Sequenciamento de última geração baseado em amplicon ultrarrápido em câncer de pulmão de células não pequenas não escamosas
8 de setembro de 2023
O aumento de biomarcadores moleculares a serem testados para o manejo do cuidado do câncer de pulmão não pequenas células não escamosas (CPNPC-NS) tem impulsionado o desenvolvimento de métodos de detecção molecular rápidos e confiáveis. Descrevemos um fluxo de trabalho para avaliação de alterações genômicas para pacientes com CPNPC-NS usando uma abordagem de sequenciamento de próxima geração (NGS) ultrarrápida.
Atualmente, terapias-alvo para câncer de pulmão de células não pequenas requerem detecção rápida de múltiplas alterações genômicas. Por isso, é crucial para um cuidado ideal, já que a biópsia torácica geralmente é pequena e contém poucas células tumorais. Por isso, apresentamos um fluxo de trabalho de sequenciamento de última geração ultrarrápido que é implementado para o diagnóstico rotineiro de câncer de pulmão de células não pequenas no laboratório de patologia.
Atualmente, NGS direcionada usando diferentes tamanhos de painel, um teste de sequenciamento genético usando RT-PCR, PCR digital, hibridização in situ fluorescente e imunohistoquímica são os diferentes métodos usados para detectar alterações moleculares. No entanto, a maioria desses métodos pode consumir tempo e material tecidual, levando a um diagnóstico tardio e a um risco de esforço tecidual. O desafio está em detectar eficientemente múltiplas alterações moleculares, economizando materiais e respondendo a um diagnóstico rápido.
O fluxo de trabalho fornece ao oncologista torácico informações abrangentes sobre o tumor, incluindo diagnóstico histológico, status da PD-L1 e aberrações genômicas direcionáveis. Permite a tomada de decisão rápida do tratamento para a seleção ideal da terapia. Nosso protocolo identifica todos os principais alvos moleculares em oncologia torácica com base nas recomendações ESMO, NCCN e ASCO, fornece resultados oportunos mesmo com amostras pequenas e DNA/RNA limitados.
E assim, o sistema automatizado reduziu a carga de trabalho dos técnicos com apenas três horas de manipulação de laboratório molhado. Nosso objetivo é focar nas caracterizações rápidas e abrangentes de perfis genômicos de tumores, desenvolvendo um grande painel NGS para amostras de tecido e plasma no futuro. No entanto, estratégias aumentadas para detectar numerosas alterações moleculares em amostras pequenas e citológicas usando painéis grandes são urgentemente necessárias.
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Visão Geral
Este estudo aborda a necessidade urgente de detecção rápida de alterações genômicas no câncer de pulmão não microcítico não escamoso (NS-NSCLC) para orientar terapias direcionadas. Apresenta-se um fluxo de trabalho de sequenciamento de nova geração (NGS) ultra-rápido como solução para análise eficiente de amostras pequenas de biópsia.
Componentes Principais do Estudo
Área de Pesquisa
- Oncologia
- Diagnóstico molecular
- Sequenciamento de nova geração
Contexto
- As terapias direcionadas para o CCR-EPN dependem da detecção rápida de alterações genômicas.
- Métodos tradicionais de biópsia frequentemente fornecem amostras pequenas, dificultando a análise.
- É necessária uma abordagem abrangente para testes rápidos a fim de melhorar o atendimento ao paciente.
Métodos Utilizados
- Sequenciamento de próxima geração (NGS) ultra-rápido
- Análise de amostras fixadas em formalina e emblocadas em parafina (FFPE)
- Processos automatizados de purificação e sequenciamento
Resultados Principais
- O fluxo de trabalho identifica mutações genéticas e fusões-chave de maneira eficiente em termos de tempo.
- Obteve-se alta sensibilidade para a detecção de diversas alterações genômicas.
- Realizou-se um perfil molecular abrangente em 259 pacientes com NS-NSCLC.
Conclusões
- Este estudo demonstra um novo padrão para o perfil genômico rápido em CPNPC-NS.
- Oferece insights críticos para estratégias de tratamento personalizadas em oncologia.
Perguntas Frequentes
Relevância Executiva para a Indústria
O sequenciamento de nova geração (NGS) baseado em amplicons ultra-rápido permite o perfilamento molecular rápido e abrangente do câncer de pulmão não pequenas células não escamoso (NS-NSCLC) a partir de pequenas amostras diversas de biópsia. Essa capacidade atende à crescente demanda por detecção oportuna de alterações genômicas acionáveis, apoiando a seleção de terapias de precisão e reduzindo atrasos diagnósticos. A integração desses fluxos de trabalho no ponto crítico do diagnóstico melhora a confiança preditiva e a tomada de decisões em oncologia torácica.
Aplicações Estratégicas em P&D de Biotecnologia Farmacêutica
Descoberta Inicial e Validação de Alvo
- Permite a identificação robusta de alterações genômicas clinicamente acionáveis em CPNPC-NS.
- Apoia a validação funcional de alvos por meio da detecção de mutações condutoras e fusões gênicas.
- Facilita a desmistificação biológica por meio da caracterização molecular abrangente.
- Aprimora a confiança preditiva para testes hipotéticos terapêuticos subsequentes.
Triagem e Desenvolvimento de Ensaios
- Fornece perfis moleculares padronizados e reproduzíveis, adequados para fluxos de trabalho diagnósticos de alto rendimento.
- Oferece resultados quantitativos para SNVs, INDELs, CNVs e fusões, apoiando a prontidão do ensaio.
- Reduz o consumo de tecido e o tempo de análise, permitindo o triagem eficiente de amostras.
- Prepara dados moleculares validados para integração em plataformas de triagem e biomarcadores.
Pesquisa Translacional e Pré-clínica
- Alinha o perfil molecular com estratégias translacionais de biomarcadores em oncologia torácica.
- Garante a continuidade desde a descoberta diagnóstica até a seleção e validação de modelos pré-clínicos.
- Apoia decisões de avanço ajustadas ao risco mediante fornecimento de dados genômicos abrangentes.
- Permite a redução de riscos mecanicistas no desenvolvimento de novas terapias para NS-NSCLC.
Integração de Pipeline e Fluxo de Trabalho
Este fluxo de trabalho ultrarrápido de NGS integra a descoberta diagnóstica e a pesquisa translacional, apoiando a identificação rápida de candidatos promissores e a validação pré-clínica em portfólios de CPNPC-EP.
- Biologia da Descoberta: Acelera a verificação de hipóteses e a elucidação de vias ao permitir análise genômica multiplexada.
- Triagem: Fornece saídas moleculares quantitativas e reprodutíveis para o desenvolvimento de ensaios e avaliação de compostos.
- Análises: Gera dados detalhados de variantes, fusões e número de cópias para comparação entre condições e apoio à tomada de decisão.
- Pesquisa Translacional: Facilita o alinhamento de biomarcadores e a seleção de modelos pré-clínicos com base na genômica tumoral do mundo real.
- Reutilização Empresarial: Estabelece uma plataforma escalonável e automatizada para perfis moleculares contínuos em diversos tipos de amostras.
Impacto Operacional e Empresarial
- Valor Científico: Aumenta a confiança preditiva e reduz a ambiguidade mecanicística na seleção de alvos.
- Valor Operacional: Padroniza e acelera o diagnóstico molecular com requisitos mínimos de tecido.
- Valor Estratégico: Permite decisões mais rápidas de prosseguir/não prosseguir e otimiza a alocação de recursos em fluxos de oncologia.
- Impacto no Portfólio: Apoia a priorização ajustada ao risco e o avanço de candidatos a terapias direcionadas.
Considerações sobre a Implementação
- Requer experiência em patologia molecular e interpretação de dados de sequenciamento de nova geração (NGS).
- Depende de instrumentação automatizada e software integrado de análise genômica.
- Exige padronização entre equipes para processamento de amostras e relato de dados.
- Deve adaptar protocolos para diferentes tamanhos de amostra e tipos de tecido, incluindo espécimes citológicos.
- O tempo de resposta e a sensibilidade são influenciados pela qualidade da amostra e pelas limitações da quantidade de material inicial.
Perguntas Frequentes sobre Biotecnologia Farmacêutica
Chapters in this video
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Introduction
2:11
Preparation of FFPE DNA and RNA Samples for Sequencing Using Automated Purification Instrument (API)
4:42
Amplicon‐Based Next‐Generation Sequencing of Non‐Squamous Non‐Small Cell Lung Cancer
5:50
Sequencing Analysis of Non‐Squamous Non‐Small Cell Lung Cancer Using Integrated Genomic Viewer Software
