Name: A eficácia e os mecanismos de via subjacentes do tratamento com ShiDuGao para eczema de ânus com base em conjuntos de dados GEO e farmacologia de rede (Vídeo) | JoVE Journal
Uploaded: 2024-01-12T15:00:00.000+00:00
Duration: 12 min 34 s
Description: Descubra a eficácia do ShiDuGao no tratamento do eczema anal usando farmacologia de rede e análise de dados GEO. Este método revela como o SDG modula vias de sinalização TNF e MAPK para oferecer uma abordagem terapêutica promissora.

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Este estudo não se refere à aprovação ética e consentimento para participar. Os dados utilizados neste estudo foram obtidos de bancos de dados genéticos.
1. Predição de alvos de doenças
<ol><li>Acesse o banco de dados GeneCards (https://www.genecards.org) e o banco de dados online de herança mendeliana no homem (OMIM, https://www.omim.org), utilizando "eczema do ânus" como termo de busca para alvos de doenças.</li>
	<li>Faça o download das planilhas dos alvos da doença. Exclua os alvos repetidos para obter os alvos de eczema do ânus.</li>
</ol>2. Seleção dos componentes ativos
<ol><li>Pesquise a palavra-chave "índigo naturalis, cipreste dourado, gesso calcinado, calamina e galha chinesa" no banco de dados de farmacologia do sistema de Medicina Tradicional Chinesa (TCMSP; http://tcmspw.com/tcmsp.php) para obter a lista dos ingredientes ativos candidatos e alvos dos ODS.</li>
	<li>Confie o componente ao banco de dados suíço ADME (http://www.swissadme.ch/index.php), extraindo detalhes daqueles que exibem absorção de IG "alta", juntamente com pelo menos dois valores de DL "Sim" como elementos ativos. NOTA: Normalmente, apenas ingredientes com valores semelhantes a medicamentos (DL) ≥0,18 na base de dados são incluídos como ingredientes ativos.</li>
</ol>3. Construção da rede PPI e triagem das proteínas centrais
<ol><li>Em Venny2.1( https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html), insira os alvos de ODS e eczema do ânus na LIST1 e LIST2, respectivamente. Uma representação visual da interseção é gerada instantaneamente. Clique na área compartilhada para revelar os alvos comuns na seção Resultados .</li>
	<li>Acesse o banco de dados STRING (https://string-db.org/). Insira os destinos no campo Lista de Nomes . Em seguida, selecione Homo sapiens como o Organismo e prossiga com Procurar > Continuar.</li>
	<li>Quando os resultados estiverem disponíveis, abra Configurações avançadas e selecione ocultar nós desconectados na rede. Na Pontuação Mínima de Interação Necessária, defina a confiança mais alta (0,900) e clique em Atualizar.</li>
	<li>Clique em Exportações para baixar o texto da rede de interação proteína-proteína (PPI) nos formatos .png e .tsv.</li>
</ol>4. Construção de uma rede droga-componente-doença-alvo
<ol><li>Abra o Cytoscape 3.9.1 e importe o arquivo .tsv mencionado na etapa 3.4. Clique na barra de estilos no painel de controle para otimizar a cor, a fonte e o lado dos nós de rede.</li>
	<li>Para análise de topologia de rede, empregue a função Analisar Rede . Para obter genes hub, use o CytoHubba no software Cytoscape. Estabelecer a rede droga-componente-doença-alvo.</li>
</ol>5. Análise de enriquecimento GO e KEGG
<ol><li>Acesse o site do Metascape (https://metascape.org/). Selecione um arquivo ou cole uma lista de genes na caixa de diálogo e clique no botão Enviar . Em seguida, selecione H. sapiens em Input as Species e Analysis as Species; depois disso, habilite a função Análise Personalizada .</li>
	<li>Na opção de enriquecimento, selecione GO Molecular Functions, GO Biological Processes, GO Cellular Components e o banco de dados KEGG Pathway. Marque Selecionar clusters GO seletivos e clique no botão Análise de enriquecimento . Após a conclusão da barra de progresso, inicie um clique na Página de Relatório de Análise para recuperar os resultados do enriquecimento.</li>
</ol>6. Análise do conjunto de dados do chip genético GEO
<ol><li>Busca e análise do conjunto de dados do chip do gene GEO (GDS3806) utilizando a ferramenta GEO2R (https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/geo2r/) para investigar a expressão de genes centrais em diferentes grupos de dados (grupo controle-dermatite não-atópica; grupo experimental-dermatite atópica).</li>
	<li>Entre no site do banco de dados GEO (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/). Insira a palavra-chave ou o GEO Access e clique no botão Pesquisar . Selecione o melhor resultado correspondente. Encontre a série de referência (GSE26952).</li>
	<li>Entre no site da ferramenta GEO2R (https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/geo2r/), insira a série de referência na caixa Adesão GEO e clique no botão Definir . Selecione Dermatite atópica como o grupo experimental, selecione Controle não atópico como o grupo de controle e clique no botão Analisar . Depois que o cálculo for concluído, o resultado aparecerá.</li>
</ol>7. Acoplamento molecular
<ol><li>Abra o banco de dados TCMSP e baixe a estrutura 3D dos ingredientes selecionados. Use a caixa de pesquisa Nome químico e pesquise os nomes de ingredientes selecionados para baixar os arquivos de estrutura 3D correspondentes no formato mol2.</li>
	<li>Abra o banco de dados de proteínas RCSB (http://www.pdb.org/) e faça o download das estruturas cristalinas dos principais alvos. Na caixa de pesquisa, pesquise os nomes de destino e baixe os arquivos de estrutura cristalina correspondentes no formato pdb.</li>
	<li>Importe ingredientes e arquivos de estrutura de destino para o software de análise. Exclua as moléculas de água clicando em Editar > Excluir Água. Adicione hidrogênios clicando em Editar > Hidrogênios > Adicionar. Defina os ingredientes como o ligante, selecione alvos inteiros como o receptor e execute o encaixe cego.</li>
	<li>Determine a faixa de acoplamento molecular.<ol><li>Selecione o receptor e o ligante em sequência. Clique em Grid > Grid Box para ajustar a caixa de grade para incluir todo o modelo. Clique em Arquivo > Fechar salvando a corrente para salvar o status da caixa de grade. Salve arquivos no formato gpf.</li>
		<li>Clique em Executar > Executar Autogrid4 > Nome do arquivo do parâmetro > Procurar, selecione o arquivo gpf e clique no botão Iniciar .</li>
	</ol></li>
	<li>Use o AutoDock 4 para realizar o encaixe molecular.<ol><li>Clique em Docking > Macromolecule > Set Rigid Filename para selecionar o receptor. Clique em Docking > Ligand > Open/ Escolha para selecionar o ligante.</li>
		<li>Clique em Docking > Search Parameters para definir algoritmos de operação e Docking > Docking Parameters para definir parâmetros de encaixe. Selecione o arquivo dpf e clique no botão Iniciar. Salve arquivos no formato dpf.</li>
		<li>Clique em Analisar > encaixe > Abrir, selecione o arquivo dlg, clique em Analisar > Macromolécula para abrir o receptor, clique em Analisar > Conformações > Jogar, Classificado por Energia para analisar os resultados. Clique em Definir Complexo de Reprodução > Gravação para salvar os resultados no formato pdbqt.</li>
	</ol></li>
	<li>Importe os arquivos de encaixe para o software PyMOL para construir visualização adicional.<ol><li>Selecione o ligante e clique em Ação > Localizar > Contatos Polares > Outros Átomos no Objeto para exibir ligações de hidrogênio entre os ligantes e o ambiente externo. Clique em c para mudar de cor.</li>
		<li>Clique em Action > Extract Object. Clique em Mostrar > Sticks para mostrar a estrutura do stick do receptor. Identificar os resíduos ligados aos ligantes e mostrar a estrutura do palito.</li>
		<li>Clique em Hide > Sticks para ocultar a estrutura do stick do receptor. Clique em Assistente > Medição e clique em dois átomos em sequência. Clique em Rótulo > Resíduo para mostrar o rótulo dos resíduos. Ajuste a cor e a transparência do plano de fundo, se necessário. Clique em Arquivo > Exportar imagem para salvar a imagem.</li>
	</ol></li>
</ol>

Farmacologia de Rede e Análise de Conjunto de Dados GEO dos ODS no Tratamento do Eczema do Ânus

<ol><li>Ma, M., Lu, H., Yang, Z., Chen, L., Li, Y., Zhang, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Differences+in+microbiota+between+acute+and+chronic+perianal+eczema%5BTitle%5D)+AND+%22Medicine%22%5BJournal%5D)">Differences in microbiota between acute and chronic perianal eczema.</a> Medicine. 100 (16), e25623(2021).</li>
<li>Dietrich, C. F., Hoch, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Anal+eczema%5BTitle%5D)+AND+%22Revue+Therapeutique%22%5BJournal%5D)">Anal eczema.</a> Revue Therapeutique. 78 (9), 509-512 (2021).</li>
<li>Dietrich, A., Ruzicka, T., Hermans, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Differential+diagnosis+of+anal+eczema%5BTitle%5D)+AND+%22Hautarzt%22%5BJournal%5D)">Differential diagnosis of anal eczema.</a> Hautarzt. 66 (6), 400-407 (2015).</li>
<li>Rohde, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Anal+eczema%2C+condylomata+acuminata%5BTitle%5D)+AND+%22Deutsche+Medizinische+Wochenschrift%22%5BJournal%5D)">Anal eczema, condylomata acuminata.</a> Deutsche Medizinische Wochenschrift. 133 (6), 245-246 (2008).</li>
<li>Havlickova, B., Weyandt, G. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Therapeutic+management+of+anal+eczema%3A+an+evidence-based+review%5BTitle%5D)+AND+%22International+Journal+of+Clinical+Practice%22%5BJournal%5D)">Therapeutic management of anal eczema: an evidence-based review.</a> International Journal of Clinical Practice. 68 (11), 1388-1399 (2014).</li>
<li>Rainer, B. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Characterization+and+analysis+of+the+skin+microbiota+in+Rosacea%3A+A+case-control+study%5BTitle%5D)+AND+%22American+Journal+of+Clinical+Dermatology%22%5BJournal%5D)">Characterization and analysis of the skin microbiota in Rosacea: A case-control study.</a> American Journal of Clinical Dermatology. 21 (1), 139-147 (2020).</li>
<li>Park, S. Y., Kim, H. S., Lee, S. H., Kim, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Characterization+and+analysis+of+the+skin+microbiota+in+acne%3A+Impact+of+systemic+antibiotics%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Clinical+Medicine%22%5BJournal%5D)">Characterization and analysis of the skin microbiota in acne: Impact of systemic antibiotics.</a> Journal of Clinical Medicine. 9 (1), 168(2020).</li>
<li>Woo, Y. R., Lee, S. H., Cho, S. H., Lee, J. D., Kim, H. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Characterization+and+analysis+of+the+skin+microbiota+in+Rosacea%3A+Impact+of+systemic+antibiotics%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Clinical+Medicine%22%5BJournal%5D)">Characterization and analysis of the skin microbiota in Rosacea: Impact of systemic antibiotics.</a> Journal of Clinical Medicine. 9 (1), 185(2020).</li>
<li>Zheng, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Alterations+in+the+skin+microbiome+are+associated+with+disease+severity+and+treatment+in+the+perioral+zone+of+the+skin+of+infants+with+atopic+dermatitis%5BTitle%5D)+AND+%22European+Journal+of+Clinical+Microbiology+%26+Infectious+Diseases%22%5BJournal%5D)">Alterations in the skin microbiome are associated with disease severity and treatment in the perioral zone of the skin of infants with atopic dermatitis.</a> European Journal of Clinical Microbiology & Infectious Diseases. 38 (9), 1677-1685 (2019).</li>
<li>Totté, J. E. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nasal+and+skin+microbiomes+are+associated+with+disease+severity+in+paediatric+atopic+dermatitis%5BTitle%5D)+AND+%22The+British+Journal+of+Dermatology%22%5BJournal%5D)">Nasal and skin microbiomes are associated with disease severity in paediatric atopic dermatitis.</a> The British Journal of Dermatology. 181 (4), 796-804 (2019).</li>
<li>Zhao, X. Y., Yang, Y. Y., Jl Feng,, Feng, C. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Network+pharmacology+prediction+and+experimental+validation+of+Trichosanthes-Fritillaria+thunbergii+action+mechanism+against+lung+adenocarcinoma%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Visualized+Experiments%22%5BJournal%5D)">Network pharmacology prediction and experimental validation of Trichosanthes-Fritillaria thunbergii action mechanism against lung adenocarcinoma.</a> Journal of Visualized Experiments. (193), e64847(2023).</li>
<li>Zeng, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Network+pharmacology+prediction+and+metabolomics+validation+of+the+mechanism+of+Fructus+Phyllanthi+against+hyperlipidemia%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Visualized+Experiments%22%5BJournal%5D)">Network pharmacology prediction and metabolomics validation of the mechanism of Fructus Phyllanthi against hyperlipidemia.</a> Journal of Visualized Experiments. (194), e65071(2023).</li>
<li>Wang, T., Jiang, X., Ruan, Y., Li, L., Chu, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+mechanism+of+action+of+the+combination+of+Astragalus+membranaceus+and+Ligusticum+chuanxiong+in+the+treatment+of+ischemic+stroke+based+on+network+pharmacology+and+molecular+docking%5BTitle%5D)+AND+%22Medicine%22%5BJournal%5D)">The mechanism of action of the combination of Astragalus membranaceus and Ligusticum chuanxiong in the treatment of ischemic stroke based on network pharmacology and molecular docking.</a> Medicine. 101 (28), Baltimore. e29593(2022).</li>
<li>Wang, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exploring+the+mechanism+of+luteolin+by+regulating+microglia+polarization+based+on+network+pharmacology+and+in+vitro+experiments%5BTitle%5D)+AND+%22Scientific+Reports%22%5BJournal%5D)">Exploring the mechanism of luteolin by regulating microglia polarization based on network pharmacology and in vitro experiments.</a> Scientific Reports. 13 (1), 13767(2023).</li>
<li>Qi-Yue, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((From+natural+dye+to+herbal+medicine%3A+a+systematic+review+of+chemical+constituents%2C+pharmacological+effects+and+clinical+applications+of+indigo+naturalis%5BTitle%5D)+AND+%22Chinese+Medicine%22%5BJournal%5D)">From natural dye to herbal medicine: a systematic review of chemical constituents, pharmacological effects and clinical applications of indigo naturalis.</a> Chinese Medicine. 15 (1), 127(2020).</li>
<li>André, C., Dumur, J. P., Hrabina, M., Lefebvre, E., Sicard, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Juniperus+ashei%3A+the+gold+standard+of+the+Cuppressaceae%5BTitle%5D)+AND+%22Allergie+et+Immunologie%22%5BJournal%5D)">Juniperus ashei: the gold standard of the Cuppressaceae.</a> Allergie et Immunologie. 32 (3), 104-106 (2000).</li>
<li>Weidinger, S., Novak, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Atopic+dermatitis%5BTitle%5D)+AND+%22Lancet%22%5BJournal%5D)">Atopic dermatitis.</a> Lancet. 387 (10023), 1109-1122 (2016).</li>
<li>Cai, L. L., Wu, Y., He, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Network+pharmacology+of+Shidu+ointment+in+the+treatment+of+EGFR-TKIs+induced+acneiform+eruptions%5BTitle%5D)+AND+%22China+Pharmaceuticals%22%5BJournal%5D)">Network pharmacology of Shidu ointment in the treatment of EGFR-TKIs induced acneiform eruptions.</a> China Pharmaceuticals. 29 (16), 5(2020).</li>
<li>Gu, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mechanisms+of+indigo+naturalis+on+treating+ulcerative+colitis+explored+by+GEO+gene+chips+combined+with+network+pharmacology+and+molecular+docking%5BTitle%5D)+AND+%22Scientific+Reports%22%5BJournal%5D)">Mechanisms of indigo naturalis on treating ulcerative colitis explored by GEO gene chips combined with network pharmacology and molecular docking.</a> Scientific Reports. 10 (1), 15204(2020).</li>
<li>Lou, Y., Ma, Y., Jin, J., Zhu, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Oral+realgar-indigo+naturalis+formula+plus+retinoic+acid+for+acute+promyelocytic+leukemia%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Oncology%22%5BJournal%5D)">Oral realgar-indigo naturalis formula plus retinoic acid for acute promyelocytic leukemia.</a> Frontiers in Oncology. 10, 597601(2021).</li>
<li>Zhang, Q., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Psoriasis+treatment+using+Indigo+Naturalis%3A+Progress+and+strategy%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Ethnopharmacology%22%5BJournal%5D)">Psoriasis treatment using Indigo Naturalis: Progress and strategy.</a> Journal of Ethnopharmacology. 297, 115522(2022).</li>
<li>Naganuma, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Efficacy+of+Indigo+Naturalis+in+a+multicenter+randomized+controlled+trial+of+patients+with+ulcerative+colitis%5BTitle%5D)+AND+%22Gastroenterology%22%5BJournal%5D)">Efficacy of Indigo Naturalis in a multicenter randomized controlled trial of patients with ulcerative colitis.</a> Gastroenterology. 154 (4), 935-947 (2018).</li>
<li>Yang, Q. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exploring+the+mechanism+of+Indigo+Naturalis+in+the+treatment+of+ulcerative+colitis+based+on+TLR4%2FMyD88%2FNF-%CE%BAB+signaling+pathway+and+gut+microbiota%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Pharmacology%22%5BJournal%5D)">Exploring the mechanism of Indigo Naturalis in the treatment of ulcerative colitis based on TLR4/MyD88/NF-κB signaling pathway and gut microbiota.</a> Frontiers in Pharmacology. 12, 674416(2021).</li>
<li>Sun, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Indigo+Naturalis+alleviates+dextran+sulfate+sodium-induced+colitis+in+rats+via+altering+gut+microbiota%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Indigo Naturalis alleviates dextran sulfate sodium-induced colitis in rats via altering gut microbiota.</a> Frontiers in Microbiology. 11, 731(2020).</li>
<li>Cao, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Immune+and+metabolic+regulation+mechanism+of+Dangguiliuhuang+decoction+against+insulin+resistance+and+hepatic+steatosis%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Pharmacology%22%5BJournal%5D)">Immune and metabolic regulation mechanism of Dangguiliuhuang decoction against insulin resistance and hepatic steatosis.</a> Frontiers in Pharmacology. 8, 445(2017).</li>
<li>Min, S. Y., Park, C. H., Yu, H. W., Park, Y. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Anti-inflammatory+and+anti-allergic+effects+of+saponarin+and+its+impact+on+signaling+pathways+of+RAW+264.7%2C+RBL-2H3%2C+and+HaCaT+cells%5BTitle%5D)+AND+%22International+Journal+of+Molecular+Sciences%22%5BJournal%5D)">Anti-inflammatory and anti-allergic effects of saponarin and its impact on signaling pathways of RAW 264.7, RBL-2H3, and HaCaT cells.</a> International Journal of Molecular Sciences. 22 (16), 8431(2021).</li>
<li>Seo, K. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Saponarin+from+barley+sprouts+inhibits+NF-%CE%BAB+and+MAPK+on+LPS-induced+RAW+264.7+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Food+%26+Function%22%5BJournal%5D)">Saponarin from barley sprouts inhibits NF-κB and MAPK on LPS-induced RAW 264.7 cells.</a> Food & Function. 5 (11), 3005-3013 (2014).</li>
<li>Moreno-Anzúrez, N. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+cytotoxic+and+anti-inflammatory+campesterol+derivative+from+genetically+transformed+hairy+roots+of+Lopezia+racemosa+Cav.+%28Onagraceae%29%5BTitle%5D)+AND+%22Molecules%22%5BJournal%5D)">A cytotoxic and anti-inflammatory campesterol derivative from genetically transformed hairy roots of Lopezia racemosa Cav. (Onagraceae).</a> Molecules. 22 (1), Basel, Switzerland. 118(2017).</li>
<li>Numao, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tryptanthrin+attenuates+TLR3-mediated+STAT1+activation+in+THP-1+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Immunologic+Research%22%5BJournal%5D)">Tryptanthrin attenuates TLR3-mediated STAT1 activation in THP-1 cells.</a> Immunologic Research. 70 (5), 688-697 (2022).</li>
<li>Veni, A., Lokeswari, T. S., Pavithra, D., Sugapriya, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Melianone+inhibits+secreted+aspartic+proteases+%28SAP%29%2C+a+virulence+factor+during+hyphal+formation+in+Candida+albicans%5BTitle%5D)+AND+%22Current+Computer-Aided+Drug+Design%22%5BJournal%5D)">Melianone inhibits secreted aspartic proteases (SAP), a virulence factor during hyphal formation in Candida albicans.</a> Current Computer-Aided Drug Design. 18 (5), 327-336 (2022).</li>
<li>Veni, A., Lokeswari, T. S., Krishna Kumari, G. N., Gayathri, D., Sudandiradoss, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bioactivity+of+melianone+against+Salmonella+and+in+silico+prediction+of+a+membrane+protein+target%5BTitle%5D)+AND+%223+Biotech%22%5BJournal%5D)">Bioactivity of melianone against Salmonella and in silico prediction of a membrane protein target.</a> 3 Biotech. 10 (10), 460(2020).</li>
<li>Ma, M., Lu, H., Yang, Z., Chen, L., Li, Y., Zhang, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Differences+in+microbiota+between+acute+and+chronic+perianal+eczema%5BTitle%5D)+AND+%22Medicine%22%5BJournal%5D)">Differences in microbiota between acute and chronic perianal eczema.</a> Medicine. 100 (16), e25623(2021).</li>
<li>Williams, H. C., Chalmers, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Prevention+of+atopic+dermatitis%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Dermato-Venereologica%22%5BJournal%5D)">Prevention of atopic dermatitis.</a> Acta Dermato-Venereologica. 100 (12), (2020).</li>
<li>Nogales, C., Mamdouh, Z. M., List, M., Kiel, C., Casas, A. I., Schmidt, H. H. H. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Network+pharmacology%3A+curing+causal+mechanisms+instead+of+treating+symptoms%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+in+Pharmacological+Sciences%22%5BJournal%5D)">Network pharmacology: curing causal mechanisms instead of treating symptoms.</a> Trends in Pharmacological Sciences. 43 (2), 136-150 (2022).</li>
<li>Wang, T., Zhou, Y., Wang, K., Jiang, X., Wang, J., Chen, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Prediction+and+validation+of+potential+molecular+targets+for+the+combination+of+Astragalus+membranaceus+and+Angelica+sinensis+in+the+treatment+of+atherosclerosis+based+on+network+pharmacology%5BTitle%5D)+AND+%22Medicine+%28Baltimore%29%22%5BJournal%5D)">Prediction and validation of potential molecular targets for the combination of Astragalus membranaceus and Angelica sinensis in the treatment of atherosclerosis based on network pharmacology.</a> Medicine (Baltimore). 101 (26), e29762(2022).</li>
<li>Jiang, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exploration+of+Fuzheng+Yugan+mixture+on+COVID-19+based+on+network+pharmacology+and+molecular+docking%5BTitle%5D)+AND+%22Medicine+%28Baltimore%29%22%5BJournal%5D)">Exploration of Fuzheng Yugan mixture on COVID-19 based on network pharmacology and molecular docking.</a> Medicine (Baltimore). 102 (3), e32693(2023).</li>
<li>Dong, Y., Zhao, Q., Wang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Network+pharmacology-based+investigation+of+potential+targets+of+astragalus+membranaceous-angelica+sinensis+compound+acting+on+diabetic+nephropathy%5BTitle%5D)+AND+%22Scientific+Reports%22%5BJournal%5D)">Network pharmacology-based investigation of potential targets of astragalus membranaceous-angelica sinensis compound acting on diabetic nephropathy.</a> Scientific Reports. 11 (1), 19496(2021).</li>
<li>Wang, T., Jiang, X., Lu, Y., Ruan, Y., Wang, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+and+integration+analysis+of+a+novel+prognostic+signature+associated+with+cuproptosis-related+ferroptosis+genes+and+relevant+lncRNA+regulatory+axis+in+lung+adenocarcinoma%5BTitle%5D)+AND+%22Aging+%28Albany+NY%29%22%5BJournal%5D)">Identification and integration analysis of a novel prognostic signature associated with cuproptosis-related ferroptosis genes and relevant lncRNA regulatory axis in lung adenocarcinoma.</a> Aging (Albany NY). 15 (5), 1543-1563 (2023).</li>
<li>Wang, T., Jiang, X., Ruan, Y., Zhuang, J., Yin, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Based+on+network+pharmacology+and+in+vitro+experiments+to+prove+the+effective+inhibition+of+myocardial+fibrosis+by+Buyang+Huanwu+decoction%29%5BTitle%5D)+AND+%22Bioengineered%22%5BJournal%5D)">Based on network pharmacology and in vitro experiments to prove the effective inhibition of myocardial fibrosis by Buyang Huanwu decoction).</a> Bioengineered. 13 (5), 13767-13783 (2022).</li>
</ol>

Os autores não têm nada a revelar.

A dermatite atópica é uma forma específica de eczema que compartilha mecanismos subjacentes com o eczema. Acredita-se que os genes hub estejam relacionados a essa condição são TNF, MAPK14 e CASP3. Os efeitos terapêuticos dos ODS sobre o eczema anal são atribuídos principalmente à sua ação nas vias de sinalização do TNF e MAPK por meio desses três geneshub17.
O ODS inclui cinco drogas distintas: índigo naturalis, cipreste dourado, gesso calcinado, calamina e galha chinesa. Na medicina tradicional chinesa, o gesso calcinado e a calamina podem desempenhar um papel na promoção da cicatrização de feridas e da umidade de secagem, enquanto o índigo naturalis, o cipreste dourado e a galha chinesa podem limpar o calor, desintoxicar e secar a umidade. A combinação dessas ervas pode alcançar o efeito de drenar a umidade, promover a cicatrização de feridas, limpar o calor e dissipar o vento18.
Estudos anteriores indicaram que os principais componentes dos ODS têm propriedades anti-inflamatórias. Foi demonstrado que o índigo naturalis (IN) trata colite, psoríase e leucemia promielocítica aguda 19,20,21. A função da IN pode estar relacionada à sua inibição da transdução do sinal TLR4/MyD88/NF-kB, que reduz a inflamação e promove a cicatrização da mucosa intestinal em pacientes com retocolite ulcerativa (RCU). Também pode regular a flora intestinal, como demonstrado no modelo de colite ulcerativa induzida por DSS22,23. Pesquisas recentes destacam que a RCU é frequentemente associada a um desequilíbrio no microbioma intestinal. A IN pode efetivamente reequilibrar a ecologia intestinal e proteger o sistema gastrointestinal, dependendo da flora intestinal24. Ao deslocar citocinas pró-inflamatórias para anti-inflamatórias, o cipreste dourado reduz a proliferação de linfócitos T e secreções de citocinas T induzidas por DC e IL-12p70, promovendo a interação entre DC e Treg25. Saponarina e campesterol atuam como anti-inflamatórios naturais com efeitos antialérgicos 26,27,28. A triptantrina apresenta ação antimicrobiana29. O melianono exibe efeitos inibitórios substanciais sobre fungos e flora microbiana que podem contribuir para o tratamento do eczema anal30,31.
Estudos descobriram que a gravidade de doenças de pele como acne, dermatite de contato irritativa e dermatite de contato alérgica estão relacionadas à flora microbiana no intestino. Comparando a distribuição da microflora do eczema agudo e crônico do ânus, os resultados mostraram que a microflora estafilocócica dos pacientes com eczema agudo do ânus foi mais abundante no grupo crônico32. Lactentes com eczema atópico e menor diversidade do microbioma intestinal demonstram uma correlação entre abundância microbiana e doenças de pele33. Com base nos efeitos de vários componentes do ODS na flora intestinal, a possibilidade de que o ODS possa melhorar o eczema do ânus regulando a microflora não pode ser descartada. Além disso, a melianona no SDG também pode atuar em fungos para prevenir o eczema do ânus.
A pesquisa de mecanismos é reconhecida como o aspecto mais intrincado da investigação de prescrição de ervas. Atualmente, a farmacologia em rede permeia diversos aspectos do campo farmacêutico, marcando uma mudança de paradigma da biomedicina convencional para a contemporânea e redefinindo o desenvolvimento da medicina tradicional chinesa (MTC) 34,35,36. Ele utiliza alvos de rede como base, construindo um diagrama de rede ligando MTC, ingredientes ativos, alvos e distúrbios para antecipar alvos terapêuticos relevantes. A farmacologia da rede elucida de forma abrangente as interações entre fármacos e alvos de doenças e examina sistematicamente os mecanismos associativos da rede, prevendo assim vias metabólicas fundamentais. Seu uso tem sido estrategicamente implementado para investigar os mecanismos de ação de diversas ervas. Além disso, ao estabelecer uma rede de IBP alvo de fármacos para doenças, juntamente com a construção de vias enriquecidas com KEGG e GO, a farmacologia da rede facilitou a predição do complexo mecanismo pelo qual as ervas chinesas influenciam doenças e investigam a patogênese das afecções 37,38,39. Esta pesquisa combinou farmacologia de rede com conjuntos de dados GEO para discernir mecanismos tópicos de drogas.
A análise farmacológica em rede apenas prevê componentes e alvos de medicamentos, verificando mecanismos precisos que requerem experimentação animal ou ensaios clínicos. Este estudo utilizou apenas a verificação de simulação de acoplamento molecular, sem a realização de experimentos animais ou clínicos para verificar. A estrutura de farmacologia de rede proposta para a medicina tradicional chinesa combina os alvos previstos de ervas individuais, embora com uma precisão menor. A incorporação de conjuntos de dados GEO aumenta substancialmente essa precisão.
Neste estudo, o método de geração de dados puros foi usado para maximizar a utilização dos dados combinando vários bancos de dados. Especialmente para algumas doenças para as quais são difíceis de construir modelos animais, os dados on-line são usados principalmente para prever e verificar doenças e alvos de medicamentos, de modo a orientar a direção da pesquisa e estabelecer uma boa base para a verificação experimental subsequente.

O eczema anal é uma afecção alérgica da pele que acomete a região e mucosas perianais, apresentando diversas manifestaçõesclínicas1. Os sintomas característicos incluem eritema anal, pápulas, bolhas, erosão, exsudatos e crostas. Esses sintomas surgem principalmente devido a arranhões, espessamento e rugosidade da área afetada2.
O eczema anal, caracterizado por duração prolongada da doença, crises recorrentes e tratamento desafiador, pode ter efeitos adversos na saúde física e mental dos pacientes3. A patogênese do eczema anal ainda não está clara, e a medicina moderna sugere que ele pode estar relacionado a lesões anais locais, dieta, ambiente, genética e outros fatores4. Além de evitar o contato com irritantes e potenciais alérgenos, o tratamento do eczema anal concentra-se principalmente em métodos como inibição da inflamação, antialérgicos e alívio do prurido5.
O ODS tem sido extensivamente utilizado para o tratamento do eczema anal e outras condições anais. O SDG regula a exsudação da pele anal, reduz a umidade, repara a pele anal e combate efetivamente o prurido 6,7,8. Além disso, o ODS tem o potencial de regular a microbiota do periânus, melhorando o eczema do ânus 9,10.
A farmacologia de rede, uma abordagem bioinformática nova e interdisciplinar de ponta no domínio da inteligência artificial e do big data, fornece uma exploração aprofundada da medicina tradicional chinesa. Esta disciplina enfatiza a exposição sistêmica de regras de correlação molecular entre drogas e doenças a partir de uma perspectiva de redes ecológicas. Tem sido extensivamente adotado para vários aspectos, incluindo a identificação de ingredientes ativos chave em extratos de ervas, decifrando seus mecanismos globais de ação, formulando combinações de medicamentos, e estudando a compatibilidade de prescrição. As prescrições tradicionais chinesas exibem os atributos de multicomponente e multialvo, significando sua adaptabilidade substancial ao domínio da farmacologia de rede. Impulsionados por essa metodologia, novas perspectivas têm surgido no exame de complexos sistemas da medicina tradicional chinesa, fornecendo suporte técnico robusto para racionalização de aplicações clínicas e inovação de fármacos 11,12,13,14.
Este estudo tem como objetivo explorar o mecanismo de efetividade dos ODS no tratamento do eczema anal. Este esforço investigativo buscou elucidar o mecanismo de administração tópica de medicamentos usando uma integração sinérgica da farmacologia de rede e conjuntos de dados GEO. Os resultados fornecem informações valiosas sobre a eficácia e os mecanismos subjacentes do ODS no manejo do eczema do ânus, indicando seu potencial como uma abordagem terapêutica eficaz para essa condição. O diagrama detalhado do fluxo de trabalho do estudo é apresentado na Figura 1.

<table><tbody><tr><td>AutoDockTools</td><td>AutoDock</td><td>https://autodocksuite.scripps.edu/adt/</td><td></td></tr> <tr><td>Cytoscape 3.9.1&nbsp;</td><td>Cytoscape</td><td>https://cytoscape.org/</td><td></td></tr> <tr><td>banco de dados GeneCards&nbsp;</td><td>GeneCards</td><td>https://www.genecards.org</td><td></td></tr><tr><td>banco de dados GEO</td><td>Centro Nacional de Informações sobre Biotecnologia</td><td>https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/</td><td></td></tr> <tr><td>ferramenta GEO2R&nbsp;</td><td>Centro Nacional de Informações sobre Biotecnologia</td><td>https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/geo2r/</td><td></td></tr> <tr><td>Metascape</td><td>Metascape</td><td>https://metascape.org/</td><td></td></tr> <tr><td>Herança mendeliana online no banco de dados do homem</td> Banco de dados <td>de proteínas OMIM</td><td>https://www.omim.org</td><td></td></tr><tr><td>RCSB&nbsp;</td><td>Banco de Dados de Proteínas RCSB (RCSB PDB)</td><td>http://www.pdb.org/</td><td></td></tr> <tr><td>Banco de dados STRING&nbsp;</td><td>STRING</td><td>https://string-db.org/</td><td></td></tr> <tr><td>Banco de dados ADME suíço&nbsp;</td><td>Banco de dados de farmacologia do sistema do Instituto Suíço de Bioinformática</td><td>http://www.swissadme.ch/index.php</td><td></td></tr><tr><td>Medicina Tradicional Chinesa (TCMSP)</td><td>Banco de dados de farmacologia de sistemas de medicina tradicional chinesa e plataforma de análise</td><td>http://tcmspw.com/tcmsp.php</td><td></td></tr><tr><td>Venny2.1</td><td>BioinfoGP</td><td>https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html</td><td></td></tr></tbody></table>

a eficácia e os mecanismos de via subjacentes do tratamento com shidugao para eczema de ânus com base em conjuntos de dados geo e farmacologia de rede

The Efficacy and Underlying Pathway Mechanisms of ShiDuGao Treatment for Anus Eczema Based on GEO Datasets and Network Pharmacology

O eczema do ânus é uma doença inflamatória crônica e recorrente da pele que afeta a área ao redor do ânus. Embora as lesões ocorram principalmente na pele anal e perianal, elas também podem se estender para o períneo ou genitália. ShiDuGao (SDG) foi encontrado para possuir propriedades reparativas significativas contra prurido anal, controle de exsudação, redução de umidade, e reparação da pele. No entanto, os alvos genéticos e os mecanismos farmacológicos dos ODS no eczema anal ainda precisam ser amplamente elucidados e discutidos. Consequentemente, este estudo empregou uma abordagem farmacológica de rede e utilizou conjuntos de dados de expressão gênica omnibus (GEO) para investigar alvos gênicos. Adicionalmente, uma rede de interação proteína-proteína (IBP) foi estabelecida, resultando na identificação de 149 alvos, dos quais 59 foram considerados genes hub, dentro da rede de interação "droga-alvo-doença".
A função gênica dos ODS no tratamento do eczema perianal foi avaliada através da utilização da análise da Enciclopédia de Genes e Genomas de Kyoto (KEGG) e Ontologia Gênica (GO). Posteriormente, a função antieczema perianal e a potencial via dos ODS, identificadas na análise farmacológica da rede, foram validadas usando a metodologia de acoplamento molecular. Os processos biológicos associados a genes e proteínas alvo dos ODS no tratamento do eczema do ânus englobam principalmente respostas mediadas por citocinas, respostas inflamatórias e respostas ao lipopolissacarídeo, entre outras. Os resultados das análises de enriquecimento de vias e anotação funcional sugerem que o ODS desempenha um papel crucial na prevenção e manejo do eczema anal, regulando as vias de infecção pelo vírus Shigelose e herpes simplex 1. A farmacologia da rede e a análise do banco de dados GEO confirmam a natureza multi-alvo do SDG no tratamento do eczema anal, especificamente modulando TNF, MAPK14 e CASP3, que são alvos centrais cruciais nas vias de sinalização TNF e MAPK. Esses achados fornecem uma direção clara para uma investigação mais aprofundada sobre o mecanismo terapêutico dos ODS para eczema anal, destacando seu potencial como uma abordagem de tratamento eficaz para essa condição debilitante.

Genes relacionados ao eczema do ânus, genes-alvo dos ODS e alvos comuns Um total de 958 potenciais candidatos a genes foram examinados em Genecards e 634 em bancos de dados OMIM, enquanto duplicatas foram excluídas. Para obter uma compreensão abrangente dos genes relacionados ao eczema anal, os achados de vários bancos de dados foram amalgamados, produzindo um total de 958 genes distintos. Consequentemente, uma rede de interação proteína-proteína (IBP) específica para eczema anal foi meticulosamente formulada. O ODS é composto por cinco medicinas tradicionais chinesas: índigo naturalis, cipreste dourado, gesso calcinado, calamina e galha chinesa15,16. O principal componente do gesso calcinado é o sulfato de cálcio anidro (CaSO4), enquanto o principal componente da calamina é o carbonato de zinco (ZnCO3). Indigo naturalis, cipreste dourado e galha chinesa têm ingredientes complexos. A partir do banco de dados do TCMSP, os medicamentos contêm 92 componentes compostos, obtendo-se um total de 867 alvos confiáveis (Tabela 1).
Através da sobreposição de ambos os conjuntos de dados de genes-alvo, um total de 149 genes-alvo frequentemente co-ocorrendo foram identificados (Figura 2A), seguidos pela construção de uma rede de interação proteína-proteína (PPI) essencial (Figura 2B). Por meio de um método de triagem baseado em mediana para grau, proximidade e entre, 59 alvos-chave foram selecionados como alvos potenciais de drogas para eczema anal. As medianas dos escores de grau, proximidade e entrelinhas para os alvos principais foram 49, 40,31947 e 0,522, respectivamente. Os 10 principais genes com alto escore de grau incluíram AKT1, TNF, TP53, EGFR, STAT3, SRC, JUN, CASP3, HRAS e PTGS2 (Tabela 2). Esses genes são altamente relevantes para o eczema anal.
Percursos e redes que envolvem objectivos comuns Os métodos de enriquecimento KEGG e GO foram utilizados para analisar 59 alvos-chave, revelando 218 vias associadas e mais de 3000 processos biológicos associados. A análise descobriu vias que se correlacionam fortemente com SDG e proteínas do eczema anal, incluindo infecção pelo vírus Cherry simplex 1, Shigelose, via de sinalização do TNF, resistência ao inibidor da tirosina quinase EGFR, infecção por citomegalovírus humano e via de sinalização do receptor de células T (Figura 3A). Essas vias relacionam-se principalmente a genes como AKT1, TNF, TP53, STAT3, SRC, EGFR e CASP3. A Figura 3B fornece uma representação detalhada dos genes e vias alvo. A análise do GO foi realizada nos processos biológicos (BP), composição celular (CC) e função molecular (MF) (Figura 4A). Os resultados sugerem que este estudo se concentra principalmente em alvos comuns para ODS e eczema anal em processos biológicos, com alguns relevantes para CC e MF. As funções biológicas que foram particularmente relevantes incluem fosforilação de peptidil-tirosina, modificação de peptidil-tirosina, regulação da adesão célula-célula, regulação positiva da adesão celular, ativação de células T, regulação da adesão célula-célula leucocitária (Figura 4B-D).
Prevendo a ligação dos componentes ativos dos ODS aos alvos do eczema do ânus Com base nos valores medianos de grau, proximidade e entre, 59 alvos principais foram examinados, incluindo AKT1, TNF, TP53, EGFR, STAT3, SRC, JUN, CASP3, HRAS e PTGS2. Uma análise mais aprofundada do banco de dados do GEO revelou upregulation do PPARG, EGFR e TNF, enquanto PTPRC, MMP9, MAPK14 e CASP3 foram downregulated no grupo experimental (dermatite atópica) (Figura 5). Através da análise do enriquecimento da via gênica comum, determinou-se que esses genes participaram predominantemente da cascata de sinalização do TNF e da via de sinalização MAPK. Na via de sinalização do TNF, a expressão do TNF foi regulada para cima, enquanto a expressão de MMP9, MAPK14 e CASP3 foi regulada para baixo. Na via de sinalização MAPK, a expressão de EGFR e TNF foi regulada para cima, enquanto MAPK14 e CASP3 foram reguladas para baixo (Figura 6). Com base nesses achados, TNF, MAPK14 e CASP3 foram considerados como alvos potenciais na terapia dos ODS.
Para validar alvos candidatos em componentes ativos do SDG, a análise de docking foi usada para testar a precisão entre a estrutura do componente ativo e as proteínas-alvo potenciais. Essas proteínas-alvo estão envolvidas em várias conexões funcionais e são os nós altos da rede, sugerindo que elas desempenham um papel crucial na resposta dos ODS ao eczema anal. O valor negativo da energia de ligação de acoplamento indica a capacidade do ODS de se acoplar a alvos de doenças in vivo, com um valor mais negativo indicando acoplamento mais fácil. Nesta investigação, o acoplamento molecular bem sucedido dos componentes ativos do núcleo com o alvo chave foi alcançado, e a energia de ligação de acoplamento foi negativa, com valores inferiores a -1 kcal/mol. O índigo e a berberrubina têm boa atividade de ligação, com energia de ligação inferior a -5 kcal/mol (Tabela 3, Figura 7). Tomados juntos, estes resultados fornecem mais evidências de que estas proteínas correspondentes aos loci do gene podem actuar como alvos SDG no eczema do ânus.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66453/66453fig01.jpg"> Figura 1: Fluxo de trabalho de análise de farmacologia de rede. GO, Ontologia Gênica; KEGG, Enciclopédia de Genes e Genomas de Quioto; TCMSP, Banco de Dados e Plataforma de Análise de Farmacologia de Sistemas de Medicina Tradicional Chinesa; GEO, Expressão Gênica Omnibus. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66453/66453fig01large.jpg" target="_blank">Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66453/66453fig02.jpg"> Figura 2: Diagrama de Venn e rede PPI dos alvos comuns. (A) Diagrama de Venn de intersecção do alvo da droga e da doença. (B) Rede PPI de destino comum por STRING. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66453/66453fig02large.jpg" target="_blank">Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66453/66453fig03.jpg"> Figura 3: Análise do enriquecimento da via de KEGG. (A) Análise do enriquecimento da via de KEGG. As 10 principais vias de KEGG são classificadas de acordo com os valores de P em ordem crescente. (B) A conexão entre a via e o alvo: caminho (amarelo), alvos (vermelho). <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66453/66453fig03large.jpg" target="_blank">Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.</a>
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66453/66453fig04.jpg"> Figura 4: Análise do enriquecimento do GO. (A) Resultados GO de três ontologias. (B) Gráfico de bolhas do processo biológico (PA). (C) Gráfico de bolhas do componente celular (CC). (D) Gráfico de bolhas de função molecular (MF). <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66453/66453fig04large.jpg" target="_blank">Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.</a>
<img alt="Figure 5" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66453/66453fig05.jpg"> Figura 5: Previsão do resultado dos alvos potenciais. (A) Mapa de calor da expressão do gene hub no banco de dados GEO, o grupo A é o grupo experimental (dermatite atópica) e o grupo B é o grupo controle (dermatite não atópica); (B) Os nós da rede PPI representam proteínas, as bordas representam as relações. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66453/66453fig05large.jpg" target="_blank">Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.</a>
<img alt="Figure 6" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66453/66453fig06.jpg"> Figura 6: A via de sinalização. (A) Via de sinalização MAPK. (B) via de sinalização do TNF. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66453/66453fig06large.jpg" target="_blank">Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.</a>
<img alt="Figure 7" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66453/66453fig07.jpg"> Figura 7: Docking molecular de genes e ingredientes principais. Magenta representa os componentes centrais dos ODS, e azul representa os resíduos dos genes centrais. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66453/66453fig07large.jpg" target="_blank">Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.</a>
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody><tr><td>Medicamentos tradicionais chineses</td>
			<td colspan="3">Ingredientes ativos</td>
		</tr><tr><td rowspan="2">Índigo naturalis</td>
			<td colspan="3">9alfa,13alfa-dihidroxilisopropilidenisatisina,a, bisindigotina, indicador, isatan B, isatisina,a, isoorientina, isoscoparina, isovitexina, (+)-isolariciresinol, 10h-indolo,[3,2-b],quinolona, Isoíndigo, Saponarina, Índigo, triptantina, 6-(3-oxoindolina-2-ilideno)indolo[2,1-b]quinazolina-12-ona</td>
		</tr><tr><td colspan="3">Indirubina, beta-sitosterol, Lariciresinol, Nonacosano, isovitexina, Dotriacontanol</td>
		</tr><tr><td rowspan="2">Cipreste dourado</td>
			<td colspan="3">berberina, coptisina, Dauricina (8CI), Javanicina, (±)-lyoniresinol, Kihadalactone A, Ácido obacunóico, Obacunona, felavina, Phellavin_qt, felodendrina, delta 7-stigmastenol, Phellopterin, Vanilloloside, Coniferina, Dehidrotanshinone II A, delta7-Dehidrosophoramine, Amurensin, Amurensin_qt, dihydroniloticin, hispidol B, kihadalactone B, kihadanin A, niloticin, nomilin, rutaecarpine, Skimmianin, Chelerythrine, Stigmasterol, Worenine, Campesteryl ferulate, Cavidine, Candletoxin A, Hericenone H, Hispidona, Syrigin, beta-sitosterol, Magnograndiolide, (2S,3S)-3,5,7-trihydroxy-2-(4-hydroxyphenyl)chroman-4-one, Palmidin A, magnoflorine, Menisporphine, palmatine, Fumarine, Isocorypalmine, quercetin, Sitogluside, Friedelin</td>
		</tr><tr><td colspan="3">STOCK1N-14407, jatrorrizina, menisperina, phellamurin_qt, (S)-Canadina, columbamina, poriferasta-5-en-3beta-ol, magnoflorina, berberrubina, felodendrina, limonina, hiperina, campesterol, SMR000232320, Canthin-6-ona, 4-[(1R,3aS,4R,6aS)-4-(4-hidroxi-3,5-dimetoxifenil)-1,3,3a,4,6,6a-hexahidrofuro[4,3-c]furano-1-il]-2,6-dimetoxifenol, diidroniloticina, melianona, felochin, talifendina, vanilolosídeo, Auraptene</td>
		</tr><tr><td>Gesso calcinado</td>
			<td colspan="3">sulfato de cálcio anidro (CaSO4)</td>
		</tr><tr><td>Calamina</td>
			<td colspan="3">carbonato de zinco (ZnCO3)</td>
		</tr><tr><td>Galha Chinesa</td>
			<td colspan="3">Digalato</td>
		</tr></tbody></table>Tabela 1: Ingredientes ativos nos ODS.
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody><tr><td>Gene</td>
			<td>Grau</td>
			<td>Centralidade entre</td>
			<td>Centralidade da proximidade</td>
		</tr><tr><td>AKT1</td>
			<td>204</td>
			<td>1669.1692</td>
			<td>0.765625</td>
		</tr><tr><td>TNF</td>
			<td>202</td>
			<td>1988.4543</td>
			<td>0.761658</td>
		</tr><tr><td>TP53</td>
			<td>190</td>
			<td>1590.9288</td>
			<td>0.73134327</td>
		</tr><tr><td>EGFR</td>
			<td>174</td>
			<td>686.3063</td>
			<td>0.7033493</td>
		</tr><tr><td>STAT3</td>
			<td>168</td>
			<td>673.03723</td>
			<td>0.6869159</td>
		</tr><tr><td>SRC</td>
			<td>162</td>
			<td>568.1574</td>
			<td>0.69014084</td>
		</tr><tr><td>JUN</td>
			<td>162</td>
			<td>435.33737</td>
			<td>0.6805556</td>
		</tr><tr><td>CASP3</td>
			<td>156</td>
			<td>483.45276</td>
			<td>0.67431194</td>
		</tr><tr><td>HRAS</td>
			<td>148</td>
			<td>515.28815</td>
			<td>0.65625</td>
		</tr><tr><td>PTGS2</td>
			<td>134</td>
			<td>761.34094</td>
			<td>0.6447368</td>
		</tr></tbody></table>Tabela 2: Características dos 10 principais genes hub.
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody><tr><td>Destino (ID do PDB)</td>
			<td colspan="3">Afinidade (kcal/mol)</td>
		</tr><tr><td></td>
			<td>Anil</td>
			<td>Berberrubina</td>
			<td>Digalato</td>
		</tr><tr><td>TNF (1A8M)</td>
			<td>-5.96</td>
			<td>-5.19</td>
			<td>-2.22</td>
		</tr><tr><td>MAPK14 (1A9U)</td>
			<td>-5.51</td>
			<td>-5.41</td>
			<td>-1.93</td>
		</tr><tr><td>CASP3 (1CP3)</td>
			<td>-5.77</td>
			<td>-4.98</td>
			<td>-1.06</td>
		</tr></tbody></table>Tabela 3: A energia de ligação de encaixe molecular dos ingredientes e genes do núcleo.

Este esforço investigativo buscou elucidar o mecanismo de administração tópica de fármacos utilizando uma integração sinérgica de farmacologia em rede e conjuntos de dados de expressão gênica omnibus (GEO). Este artigo avaliou a viabilidade, o alvo e o mecanismo do ShiDuGao (SDG) no tratamento do eczema do ânus.

A eficácia e os mecanismos de via subjacentes do tratamento com ShiDuGao para eczema de ânus com base em conjuntos de dados GEO e farmacologia de rede

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Aqui descrevemos o procedimento para estimulação magnética transcraniana repetitiva guiada por ressonância magnética para o córtex pré-frontal dorsomedial como um tratamento experimental para transtorno depressivo maior.

Guiada por MRI dmPFC-EMTr como um tratamento para o Transtorno Depressivo Maior resistente ao tratamento

Este protocolo descreve um procedimento para rastrear a evolução das medidas da rede mesial em pacientes com epilepsia do lobo temporal (ELT). Baseia-se na combinação de registros intracranianos com uma nova técnica numérica para análise de dados. Especificamente, apresentamos um protocolo para análises de rede de registros do forame oval.

Análise de Redes de forame oval Eletrodo Recordings na epilepsia do lobo temporal Os pacientes resistentes a drogas

Apresentamos uma técnica para administração localizada de drogas através da rota trans-timpânicas na cóclea. Entrega da droga através desta rota não iria interferir com a eficácia de anticâncer dos medicamentos quimioterápicos tais como a cisplatina.

Entrega de trans-timpânicas drogas para o tratamento da ototoxicidade

Aqui, apresentamos um modelo poderoso e fisiológico para estudar os mecanismos moleculares subjacentes à secreção de hormônio do intestino e a absorção intestinal — intestino isolado perfundido de rato.

Os mecanismos subjacentes a secreção do hormônio Gut usando o isolado perfundido intestino de rato

A divulgação precisa de métodos e protocolos é crucial para a absorção em larga escala de terapias com células-tronco. Aqui, apresentamos um protocolo para isolar células regenerativas derivadas de adipose, usadas para uma única injeção intracavernósia como tratamento de disfunção erétil (ED) após prostatectomia radical (RP).

Isolamento de células regenerativas derivadas de adipose para o tratamento da disfunção erétil após a prostatectomia radical

Descrevemos um algoritmo clínico, baseado em décadas de experiência de linha de frente de diagnóstico e tratamento cirúrgico de espondilodiscite humana de Brucellar no maior centro médico da Área Pastoral de Xinjiang, na China.

Diagnóstico e Tratamento Cirúrgico da Espondilodiscite Humana de Brucellar

Descubra a eficácia do ShiDuGao no tratamento do eczema anal usando farmacologia de rede e análise de dados GEO. Este método revela como o SDG modula vias de sinalização TNF e MAPK para oferecer uma abordagem terapêutica promissora.

A eficácia e os mecanismos de via subjacentes do tratamento com ShiDuGao para eczema de ânus com base em conjuntos de dados GEO e farmacologia de rede (Vídeo) | JoVE Journal

A eficácia e os mecanismos de via subjacentes do tratamento com ShiDuGao para eczema de ânus com base em conjuntos de dados GEO e farmacologia de rede

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