Name: Determinação da taxa de sedimentação de argila/cianobactérias Floccules (Vídeo) | JoVE Journal
Uploaded: 2018-06-11T14:00:00.000+00:00
Duration: 6 min
Description: Aprenda a medir taxas de sedimentação de argila e flóculos de cianobactérias em ambiente laboratorial controlado. Este método fornece dados quantitativos e registros visuais para estudos de sedimentologia e ecologia microbiana.

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Os autores reconhecem com gratidão financiamento de ciências naturais e engenharia pesquisa Conselho do Canadá (05448, 165831 e 213411).

1. preparar culturas cianobactérias
<ol><li>
Preparando as culturas de inoculação usando meios sólidos
	<ol>
<li>Obter células de cianobactérias axénica da American Type Culture Collection ou coleta de cultura de Pasteur. Por exemplo, os unicelulares, marinho Synechococcus SP. PCC 7002 foi obtida a partir da coleção de cultura de Pasteur, será referido como Synechococcusdaqui por diante.</li>
		<li>Manter Synechococcus células em placas contendo meios sólidos (A + líquido mídia14 e 1,5% ágar15). Isto serão referidos daqui por diante como culturas de inoculação.</li>
		<li>Incube as placas a 32 ± 2 ° C com luz contínua fornecida em 30 – 50 µmol fótons m-2 s-1,15,18.</li>
		<li>Repita as etapas 1.1-1.3 e substituir um + mídia com BG-1116 etapa 1.1.2 para espécies de água doce, cianobactérias, como Synechocystis SP. PCC 680316,17, referida em outra vida como Synechocystis. Consulte tabelas 1-4 para a composição dos meios de comunicação A + e BG-11.</li>
	</ol>
</li>
	<li>
Preparação de culturas líquidas: cada experimento tanque requer uma cultura de cianobactérias de 400 mL.
	<ol>
<li>Recolha uma 250 mL e dois L 1 frasco de Erlenmeyer resistente ao calor.</li>
		<li>Lave cada balão com uma solução de ácido clorídrico (HCl) de 4m (30 mL de solução de HCl para cada frasco), seguida por água destilada. Cuidado: o ácido clorídrico é corrosivo e tóxico. Certifique-se de que um jaleco, óculos de segurança e luvas resistentes a ácidos são usadas enquanto estiver usando a solução de HCl de 4m. Execute esta etapa em uma pia de laboratório e siga os regulamentos locais relativas à eliminação da solução de HCl de 4m</li>
		<li>Encha o balão de 250 mL com 50 mL de meio líquido (A + ou BG-11). Encha um frasco de 1 L com 400 mL de meio líquido (A + ou 11 BG) e o outro balão de 1L com 600ml de mídia (A + ou BG-11).</li>
		<li>Cada frasco com uma rolha de espuma permeável ao gás do selo e cobrir o pescoço de rolha e balão de espuma com papel alumínio.</li>
		<li>Rótulo e autoclave os frascos a 121 ° C e 100 kPa durante 25 min. permitir que os frascos arrefecer à temperatura ambiente.</li>
		<li>Prepare um capuz de fluxo laminar, esterilizar a superfície com álcool 70%.</li>
		<li>Recolha uma ansa de inoculação metálica, um bico de Bunsen, frasco de meio líquido de refrigeração 50 mL (da etapa 1.2.5) e a cultura de inoculação (da etapa 1.1). Coloca esses itens no bairro fluxo esterilizado.</li>
		<li>Esterilize a ansa de inoculação metálica brevemente usando a chama de um bico de Bunsen e deixe-o arrefecer.</li>
		<li>Arraste o loop legal ao longo da superfície da cultura inoculação para coletar células de cianobactérias.</li>
		<li>Remover o bujão de espuma e tampa de alumínio do frasco de 250 mL (sem tocar o batente de espuma) e esterilizar a borda do frasco Erlenmeyer por passagem brevemente através da chama.</li>
		<li>Incline o frasco a mídia aproxima-se o colo do balão e inserir o laço do inoculation revestido com células para o balão. Uma vez que o loop está submersa na mídia, agite o loop de inoculação para remover as células.</li>
		<li>Retire o laço do inoculation e re-esterilizar o lábio do balão utilizando a chama do bico de Bunsen.</li>
		<li>Substitua o bujão de espuma e tampa de alumínio o Erlenmeyer (sem tocar o batente de espuma).</li>
		<li>Esterilize o laço do inoculation brevemente dentro da chama do bico de Bunsen.</li>
		<li>Prepare um quarto de crescimento (referido como a câmara de crescimento) onde a temperatura é mantida em 30 ° C15,18 e intensidade da luz é de 30 – 50 µmol fótons m-2 s-1,15,18 . Umidade não é controlada ativamente.</li>
		<li>Permitir que a cultura inoculado 50ml incubar por agitação a 150 rpm em câmara de crescimento, com uma temperatura mantida entre 30 ° C. Manter a boca do frasco coberto durante a agitação para controlar as perdas por evaporação e evitar a contaminação.</li>
		<li>Permitir que as cianobactérias ficam a crescer por 96 h. Uma cultura bem sucedida deve aparecer verde brilhante e tem uma densidade óptica (OD) em 750 nm de 0.4-0.6.</li>
		<li>Uma vez que a cultura tem crescido suficientemente, coloca a cultura de 50 mL e balão de 1L contendo 400 mL de meio líquido (da etapa 1.2.5) do bairro de fluxo laminar. Garantir que a capa de fluxo é esterilizado passo seguinte 1.2.6.</li>
		<li>Repita a etapa 1.2.10 para ambos os frascos dentro de uma capa de fluxo laminar.</li>
		<li>Despeje a cultura de 50 mL a 400 mL de mídia no recipiente de 1 L e re-esterilizar o lábio do recipiente de 1 L utilizando a chama do bico de Bunsen.</li>
		<li>No lugar a tampa de rolha e folha de espuma, anexar um aparelho subido estéril constituído por uma pipeta, tubo plástico, rolha de espuma, filtro em linha e folha de capa para a boca do balão.</li>
		<li>Agite o frasco de 1 L a 150 rpm a 30 ° C com o aparelho de borbulhador ligado a uma bomba de ar, que circula uma mistura de ar umidificado através de de15,a solução18 a 300 mL/min.</li>
		<li>Permitir que o ficam a crescer dentro da câmara de crescimento a 30 ° C, durante 168 – 120 h. Uma cultura bem sucedida deve aparecer verde brilhante e tem uma OD750 nm de 0.4-0.6.</li>
		<li>Repita a etapa 1.2 para produzir uma cultura de controle, que não será misturada com o barro.</li>
		<li>Experimentos utilizando biomassa morta requerem uma etapa adicional. Autoclave o frasco de 1 L cultura para 60 min a 121 ° C e deixe-a esfriar a temperatura ambiente.</li>
	</ol>
</li>
</ol>2. experimental instituído
<ol><li>Coloque um tanque acrílico retangular (comprimento de 20 cm), largura de 5,1 cm e altura de 30 cm na frente de um banco de lâmpadas fluorescentes (nove lâmpadas T8, pelo menos 2.600 lúmens; A Figura 1) 19.</li>
	<li>Coloque uma folha de plástico translúcida, branca, entre a margem das luzes e do tanque para difundir a luz, que brilha através do tanque. Esta instalação foi adaptada de Sutherland et al . 19
</li>
	<li>Mark o tanque acrílico a uma altura de 10 cm, medida verticalmente desde a base. Todas as medições devem ser feitas a esta altura na coluna d'água para garantir a consistência da amostragem todos.</li>
	<li>Coloca uma câmera em um tripé, 1 m à frente do tanque para gravar cada experimento. Recomenda-se uma câmera de vídeo como imagens podem ser extraídas de arquivos de vídeo, e usando o software de modelagem matemática, arquivos de vídeo podem ser usados para modelar o assentamento dinâmica19.</li>
	<li>Coloque um pano preto sobre a luz banco, tanque e câmera para proteger o experimento de fontes externas de luz (Figura 1).</li>
</ol>3. floculação protocolo Experimental
<ol><li>Recolha a cultura de 400 mL (etapa 1.2), um grande cilindro graduado e 600 mL de meio de crescimento extra num balão de 1L (etapa 1.2.5).</li>
	<li>Dilua a cultura de 400 mL (concentração inicial de célula de 4 a 6 mg/mL) com mídia de crescimento adicional (A + ou BG-11) para volume final de 1 L, usando o cilindro graduado. Adicione a solução para o tanque de acrílico.</li>
	<li>Prepare 2 mL tubos de microcentrífuga, rotulagem e colocando-os em uma localização conveniente perto do tanque de acrílico. Medida de 50g de argila para o experimento.</li>
	<li>Começa a gravação de vídeo. No caso de várias experiências, um sinal com o identificador do experimento pode ser temporariamente realizado antes da câmera.</li>
	<li>Utilizando uma pipeta, tirar uma amostra de 1 mL e colocá-lo em um tubo de microcentrífuga rotulada. Usar esse exemplo para determinar a contagem de células de cianobactérias inicial medindo o OD750 nm valores. Leve todas as amostras em triplicata para garantir resultados precisos.</li>
	<li>Rapidamente despeje a argila (50 g) tanque com agitação vigorosa, usando uma vara de agita para 10-15 s.</li>
	<li>Iniciar o temporizador e tirar a amostra de 1ml inicial para Chl uma determinação usando uma pipeta P1000 (amostra tempo0).</li>
	<li>Tirar amostras adicionais em intervalos de tempo adequados (por exemplo, 1min, 2min, 3min, 4 min, 5 min, 10 min, 15 min, 30 min, 60 min, 180 min e 240 min).</li>
	<li>Uma vez terminado o experimento, salvar o arquivo de vídeo, desligue a câmera de vídeo e processar todas as amostras para Chl uma determinação (passo 4).</li>
	<li>Autoclave a solução restante argila/cianobactérias. Dependendo da espécie de cianobactérias, os regulamentos locais e diretiva de laboratório, descarte a solução usando métodos apropriados. Limpar o tanque com água e sabão, enxágue com água destilada e seque-o ar.</li>
	<li>Prepare um experimento de controle com nenhuma argila adicionada. Colher amostras nos pontos de tempo mesmo. Este dados podem ser comparados aos outros dados experimentais para confirmar que as taxas de sedimentação são reforçadas devido a floculação com argila, não um resultado de sedimentação natural.</li>
	<li>Se a biomassa morta é usada durante o experimento, use o mesmo procedimento experimental. No entanto, o procedimento de eliminação da solução não requer esterilização em autoclave.</li>
</ol>4. processamento e avaliação da amostra
<ol><li>Determine a Chl uma concentração em cada amostra de célula, usando um procedimento modificado de Owttrim16. Uma vez recolhidos, pelota as células de cada amostra por 3 min a 13.000 x g usando microcentrifuga à temperatura ambiente.</li>
	<li>Remova o excesso mídia usando uma pipeta P1000 e adicione 1 mL de metanol 100% (20 ° C). A amostra a toda a velocidade para 1 min Ressuspender as células de vórtice. Atenção: O metanol é tóxico e inflamável. Usar luvas e óculos de segurança e manter o metanol longe de fontes de ignição.</li>
	<li>Incube as amostras a-20 º C por 24 h facilitar a extração de Chl a.</li>
	<li>Após a incubação, os restos celulares de Pelotas, conforme descrito em 4.1, transferir o sobrenadante de verde para uma cubeta com uma pipeta e colocar a cubeta do Espectrofotômetro. Permitir que a amostra descansar no espectrofotómetro para 1min garantir que qualquer argila restante dentro da amostra se instala e não interfere com a medição.</li>
	<li>Determinar uma concentração de Chl espectrofotometricamente medindo absorvância a 665 nm e 652 nm e OD a 750 nm. A Chl uma concentração é determinada usando a fórmula Chl um = 16.29 x (um665 - OD750) - 8,54 x (um652 - OD750) 20. Uma concentração de CHL é usada como um proxy para a concentração de células. Além disso, um fator de conversão de 7.4 x 1010 células/L = 10 g/L21 pode ser usado para calcular a concentração de células em gramas de algumas espécies de cianobactérias.</li>
	<li>Plotar Chl um valores calculados versus tempo.</li>
</ol>

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</ol>

Os autores não têm nada para divulgar.

Floculação, catalisada por interação célula-argila cianobactérias atraiu muito interesse nos campos da ecologia e engenharia2,3,4,5,6,7 ,8,9,10,11,12, ...

Usar condições ambientais presentes e processos para inferir passado mecanismos deposicionais tem sido um sustentamento de Sedimentologia. Enquanto modernos deposicionais análogos, tais como o mar Negro, têm sido utilizados para entender a deposição de depósitos orgânicos ricos, refinadas, experimentos de laboratório têm potencial para lançar luz adicional sobre a origem dos depósitos de xisto. Uma área de inquérito na gênese de folhelhos pretos é a taxa de deposição e o mecanismo de formação original. Tradicionalmente, ele tem sido a hipótese de que folhelhos negros formaram em ambientes onde a taxa de sedimentação, produtividade primária e taxas de respiração de matéria orgânica promovem a preservação de matéria orgânica no sedimento1,2 ,3. No entanto, o papel das cianobactérias e floculação da argila permaneceu largamente injustificada. Esse mecanismo de floculação permitiria uma rápida deposição de sedimentos orgânicos ricos, refinadas para ocorrer e não necessitam de ser pobre em oxigênio. Considerando esta premissa, o presente protocolo tem dois objectivos: 1) medir a taxa de sedimentação de floccules de cianobactérias/argila e 2) Visualizar o processo de sedimentação em tempo real. Esta metodologia, além de análises geoquímicas, serviu para demonstrar que essa floculação de cianobactérias/argila pode de fato ser um importante mecanismo para a formação de xisto1. Enquanto originalmente destinado para modelação de deposição de xisto, este método é aplicável a outras disciplinas como a biologia e remediação ambiental onde a influência da entrada de argila sobre o metabolismo bacteriano e a população precisa ser medido.
Numerosos estudos têm sido realizados para observar a floculação das cianobactérias e argila, para mitigação de algas nocivas2,3,4,5,6,7 , 8 , 9 , 10 , 11 , 1 2. no entanto, ao medir a concentração de células ao longo do tempo, estes estudos não aplicaram floculação cianobactérias/argila para modelar a deposição do registro rocha. Como tal, estes estudos faltam um componente visual, que pode ser crítico quando modelagem por processos sedimentológico. Além disso, a maioria dos estudos utiliza a contagem de células (por exemplo, Pan et al. 11), que pode ser trabalhoso. Nosso método, com os avanços recentes na medição da floculação das cianobactérias, determina as alterações na concentração de células de cianobactérias medindo clorofila a (Chl a) em intervalos de tempo discreto. Emparelhamento Chl uma medição com dados visuais é uma nova abordagem, que pode ser usada para inferir as condições deposicionais. As imagens geradas também podem ser usadas para calcular a taxa de sedimentação após o trabalho de Du et al. 13. a combinação de visuais e numéricas de dados reforça a confiabilidade dos resultados. Além disso, nós esboçamos protocolos adicionais, permitindo a sedimentação da biomassa morta e argila para também ser observada. Isto é importante quando se considera passado sedimentológico ambientes, onde vivo e biomassa morta pode ter ocorrido co. Diferenças no comportamento da biomassa morta durante a floculação (por exemplo, redução na taxa de floculação) potencialmente teria implicações sedimentológico.

<table><tbody><tr><td>cianobactérias (neste estudo: Synechococcus sp. PCC 7002 e Synechocystis sp. PCC 6803)</td><td>Coleção de Cultura</td><td>Pasteur PCC 7002 ou PCC 6803</td><td>usado para inocular as placas</td></tr><tr><td>ágar</td><td>Thermo Scientific</td><td>CM0003</td><td>usado para encher duas placas</td>de</tr><tr><td>Petri (bacteriologia padrão, 100 x 15 mm)</td><td>Sarstedt</td><td>82.1473.001</td><td>2 necessário</td></tr><tr><td>1 L de frasco Erlenmeyer resistente ao calor</td><td>Pyrex</td><td>4980-125</td><td>1</td></tr><tr><td>frasco Erlenmeyer resistente ao calor de 250 mL</td> necessário <td>Pyrex</td><td>4980-250</td><td>1</td></tr><tr><td>alça de inoculação de nicromo necessária com alça</td><td>Fisher Scientific</td><td>14-956-103</td><td>1</td></tr><tr><td>folha de estanho</td> necessária <td>Reynolds Wrap Folha de alumínio</td><td>89079-067</td><td>50 cm necessária; usado para cobrir a rolha de espuma e o gargalo dos frascos Erlenmeyer</td></tr><tr><td>meios de crescimento (por exemplo, A+)</td><td></td><td></td><td>1050 mL necessários; produzidos usando a composição descrita nas tabelas 1-4</td></tr><tr><td>Bico de Bunsen</td><td>Fisher Scientific</td><td>S95941</td><td>1</td></tr><tr><td>tubo de plástico</td> necessário <td>Fisher Scientific</td><td>S504591</td><td>1 m necessário; usado para criar a rolha de esponja do aparelho borbulhante</td></tr><tr><td></td><td>Jaece Industries Inc</td><td>14-127-40E</td><td>1 obrigatório; furo feito no centro para pipeta; usado para construir a folha de acrílico do aparelho borbulhante</td></tr><tr><td>&nbsp;</td><td>Home Depot</td><td>Optix folha de acrílico transparente modelo # MC-102S</td><td>1 necessário; usado para construir tanque de acrílico (20 x 30 x 5,1 cm)</td></tr> <tr><td>adesivo de silicone transparente à prova d'água</td><td>Home Depot</td><td>Loctite silicone transparente modelo # 908570</td><td>1 necessário; usado para construir tanque de acrílico (20 x 30 x 5,1 cm)</td></tr> <tr><td>câmera ou gravador de vídeo</td><td>Panasonic</td><td>HC-V770 HD filmadora</td><td>1</td></tr><tr><td>tripé</td> necessário <td>Magnus</td><td>VT-300</td><td>1</td></tr><tr><td>Primomart</td>&nbsp;<td>de pano preto</td> necessário <td> EAN 0726670162199; Número da peça 680254blacknappedfr</td><td>1 necessário; pano de bloqueio de luz de edredom; aproximadamente 152 x 213 cm para cobrir o experimento do tanque</td></tr><tr><td>pipeta sorológica resistente ao calor</td><td>corning incorporado C708510</td><td>13-671-101G</td><td>1 necessário; usado para criar os frascos de amostra do aparelho borbulhante</td></tr><tr><td>&nbsp;</td><td>Dynalon</td><td>S30467</td><td>pelo menos 12 (variará com o intervalo de tempo escolhido)</td></tr> <tr><td>pipeta de vidro resistente ao calor</td><td>Fisher Scientific</td><td>Corning Incorporated C708510, 13-671-101G</td><td>1 necessário; usado para criar o aparelho borbulhante; A pipeta sorológica de poliestireno também funcionaria, mas deve ser conectada à tubulação e à rolha após o restante do aparelho ser autoclavado.</td></tr><tr><td>microcentrífuga</td><td>Eppendorf</td><td>22 62 120-3</td><td>&nbsp; 1 obrigatório; Produtos comparáveis podem ser usados se forem capazes de centrifugar tubos de microcentrífugas de 1,5 -2 mL a 13.000 x g</td></tr><tr><td>máquina de vórtice (Vortex-Genie 2)</td><td>Scientific Industries, Inc</td><td>SI-0236</td><td>1 necessário</td></tr><tr><td>100% de metanol</td><td>Fisher Scientific</td><td>A412-500 SDS</td><td>pelo menos 12 mL (1mL por amostra) necessário; Cuidado: Inflamável, tóxico. Use luvas e óculos de segurança. Não use ou armazene perto de fonte de ignição. Fontes alternativas podem ser usadas.</td></tr><tr><td>cubetas (1.6&nbsp; mL, poliestireno)</td><td>Sarstedt</td><td>67.742</td><td>pelo menos 12</td></tr><tr><td>espectrofotômetro</td> necessário <td>Fisher Scientific</td><td>222-271600</td><td>1 necessário; Pharmacia Biotech Novaspec ll também pode ser usado.</td></tr><tr><td>lâmpadas</td><td>Home Depot</td><td>modelo # 451807; internet #205477895; loja SKU #1001061538</td><td>6-8 lâmpadas necessárias para fornecer luz para o tanque experimentos pipeta</td></tr><tr><td>(Pipetman Classic P1000</td><td>Gilson</td><td>F123602</td><td>usado para coletar amostras</td></tr><tr><td>37% Ácido clorídrico</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>258148</td><td>Cuidado: Corrosivo e tóxico. Use jaleco, óculos de segurança e luvas resistentes a ácidos durante o uso. Preparado a 4 N antes de ser utilizado por diluição em água desionizada numa hotte química.</td></tr><tr><td>Rolha de espuma (pequena)</td><td>Canlab</td><td>T 1385</td><td></td></tr><tr><td>Rolha de espuma (grande)</td><td>Canlab</td><td>T 1387</td><td>Requer algumas rolhas intactas e algumas com um único furo no centro</td></tr><tr><td>30 &deg; C incubadora/sala de crescimento com iluminação</td><td></td><td></td> contínua <td>1 necessário</td></tr><tr><td>70% Etanol</td><td>Fisher Scientific BP8201500</td><td></td><td>30 mL&nbsp; necessário; Cuidado: Tóxico e inflamável. Use jaleco e óculos de segurança</td></tr><tr><td>filtro de ar hidrofóbico (Midisart 2000, 0.2 &micro; m)</td> <td>Sartorius</td><td>17805</td><td>1</td></tr><tr><td>argila necessária (por exemplo, caulim)</td> <td>Fisher Scientific</td><td>MFCD00062311</td><td>pelo menos 50 g</td></tr><tr><td>de tubos de microfífugos necessários (2 mL, polipropileno)</td> <td>Sarstedt</td><td>72.695.500</td><td>Produtos comparáveis podem ser usados. Pelo menos 12 (varia de acordo com o intervalo de tempo escolhido)</td></tr><tr><td>1000 &micro; Pontas de pipeta em L</td><td>Sarstedt</td><td>70.762</td><td>1 necessário</td></tr></tbody></table>

determinação da taxa de sedimentação de argila/cianobactérias floccules

Determination of the Settling Rate of Clay/Cyanobacterial Floccules

Os mecanismos subjacentes a deposição de granulação fina, sedimentos orgânicos ricos ainda em grande parte são debatidos. Especificamente, o impacto da interação de partículas de argila com reativas, planctônicas células das cianobactérias para o registro sedimentar é menos estudado. Essa interação é potencialmente grandes contribuintes para modelos deposicionais de xisto. Dentro de um ambiente de laboratório, as taxas de floculação e sedimentação destes materiais podem ser examinadas e medidas em um ambiente controlado. Aqui, detalhamos um protocolo para medição da taxa de sedimentação de misturas de cianobactérias/argila. Esta metodologia é demonstrada através da descrição de duas experiências de amostra: o primeiro usa caulim (uma forma desidratada de caulinita) e Synechococcus SP PCC 7002 (um cianobactérias cocoides marinho), e a segunda usa caulim e Synechocystis SP. PCC 6803 (um de água doce cocoides cianobactérias). Culturas de cianobactérias são misturadas com quantidades variadas de barro dentro de um aparelho de tanque projetado especialmente otimizado para permitir que o vídeo contínuo, em tempo real e gravação fotográfica. Os procedimentos de amostragem são detalhados bem como um protocolo pós-coleção para medição precisa da clorofila a partir do qual a concentração de células das cianobactérias, permanecendo em suspensão pode ser determinada. Por meio da replicação experimental, um perfil é construído que exibe a taxa de sedimentação.

Quando exposto a argila, células de cianobactérias são trazidas da suspensão22. Isso é demonstrado nos resultados representativos dados aqui. Para determinar o efeito da argila em populações de cianobactérias e observar a sedimentação taxas, foram conduzidos dois experimentos durante o qual Synechococcus e Synechocystis foram expostos a argila de caulim de 50 g/L (tabela 5-6, Figura 2– 3</str...

A interação e a sedimentação da argila e células bacterianas dentro do reino marinho, observada em ambientes naturais, podem ser melhor investigados em um ambiente controlado do laboratório. Aqui, descrevemos um protocolo detalhado, que descreve um método novo para medir a taxa de sedimentação de argila e cianobactérias floccules.

Determinação da taxa de sedimentação de argila/cianobactérias Floccules

The mechanisms underpinning the deposition of fine-grained, organic-rich sediments are still largely debated. Specifically, the impact of the interaction ...

Este método pode ajudar a responder a questões-chave no campo da sedimentologia, como como sedimentos de grãos finos ricos em orgânicos podem ser depositados sob condições oxigenadas. A principal vantagem desta técnica é que são produzidos resultados quantitativos e um registro visual da sedimentação. Para começar, prepare as culturas de cianobactérias de acordo com o protocolo de texto.Em seguida, enxaguar um Erlenmeyer de 250 ml e dois de um litro resistentes ao calor com uma solução de ácido clorídrico de quatro molares, seguida de água destilada. Encha os três frascos com meios líquidos. Feche os frascos com rolhas de espuma permeáveis a gás e cubra os gargalos com papel alumínio.Em seguida, rotule e autoclave os frascos a 121 graus Celsius e 100 quilopascais por 25 minutos. Depois disso, deixe-os esfriar até a temperatura ambiente. Para inocular o meio, esterilize com chama um loop de inoculação.Em seguida, use o laço para transferir a cultura de cianobactérias para o frasco de 250 mililitros que contém 50 mililitros de meio. Após a inoculação, reesterilizar o lábio do balão de 250 ml e substituir a rolha de espuma e a folha de alumínio. Em seguida, prepare a câmara de crescim

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Research

JoVE Journal

Environment

Ambiente

Os biofilmes têm interações complexas com o ambiente circundante. Para investigar de forma abrangente as interações biofilme-ambiente, apresentamos aqui uma série de métodos para criar um ambiente químico heterogêneo para o desenvolvimento do biofilme, quantificar a velocidade do fluxo local e analisar o transporte de massa dentro e ao redor das colônias de biofilme.

Métodos de caracterização da Co-desenvolvimento de biofilme e Habitat Heterogeneidade

Populações microbianas contêm heterogeneidade celular substancial, que pode ditar o comportamento geral. Análise sonda molecular através de citometria de fluxo pode determinar estados fisiológicos de células, no entanto a sua aplicação varia entre as espécies. Este estudo fornece um protocolo para determinar com precisão a mortalidade de células dentro de uma população cianobactéria, sem subestimar ou gravar resultados falsos positivos.

Molecular Probe Optimization para determinar mortalidade celular em um fotossintético organismo (<em&gt; Microcystis aeruginosa</em&gt;) Utilizando citometria de fluxo

O procedimento de planejamento de experimentos apresentado aqui permite a avaliação de diferentes floculantes em termos de sua capacidade de agregar partículas dispersas em extratos vegetais, reduzindo assim a turbidez e os custos de processamento a jusante.

Procedimento para avaliar a eficiência de floculantes para a Remoção de partículas dispersas de extractos de plantas

Nós simulamos um sistema de ressurgência marinha ferruginoso Precambrian em uma coluna de fluxo vertical-escala de laboratório. O objetivo foi compreender perfis como geoquímicas de O2 e Fe (II) evoluir como cianobactérias produzem O 2. Os resultados mostram a criação de um chemocline devido a Fe (II) oxidação pelo fotossinteticamente O produziu 2.

Laboratório de Simulação de um ferro (II) rico em Precambrian Marinha Ressurgência do sistema para explorar o crescimento de bactérias fotossintéticas

Aqui, apresentamos um ensaio confiável e fácil para medir o teor de glicogênio em células cianobacterianas. O procedimento implica a precipitação, despolimerização selecionável e a detecção de resíduos de glicose. Este método é adequado para ambas as variedades de tipo selvagem e geneticamente modificado e pode facilitar a engenharia metabólica de cianobactérias.

Determinação do conteúdo de glicogênio em cianobactérias

Citometria de fluxo em combinação com o cluster visual oferece um método fácil de usar e rápido para o estudo de biofilmes aquáticos. Pode ser usada para a caracterização do biofilme, detecção de mudanças na estrutura da comunidade de biofilme e detecção de partículas abióticas incorporado no biofilme.

Caracterização de biofilmes aquáticos com citometria de fluxo

Fracionamento de tamanho e densidade combinado (CSDF) é um método para separar fisicamente o solo em frações, diferindo na textura (granulometria) e mineralogia (densidade). O objetivo é isolar frações com reatividades diferentes no sentido de matéria orgânica do solo (SOM), a fim de melhor compreender as interações organo-mineral e dinâmica SOM.

Tamanho combinado e fracionamento de densidade de solos para as investigações de interações de Organo-Mineral

Uma série de métodos para determinar a taxa potencial de DNRA com base em 14NH4+/15NH4+ análises é fornecida em detalhes. NH4+ é convertido em N2O através de várias etapas e analisado usando cromatografia de gás quadrupole-espectrometria de massa.

Medição das Taxas Potenciais de Redução de Nitrato Dissimlatório para Amônio Com base em 14NH4+/15NH4+ Análises via Conversão Sequencial para N2O

Demonstramos testes de toxicidade de algas para substâncias difíceis (por exemplo, substâncias coloridas ou nanomateriais) usando uma configuração iluminada verticalmente com um LED.

Uma configuração em pequena escala para testes de toxicidade de algas de nanomateriais e outras substâncias difíceis

Fluorometer de taxa de repetição rápida (FRRf) é um método benéfico para medir fotofilosiologia fotossiológica II e produtividade primária. Aqui descrevemos um protocolo para medir a fotofisiologia PSII de algas epizoicas, Colacium sp. em zooplâncton substrato usando FRRf tipo cuvette.

Medindo fotofisiologia do estágio anexado de Colacium sp. por um fluorômetro de taxa de repetição rápida do tipo cuvette

Aprenda a medir taxas de sedimentação de argila e flóculos de cianobactérias em ambiente laboratorial controlado. Este método fornece dados quantitativos e registros visuais para estudos de sedimentologia e ecologia microbiana.

Determinação da taxa de sedimentação de argila/cianobactérias Floccules

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