Name: Avaliação da viabilidade de um consórcio bacteriano sintético na Interface Host-micróbio em Vitro Gut (Vídeo) | JoVE Journal
Uploaded: 2018-07-04T13:30:00.000+00:00
Duration: 10 min 24 s
Description: Aprenda a avaliar interações hospedeiro-microbioma intestinal usando um modelo in vitro com consórcio bacteriano sintético. Esta metodologia permite analisar invasão celular por patógenos e viabilidade de probióticos em condições digestivas simuladas.

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Os autores reconhecem com gratidão apoio financeiro da Fundação de pesquisa de Flandres para Marta Calatayud Arroyo (FWO postdoctoral fellowship-12N2815N). Emma Hernandez-Sanabria é um pós-doutorado apoiado por Flandres inovação e empreendedorismo (Agentschap voor Innovatie porta Wetenschap en Technologie, navegação fluvial).

1. cepas e as condições de cultura
Nota: A Comunidade oral sintética foi composta por cepas comumente presentes no microbiome oral3.
<ol><li>Obter as seguintes estirpes de coleção de cultura do tipo americano (ATCC): Aggregatibacter actinomycetemcomitans (ATCC 43718), Fusobacterium nucleatum (ATCC 10953), Porphyromonas gingivalis (ATCC 33277), Prevotella intermedia (ATCC 25611), Streptococcus mutans (ATCC 25175), Streptococcus sobrinus (ATCC 33478), Actinomyces naeslundii (ATCC 51655), Streptococcus gordonii (ATCC 49818), Actinomyces viscosus (ATCC 15987) e Streptococcus mitis (ATCC 49456).</li>
	<li>Veillonella parvula do Leibniz Institute DSMZ-alemão coleção de microorganismos e culturas de células (DSM 2007), Streptococcus sanguinis , da coleção de bactérias BCCM/LMG (LMG 14657) de adquirir e usar Streptococcus salivarius estirpe TOVE-R9e Streptococcus oral10.</li>
</ol>2. desenvolvimento de um representante da Comunidade terminousua da Microbiome Oral
Nota: Gere uma comunidade sintética para simular a potencial capacidade de aderência de bactérias orais para o epitélio do intestino em vitro . Crescer bactérias em placas de ágar sangue suplementadas com 5 hemina μg/mL, 1 menadiona μg/mL e o sangue de cavalo desfibrinado estéril de 5%, conforme descrito em Hernandez-Sanabria et al (2017) 11. em breve:
<ol><li>Dissolver 100 mg de hemina em 2 mL de 1 M de NaOH, adicionar 100 mL de água destilada esterilizada. Guarde em um recipiente escuro. Esterilize através de um filtro de 0,22 µm antes de adicionar ao meio.</li>
	<li>Dissolva 100 mg de menadiona em 20 mL de etanol a 96%. Esterilize através de um filtro de 0,22 µm antes de adicionar ao meio.</li>
	<li>Preparar 1 L de ágar-ágar sangue (ver a Tabela de materiais) de acordo com as instruções do fabricante e autoclave. Deixe arrefecer antes de adicionar o sangue de cavalo e os suplementos. Misture e despeje as placas.</li>
	<li>Prepare a infusão de coração de cérebro modificado (BHI) caldo como relatado anteriormente,12. Adicione 5 μg/mL de hemina e 1 μg/mL de menadiona após esterilização em autoclave.</li>
	<li>Dispense o 9 mL do meio em tubos de Hungate e feche com uma rolha de borracha e uma tampa de alumínio. Lave os tubos com N2/CO2 (90% / 10%).</li>
	<li>Recuperar a 1 mL de meio anaeróbico com uma seringa e coloque-o em um tubo de microcentrifugadora de 1,5 mL. Escolhe a única colônias de cada espécie bacteriana, Ressuspender a médio e transferência de volta para o BHI modificado anaeróbica. Incube durante 48 h a 37 ° C, com exceção de S. salivarius, que devem ser incubadas durante 24 h.</li>
	<li>
Se necessário, confirme a pureza das culturas antes da montagem da Comunidade sintética. Em breve:
	<ol>
<li>Extrair o DNA das culturas líquidas como Hernandez-Sanabria et al (2010) 13 e amplificar o gene 16S rRNA, usando as primeiras demão 27F (AGAGTTTGATYMTGGCTCAG) e 1492R (TACGGYTACCTTGTTACGACT) e o programa a seguir: 5 minutos a 95 ° C, 30 ciclos de 95 ° C por 1 min, 55 ° C por 1 min e 72 ° C por 1,5 min, seguido por uma etapa de extensão final de 5 min a 72 ° C.</li>
		<li>Purificar o produto PCR com um comercial kit (veja a Tabela de materiais), seguindo as instruções do fabricante.</li>
		<li>Realizar a reação de sequenciamento dos produtos purificados em um volume total de 10 μL contendo 0,5 μL de tintura (ver Tabela de materiais), 3.2 pmol de M13f primer (CGCCAGGGTTTTCCCAGTCACGAC), 2,0 μL de 5x buffer de sequenciamento e 20 ng do modelo, usando um sistema de sequenciamento comercial com kit (veja a Tabela de materiais). Nota: Tivemos este procedimento realizado comercialmente.</li>
		<li>Executar uma pesquisa de explosão em todas as sequências (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) para determinar o taxon conhecido mais próximo e comparar com a sequência da estirpe original usando a ferramenta on-line de RDP classificador (http://rdp.cme.msu.edu/) e a SINA Serviço de alinhamento (https://www.arb-silva.de/aligner/).</li>
	</ol>
</li>
	<li>Medir o número de células no final da incubação, usando citometria de fluxo e mancha de SYBR Green/Propidium iodeto como descrito em Hernandez-Sanabria et al (2017) 11. diluir as culturas para 105 células mL-1, usando modificado BHI.</li>
	<li>Adicionar 1 mL de S. mitis em 75 mL de BHI anaeróbica e incubar até fase estacionária (6 h). A seguir, recolha 0,75 mL de cada estirpe diluído e misturar em condições anaeróbias.</li>
	<li>Uma vez que todas as culturas foram misturadas, tomar 1 mL do microcosmo e adicionar a 75 mL de BHI. Incubar a Comunidade sintética abaixo dos 10% CO2, 10% H2, 80% N2 por 48 h a 37 ° C e 200 rpm (ver Tabela de materiais).</li>
	<li>Medir a densidade de células como no 2.8. antes de apresentar a Comunidade para o modelo de célula. Composição da Comunidade pode ser avaliada com PCR quantitativo em tempo real, usando as primeiras demão e recozimento temperaturas no quadro 1 do Slomka et al (2017) 10. Além disso, usar o sequenciamento de amplicons do 16S rRNA gene para fornecer informações sobre os membros iniciais presentes13,14. Para qualquer protocolo de confirmação de identidade, use cDNA como um modelo para indicar as bactérias ativamente transcrevendo as proteínas e usar o DNA como um modelo para revelar a presença ou ausência das cepas.</li>
</ol>3. práticas de cultura de pilha geral
Nota: Para aspectos gerais da cultura de pilha, os autores referem-se ao mestre e Stacey (2007)15. Obter linha de celular usada a partir da coleção de autenticado célula culturas europeias (Caco-2 ECACC 86010202 e 12040401 de ECACC HT29-MTX-E12, saúde pública, Inglaterra, Reino Unido). Reagentes para cultura de células podem ser comprados (consulte Tabela de materiais), a menos que especificado de outra forma.
<ol><li>
Manutenção e passagem de linhas de células Caco-2 e HT29-MTX Nota: Células Caco-2 e HT29-MTX rotineiramente são cultivadas em frascos de cultura de tecidos de2 25 cm contendo complementado meio DMEM (tabela 1). As células são trypsinized quando é alcançada a confluência de 60-70%.<ol>
<li>Retire os frascos, o meio de cultura celular. Lave duas vezes com 5 mL de PBS sem Ca ++/. mg ++.</li>
		<li>Adicione 2 mL de uma solução de 0,5 mg/L de tripsina e 0,22 g/L ácido etilenodiaminotetracético (EDTA). Distribua a solução de tripsina movendo suavemente o frasco. Retire 1,5 mL da solução de tripsina e incubar o frasco a 37 ° C por 10 min.</li>
		<li>Verifique sob o microscópio se células são desanexadas da superfície do balão. Incube durante 5min adicional, se necessário.</li>
		<li>Adicione 5 mL de meios de cultura celular complementado no balão para inactivar a tripsina. Pipetar acima e para baixo para obter uma suspensão homogênea única célula.</li>
		<li>Imediatamente, pegue um 50 µ l alíquota da suspensão celular e misturar com a solução de azul de Tripan 0,4% estéril em uma proporção de 1:1 (v/v) para as células Caco-2 ou 1:5 v/v para HT29-MTX. Mix por pipetagem e carga em uma câmara de contagem (ver Tabela de materiais).</li>
		<li>Contar as células viáveis (células brancas brilhantes) sob o microscópio (consulte as instruções do fabricante).</li>
		<li>As sementes em um balão de novo em uma densidade de 4 x 105 células/cm2 e 1 x 104 células/cm2, Caco-2 e HT29-MTX, respectivamente. Nota: células Caco-2 (1) diferenciam e formam junções apertadas uma vez atingindo a confluência. É extremamente importante evitar sobreconfluência antes tripsinização. Crescimento excessivo de células em balão pode causar falha no destacamento de célula após grupos tripsinização e/ou células. (2) HT29-MTX células são produtoras de muco células com alta atividade metabólica16. Esses recursos podem causar uma rápida acidificação dos meios de cultura de células, especialmente se as células estão em alta densidade. Tampão HEPES pode ser adicionado ao meio de cultura celular (tabela 1) para manter o pH entre 7 e 7,2. Se o pH cai, a mídia pode ser trocado quando Confluencia é inferior a 50%. No entanto, se a confluencia > 50%, a cultura de pilha deve ser dividida.</li>
	</ol>
</li>
</ol>4. montagem de um modelo de célula electrolyzer simulando a Interface de Host-micróbio do intestino
Nota: Complete a co-cultura em dobro poços de câmara (diâmetro 24mm, poros tamanho 0,4 μm; ver Tabela de materiais).
<ol><li>Adicione 1,5 mL de meio de cultura de célula completa para o compartimento apical e 2 mL para o basal. Pre-incube durante 20 a 30 min obter uma distribuição uniforme da suspensão celular quando a semeadura.</li>
	<li>Trypsinize a cultura de células Caco-2 e HT29-MTX conforme descrito na seção 3. O procedimento tripsinização com precisão é imprescindível para alcançar uma distribuição homogénea de ambas as linhas de celular, em suspensão uma única célula, sem grumos.</li>
	<li>Conte as células viáveis, conforme descrito em 3.1.8.</li>
	<li>Ajuste a densidade da célula para 6,5 x 104 células/cm2 numa proporção de 90/10 de células Caco-2/HT29-MTX.</li>
	<li>Homogeneizar as suspensões celulares e adicionar o volume correspondente de células Caco-2 e HT29-MTX pré-cheia recipiente estéril com meio de cultura celular completados. Remova a mídia pré-incubado do lado apical da câmara por aspiração.</li>
	<li>Delicadamente misture a suspensão de células pipetando e transferir 1,5 mL para o compartimento apical de inserções da câmara. O procedimento de semeadura exige uma constante homogeneização da suspensão de células, como células tendem a sedimentar. Dependendo da experiência do usuário e velocidade de trabalho, suspensão de células deve ser misturado depois da preparação de 1 – 3 poços.</li>
	<li>Mover placas suavemente para trás e para frente e depois à direita para a esquerda para a direita (5 – 10 vezes) para obter um mesmo propagação de células no poço. Transferir para a incubadora e repita o movimento das placas.</li>
	<li>Manter a co-cultura de células Caco-2/HT29-MTX por 15 dias, refrescante compartimentos apicais e basais a cada 2 dias com DMEM completada. Após este tempo, os meios de cultura de células pode ser alterado para completada DMEM sem solução antibiótico/antimicótico.</li>
	<li>Manter o sistema até 20 – 21 dias após semeadura, renovando o meio a cada 2 dias.</li>
	<li>
Medir a integridade da barreira epitelial antes de iniciar o ensaio, usando um sistema de resistência elétrica (ver tabela de materiais), seguindo as instruções do fabricante.
	<ol>
<li>Certifique-se de que o equipamento de TEER está totalmente carregado (> 24 h) antes de iniciar as medições.</li>
		<li>Desconecte o equipamento TEER a alimentação e a cobertura com um saco de plástico de autoclave. Faça um buraco no saco para introduzir o eletrodo e conecte a porta de entrada do medidor. Spray com 70% de etanol/água (v/v), antes de introduzir o equipamento de TEER dentro do gabinete de fluxo.</li>
		<li>Para desinfectar o eletrodo, mergulhe as pontas de eletrodo em solução de etanol/água (v/v) de 70% por 15 min. permitir ao ar seco durante 15 s. enxaguar o eletrodo em meios de cultura de células previamente aquecido.</li>
		<li>Levar as células fora da incubadora e permitir que as células para a temperatura dentro do fluxo do armário.</li>
		<li>Certifique-se de que o medidor está desligado do carregador. Coloque o interruptor de modo Ohms e rode o interruptor de alimentação na.</li>
		<li>Medir a resistência da célula imergindo o eletrodo com a ponta mais curta na inserção e a ponta mais tempo fora do poço. Mantenha o eletrodo em um ângulo de 90° para a inserção da placa.</li>
	</ol>
</li>
</ol>5. bacteriana sobrevivência após In Vitro as condições de trânsito Gastrointestinal
Nota: Preparar simulado digestão fluidos seguindo o protocolo de Minekus et al . (2014) 17, com as alterações descritas abaixo. Prepare todas as diluições com água ultrapura. Filtro-esterilizar todas as soluções através de um filtro de 0,22 µm e executar o processo de digestão em condições estéreis.
<ol><li>
Digestão oral:
	<ol>
<li>Coloque 3 mL da comunidade bacteriana em um tubo estéril de 50 mL, misture com 3 mL de fluido de saliva simulado (SSF), contendo (em mmol L-1): KCl, 15.1; KH2PO4, 3.7; NaHCO3, 6,8; MgCl2(H2O)6, 0.5, (NH4) CO3, 0,06; HCl, 1.1; CaCl2(H2O)2, 0,75. Adicione 75 U/mL de α-amilase da saliva humana tipo IX-A e mucina de 2 g/L de tipo suínos estômago II para o SSF.</li>
		<li>Incube a mistura por 2 min, a 37 ° C e 100 rpm. Recolha uma amostra de 2 mL para extração de DNA e quantificação de citometria de fluxo (S1).</li>
	</ol>
</li>
	<li>
Digestão gástrica:
	<ol>
<li>Adicionar 4 mL de fluido gástrico simulado (SGF), contendo (em mmol L-1): KCl, 6,9; KH2PO4, 0,9; NaHCO3, 25; NaCl, 47.2; MgCl2(H2O)6, 0.1, (NH4) CO3, 0,5; HCl, 15,6; CaCl2(H2O)2, 0,075. Além disso, o SGF contido de mucina do tipo suínos estômago II 2 g/L.</li>
		<li>Medir o pH e ajustar o pH a 3 com 1 M de HCl, se necessário. Incube a 37 ° C e 100 rpm. Recolha uma amostra de 2 mL (S2).</li>
	</ol>
</li>
	<li>
Digestão do intestino delgado:
	<ol>
<li>Adicionar 4 mL de líquido intestinal simulado (SIF) que contém (em mmol L-1): KCl, 6,8; KH2PO4, 0,8; NaHCO3, 85; NaCl, 38,4; MgCl2(H2O)6, 0,33; HCl, 8.4; CaCl2(H2O)2, 0,3; para o tubo de digestão.</li>
		<li>Ajuste o pH 7 com 1 M de NaOH, se necessário. Incube a 37 ° C e 100 rpm. Recolha uma amostra de 2 mL (S3).</li>
	</ol>
</li>
</ol>6. capacidade de colonização bacteriana In Vitro trânsito Gastrointestinal condições a seguir
<ol><li>Centrifugue a 2 mL de digestão do intestino delgado, durante 10 minutos a 2.650 x g.</li>
	<li>Remover o sobrenadante e misturar a pelota bacteriana com 5 mL de DMEM completada sem antibiótico e antibacteriano.</li>
	<li>Mancha e quantificar células intactas/danificado usando um citômetro de fluxo (ver Tabela de materiais), como descrito por Hernandez-Sanabria et al (2017) 11.</li>
	<li>Ajuste a densidade da célula a 10 células/mL viável5 diluindo em DMEM completada sem antibiótico e antibacteriano.</li>
	<li>Remover o meio apical do sistema transwell e adicionar 1,5 mL da suspensão bacteriana. Cultura co o sistema por 2 h em condições de cultura celular geral (37 ° C, umidade de 95%, 5% CO2). Nota: Este tempo pode ser estendido até 48 h, dependendo do protocolo experimental necessário. A cultura de co pode ser mantida em uma incubadora diferente daquele usado para a manutenção de rotina de célula, para evitar contaminações.</li>
	<li>Medir os valores TEER após a incubação, para avaliar a integridade da barreira epitelial, conforme descrito em 4.11.</li>
	<li>Ao completar o tempo de incubação, remova a mídia apical e coletar 0,5 mL para mais análises (S4). Uma subamostra de mídia pode ser usada para avaliação da viabilidade celular por ensaio de lactato desidrogenase (LDH) (ver Tabela de materiais), seguindo as instruções do fabricante.</li>
	<li>Adicione 0,5 mL de N-acetilcisteína de 10 mM em HBSS (NAC-buffer) para solubilizar o muco produzido pelo HT29-MTX e recuperar bactérias aderidas. Incubar as placas a 37 ° C, durante 1 h, sob agitação (135 rpm, consulte a Tabela de materiais).</li>
	<li>Recuperar o NAC-HBSS em um tubo de microcentrifugadora (S5) e lavar duas vezes as células com 1 mL DPBS.</li>
	<li>Adicionar 0,5 mL de 0.5% Triton X-100 (w/v) em cima de monocamadas, perturbar as células pipetando, recuperar o líquido e o vórtice para 1 min. velocidade é crucial para não danificar as células bacterianas com o detergente.</li>
	<li>Centrifugar as células por 5 min a 2.650 x ge separar o sobrenadante (S6) e o pellet (S7).</li>
</ol>7. análise da amostra
Nota: Analise amostras coletadas (S1-S7) para avaliar a viabilidade bacteriana e aderência potencial para as células intestinais, seguindo uma simulado digestão gastrointestinal.
<ol><li>Viabilidade bacteriana: passar amostras S1-S5 duas vezes através de um 0,45 µm e quantificar células bacterianas usando coloracao celular vivo/morto e fluxo cytometry, conforme indicado no passo 2.811.</li>
	<li>
Potencial de adesão: preparar diluições em série (-1 a -8) para S1-S6 e raia de 10 µ l em ágar sangue e modificados placas BHI. Incube a 37 ° C em condições anaeróbias por 24 – 48 h placa o mesmo volume de S7 não diluído.
	<ol>
<li>Identificação taxonômica de bactérias aderidas:<ol>
<li>Escolha colônias individuais com um loop de cultura e ressuspender cada em 10 µ l de água livre de nuclease. Coletar 4 µ l da suspensão e usá-lo como um modelo para amplificação por PCR do gene 16S rRNA utilizando os primers e as condições descritas em 2.7.1.</li>
			<li>Realize o sequenciamento seguindo o protocolo em 2.7.3 e validação da sequência usando o procedimento incluído no 2.7.4.</li>
		</ol>
</li>
	</ol>
</li>
	<li>Fazer mais análise a jusante, tais como extração de DNA total, qPCR quantificação e/ou 16S rRNA amplicon arranjar em sequência, extração de RNA e transcriptomic de perfil conforme desejado. Nota: Quantificação de citometria de fluxo foi realizada imediatamente após a amostragem. Como um controle para células de membrana-permeabilizado, foi utilizada uma amostra exposta a 70 ° C por 3 min. Ruído de fundo foi avaliado pela medição com citometria de fluxo, a digestão fluidos ou amostras obtidas a partir do modelo de cultura celular sem bactérias. Cada amostra foi medida em triplicado.</li>
</ol>

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Os autores não têm nada a divulgar

A microbiome oral é um elemento chave na saúde humana, como recentemente relatado por vários autores20,21. Conclusões anteriores sugerem que a ingestão de saliva contendo grandes cargas de bactérias pode influenciar o ecossistema microbiano do intestino delgado, que é um dos principais locais para a ferragem imune. A combinação de um modelo estático digestão gastrointestinal superior com a interface de host, representado pelas células epiteliais e secretoras de m...

Os seres humanos convivem com as bactérias, que estão presentes no mesmo número de células humanas1. Portanto, é de crucial importante obter uma compreensão abrangente da microbiome humano. A cavidade oral é um ambiente único, em que é dividido em vários habitats menores, assim, que contém uma grande variedade de bactérias e biofilmes nesses locais diferentes. Um ecossistema aberto, algumas espécies na boca podem ser transitórios visitantes. No entanto, certos microorganismos colonizam logo após o nascimento e a forma organizaram de biofilmes2. Estes são encontrados na superfície de dentes acima a fenda gengival, o bico subgengival, língua, mucosas e próteses dentárias e recheios3. Bactérias podem também estar presentes como flocos e células planctônicas no lúmen do canal do dente, ou misturado com o tecido pulpar necrótico ou suspensas em uma fluido fase.
Não há ativo, contínuo-conversas cruzadas entre células hospedeiras e a microbiota residente4. Bactérias se comunicar dentro e entre espécies, e apenas uma pequena proporção dos colonizadores naturais pode aderir aos tecidos, enquanto outras bactérias anexar a estes colonizadores primários. Por exemplo, ligação de celular entre microorganismos é chave para a integração de colonizadores secundários em biofilmes orais e construção de redes complexas de interação de células microbianas4. Cerca de 70% dos agregados de bactérias em uma amostra de saliva são formadas por Porphyromonas SP., Streptococcus SP., Prevotella SP., Veillonella SP. e não identificado Bacteroidetes. F. nucleatum é um colonizador intermediário no biofilme subgengival e agregados com os colonizadores tarde p. gingivalis, T. denticola e Tannerella forsythia, que estão implicados na periodontite5. Além disso, Streptococcus mitis ocupa habitats da mucosa e dentais, enquanto S. sanguinis e S. gordonii preferem colonizam dentes3. Assim, S. sanguinis está presente em menor incisivos e caninos, enquanto Actinomyces naeslundii foi encontrado em VITAPAN superior6.
Além disso, o indígena microbiome desempenha um papel na manutenção da saúde humana2. Microbiota residente participa educação imune e na prevenção da expansão do patógeno. Esta resistência de colonização ocorre porque as bactérias nativas podem estar melhor adaptado ao anexar às superfícies e mais eficiente em metabolizar os nutrientes disponíveis para o crescimento. Embora cepas probióticas sobrevivem a passagem gastrointestinal e permanecem ativas, a persistência de bactérias autóctones engolida de uma posição superior do trato gastrintestinal não foi totalmente descrita. Assim, estamos sujeitos a uma comunidade artificial, representante do ecossistema oral, às condições de trânsito gastrointestinal simulado. Viabilidade das células bacterianas foi avaliada usando um modelo multicompartment parecido com o epitélio do intestino. Simuladores de intestino atual oferecem reprodutibilidade adequada em termos de análise da comunidade microbiana luminal7. No entanto, adesão bacteriana e interação do anfitrião-micróbio separadamente destinam-se, como combinar linhas celulares com comunidades microbianas é um desafio8. Em contrapartida, apresentamos um quadro que apresenta potencial explicação mecanicista de colonização bem sucedidos eventos relatados na interface do intestino. Com efeito, este modelo pode ser usado em conjunto com um modelo de intestino estático para avaliar o impacto das comunidades microbianas na sinalização superfície do hospedeiro.

<table><tbody><tr><td>STRAINS</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Aggregatibacter actinomycetemcomitans </td><td>Coleção de Cultura de Tipo Americano</td><td>ATCC 43718</td><td></td></tr><tr><td>Fusobacterium nucleatum </td><td>Coleção de Cultura de Tipo Americano</td><td>ATCC 10953</td><td></td></tr><tr><td>Porphyromonas gingivalis </td><td>Cultura de Tipo Americano Coleção</td><td>ATCC 33277</td><td></td></tr><tr><td>Prevotella intermedia </td><td>Coleção de Cultura de Tipo Americano</td><td>ATCC 25611</td><td></td></tr><tr><td>Streptococcus mutans </td><td>Coleção de Cultura de Tipo Americano</td><td>ATCC 25175</td><td></td></tr><tr><td>Streptococcus sobrinus </td><td>Coleção de Cultura de Tipo Americano</td><td>ATCC 33478</td><td></td></tr><tr><td>Actinomyces viscosus </td><td>Coleção de Cultura Tipo Americano</td><td>ATCC 15987</td><td></td></tr><tr><td>Streptococcus salivarius&nbsp; TOVE-R</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Streptococcus mitis </td><td>American Type Culture</td><td>Collection ATCC 49456</td><td></td></tr><tr><td>Streptococcus sanguinis </td><td>BCCM/LMG Coleção de Bactérias</td><td>LMG 14657</td><td></td></tr><tr><td>Veillonella parvula </td><td>Leibniz Institute DSMZ-Coleção Alemã de Microorganismos e Culturas de Células</td><td>DSM 2007</td><td></td></tr><tr><td>Streptococcus gordonii </td><td>Coleção de Cultura de Tipo Americano</td><td>ATCC 49818</td><td></td></tr><tr><td>CELL LINES</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Caco-2 células</td><td>Coleção Europeia de Culturas de Células Autenticadas</td><td>86010202</td><td></td></tr><tr><td>células HT29-MTX</td><td>Coleção Europeia de Culturas de Células Autenticadas</td><td>12040401</td><td></td></tr><tr><td>< forte>REAGENTES E CONSUMÍVEIS< / forte ></td><td></td><td></td><td></td></tr> <tr><td>caldo de infusão de coração cerebral (BHI)</td><td>Oxóide</td><td>CM1135</td><td></td></tr><tr><td>Ágar Sangue 2</td><td>Oxóide</td><td>CM0055</td><td>Ágar Sangue</td></tr><tr><td>Médio Menadione</td><td>Sigma</td><td>M9429</td><td></td></tr><tr><td>Hemin</td><td>Sigma</td><td>H9039</td><td></td></tr><tr><td>5% estéril sangue de cavalo desfibrinado</td><td>E & O Laboratories</td> <td>Ltd,P030</td><td></td></tr><tr><td>InnuPREP PCRpure Kit</td><td>Analytik Jena</td><td>845-KS-5010250</td><td>Kit de purificação PCR</td></tr><tr><td>Big Dye</td><td>Applied Biosystems</td><td>4337454</td><td>Dye para sequenciamento</td></tr><tr><td>ABI Prism BigDye Terminator v3.1 kit de sequenciamento de ciclo</td><td>Applied Biosystems</td><td>4337456</td><td></td></tr><tr><td>SYBR&nbsp; Green I</td><td>Invitrogen</td><td>S7585</td><td></td></tr><tr><td>Propidium Iodide</td><td>Invitrogen</td><td>P1304MP</td><td></td></tr><tr><td>frascos de cultura T25 não revestidos, tratados para cultura de células, ventilados, estéreis</td><td>VWR</td><td>734-2311</td><td></td></tr><tr><td>Solução de tripsina-EDTA</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>T3924-100ML</td><td></td></tr><tr><td>Solução de azul de tripano 0,4%, líquido, filtrado estéril</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>T8154&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>PBS</td><td>Gibco</td><td>14190250</td><td></td></tr><tr><td>mídia de cultura de células DMEM, com tecnologias GlutaMAX e Pyruvate</td><td>Life</td><td>31966-047</td><td></td></tr><tr><td>Corning Transwell inserções de cultura de células de membrana de poliéster</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>CLS3450-24EA</td><td></td></tr><tr><td>Mucina de estômago suíno Tipo II&nbsp; &nbsp;</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>M2378</td><td></td></tr><tr><td>Soro fetal bovino inativado</td><td>Greiner Bio One</td><td>758093</td><td></td></tr><tr><td>Antibiótico-Antimicótico (100X)</td><td>Gibco</td><td>15240062</td><td></td></tr><tr><td>Triton X 100 para biologia molecular</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>T8787&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>DPBS sem cálcio, magnésio</td><td>Gibco</td><td>14190-250</td><td></td></tr><tr><td>Pierce LDH Kit de Ensaio de Citotoxicidade</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>88953</td><td></td></tr><tr><td>Corning HTS Transwell-24 bem, tamanho do poro 0.4 &micro; m</td><td>Corning Costar Corp</td><td>3450</td><td></td></tr><tr><td>Água livre de nuclease</td><td>Serva Eletroforese</td><td>28539010</td><td></td></tr><tr><td>EQUIPMENT</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Neubauer câmara de contagem melhorada</td><td>Carl Roth</td><td>T729.1</td><td></td></tr><tr><td>BD Accuri C6 Citômetro de fluxo</td><td>BD Biosciences</td><td>653118</td><td></td></tr><tr><td>PowerLyzer 24 Homogeneizador</td><td>MoBio</td><td>13155</td><td></td></tr><tr><td>T100 Termociclador</td><td>BioRad</td><td>186-1096</td><td></td></tr><tr><td>Sistema de descarga</td><td>Feito sob</td> <td>medida-InnOva</td><td></td></tr> <tr><td>4080 Incubadora Shaker</td><td>New Brunswick Scientific</td><td>8261-30-1007</td><td>Shaker para 2.10</td></tr><tr><td>Memmert CO2 Incubadora</td><td>Memmert GmbH & Co.</td><td>ICO150med</td><td></td></tr><tr><td>Millicell ERS (Sistema de Resistência Elétrica)</td> <td>EMD Millipore, Merck KGaA</td><td>MERS00002</td><td></td></tr><tr><td>Millipore Milli-Q acadêmico, sistema de água ultra pura</td><td>Millipore, Merck KGaA-Shaker</td><td></td><td></td></tr> <tr><td>(ROCKER 3D básico)</td> <td>IKA</td><td>4000000</td><td>Shaker para 6.10</td></tr></tbody></table>

avaliação da viabilidade de um consórcio bacteriano sintético na interface host-micróbio em vitro gut

Assessing the Viability of a Synthetic Bacterial Consortium on the In Vitro Gut Host-microbe Interface

A interação entre o host e microbiota tem sido reconhecida por muito tempo e extensivamente descrita. A boca é semelhante a outras seções do tracto gastrointestinal, como microbiota residente ocorre e evita a colonização por bactérias exógenas. Com efeito, mais de 600 espécies de bactérias são encontradas na cavidade oral, e um único indivíduo pode transportar cerca de 100 diferentes a qualquer momento. Bactérias orais possuem a capacidade de aderir aos diversos nichos do ecossistema oral, assim, tornando-se integrados dentro dos residentes das comunidades microbianas e favorecem crescimento e sobrevivência. No entanto, o fluxo de bactérias no intestino durante a deglutição tem sido proposto para perturbar o equilíbrio da microbiota do intestino. Na verdade, a administração oral de p. gingivalis mudou a composição bacteriana na microflora ileal. Éramos uma comunidade sintética como uma representação simplificada do ecossistema natural oral, para elucidar a sobrevivência e viabilidade de bactérias orais, sujeitado a condições de trânsito gastrointestinal simulado. Catorze espécies foram selecionados, submetidos a em vitro salivar, gástrica e processos de digestão intestinal e apresentou um modelo de célula multicompartment contendo células Caco-2 e HT29-MTX para simular o epitélio da mucosa do intestino. Este modelo serviu para desvendar o impacto das bactérias engolidos em células envolvidas na circulação entero-hepática. Usar comunidades sintéticas permite a controlabilidade e reprodutibilidade. Assim, esta metodologia pode ser adaptada para avaliar a viabilidade do agente patogénico e inflamação associada as alterações subsequentes, capacidade de colonização de probiótico misturas, e em última análise, bacteriana potencial impacto sobre a circulação pré-sistêmico.

Este protocolo leva à geração de um modelo apropriado para elucidar a sobrevivência e viabilidade de bactérias orais, sujeitado a condições de trânsito gastrointestinal simulado. As contagens de células intactas de cepas individuais é aproximadamente 108 células antes da mL-1 a criação da Comunidade sintética, enquanto o microcosmo terminousua contida acima de 90% de células viáveis durante o estabelecimento da Comunidade ( Figura 1A <st...

Interações do anfitrião-micróbio de intestino foram avaliadas usando uma nova abordagem que combina uma comunidade oral sintética, em vitro digestão gastrointestinal e um modelo do epitélio do intestino delgado. Apresentamos um método que pode ser adaptado para avaliar a invasão celular dos micróbios patogénicos e biofilmes de várias espécies, ou mesmo para testar a capacidade de sobrevivência dos probióticos formulações.

Avaliação da viabilidade de um consórcio bacteriano sintético na Interface Host-micróbio em Vitro Gut

The interplay between host and microbiota has been long recognized and extensively described. The mouth is similar to other sections of the ...

Este modelo é o próximo passo na definição de microdireções do hospedeiro para o trato digestivo superior. Está permitindo abordar questões de pesquisa mecanicista e oferece muitas oportunidades para a indústria alimentícia, farmacêutica e nutracêutica e também toxicologia. A principal vantagem dessa técnica é que ela combina um modelo do sistema gastrointestinal com a microinterface do hospedeiro, incluindo uma comunidade microbiana complexa.É muito aplicável e também muito flexível. Essa metodologia pode ser adotada usando outros tipos de células para avaliar a viabilidade do patógeno e informações subsequentes. As alterações também podem ser usadas para auxiliar a capacidade de colonização de misturas probióticas e, finalmente, o efeito potencial das bactérias na circulação sistêmica.Para começar, autoclave o meio e, em seguida, adicione cinco microgramas por mililitro de hemen e um micrograma por mililitro de menadiona. Dispense nove mililitros do meio em tubos Hungate e feche os tubos com uma rolha de borracha e uma tampa de alumínio. Em seguida, lave os tubos com uma mistura de 90% de nitrogênio e 10% de dióxido de carbono.Use a seringa para recuperar um mililitro de meio ana

assessing-viability-synthetic-bacterial-consortium-on-vitro-gut-host

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Bioquímica

A concepção de um operão que codifica tanto o aparelho sintético de secreção e os monómeros estruturais de curli fibras é descrito. A superprodução destas amilóides e polímeros aderentes permite um ganho mensurável de aderência...

Engenharia bactérias aderentes pela criação de um único sintético Curli Operon

Fonte: Arroyo, M. C., et al. Avaliação da Viabilidade de um Consórcio Bacteriano Sintético na Interface In Vitro Intestino-Microrganismo. J. Vis. Exp. (2018)Este vídeo demonstra a avaliação da viabilidade de uma comunidade microbiana oral sintética durante a simulação da digestão oral, gástrica e intestinal. A sobrevivência bacteriana é quantificada após cada fase, revelando um declínio progressivo devido ao estresse digestivo.

Exposição de uma comunidade bacteriana oral sintética a fases simuladas da digestão

Fonte: Calatayud Arroyo, M., et al. Avaliação da Viabilidade de um Consórcio Bacteriano Sintético na Interface In Vitro Intestino-Microrganismo. J. Vis. Exp. (2018).Este vídeo demonstra um modelo intestino-microrganismo in vitro para estudar a viabilidade bacteriana. Uma cocultura de células Caco-2 e HT29-MTX é incubada com bactérias pré-tratadas sob condições digestivas simuladas. A integridade da barreira epitelial é avaliada usando resistência elétrica transepitelial, e frações do meio, muco...

Modelo intestinal in vitro para avaliar adesão bacteriana e internalização

Source: Calatayud Arroyo, M., et al. Assessing the Viability of a Synthetic Bacterial Consortium on the In Vitro Gut Host-microbe Interface. J. Vis. Exp. (2018)The video demonstrates a method to evaluate the viability of anaerobic oral bacteria using fluorescent dyes and flow cytometry. It begins with culturing bacteria in oxygen-free broth, followed by resuspending a single colony from a blood agar plate. After incubation and dilution, the culture is stained with membrane-permeable and...

Fluorescence-Based Viability Assessment of Oral Anaerobic Bacteria

Neste vídeo, descrevemos a metodologia para configurar um sistema de cultura de órgãos intestinais ex vivo para estudar as interações entre fragmentos de tecido intestinal de camundongos e bactérias intestinais específicas. O dispositivo consiste em dois pares de portas de entrada e saída, a primeira conectando o lúmen do tecido intestinal e fornecendo a suspensão bacteriana específica a ele, e a segunda fornecendo continuamente meios aos poços do dispositivo para manter a viabilidade do tecido...

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Aqui, apresentamos um protocolo para cultivo a microbiota do intestino do cólon in vitro, usando uma série de biorreatores que simulam as condições fisiológicas do tracto gastro-intestinal.

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Descrito aqui é um protocolo para investigar as interações entre endobióticos e microbiota intestinal humana usando sistemas in vitro de fermentação em lote.

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Este artigo apresenta um método único para analisar as interações hospedeiro-microbioma usando um novo sistema de cultura de órgãos intestinais para experimentos ex vivo.

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Montagem de biorreatores para cultura contínua de comunidades fecais complexas

Aprenda a avaliar interações hospedeiro-microbioma intestinal usando um modelo in vitro com consórcio bacteriano sintético. Esta metodologia permite analisar invasão celular por patógenos e viabilidade de probióticos em condições digestivas simuladas.

Avaliação da viabilidade de um consórcio bacteriano sintético na Interface Host-micróbio em Vitro Gut

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