No método de modelagem silico para Toxicologia aquática computacional de Disruptores endócrinos: uma abordagem baseada em software usando o QSAR Toolbox

Nosso protocolo usa um programa de software altamente acessível e aberto para permitir a rápida computação de efeitos adversos de curto prazo de produtos químicos endócrinos. Esta caixa de ferramentas QSAR da OCDE é útil para prever a toxicidade de substâncias químicas e fornece um método eficiente para avaliar a ecotoxicidade aguda dos disruptores endócrinos de forma amigável. Ao iniciar a caixa de ferramentas QSAR, o usuário começa na fase de caixa de ferramentas de entrada por padrão e a caixa de ferramentas cria automaticamente um arquivo de trabalho chamado Documento 1.

Depois de clicar em Número de Serviço de Resumo Químico, digite o número de serviço de resumo químico da substância alvo no campo de texto disponível e clique em Pesquisar. Através do botão Estrutura, a substância também pode ser pesquisada pelo código simplificado do sistema de entrada molecular da linha de entrada. Para executar o ensaio in-silico para múltiplas substâncias-alvo, escreva uma lista de substâncias simples em um editor de texto no qual cada número de serviço de resumo químico é listado em uma única linha e salve o arquivo de texto com um nome apropriado.

Em seguida, clique em Dados e confirme que os bancos de dados listados em Informações Ecotoxilógicas são verificados. Clique em Entrar, selecione Consultar e clique em Sim na janela de diálogo para aceitar as configurações selecionadas. Na guia Serviço de Resumo Químico, selecione Lista de carga para carregar a lista de substâncias salva como um arquivo de texto.

Clique em Adicionar na parte inferior do menu pop-up e clique em Executar. A caixa de ferramentas QSAR exibirá uma mensagem indicando o número de substâncias que foram recuperadas para a pesquisa. Para traçar o perfil, clique no botão de estágio da caixa de ferramentas de criação de perfil e navegue para Métodos de Criação de Perfil no painel de opções de palco.

Clique em Desmarcar tudo na janela Métodos de Criação de Perfil e confirme que todos os profilers listados em modelos Predefinidos e profilers relacionados à toxicidade aquática em Endpoint Specific são verificados, em seguida, clique em Aplicar, clique com o botão direito do mouse Parâmetros para executar modelos 2D e 3D QSAR integrados conforme desejado. Para obter a coleta de dados, clique no botão de estágio Data Toolbox e clique em Coletar na barra de ferramentas de ações. Selecione Todos os Endpoints para coletar todos os dados experimentais ou selecione Escolher para coletar os dados experimentais específicos do ponto final.

Clique com o botão direito do mouse no ponto final de interesse e organize a árvore de ponto final da maneira preferida usando os termos e setas disponíveis antes de clicar em Ok. Em seguida, clique com o botão final do interesse e selecione Export Data Matrix para exportar os dados coletados em uma planilha. Um assistente de exportação de matriz aparecerá, permitindo a adição de outros pontos finais à lista de exportação.

Finalize a seleção e clique em Exportar para salvar o arquivo. Para preencher a lacuna de dados, clique no botão de estágio de caixa de ferramentas de preenchimento de lacuna de dados e clique em Automatizado. Selecione Informações Ecotoxilógicas e Peixes, concentração letal em 50% às 96 horas e clique em Ok.

A janela do controlador de fluxo de trabalho aparecerá. Se estiver executando o modo Batch, especifique a gama de substâncias sobre as quais executar o fluxo de trabalho. Se a previsão foi executada com sucesso, clique no botão de estágio do Relatório Toolbox, clique no valor de previsão resultante, clique em Predição e personalize o conteúdo e a aparência do relatório no assistente pop-up.

Depois de clicar em Next, clique em Criar Relatório e salvar os relatórios de previsão e categoria como arquivos PDF e a matriz de dados como um arquivo de planilha. Nesta análise quantitativa das toxicidades agudas previstas dos disruptores endócrinos selecionados, quando os pontos de dados previstos foram traçados versus os pontos de dados experimentais como uma escala de log log, foi encontrada correlação positiva entre ambos os parâmetros para todos os peixes analisados, bem como para nossa espécie representativa. Para permitir uma avaliação de segurança da maior confiabilidade, uma análise computacional adicional foi realizada traçando o limite inferior previsto do intervalo de confiança de 95% da concentração letal em 50% em relação aos valores derivados experimentalmente.

Nesta avaliação, com um limite elevado de segurança, 92% do total de compostos endócrinos testados apresentaram-se na faixa de proteção quando comparados aos valores derivados experimentalmente. Aqui, os níveis médios da concentração letal prevista em 50% para os aglutinantes receptores de estrogênio foram maiores do que os dos não-aglutinantes. Em contrapartida, para a concentração letal experimental a 50%, três níveis de pastas não e fracas foram maiores do que os dos aglutinantes receptores de estrogênio mais fortes.

Este procedimento só pode ser aplicado a substâncias químicas com um identificador único, que neste caso é o código SMILES. Há um outro fluxo de trabalho automatizado integrado na caixa de ferramentas QSAR da OCDE que pode ser aplicado de forma semelhante e é para sensibilização da pele.