Name: Um fluxo de trabalho para a avaliação quantitativa dos microbiomas bacterianos endofíticos e epífitos da casca de Populus trichocarpa (Vídeo) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-06-27T14:20:00.000+00:00
Duration: 12 min 5 s
Description: Aprenda a avaliar microbiomas bacterianos endofíticos e epífitos da casca de Populus trichocarpa usando sequenciamento de nova geração. Este fluxo de trabalho sistemático permite o perfilamento preciso de comunidades microbianas em espécies florestais.

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<ol><li>Aguirre-Von-Wobeser, E., Alonso-Sanchez, A., Mendez-Bravo, A., Villanueva Espino, L. A., Reverchon, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Barks+from+avocado+trees+of+different+geographic+locations+have+consistent+microbial+communities%5BTitle%5D)+AND+%22Archs+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Barks from avocado trees of different geographic locations have consistent microbial communities.</a> Archs Microbiol. 203 (7), 4593-4607 (2021).</li>
<li>Konopka, B., Pajtik, J., Seben, V., Merganicova, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Modeling+bark+thickness+and+bark+biomass+on+stems+of+four+broadleaved+tree+species%5BTitle%5D)+AND+%22Plants+%28Basel%29%22%5BJournal%5D)">Modeling bark thickness and bark biomass on stems of four broadleaved tree species.</a> Plants (Basel). 11 (9), 1148(2022).</li>
<li>Rosell, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bark+in+woody+plants%3A+Understanding+the+diversity+of+a+multifunctional+structure%5BTitle%5D)+AND+%22Integr+Comp+Biol%22%5BJournal%5D)">Bark in woody plants: Understanding the diversity of a multifunctional structure.</a> Integr Comp Biol. 59 (3), 535-547 (2019).</li>
<li>Kobayashi, K., Aoyagi, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbial+community+structure+analysis+inacer+palmatumbark+and+isolation+of+novel+bacteria+IAD-21+of+the+candidate+division+FBP%5BTitle%5D)+AND+%22PeerJ%22%5BJournal%5D)">Microbial community structure analysis inacer palmatumbark and isolation of novel bacteria IAD-21 of the candidate division FBP.</a> PeerJ. 7, e7876(2019).</li>
<li>Pellitier, P. T., Zak, D. R., Salley, S. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Environmental+filtering+structures+fungal+endophyte+communities+in+tree+bark%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Ecol%22%5BJournal%5D)">Environmental filtering structures fungal endophyte communities in tree bark.</a> Mol Ecol. 28 (23), 5188-5198 (2019).</li>
<li>Dreyling, L., Schmitt, I., Dal Grande, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tree+size+drives+diversity+and+community+structure+of+microbial+communities+on+the+bark+of+beech+%28fagus+sylvatica%29%5BTitle%5D)+AND+%22Front+For+Glob+Change%22%5BJournal%5D)">Tree size drives diversity and community structure of microbial communities on the bark of beech (fagus sylvatica).</a> Front For Glob Change. 5, 858382(2022).</li>
<li>Jo, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Changes+in+microbial+community+structure+in+response+to+gummosis+in+peach+tree+bark%5BTitle%5D)+AND+%22Plants+%28Basel%29%22%5BJournal%5D)">Changes in microbial community structure in response to gummosis in peach tree bark.</a> Plants (Basel). 11 (21), 2834(2022).</li>
<li>Dong, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((core+microbiota%2C+and+function+of+the+rhizosphere+soil+and+bark+microbiota+in+Eucommia+ulmoides%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Microbiol%22%5BJournal%5D)">core microbiota, and function of the rhizosphere soil and bark microbiota in Eucommia ulmoides.</a> Front Microbiol. 13, 855317(2022).</li>
<li>Bodenhausen, N., Bortfeld-Miller, M., Ackermann, M., Vorholt, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+synthetic+community+approach+reveals+plant+genotypes+affecting+the+phyllosphere+microbiota%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Genet%22%5BJournal%5D)">A synthetic community approach reveals plant genotypes affecting the phyllosphere microbiota.</a> PLoS Genet. 10 (4), e1004283(2014).</li>
<li>Bodenhausen, N., Horton, M. W., Bergelson, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bacterial+communities+associated+with+the+leaves+and+the+roots+of+Arabidopsis+thaliana%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Bacterial communities associated with the leaves and the roots of Arabidopsis thaliana.</a> PLoS One. 8 (2), e52369(2013).</li>
<li>Stone, B. W. G., Weingarten, E. A., Jackson, C. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Role+of+the+phyllosphere+microbiome+in+plant+health+and+function%5BTitle%5D)+AND+%22Annual+plant+reviews%22%5BJournal%5D)">The Role of the phyllosphere microbiome in plant health and function.</a> Annual plant reviews. 1, 1-24 (2018).</li>
<li>Lambais, M. R., Lucheta, A. R., Crowley, D. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bacterial+community+assemblages+associated+with+the+phyllosphere%2C+dermosphere%2C+and+rhizosphere+of+tree+species+of+the+atlantic+forest+are+host+taxon+dependent%5BTitle%5D)+AND+%22Microb.+Ecol%22%5BJournal%5D)">Bacterial community assemblages associated with the phyllosphere, dermosphere, and rhizosphere of tree species of the atlantic forest are host taxon dependent.</a> Microb. Ecol. 68 (3), 567-574 (2014).</li>
<li>Arrigoni, E., Antonielli, L., Pindo, M., Pertot, I., Perazzolli, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tissue+age+and+plant+genotype+affect+the+microbiota+of+apple+and+pear+bark%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiol+Res%22%5BJournal%5D)">Tissue age and plant genotype affect the microbiota of apple and pear bark.</a> Microbiol Res. 211, 57-68 (2018).</li>
<li>Germain, H., Séguin, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Innate+immunity%3A+Has+poplar+made+its+bed%5BTitle%5D)+AND+%22New+Phytol%22%5BJournal%5D)">Innate immunity: Has poplar made its bed.</a> New Phytol. 189 (3), 678-687 (2011).</li>
<li>Varnagirytė-Kabašinskienė, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluation+of+shoot+collection+timing+and+hormonal+treatment+on+seedling+rooting+and+growth+in+four+poplar+genomic+groups%5BTitle%5D)+AND+%22Forests%22%5BJournal%5D)">Evaluation of shoot collection timing and hormonal treatment on seedling rooting and growth in four poplar genomic groups.</a> Forests. 15 (9), (2024).</li>
<li>Lu, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ptr-mir397a+is+a+negative+regulator+of+laccase+genes+affecting+lignin+content+in+Populus+trichocarpa%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+USA%22%5BJournal%5D)">Ptr-mir397a is a negative regulator of laccase genes affecting lignin content in Populus trichocarpa.</a> Proc Natl Acad Sci USA. 110 (26), 10848-10853 (2013).</li>
<li>Krabel, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Early+root+and+aboveground+biomass+development+of+hybrid+poplars+%28populus+spp.%29+under+drought+conditions%5BTitle%5D)+AND+%22Can+J+For+Res%22%5BJournal%5D)">Early root and aboveground biomass development of hybrid poplars (populus spp.) under drought conditions.</a> Can J For Res. 45 (10), 1289-1298 (2015).</li>
<li>Vitulo, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bark+and+grape+microbiome+of+vitis+vinifera%3A+Influence+of+geographic+patterns+and+agronomic+management+on+bacterial+diversity%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Bark and grape microbiome of vitis vinifera: Influence of geographic patterns and agronomic management on bacterial diversity.</a> Front Microbiol. 9, 3203(2018).</li>
<li>Aschenbrenner, I. A., Cernava, T., Erlacher, A., Berg, G., Grube, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Differential+sharing+and+distinct+co-occurrence+networks+among+spatially+close+bacterial+microbiota+of+bark%2C+mosses+and+lichens%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Ecol%22%5BJournal%5D)">Differential sharing and distinct co-occurrence networks among spatially close bacterial microbiota of bark, mosses and lichens.</a> Mol Ecol. 26 (10), 2826-2838 (2017).</li>
<li>Liang, X., Wan, D., Tan, L., Liu, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dynamic+changes+of+endophytic+bacteria+in+the+bark+and+leaves+of+medicinal+plant+eucommia+ulmoides+in+different+seasons%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiol+Res%22%5BJournal%5D)">Dynamic changes of endophytic bacteria in the bark and leaves of medicinal plant eucommia ulmoides in different seasons.</a> Microbiol Res. 280, 127567(2024).</li>
<li>De Muinck, E. J., Trosvik, P., Gilfillan, G. D., Hov, J. R., Sundaram, A. Y. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+novel+ultra+high-throughput+16s+rRNA+gene+amplicon+sequencing+library+preparation+method+for+the+illumina+Hiseq+platform%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiome%22%5BJournal%5D)">A novel ultra high-throughput 16s rRNA gene amplicon sequencing library preparation method for the illumina Hiseq platform.</a> Microbiome. 5 (1), 68(2017).</li>
<li>Anguita-Maeso, M., Haro, C., Navas-Cortes, J. A., Landa, B. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Primer+choice+and+xylem-microbiome-extraction+method+are+important+determinants+in+assessing+xylem+bacterial+community+in+olive+trees%5BTitle%5D)+AND+%22Plants+%28Basel%29%22%5BJournal%5D)">Primer choice and xylem-microbiome-extraction method are important determinants in assessing xylem bacterial community in olive trees.</a> Plants (Basel). 11 (10), 1320(2022).</li>
<li>Wang, C., Liu, D. W., Bai, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Decreasing+soil+microbial+diversity+is+associated+with+decreasing+microbial+biomass+under+nitrogen+addition%5BTitle%5D)+AND+%22Soil+Biol+Biochem%22%5BJournal%5D)">Decreasing soil microbial diversity is associated with decreasing microbial biomass under nitrogen addition.</a> Soil Biol Biochem. 120, 126-133 (2018).</li>
<li>Almeida, A., Mitchell, A. L., Tarkowska, A., Finn, R. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Benchmarking+taxonomic+assignments+based+on+16s+rRNA+gene+profiling+of+the+microbiota+from+commonly+sampled+environments%5BTitle%5D)+AND+%22GigaScience%22%5BJournal%5D)">Benchmarking taxonomic assignments based on 16s rRNA gene profiling of the microbiota from commonly sampled environments.</a> GigaScience. 7 (5), giy54(2018).</li>
<li>Liland, K. H., Vinje, H., Snipen, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microclass%3A+An+R-package+for+16s+taxonomy+classification%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Bioinform%22%5BJournal%5D)">Microclass: An R-package for 16s taxonomy classification.</a> BMC Bioinform. 18 (1), 172(2017).</li>
<li>Li, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+AREb1+transcription+factor+influences+histone+acetylation+to+regulate+drought+responses+and+tolerance+in+Populus+trichocarpa%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Cell%22%5BJournal%5D)">The AREb1 transcription factor influences histone acetylation to regulate drought responses and tolerance in Populus trichocarpa.</a> Plant Cell. 31 (3), 663-686 (2019).</li>
<li>Cregger, M. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Populus+holobiont%3A+Dissecting+the+effects+of+plant+niches+and+genotype+on+the+microbiome%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiome%22%5BJournal%5D)">The Populus holobiont: Dissecting the effects of plant niches and genotype on the microbiome.</a> Microbiome. 6 (1), 31(2018).</li>
<li>Maria Rodríguez, J. O., Ziani, K., Maté, J. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Combined+effect+of+plasticizers+and+surfactants+on+the+physical+properties+of+starch+based+edible+films%5BTitle%5D)+AND+%22Food+Res+Int%22%5BJournal%5D)">Combined effect of plasticizers and surfactants on the physical properties of starch based edible films.</a> Food Res Int. 39 (8), 840-846 (2006).</li>
<li>Beckers, B., De Beeck, M. O., Weyens, N., Boerjan, W., Vangronsveld, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structural+variability+and+niche+differentiation+in+the+rhizosphere+and+endosphere+bacterial+microbiome+of+field-grown+poplar+trees%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiome%22%5BJournal%5D)">Structural variability and niche differentiation in the rhizosphere and endosphere bacterial microbiome of field-grown poplar trees.</a> Microbiome. 5 (1), 25(2017).</li>
<li>Caporaso, J. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Global+patterns+of+16s+rrna+diversity+at+a+depth+of+millions+of+sequences+per+sample%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+USA%22%5BJournal%5D)">Global patterns of 16s rrna diversity at a depth of millions of sequences per sample.</a> Proc Natl Acad Sci USA. 108, 4516-4522 (2011).</li>
<li>Mcpherson, M. R., Wang, P., Marsh, E. L., Mitchell, R. B., Schachtman, D. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+and+analysis+of+microbial+communities+in+soil%2C+rhizosphere%2C+and+roots+in+perennial+grass+experiments%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Isolation and analysis of microbial communities in soil, rhizosphere, and roots in perennial grass experiments.</a> J Vis Exp. 24 (137), e57932(2018).</li>
<li>Caporaso, J. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((QIIME+allows+analysis+of+high-throughput+community+sequencing+data%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data.</a> Nat Methods. 7 (5), 335-336 (2010).</li>
<li>Callahan, B. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dada2%3A+High-resolution+sample+inference+from+illumina+amplicon+data%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Dada2: High-resolution sample inference from illumina amplicon data.</a> Nat Methods. 13 (7), 581-583 (2016).</li>
<li>Pruesse, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+comprehensive+online+resource+for+quality+checked+and+aligned+ribosomal+RNA+sequence+data+compatible+with+ARB%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">A comprehensive online resource for quality checked and aligned ribosomal RNA sequence data compatible with ARB.</a> Nucleic Acids Res. 35 (21), 7188-7196 (2007).</li>
<li>Ginestet, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ggplot2%3A+Elegant+graphics+for+data+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22J+R+Stat+Soc+Ser+A+Stat+Soc%22%5BJournal%5D)">Ggplot2: Elegant graphics for data analysis.</a> J R Stat Soc Ser A Stat Soc. 174, 245-245 (2011).</li>
<li>Parks, D. H., Tyson, G. W., Hugenholtz, P., Beiko, R. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stamp%3A+Statistical+analysis+of+taxonomic+and+functional+profiles%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinform%22%5BJournal%5D)">Stamp: Statistical analysis of taxonomic and functional profiles.</a> Bioinform. 30 (21), 3123-3124 (2014).</li>
<li>Holmes, S. P., McMurdie, P. J., Callahan, B. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exact+sequence+variants+should+replace+operational+taxonomic+units+in+marker-gene+data+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22ISME+J%22%5BJournal%5D)">Exact sequence variants should replace operational taxonomic units in marker-gene data analysis.</a> ISME J. 11, 2639-2643 (2017).</li>
<li>Chernov, T. I., Tkhakakhova, A. K., Kutovaya, O. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Assessment+of+diversity+indices+for+the+characterization+of+the+soil+prokaryotic+community+by+metagenomic+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Eurasian+Soil+Sci%22%5BJournal%5D)">Assessment of diversity indices for the characterization of the soil prokaryotic community by metagenomic analysis.</a> Eurasian Soil Sci. 48 (4), 410-415 (2015).</li>
<li>Li Yu, X., Hu, X. Y., Wang, X. X., Zhang, X. Y., Du, K. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+protocol+specialized+for+microbial+DNA+extraction+from+living+poplar+wood%5BTitle%5D)+AND+%22Not+Bot+Horti+Agrobot+Cluj+Napoca%22%5BJournal%5D)">A protocol specialized for microbial DNA extraction from living poplar wood.</a> Not Bot Horti Agrobot Cluj Napoca. 50 (4), (2022).</li>
<li>Jeffrey, L. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bark-dwelling+methanotrophic+bacteria+decrease+methane+emissions+from+trees%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Bark-dwelling methanotrophic bacteria decrease methane emissions from trees.</a> Nat Commun. 12 (1), 2127(2021).</li>
<li>Chelius, M. K., Triplett, E. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+diversity+of+archaea+and+bacteria+in+association+with+the+roots+of+zea+mays+l%5BTitle%5D)+AND+%22Microb+Ecol%22%5BJournal%5D)">The diversity of archaea and bacteria in association with the roots of zea mays l.</a> Microb Ecol. 41 (3), 252-263 (2001).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Equipamento:</td><td></td><td></td><td></td></tr> <tr><td>Batedor de esferas</td><td>DHS Life Science</td><td>401265</td><td></td></tr><tr><td>Centrífuga para tubos de 1,5 mL</td> Centrífuga <td>de 75002440</td><td></td><td>Thermo Scientific</td></tr><tr><td>para tubos de PCR Leitor</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr>de<td>microplacas</td><td>BioTek</td><td>8040528</td><td></td></tr><tr><td>Nanodrop</td><td>DHS Life Science & Fornecedor:Technology Co., Ltd.</td><td>2010/2020&nbsp;</td><td>espectrofotômetro de microvolume</td></tr><tr><td>Fluorômetro Qubit 3.0</td><td>fluorômetro invitrogen</td><td>Q33216</td><td>&nbsp;</td></tr><tr><td>Refrigerador(-80)</td><td>Panasonic Healthcare Co., Ltd</td><td>17060107</td><td></td></tr><tr><td>T100 Termociclador</td><td>Bio-Rad</td><td>1861096</td><td>termociclador</td></tr><tr><td>Tanon EPS-600&nbsp;</td><td>Tanon</td><td>A-179047-2313</td><td>Para eletroforese</td></tr><tr><td>LabChip GX Touch HT</td><td>PerkinElmer</td><td>CLS138625</td><td>Library Detecção de distribuição de fragmentos de DNA, análise de controle de qualidade de ácidos nucleicos</td></tr><tr><td>Applied Biosystems QuantStudio 12K</td><td>Applied Biosystems</td><td>4485694</td><td>Quantification library</td></tr><tr><td>Illumina Novaseq6000</td><td>Illumina&nbsp;</td><td></td><td>Materiais de sequenciamento de biblioteca</td></tr><tr><td>:</td><td></td><td></td><td></td></tr> <tr><td>Luvas</td><td>Qualquer</td> ponta <td>de</td> barreira de aerossol NA <td></td></tr><tr><td>10 &mu; L</td><td>Axygen</td><td>TF-300-R-S</td><td></td></tr><tr><td>ponta de barreira de aerossol 20&mu; L</td><td>Axygen</td><td>TF-20-R-S</td><td></td></tr><tr><td>ponta de barreira de aerossol 200&mu; Barreira</td> de aerossol <td>Axygen</td><td>TF-200-R-S</td><td></td></tr><tr><td>tipr 1000&mu; L</td><td>Axygen</td><td>TF-1000-R-S</td><td></td></tr> tubo <tr><td>de centrífuga 1.5 ml</td><td>Axygen</td><td>MCT-150-C</td><td></td></tr><tr><td>Corning 96-well Preto/Transparente Microplaca de Fundo Plano</td><td>Corning</td><td>3631</td><td></td></tr><tr><td>bastão de algodão</td><td>ZHENDE MEDICAL</td><td>76606</td><td></td></tr><tr><td>DNeasy PowerSoil Kit</td><td>QIAGEN&nbsp;</td><td>12888-100</td><td>Para extração de DNA</td></tr> tubo <tr><td>de centrífuga sem enzimas 1.5 ml</td><td>USA SCIENTIFIC</td><td>1415-2600</td><td></td></tr><tr><td>etanol</td><td>Tianjin Yongda Chemical Reagent Company Limited</td><td>64-17-5</td><td></td></tr><tr><td>tubos rígidos(5 ml)</td><td>DHS Life Science</td><td>0401261-17</td><td></td></tr><tr><td>Hot Master Mix&nbsp;</td>Tubo de microcentrífuga <td>Quanta Bio</td><td>2200400</td><td></td></tr><tr><td>2.0 ml</td><td>Axygen</td><td>MCT-200-C-S</td><td></td></tr><tr><td>PCR Água</td><td>QIAGEN&nbsp;</td><td>Kit de Extração de Gel QIAquick 17000-10</td><td></td></tr><tr><td>&nbsp;</td><td>QIAGEN</td><td>28704</td><td>Para extração de gel</td></tr><tr><td>Quant-iT dsDNA Kits de ensaio, ampla gama</td><td>Invitrogen</td><td>Q33130</td><td>Para determinação da concentração dos produtos amplificados e das bibliotecas de amplicon purificadas</td></tr><tr><td>placa de Petri quadrada</td><td>Changde Bkman Biotechnology Co., Ltd</td><td>110301014</td><td></td></tr><tr><td>contas de aço</td><td>Shangyu Yixin Ball Industry Co., Ltd.</td><td></td><td></td>YXB36985</tr><tr><td>solução de hipoclorito de sódio</td><td>Tianjin Beilian Fine Chemicals Development Co., Ltd&nbsp;</td><td>7681-52-9</td><td></td></tr><tr><td>Tween 20</td><td>Nachuan Biotechnology Studio</td><td>9005-64-5</td><td></td></tr><tr><td>Kit de reagentes de alta sensibilidade de DNA de protocolo duplo</td><td>PerkinElmer</td><td>CLS760672</td> detecção de <td>biblioteca de DNA</td></tr><tr><td>Kit de quantificação de biblioteca VAHTS para Illumina</td><td>Vazyme Biotech Co., Ltd</td><td>NQ104</td><td>Biblioteca de quantificação</td></tr></tbody></table>

um fluxo de trabalho para a avaliação quantitativa dos microbiomas bacterianos endofíticos e epífitos da casca de populus trichocarpa

A Workflow for the Quantitative Assessment of the Endophytic and Epiphytic Bacterial Microbiomes of the Bark of Populus trichocarpa

DNA genômico de alta qualidade dos microbiomas bacterianos endofíticos e epífitos da casca de P. trichocarpa foi obtido usando o protocolo otimizado (Tabela 1). A amplificação por PCR de todas as 12 amostras produziu bandas fortes únicas com o tamanho correto (Figura 3). Ambos os pares de primers 799F / 1193R e 515F / 806R amplificaram com sucesso os produtos-alvo de amostras de tecido de casca endofítica ou epífita em torno de 40...

Um fluxo de trabalho para a avaliação quantitativa dos microbiomas bacterianos endofíticos e epífitos da casca de Populus trichocarpa

Microorganisms colonizing plant surfaces and internal tissues may possess beneficial functions in promoting plant growth and health. However, information ...

a-workflow-for-quantitative-assessment-endophytic-epiphytic-bacterial

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Biologia

Fornecemos uma técnica para preservar o floema intacto da árvore e prepará-lo para observação.  Criamos um aparelho chamado sanduíche de floema que permite a introdução e observação de artrópodes, micróbios e outros organismos que habitam os tecidos do floema.

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Uma Abordagem Bioreporter celular todo avalie Transportes e biodisponibilidade de contaminantes orgânicos em água insaturadas Sistemas

Aqui, descrevemos um protocolo para obter dados de sequência de amplicons da rizosfera, solo e raiz endosphere microbiomes. Esta informação pode ser usada para investigar a composição e diversidade de comunidades microbianas associadas a planta e é apropriada para o uso com uma ampla gama de espécies de plantas.

Explorando o microbioma da raiz: extraindo dados da comunidade bacteriana do solo

Escavação de raízes de plantas do campo, bem como processamento de amostras em endosphere, rizosfera e solo são descritas em detalhes, incluindo os métodos de análise de dados e extração de DNA. Este papel é projetado para permitir que outros laboratórios de usar essas técnicas para o estudo do solo, endosphere e microbiomes da rizosfera.

Isolamento e análise de comunidades microbianas na rizosfera, solo e raízes em experiências de grama perene

Aqui nós descrevemos um ensaio hidropônico do crescimento de planta para quantificar a presença da espécie e para visualizar a distribuição espacial das bactérias durante a colonização inicial de raizes de planta e após sua transferência em ambientes diferentes do crescimento.

Monitoramento de colonização bacteriana e manutenção em raízes de Arabidopsis Arabidopsis thaliana em um sistema hidropônico flutuante

Nós descrevemos como quantificar artrópodes da moradia de folha selando as folhas e a extremidade das filiais em um saco, cortando e congelando o material ensacado, e enxaguando o material previamente congelado na água para separar artrópodes do substrato para a quantificação.

Um método para quantificar artrópodes da folhagem-habitação

Descrevemos uma abordagem semi-quantitativa de medir características das comunidades artrópodes corticolous (corifitas). Colocamos armadilhas pegajosas fabricadas comercialmente em boles de árvores para estimar abundância, comprimento total (um substituto para biomassa), riqueza e diversidade de Shannon para comparação entre espécies de árvores.

Quantificando corticolous artrópodes usando armadilhas pegajosas

Os produtos à base de glifosato (GBP) são os herbicidas de amplo espectro mais comuns em todo o mundo. Neste artigo, introduzimos diretrizes gerais para quantificar o efeito do GBP nos microbiomas, desde experimentos de campo até análises bioinformáticas.

Quantificação do impacto potencial dos produtos à base de glifosato em microbiomas

O protocolo aqui descreve os métodos para a avaliação dos padrões de colonização micorrízica arbuscular e a estratégia em raízes para duas espécies: Zea mays e Festuca rubra. O uso do método MycoPatt permite o cálculo de parâmetros, a conversão de estruturas micorrízicas em dados digitais e o mapeamento de sua posição real nas raízes.

Mapas micorrízicos como ferramenta para explorar padrões de colonização e estratégias fúngicas nas raízes de Festuca rubra e zea mays

Propomos um protocolo otimizado de Microscopia Eletrônica de Varredura para visualização de amostras altamente heterogêneas e delicadas contendo biomassa vegetal e fúngica, juntamente com microbiota e biofilme. Este protocolo permite descrever as dimensões espaciais da organização da microbiota.

Microbiota de jardins de formigas Attine: visualizando uma paisagem microbiana por microscopia eletrônica de varredura

Este protocolo oferece um fluxo de trabalho modular BSL-2 que combina ensaios de biomassa cristal-violeta, cinética de contraste de fase em time-lapse, mapeamento confocal 3D/matricial, ultraestrutura SEM e um módulo in vivo de infecção por hamster para cultivar, quantificar, caracterizar e investigar o papel funcional do biofilme de Leptospira , possibilitando avaliação padronizada de mutantes e intervenções anti-biofilme em laboratórios.

Um Fluxo de Trabalho Modular para Análise Quantitativa, Estrutural e Funcional de Biofilmes de Leptospira

Aprenda a avaliar microbiomas bacterianos endofíticos e epífitos da casca de Populus trichocarpa usando sequenciamento de nova geração. Este fluxo de trabalho sistemático permite o perfilamento preciso de comunidades microbianas em espécies florestais.

Um fluxo de trabalho para a avaliação quantitativa dos microbiomas bacterianos endofíticos e epífitos da casca de Populus trichocarpa (Vídeo) | JoVE Journal

Um fluxo de trabalho para a avaliação quantitativa dos microbiomas bacterianos endofíticos e epífitos da casca de Populus trichocarpa

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