Atualmente, ainda há uma falta de marcadores universalmente aceitos para isolar prospectivamente uma população homogênea de células-tronco esqueléticas (SSCs). Por esse motivo, as BMSCs, que suportam a hematopoiese e contribuem para todas as funções do esqueleto, continuam a ser amplamente utilizadas para estudar progenitores mesenquimais multipotentes (MMPs) e inferir a função das SSC. Além disso, dada a amplitude dos modelos murinos transgênicos usados para estudar doenças musculoesqueléticas, o uso de BMSCs também serve como uma ferramenta poderosa para examinar os mecanismos moleculares que regulam MMPs e SSCs. No entanto, procedimentos comuns de isolamento para BMSCs murinas resultam em mais de 50% das células recuperadas sendo de origem hematopoiética, potencialmente dificultando a interpretação dos dados gerados durante esses estudos. Aqui, descrevemos um método usando baixa tensão de oxigênio ou hipóxia para a eliminação seletiva de células CD45+ em culturas de BMSC. É importante ressaltar que esse método pode ser facilmente implementado não apenas para reduzir os contaminantes hemopoiéticos, mas também para aumentar a porcentagem de MMPs e SSCs putativos em culturas de BMSC.