Denne protokol indeholder trin fra DNA-ekstraktion til eksperimentel opsætning til digital dråbe PCR (ddPCR), herunder analyse til identifikation og kvantificering af ikke-homologe slut-sammenføjning (NHEJ) begivenheder på målsteder efter gRNA-induceret Cas9 kavalergang og DNA-reparation. Andre anvendelser af denne metode omfatter applikationer såsom polymorfi afsløring og gen-redigering variant verifikation.