Heuristic Mining of Hierarchical Genotypes and Accessory Genome Loci in Bacterial Populations

Natasha Pavlovikj; Joao Carlos Gomes-Neto; Andrew K. Benson

doi:10.3791/63115

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Genética

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Mineração heurística de genótipos hierárquicos e genoma acessório Loci em populações bacterianas

Heuristic Mining of Hierarchical Genotypes and Accessory Genome Loci in Bacterial Populations

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Genética

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Heuristic Mining of Hierarchical Genotypes and Accessory Genome Loci in Bacterial Populations

Mineração heurística de genótipos hierárquicos e genoma acessório Loci em populações bacterianas

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08:03 min

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December 07, 2021

DOI:

10.3791/63115-v

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10.3791/63115-v

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08:03 min

December 07, 2021

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Natasha Pavlovikj*¹, Joao Carlos Gomes-Neto*^2,3, Andrew K. Benson^2,3

¹Department of Computer Science and Engineering,University of Nebraska-Lincoln ²Department of Food Science and Technology,University of Nebraska-Lincoln ³Nebraska Food for Health Center,University of Nebraska-Lincoln

Summary

Esta plataforma computacional analítica fornece orientação prática para microbiologistas, ecologistas e epidemiologistas interessados em genômica populacional bacteriana. Especificamente, o trabalho aqui apresentado demonstrou como realizar: i) mapeamento guiado por filogenia de genótipos hierárquicos; ii) análise baseada em frequência de genótipos; iii) análises de parentesco e clonalidade; iv) identificação da linhagem diferenciando loci acessório.