Name: Ressonância magnética nuclear de deslocamento puro: uma nova ferramenta para metabolômica de plantas (Vídeo) | JoVE Journal
Uploaded: 2021-07-31T15:00:00.000+00:00
Duration: 13 min 16 s
Description: Aprenda a analisar extratos de plantas por RMN de deslocamento puro usando técnicas PSYCHE e SAPPHIRE-PSYCHE. Este método melhora a resolução espectral para identificação de metabólitos em metabolômica vegetal.

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<ol><li>Hall, R., Beale, M., Fiehn, O., Hardy, N., Sumner, L., Bino, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Plant+metabolomics%3A+the+missing+link+in+functional+genomics+strategies%5BTitle%5D)+AND+%22The+Plant+Cell%22%5BJournal%5D)">Plant metabolomics: the missing link in functional genomics strategies.</a> The Plant Cell. 14 (7), 1437-1440 (2002).</li>
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<li>Foroozandeh, M., Adams, R. W., Kiraly, P., Nilsson, M., Morris, G. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Measuring+couplings+in+crowded+NMR+spectra%3A+pure+shift+NMR+with+multiplet+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Chemical+Communications%22%5BJournal%5D)">Measuring couplings in crowded NMR spectra: pure shift NMR with multiplet analysis.</a> Chemical Communications. 51 (84), 15410-15413 (2015).</li>
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<li>Leyva-Zegarra, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((NMR-based+leaf+metabolic+profiling+of+V.+planifolia+and+three+endemic+Vanilla+species+from+the+Peruvian+Amazon%5BTitle%5D)+AND+%22Food+Chemistry%22%5BJournal%5D)">NMR-based leaf metabolic profiling of V. planifolia and three endemic Vanilla species from the Peruvian Amazon.</a> Food Chemistry. , 129365(2021).</li>
<li>Toubiana, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Morphological+and+metabolic+profiling+of+a+tropical-adapted+potato+association+panel+subjected+to+water+recovery+treatment+reveals+new+insights+into+plant+vigor%5BTitle%5D)+AND+%22The+Plant+Journal%22%5BJournal%5D)">Morphological and metabolic profiling of a tropical-adapted potato association panel subjected to water recovery treatment reveals new insights into plant vigor.</a> The Plant Journal. 103 (6), 2193-2210 (2020).</li>
<li>Maruenda, H., Cabrera, R., Cañari-Chumpitaz, C., Lopez, J. M., Toubiana, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((NMR-based+metabolic+study+of+fruits+of+Physalis+peruviana+L.+grown+in+eight+different+Peruvian+ecosystems%5BTitle%5D)+AND+%22Food+Chemistry%22%5BJournal%5D)">NMR-based metabolic study of fruits of Physalis peruviana L. grown in eight different Peruvian ecosystems.</a> Food Chemistry. 262, 94-101 (2018).</li>
<li>Cloarec, O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Statistical+total+correlation+spectroscopy%3A+an+exploratory+approach+for+latent+biomarker+identification+from+metabolic+1H+NMR+data+sets%5BTitle%5D)+AND+%22Analytical+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Statistical total correlation spectroscopy: an exploratory approach for latent biomarker identification from metabolic 1H NMR data sets.</a> Analytical Chemistry. 77 (5), 1282-1289 (2005).</li>
<li>Steuer, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Review%3A+on+the+analysis+and+interpretation+of+correlations+in+metabolomic+data%5BTitle%5D)+AND+%22Briefings+in+Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Review: on the analysis and interpretation of correlations in metabolomic data.</a> Briefings in Bioinformatics. 7 (2), 151-158 (2006).</li>
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</ol>

<table><tbody><tr><td>77500 Series Freezone 4,5 litros bancada</td><td>Labconco</td><td>77500</td><td></td></tr><tr><td>Bruker Avance III 500 MHz equipado com uma sonda criogênica TCI Z-gradient de 5 mm</td><td>Bruker Corporation</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Concentradores centrífugos refrigerados Centrivap Labconco 7310000 Series</td><td>Labconco</td><td>7310000</td><td></td></tr><tr><td>Óxido de deutério</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>151882</td><td></td></tr><tr><td>Máquina de moer MKM6003</td><td>Bosch</td><td>MKM6003</td><td></td></tr><tr><td>Licuadora Blender 8011S modelo Hgb2wts3</td><td>Waring</td><td>Hgb2wts3</td><td></td></tr><tr><td>Metanol-d4</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>151947</td><td></td></tr></tbody></table>

ressonância magnética nuclear de deslocamento puro: uma nova ferramenta para metabolômica de plantas

Pure Shift Nuclear Magnetic Resonance: a New Tool for Plant Metabolomics

Análise de espectro de RMN Os experimentos PSYCHE aumentam a resolução dos espectros colapsando ressonâncias acopladas em singlets21, o que, por sua vez, reduz a sobreposição e facilita a atribuição e a análise de dados. A RMN Pure Shift pode ser aplicada a extratos vegetais. Aqui demonstramos seu uso em três matrizes diferentes: folhas de baunilha, tubérculos de batata e frutos de Physalis peruviana . O aumento da resolução alcançado nos espectros desses extratos vege...

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Nuclear Magnetic Resonance (NMR) is one of the most powerful tools used in metabolomics. It stands as a highly accurate and reproducible method that not ...

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Research

JoVE Journal

Biochemistry

Bioquímica

Um método para a extração de metabólitos de comunidades planctônicas microbianas é apresentado. Amostragem comunidade inteira é obtida por filtração em filtros especialmente preparados. Após liofilização, aquosa solúveis em metabolitos são extraídos. Esta abordagem permite a aplicação da metabolômica ambientais para trans-genómica investigações de comunidades microbianas naturais ou experimentais.

Concentração de metabólitos de comunidades de baixa densidade fitoplanctônicas para Metabolomics ambiental utilizando Espectroscopia de Ressonância Magnética Nuclear

Um procedimento de colonização progressiva é descrito para melhor avaliar seu impacto sobre o metabolismo hepático host. Colonização é monitorado não invasiva através da avaliação da excreção urinária de microbiana co-metabólitos por RMN baseado em perfil metabólico, enquanto o metabolismo hepático é avaliado pela Alta Resolução Magia Angle Spinning (MAS HR) NMR perfil da biópsia intacta.

Avaliar as alterações metabólicas hepáticas Durante a colonização progressiva de Germ-free Mouse 1 H NMR Spectroscopy

Preparação de amostras de<em&gt; Mycobacterium tuberculosis</em&gt; Extractos para Estudos Nucleares metabolômica Ressonância Magnética

Este vídeo descreve a técnica de espectroscopia de ressonância magnética nuclear para estudar as interações proteína-proteína entre 15proteínas envoplakin mutantes e do tipo selvagem marcadas com N e a proteína vimentina não marcada. A interação bem-sucedida entre a envoplaquina do tipo selvagem e a vimentina leva a um extenso alargamento da linha e ao desaparecimento do pico nos espectros de RMN, enquanto a ausência de uma interação entre a envoplaquina mutada e a vimentina resulta em picos...

Ressonância Magnética Nuclear para Estudo de Interações Proteína-Proteína em Nível Atômico

Metabolite perfis tem sido um ativo valioso para o estudo do metabolismo na saúde e na doença. Utilizando cromatografia normal em fases líquida acoplada à espectrometria de massa de alta resolução com mudança de polaridade e um ciclo rápido, nós descrevemos um protocolo para analisar a composição metabólica polar de material biológico com alta sensibilidade, precisão e resolução.

Uma estratégia para sensíveis, Large Scale quantitativos Metabolomics

A neuroquímica do cérebro de mamíferos é alterada em muitas doenças neurológicas e sistêmicas. Perfis característicos de metabólitos cerebrais podem ser obtidos com eficiência com base em extratos brutos de tecido cerebral. Para isso, é empregada espectroscopia de RMN de alta resolução, permitindo uma análise quantitativa detalhada das concentrações de metabólitos (metabolômica).

Metabolômica Análise do cérebro de um rato de alta resolução Espectroscopia de Ressonância Magnética Nuclear de Extratos de Tecidos

Espectrometria de massa de pulverizador de folha é uma técnica de análise química direta que minimiza a preparação da amostra e elimina a cromatografia, permitindo a detecção rápida de pequenas moléculas de tecidos vegetais.

Espectrometria de massa folha Spray: Uma técnica de ionização ambiente rápida para avaliar diretamente a metabolitos de tecidos vegetais

Um protocolo para a preparação de 13C,15amostras de fungos e plantas N-etiquetados para investigações de polarização nuclear dinâmica (DNP) e espectroscopia NMR Solid-State multidimensional é apresentado.

Preparação de fungos e materiais vegetais para a elucidação estrutural usando polarização Nuclear dinâmica NMR Solid-State

Descrevemos aqui um método para identificar fosforilações múltiplas de uma proteína intrinsecamente desordenada por Espectroscopia de Ressonância Magnética Nuclear (RMN), usando a proteína Tau como estudo de caso. A Tau recombinante é isotopicamente enriquecida e modificada in vitro por uma quinase antes da aquisição e análise dos dados.

Espectroscopia de Ressonância Magnética Nuclear para a identificação de múltiplas fosfolarização de intrinsecamente desordenados Proteínas

Estruturas de conjuntos supramoleculares proteína em resolução atômica são de alta relevância, por causa de seus papéis cruciais em uma variedade de fenômenos biológicos. Neste documento, apresentamos um protocolo para realizar estudos estruturais de alta resolução em assemblies de proteína macromolecular insolúvel e não cristalina por magia-ângulo girando espectroscopia da ressonância magnética nuclear Solid-State (MAS SSNMR).

Escala atômica estudos estruturais de conjuntos macromoleculares por espectroscopia de estado sólido da ressonância magnética Nuclear

Aprenda a analisar extratos de plantas por RMN de deslocamento puro usando técnicas PSYCHE e SAPPHIRE-PSYCHE. Este método melhora a resolução espectral para identificação de metabólitos em metabolômica vegetal.

Ressonância magnética nuclear de deslocamento puro: uma nova ferramenta para metabolômica de plantas

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