buffer</td><td>Ambion</td><td>AM9849</td><td>pH 8,0</td></tr><tr><td>CTAB</td><td>AMRESCO</td><td>0833-500G</td><td></td></tr><tr><td>2-MERCAPTOETANOL</td><td>AMRESCO</td><td>0482-200ML</td><td></td></tr><tr><td>Ribonuclease A</td><td>AMRESCO</td><td>E866-5ML</td><td>10 mg / ml solução</td></tr><tr><td>Agencourt AMPure XP</td><td>Beckman Coulter</td><td>A63882</td><td></td></tr><tr><td>Cloreto de sódio</td><td>bio WORLD</td><td>705744</td><td></td></tr><tr><td>Álcool isopropílico</td><td>bio WORLD</td><td>40970004-1</td><td></td></tr><tr><td>Água livre de nuclease</td><td>bio WORLD</td><td>42300012-2</td><td></td></tr><tr><td>Álcool isoamílico</td><td>Fisher Scientific</td><td>A393-500</td><td></td></tr><tr><td>Acetato de Sódio Trihidratado</td><td>Fisher Scientific</td><td>s608-500</td><td></td></tr><tr><td>LE Agarose</td><td>GeneMate</td><td>E-3120-500</td><td></td></tr><tr><td>100bp PLUS DNA Ladder</td><td>Gold Biotechnology</td><td>D003-500</td><td></td></tr><tr><td>EDTA, Sal Dissódico</td><td>IBI Scientific</td><td>IB70182</td><td></td></tr><tr><td>Qubit Kit de Ensaio dsDNA HS</td><td>Life Technologies</td><td>Q32854</td><td></td></tr><tr><td>TRIS</td><td>MP Biomedicals</td><td>103133</td><td>ultra pure</td></tr><tr><td>Gel Loading Dye Purple (6 X)</td><td>New England BioLabs</td><td>B7024S</td><td></td></tr><tr><td>NEBNext dsDNA Fragmentase</td><td>New England BioLabs</td><td>M0348L</td><td></td></tr><tr><td>NEBNext Ultra II DNA Library Prep Kit para Illumina&nbsp;</td><td>New England BioLabs</td><td>E7645L</td><td></td></tr><tr><td>NEBNext Multiplex Oligos para Illumina</td><td>New England BioLabs</td><td>E7600S</td><td>Dual Index Primers Set 1</td></tr><tr><td>NEBNext Q5 Hot Start HiFi PCR Master Mix</td><td>New England BioLabs</td><td>M0543L</td><td></td></tr><tr><td>Mag-Bind RXNPure Plus</td><td>Omega bio-tek</td><td>M1386-02</td><td></td></tr><tr><td>GelRed 10000 X</td><td>Pheonix Research</td><td>41003-1</td><td></td></tr><tr><td>Solução de fenol</td><td>SIGMA Life Science</td><td>P4557-400ml</td><td></td></tr><tr><td>PVP40</td><td>SIGMA-Aldrich</td><td>PVP40-50G</td><td></td></tr><tr><td>Clorofórmio</td><td>VWR</td><td>EM8.22265.2500</td><td></td></tr><tr><td>Etanol</td><td>Koptec</td><td>V1016</td> Areia de sílica à <td>prova de 200</td></tr><tr><td></td><td>VWR</td><td>14808-60-7</td><td></td></tr><tr><td>Primers de reamplificação</td><td>Tecnologias integradas de DNA</td><td>ver texto</td><td></td></tr><tr><td>Sequencher v.5.0.1</td><td>GeneCodes</td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

isolamento do dna robusto e construção de biblioteca de sequenciamento de alto rendimento para espécimes de herbário

Robust DNA Isolation and High-throughput Sequencing Library Construction for Herbarium Specimens

Herbários são uma fonte inestimável de materiais vegetais que podem ser usados em uma variedade de estudos biológicos. A utilização de espécimes de herbário é associada com um número de desafios, incluindo a qualidade de preservação de amostra, DNA degradado e amostragem destrutiva de espécimes raros. Para utilizar mais eficazmente o material de herbário em projetos de sequenciamento de grande, é necessário um método confiável e escalável de preparação de isolamento e biblioteca de DNA. Este artigo demonstra um protocolo robusto, início-a-ponta para DNA isolamento e elevado-throughput construção da biblioteca de amostras botânicas que não exige modificação para amostras individuais. Este protocolo é adaptado para planta baixa qualidade secada material e leva vantagem de métodos existentes através da otimização de moagem de tecido, modificando a seleção de tamanho de biblioteca e introduzindo um passo opcional reamplification para bibliotecas de baixo rendimento. Reamplification de bibliotecas de DNA de baixo rendimento pode salvar amostras provenientes de espécimes de herbário potencialmente valioso e insubstituível, eliminando a necessidade de amostragem destrutiva adicional e sem a introdução de viés de sequenciamento discernível para comum aplicações filogenéticas. O protocolo foi testado em centenas de espécies de gramíneas, mas é esperado para ser adaptável para o uso em outras linhagens de planta após verificação. Este protocolo pode ser limitado por DNA extremamente degradado, onde não existem fragmentos na faixa de tamanho desejado, e por metabólitos secundários presentes em alguns materiais vegetais que inibem limpo isolamento do DNA. Em geral, este protocolo introduz um método rápido e abrangente que permite o isolamento de DNA e preparação da biblioteca de 24 amostras em menos de 13 h, com apenas 8 h de tempo ativo de hands-on com modificações mínimas.

Isolamento de DNA e o rendimento Final da biblioteca Neste estudo, demonstrou-se a eficácia do protocolo para o isolamento do DNA de herbário e a recuperação das bibliotecas de sequenciamento de alta qualidade usando 50 amostras diferentes com os mais antigos de 1920 e o mais novo a partir de 2012 (tabela 2). Para cada amostra, cerca de 10 mg de tecido foliar foi usado para isolamento de DNA. Tecido de folha verde foi favorecido, se disponível, e não t...

Este artigo demonstra um protocolo detalhado para isolamento de DNA e construção de biblioteca de sequenciamento da elevado-produção de material de herbário, incluindo resgate de má qualidade excepcionalmente DNA.

Isolamento do DNA robusto e construção de biblioteca de sequenciamento de alto rendimento para espécimes de herbário

Herbaria are an invaluable source of plant material that can be used in a variety of biological studies. The use of herbarium specimens is associated with ...

O objetivo geral deste protocolo é aumentar a quantidade de DNA de fita dupla isolado e subsequentes bibliotecas de sequenciamento de alto rendimento de espécimes de herbário, maximizando sua utilidade em estudos filogenômicos. Este método desbloqueia o potencial de espécimes de herbário que, de outra forma, não seriam úteis para projetos de sequenciamento como sequências genômicas devido à extensa degradação da amostra. A principal vantagem dessa técnica é que ela é robusta o suficiente para que espécimes de herbário raros e historicamente significativos possam ser usados sem a necessidade de amostragem destrutiva extensiva.Esta técnica estende a profundidade da amostragem de táxons em projetos espaçados sistemáticos. A aquisição de espécies é uma etapa limitante, mas com este protocolo, coleções históricas podem ser facilmente utilizadas nesses estudos. Adicione nitrogênio líquido e 30 a 50 miligramas de areia esterilizada para moer um centímetro quadrado de tecido de herbário pré-selecionado em pó fino em almofariz e pilão pré-resfriados.A moagem adequada é essencial para o isolamento bem-sucedido do DNA. E deve-se tomar cuidado para que a amostra seja completamente pulverizada. Em seguida, adicione o pó congelado a dois tubos de dois mililitros, preenchendo não mais do que a metade do volume do tubo.Em seguida, adicione 600 microlitros de solução quente de CTAB a cada tubo. Misture bem o pó invertendo e vórtice. Em seguida, incube as amostras em banho-maria mantido a 65 graus Celsius por uma a 1,5 horas.Enquanto isso, vórtice a cada 15 minutos. Em seguida, centrifugar as amostras a 10 000 g durante cinco minutos à temperatura ambiente. Após a centrifugação, transfira aproximadamente 500 microlitros do sobrenadante para um novo conjunto de tubos rotulados.Ao sobrenadante, adicione quatro microlitros de 10 miligramas por mililitro de RNase A a cada melodia. Em seguida, misture o conteúdo do tubo invertendo ou pipetando. Incube as amostras em um bloco de calor ou banho-maria mantido a 37 graus Celsius por 15 minutos.Uma vez que os tubos tenham atingido a temperatura ambiente, adicione aproximadamente 500 microlitros de fenol 25:24:1, clorofórmio e mistura de álcool isoamílico às amostras. Em seguida, misture o conteúdo dos tubos invertendo ou pipetando repetidamente. Em seguida, centrifugar as amostras a 12 000 g durante 15 minutos à temperatura ambiente.Transfira a camada aquosa superior, que é de aproximadamente 400 microlitros, para um novo conjunto de tubos rotulados. À camada aquosa de cada tubo, adicione aproximadamente 400 microlitros de clorofórmio 24:1 e mistura de álcool isoamílico. Misturar bem a amostra por pipetagem repetida ou inversão.Em seguida, centrifugue os tubos a 12.000 g por cinco minutos e transfira aproximadamente 300 microlitros da camada aquosa superior para tubos pré-resfriados e rotulados. Em seguida, adicione 300 microlitros de isopropanol pré-resfriado e 12 microlitros de acetato de sódio 2,5 molar. Em seguida, incube os tubos a 20 graus Celsius negativos por 30 a 60 minutos.Após a incubação, retire as amostras do congelador. Em seguida, centrifugar as amostras a 12 000 g durante 15 minutos à temperatura ambiente. Após a centrifugação, lave o pellet com aproximadamente 300 a 500 microlitros de etanol a 70%.Centrifugar novamente os tubos a 12 000 g durante 10 minutos. Em seguida, sem perturbar o pellet, remova cuidadosamente o sobrenadante. Em seguida, seque os pellets ao ar livre e dissolva o DNA em 50 microlitros de tampão 1X Tris-EDTA.Adicione um a 16 microlitros de DNA isolado e dois microlitros de tampão de reação de fragmentação em um tubo de reação em cadeia da polimerase de 0,2 mililitro. Ajuste o volume final para 18 microlitros com água livre de nuclease. Em seguida, adicione dois microlitros de enzima de fragmentação de DNA de fita dupla e vortex a mistura brevemente por três segundos.Em seguida, incube as amostras a 37 graus Celsius por 8,5 minutos no termociclador. Após a incubação, adicione cinco microlitros de EDTA 0,5 molar aos tubos. Adicione 25 microlitros de água livre de nuclease para ajustar o volume total do DNA cisalhado para 50 microlitros.Em seguida, adicione 45 microlitros de esferas de SPRI mantidas em temperatura ambiente a 50 microlitros de DNA cortado e misture bem os dois pipetando-os para cima e para baixo. Deixar a amostra que contém os tubos durante cinco minutos. Em seguida, transfira os tubos para uma placa magnética e aguarde mais cinco minutos.Expulse cuidadosamente o sobrenadante. Em seguida, adicione 200 microlitros de etanol fresco a 80% aos tubos no suporte magnético e aguarde mais 30 segundos em temperatura ambiente. Após 30 segundos, remova cuidadosamente o sobrenadante.Deixe a tampa do tubo aberta para secar as contas ao ar por cinco minutos no suporte magnético. Em seguida, remova os tubos do suporte magnético e elua o DNA das esferas em 55 microlitros de tampão Tris-EDTA 0,1X. Misture bem o DNA por pipetagem repetida.Em seguida, incubar a amostra à temperatura ambiente durante cinco minutos. Novamente, coloque o tubo no suporte magnético e espere que a solução desapareça em aproximadamente dois minutos. Remova 52 microlitros do sobrenadante e, em seguida, execute a análise de quantificação de DNA conforme descrito no protocolo de texto.A 50 microlitros de DNA limpo e cisalhado, adicione três microlitros de endonuclease, enzimas de rejeito de fosfato e sete microlitros de tampão de reação. Misture bem o DNA e os outros componentes pipetando para cima e para baixo. Em seguida, gire os tubos para remover as bolhas.Após a centrifugação, transfira as amostras para um termociclador e defina o programa. Dilua o adaptador de 25 a 50 vezes para atingir uma concentração de trabalho de 0,6 a 0,3 micromolar. Para sequenciamento de leitura curta de alto rendimento, adicione 30 microlitros de mistura mestre de ligação, um microlitro de intensificador de ligação e 2,5 microlitros de adaptador aos tubos.Misture bem o conteúdo dos tubos pipetando para cima e para baixo. Novamente, gire os tubos para remover quaisquer bolhas. Em seguida, incube o tubo a 20 graus Celsius por 15 minutos.Adicione três microlitros de mistura comercial de uracila-DNA glicosilase e DNA glicosilase liase endonuclease VIII aos tubos. Ajuste o volume total para 96,5 microlitros. Misture bem os componentes e incube a 37 graus Celsius por 15 minutos no termociclador.No tubo, prepare a mistura de reação em cadeia da polimerase adicionando todos os reagentes ao DNA limpo e ligado ao adaptador. Em seguida, misture bem a reação por vórtice. Assim que o vórtice terminar, coloque o samples no termociclador e inicie a configuração de amplificação do termociclador.Adicione cerca de 25 microlitros de esferas magnéticas mantidas em temperatura ambiente à amostra e misture por pipetagem repetida. Incubar a amostra durante cinco minutos. Em seguida, transfira os tubos para um suporte magnético e aguarde mais cinco minutos.Após cinco minutos, remova o sobrenadante para um novo conjunto de tubos rotulados. Em seguida, ao sobrenadante, adicione seis microlitros de esferas de SPRI mantidas em temperatura ambiente e misture bem. Depois de incubar as amostras por cinco minutos, transfira os tubos na placa magnética e aguarde mais cinco minutos.Remova e descarte o sobrenadante. Em seguida, adicione 200 microlitros de etanol fresco a 80% aos tubos no suporte magnético. Em seguida, incube os tubos em temperatura ambiente por 30 segundos.Após 30 segundos, remova cuidadosamente o sobrenadante e seque as esferas ao ar por cinco minutos com a tampa do tubo aberta enquanto ainda estiver no suporte magnético. Agora remova os tubos do ímã. Eluir o DNA alvo das esferas em 33 microlitros de tampão Tris-EDTA 0,1X e sujeito a uma mistura completa.Após a mistura adequada, incube em temperatura ambiente por cinco minutos. Em seguida, transfira os tubos para o suporte magnético e aguarde cerca de dois minutos até que a solução fique límpida. Pipete 30 microlitros do sobrenadante para tubos de dois mililitros para armazenamento.Para mostrar o isolamento do DNA do herbário, um gel de agarose foi executado com DNA de fita dupla isolado de diferentes espécimes de herbário. Usando 10 miligramas de tecido foliar, quase 3,56 a 2.610 nanogramas de DNA de fita dupla isolado foram carregados no gel de agarose. O gel mostra DNA de herbário degradado em forma de esfregaço em todas as pistas.Em seguida, a fim de mostrar a recuperação da biblioteca de sequenciamento de alta qualidade do DNA isolado de 10 espécimes de herbário, um gel de agarose foi executado. Antes do carregamento no gel de agarose, aproximadamente 1,26 a 464 nanogramas do DNA isolado do herbário foram submetidos ao cisalhamento enzimático e limpeza com 90% do volume do grânulo. O gel de agarose mostra a recuperação de uma biblioteca de sequenciamento de alta qualidade do DNA de 10 espécimes de herbário.As bibliotecas de sequenciamento final mostram uma banda primária entre 300 a 500 pares de bases. Em seguida, para mostrar a sequência shotgun do DNA derivado do herbário, foi obtido um gráfico circular do genoma do cloroplasto TK 686. A sequência mostra o comprimento total do DNA, a região de repetição invertida e a presença de regiões grandes e pequenas de cópia única.Uma vez dominada, essa técnica pode ser executada em 24 amostras em menos de 13 horas, com apenas cerca de oito horas de tempo prático ativo. Após esse procedimento, outros métodos, como a captura de sequências, podem ser realizados nas bibliotecas resultantes para gerar dados nucleares para estudos filogenéticos.

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Research

JoVE Journal

Genetics

Genética

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Oi-C: um método para estudar a arquitetura tridimensional de Genomas.

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Automated Gel seleção de tamanho para melhorar a qualidade das bibliotecas de sequenciação de próxima geração Preparado a partir de amostras de água do ambiente

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Ultralow genoma entrada biblioteca preparação de um único espécime Tardigrade de sequenciamento

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Aprenda a isolar DNA de espécimes de herbário degradados e construir bibliotecas de sequenciamento de alto rendimento. Este método robusto maximiza o uso de coleções históricas em estudos filogenômicos sem amostragem destrutiva extensiva.

Isolamento do DNA robusto e construção de biblioteca de sequenciamento de alto rendimento para espécimes de herbário

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