Demonstração do alinhamento da sequência para prever a ferramenta de suscetibilidade entre espécies para avaliação rápida da conservação de proteínas

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10 de fevereiro de 2023

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Sara M. F. Vliet¹ , Monique Hazemi² , Donovan Blatz² , Marissa Jensen³ , Sally Mayasich⁴ , Thomas R. Transue⁵ , Cody Simmons⁵ , Audrey Wilkinson⁵ , Carlie A. LaLone⁶

¹Office of Research and Development, Center for Computational Toxicology and Exposure, Scientific Computing and Data Curation Division, U.S. Environmental Protection Agency, ²Oak Ridge Institute for Science and Education, ³Swenson College of Science and Engineering, Department of Biology, University of Minnesota Duluth, ⁴University of Wisconsin-Madison Aquatic Sciences Center, ⁵General Dynamics Information Technology, Research Triangle Park, ⁶Office of Research and Development, Center for Computational Toxicology and Exposure, Great Lakes Toxicology and Ecology Division, U.S. Environmental Protection Agency

Aqui, apresentamos um protocolo para utilizar a versão mais recente da ferramenta Alinhamento de Sequência da Agência de Proteção Ambiental dos EUA para Prever a Suscetibilidade entre Espécies (SeqAPASS). Este protocolo demonstra a aplicação da ferramenta on-line para analisar rapidamente a conservação de proteínas e fornecer previsões personalizáveis e facilmente interpretáveis de suscetibilidade química entre espécies.

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