Name: Aplicação de código de barras de DNA para identificar plantas medicinais (Vídeo) | JoVE Journal
Uploaded: 2024-11-01T13:20:00.000+00:00
Duration: 8 min 55 s
Description: Aprenda a aplicar código de barras de DNA para identificar plantas medicinais com precisão, usando Angelica sinensis como estudo de caso. Este método melhora a autenticação e o controle de qualidade em botânica medicinal.

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<meta charset="utf8"></head><body>Código de barras de DNA para plantas medicinais: identificação e análise filogenética

<ol><li>Chen, S. L., et al. Conservation and sustainable use of medicinal plants: Problems, progress, and prospects. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aChen%2C+SL+%22Chin+Med%22">Chin Med</a>. 11, 37(2016).</li>
<li>Han, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+authenticity+survey+of+herbal+medicines+from+markets+in+China+using+DNA+barcoding%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">An authenticity survey of herbal medicines from markets in China using DNA barcoding.</a> Sci Rep. 6, 18723(2016).</li>
<li>Zhang, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integration+of+high-throughput+omics+technologies+in+medicinal+plant+research%3A+The+new+era+of+natural+drug+discovery%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Plant+Sci%22%5BJournal%5D)">Integration of high-throughput omics technologies in medicinal plant research: The new era of natural drug discovery.</a> Front Plant Sci. 14, 1073848(2023).</li>
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<li>Parveen, I., Techen, N., Khan, I. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+species+in+the+aromatic+spice+family+apiaceae+using+DNA+mini-barcodes%5BTitle%5D)+AND+%22Planta+Med%22%5BJournal%5D)">Identification of species in the aromatic spice family apiaceae using DNA mini-barcodes.</a> Planta Med. 85 (2), 139-144 (2019).</li>
<li>Techen, N., Parveen, I., Pan, Z., Khan, I. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+barcoding+of+medicinal+plant+material+for+identification%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">DNA barcoding of medicinal plant material for identification.</a> Curr Opin Biotechnol. 25, 103-110 (2014).</li>
<li>Xiong, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Market+access+for+Chinese+herbal+medicinal+products+in+Europe-a+ten-year+review+of+relevant+products%2C+policies%2C+and+challenges%5BTitle%5D)+AND+%22Phytomedicine%22%5BJournal%5D)">Market access for Chinese herbal medicinal products in Europe-a ten-year review of relevant products, policies, and challenges.</a> Phytomedicine. 103, 154237(2022).</li>
<li>Virk, J. K., Gupta, V., Kumar, S., Singh, R., Bansal, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ashtawarga+plants+-+suffering+a+triple+standardization+syndrome%5BTitle%5D)+AND+%22J+Tradit+Complement+Med%22%5BJournal%5D)">Ashtawarga plants - suffering a triple standardization syndrome.</a> J Tradit Complement Med. 7 (4), 392-399 (2017).</li>
<li>An, Y. L., Wei, W. L., Guo, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Application+of+analytical+technologies+in+the+discrimination+and+authentication+of+herbs+from+fritillaria%3A+A+review%5BTitle%5D)+AND+%22Crit+Rev+Anal+Chem%22%5BJournal%5D)">Application of analytical technologies in the discrimination and authentication of herbs from fritillaria: A review.</a> Crit Rev Anal Chem. 54 (6), 1775-1796 (2024).</li>
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<li>Khan, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Herbal+spices+as+food+and+medicine%3A+Microscopic+authentication+of+commercial+herbal+spices%5BTitle%5D)+AND+%22Plants+%28Basel%29%22%5BJournal%5D)">Herbal spices as food and medicine: Microscopic authentication of commercial herbal spices.</a> Plants (Basel). 13 (8), 1067(2024).</li>
<li>Techen, N., Crockett, S. L., Khan, I. A., Scheffler, B. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Authentication+of+medicinal+plants+using+molecular+biology+techniques+to+compliment+conventional+methods%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Med+Chem%22%5BJournal%5D)">Authentication of medicinal plants using molecular biology techniques to compliment conventional methods.</a> Curr Med Chem. 11 (11), 1391-1401 (2004).</li>
<li>Sasidharan, S., Chen, Y., Saravanan, D., Sundram, K. M., Yoga Latha, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Extraction%2C+isolation+and+characterization+of+bioactive+compounds+from+plants%27+extracts%5BTitle%5D)+AND+%22Afr+J+Tradit+Complement+Altern+Med%22%5BJournal%5D)">Extraction, isolation and characterization of bioactive compounds from plants' extracts.</a> Afr J Tradit Complement Altern Med. 8 (1), 1-10 (2011).</li>
<li>Wei, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+techniques+and+detection+methods+of+edible+fungi+species%5BTitle%5D)+AND+%22Food+Chem%22%5BJournal%5D)">Identification techniques and detection methods of edible fungi species.</a> Food Chem. 374, 131803(2022).</li>
<li>Mehle, N., Trdan, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Traditional+and+modern+methods+for+the+identification+of+thrips+%28thysanoptera%29+species%5BTitle%5D)+AND+%22J+Pest+Sci%22%5BJournal%5D)">Traditional and modern methods for the identification of thrips (thysanoptera) species.</a> J Pest Sci. 85 (2), 179-190 (2012).</li>
<li>Hebert, P. D., Cywinska, A., Ball, S. L., Dewaard, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biological+identifications+through+DNA+barcodes%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Biol+Sci%22%5BJournal%5D)">Biological identifications through DNA barcodes.</a> Proc Biol Sci. 270 (1512), 313-321 (2003).</li>
<li>Chen, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Validation+of+the+its2+region+as+a+novel+DNA+barcode+for+identifying+medicinal+plant+species%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Validation of the its2 region as a novel DNA barcode for identifying medicinal plant species.</a> PLoS One. 5 (1), e8613(2010).</li>
<li>Li, D. Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparative+analysis+of+a+large+dataset+indicates+that+internal+transcribed+spacer+%28its%29+should+be+incorporated+into+the+core+barcode+for+seed+plants%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Comparative analysis of a large dataset indicates that internal transcribed spacer (its) should be incorporated into the core barcode for seed plants.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 108 (49), 19641-19646 (2011).</li>
<li>Raskoti, B. B., Ale, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+barcoding+of+medicinal+orchids+in+asia%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">DNA barcoding of medicinal orchids in asia.</a> Sci Rep. 11 (1), 23651(2021).</li>
<li>Chen, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+barcoding+in+herbal+medicine%3A+Retrospective+and+prospective%5BTitle%5D)+AND+%22J+Pharm+Anal%22%5BJournal%5D)">DNA barcoding in herbal medicine: Retrospective and prospective.</a> J Pharm Anal. 13 (5), 431-441 (2023).</li>
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<li>Zhu, S., Liu, Q., Qiu, S., Dai, J., Gao, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+barcoding%3A+An+efficient+technology+to+authenticate+plant+species+of+traditional+chinese+medicine+and+recent+advances%5BTitle%5D)+AND+%22Chin+Med%22%5BJournal%5D)">DNA barcoding: An efficient technology to authenticate plant species of traditional chinese medicine and recent advances.</a> Chin Med. 17 (1), 112(2022).</li>
<li>Pang, X., Shi, L., Song, J., Chen, X., Chen, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Use+of+the+potential+DNA+barcode+its2+to+identify+herbal+materials%5BTitle%5D)+AND+%22J+Nat+Med%22%5BJournal%5D)">Use of the potential DNA barcode its2 to identify herbal materials.</a> J Nat Med. 67 (3), 571-575 (2013).</li>
<li>Ajmal Ali, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+changing+epitome+of+species+identification+-+DNA+barcoding%5BTitle%5D)+AND+%22Saudi+J+Biol+Sci%22%5BJournal%5D)">The changing epitome of species identification - DNA barcoding.</a> Saudi J Biol Sci. 21 (3), 204-231 (2014).</li>
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<li>He, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Authentication+of+Angelica+anomala+av%C3%A9-lall+cultivars+through+DNA+barcodes%5BTitle%5D)+AND+%22Mitochondrial+DNA%22%5BJournal%5D)">Authentication of Angelica anomala avé-lall cultivars through DNA barcodes.</a> Mitochondrial DNA. 23 (2), 100-105 (2012).</li>
<li>Yuan, Q. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+species+and+materia+medica+within+Angelica+l.+%28umbelliferae%29+based+on+phylogeny+inferred+from+DNA+barcodes%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Ecol+Resour%22%5BJournal%5D)">Identification of species and materia medica within Angelica l. (umbelliferae) based on phylogeny inferred from DNA barcodes.</a> Mol Ecol Resour. 15 (2), 358-371 (2015).</li>
<li>Xie, P. J., Ke, Y. T., Kuo, L. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Modified+ctab+protocols+for+high-molecular-weight+DNA+extractions+from+ferns%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Plant+Sci%22%5BJournal%5D)">Modified ctab protocols for high-molecular-weight DNA extractions from ferns.</a> Appl Plant Sci. 11 (3), e11526(2023).</li>
<li>Stefanova, P., Taseva, M., Georgieva, T., Gotcheva, V., Angelov, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+modified+ctab+method+for+DNA+extraction+from+soybean+and+meat+products%5BTitle%5D)+AND+%22Biotech+Biotechnol+Equipment%22%5BJournal%5D)">A modified ctab method for DNA extraction from soybean and meat products.</a> Biotech Biotechnol Equipment. 27 (3), 3803-3810 (2013).</li>
<li>Li, Z., Parris, S., Saski, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+simple+plant+high-molecular-weight+DNA+extraction+method+suitable+for+single-molecule+technologies%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Meth%22%5BJournal%5D)">A simple plant high-molecular-weight DNA extraction method suitable for single-molecule technologies.</a> Plant Meth. 16, 38(2020).</li>
<li>Keller, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((5.8s-28s+rrna+interaction+and+hmm-based+its2+annotation%5BTitle%5D)+AND+%22Gene%22%5BJournal%5D)">5.8s-28s rrna interaction and hmm-based its2 annotation.</a> Gene. 430 (1-2), 50-57 (2009).</li>
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<li>Ghahramanlu, A., Rezaei, M., Heidari, P., Balandari, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Species+survey+of+iranian+barberry+genotypes+using+ITS2+sequences+and+basic+local+alignment+search+tools%5BTitle%5D)+AND+%22Erwerbs-Obstbau%22%5BJournal%5D)">Species survey of iranian barberry genotypes using ITS2 sequences and basic local alignment search tools.</a> Erwerbs-Obstbau. 65, 2491-2499 (2023).</li>
<li>Han, K., Wang, M., Zhang, L., Wang, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Application+of+molecular+methods+in+the+identification+of+ingredients+in+Chinese+herbal+medicines%5BTitle%5D)+AND+%22Molecules%22%5BJournal%5D)">Application of molecular methods in the identification of ingredients in Chinese herbal medicines.</a> Molecules. 23 (10), 2728(2018).</li>
<li>Wang, X., Liu, Y., Wang, L., Han, J., Chen, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+nucleotide+signature+for+the+identification+of+Angelicae+sinensis+radix+%28danggui%29+and+its+products%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">A nucleotide signature for the identification of Angelicae sinensis radix (danggui) and its products.</a> Sci Rep. 6, 34940(2016).</li>
<li>Chen, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+based+identification+of+medicinal+materials+in+Chinese+patent+medicines%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">DNA based identification of medicinal materials in Chinese patent medicines.</a> Sci Rep. 2, 958(2012).</li>
<li>Hou, D. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Molecular+identification+of+corni+fructus+and+its+adulterants+by+ITS%2FITS2+sequences%5BTitle%5D)+AND+%22Chin+J+Nat+Med%22%5BJournal%5D)">Molecular identification of corni fructus and its adulterants by ITS/ITS2 sequences.</a> Chin J Nat Med. 11 (2), 121-127 (2013).</li>
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<li>Trujillo-Argueta, S., Del Castillo, R. F., Velasco-Murguía, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Testing+the+effectiveness+of+rbcla+DNA-barcoding+for+species+discrimination+in+tropical+montane+cloud+forest+vascular+plants+%28oaxaca%2C+mexico%29+using+blast%2C+genetic+distance%2C+and+tree-based+methods%5BTitle%5D)+AND+%22PeerJ%22%5BJournal%5D)">Testing the effectiveness of rbcla DNA-barcoding for species discrimination in tropical montane cloud forest vascular plants (oaxaca, mexico) using blast, genetic distance, and tree-based methods.</a> PeerJ. 10, e13771(2022).</li>
<li>Marizzi, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+barcoding+brooklyn+%28new+york%29%3A+A+first+assessment+of+biodiversity+in+marine+park+by+citizen+scientists%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">DNA barcoding brooklyn (new york): A first assessment of biodiversity in marine park by citizen scientists.</a> PLoS One. 13 (7), e0199015(2018).</li>
<li>Antil, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+barcoding%2C+an+effective+tool+for+species+identification%3A+A+review%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Biol+Rep%22%5BJournal%5D)">DNA barcoding, an effective tool for species identification: A review.</a> Mol Biol Rep. 50 (1), 761-775 (2023).</li>
<li>Pang, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Utility+of+the+trnh-psba+intergenic+spacer+region+and+its+combinations+as+plant+DNA+barcodes%3A+A+meta-analysis%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Utility of the trnh-psba intergenic spacer region and its combinations as plant DNA barcodes: A meta-analysis.</a> PLoS One. 7 (11), e48833(2012).</li>
<li>Tripathi, A. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+internal+transcribed+spacer+%28its%29+region+and+trnh-psba+%5Bcorrected%5D+are+suitable+candidate+loci+for+DNA+barcoding+of+tropical+tree+species+of+India%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">The internal transcribed spacer (its) region and trnh-psba [corrected] are suitable candidate loci for DNA barcoding of tropical tree species of India.</a> PLoS One. 8 (2), e57934(2013).</li>
<li>Zheng, X. S., An, W. L., Yao, H., Xu, J., Chen, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rapid+authentication+of+the+poisonous+plant+Gelsemium+elegans+by+combining+filter-paper-based+DNA+extraction+and+rpa-lfd+detection%5BTitle%5D)+AND+%22Engineering%22%5BJournal%5D)">Rapid authentication of the poisonous plant Gelsemium elegans by combining filter-paper-based DNA extraction and rpa-lfd detection.</a> Engineering. 7 (1), 14-16 (2021).</li>
<li>Jiang, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Barcoding+melting+curve+analysis+for+rapid%2C+sensitive%2C+and+discriminating+authentication+of+saffron+%28Crocus+sativus+l.%29+from+its+adulterants%5BTitle%5D)+AND+%22Biomed+Res+Int%22%5BJournal%5D)">Barcoding melting curve analysis for rapid, sensitive, and discriminating authentication of saffron (Crocus sativus l.) from its adulterants.</a> Biomed Res Int. 2014, 809037(2014).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Kit de extração de DNA genômico de planta rápida CTAB</td><td>Shanghai Huiling Biotechnology Co.</td><td>NG411M</td><td>Adequado para extração rápida de DNA genômico de alta qualidade de diferentes tecidos de uma ampla gama de plantas</td></tr><tr><td>DL5000 DNA Marker</td><td>Nanjing vazyme Bio-technology Co.</td><td>MD102-02</td><td>Produto pronto para uso, tome uma quantidade adequada deste produto diretamente para eletroforese ao executar o gel.</td></tr><tr><td>Eletroforese</td><td>Pequim Liuyi Biotechnology Co.</td><td>DYY-6C</td><td>Adote o design da tela sensível ao toque, pode exibir a tensão definida, definir a corrente ao mesmo tempo, saída paralela</td></tr><tr><td>Ácido etilenodiaminotetracético</td><td>BeijingpsaitongBiotechnologyCo., Ltd</td><td>E70015-100G</td><td>Reagentes de formulação de tampão de isolamento nuclear.</td></tr><tr><td>Coloração de gel de ácido nucleico Goldview (10.000 vezes;)</td><td>Yisheng Biotechnology (Shanghai) Co., Ltd</td><td>10201ES03</td><td>Ao usar eletroforese em gel de agarose para detectar DNA, ela se liga ao DNA e produz um forte sinal fluorescente.</td></tr><tr><td>Centrífuga de mesa de alta velocidade</td><td>Changsha Zona de desenvolvimento industrial de alta tecnologia Xiangyi Centrifuge Instrument Co.</td><td>H1650</td><td>Para uma separação rápida e eficiente de amostras, esta centrífuga compacta e leve oferece segurança confiável</td></tr><tr><td>Moedor de Tissue de Alto Rendimento</td><td>Shanghai Jingxin Industrial Development Co.</td><td>Tiss-48</td><td>Um instrumento de vibração de alta frequência para moer amostras</td></tr><tr><td>http://www.gpgenome.com/</td> <td>Instituto de Matéria Médica Chinesa, Academia Chinesa de Ciências Médicas Chinesas-Banco de</td><td></td> <td>dados HerbGenomics inclui sequências de genoma, conjuntos de genes, genomas de organelas, dados de genoma de baixa cobertura e sequências de código de barras de DNA.</td></tr><tr><td>https://www.ncbi.nlm.nih.gov/</td> <td>Biblioteca Nacional de Medicina dos EUA</td> <td>-</td> <td>O Centro Nacional de Informações sobre Biotecnologia promove a ciência e a saúde, fornecendo acesso a informações biomédicas e genômicas.</td></tr><tr><td>Kylin-Bell</td><td>Haimen Qilinbel Instrumento Fabricação Co.</td><td>VORTEX-5</td><td>Mistura rápida na forma de um vórtice de alta velocidade, velocidade de mistura, uniformidade, rigor</td></tr><tr><td>LifeTouch</td><td>Hangzhou BORI Technology Co.</td><td>TC-96/G/H(b)B</td><td>Adoção de tecnologia avançada de refrigeração termoelétrica e tecnologia TAS recém-criada para melhorar seu desempenho geral</td></tr><tr><td>Sistema de análise de imagem de gel multifuncional</td><td>Centro de Operação do Sudoeste de Xangai Tianneng Life Science Co.</td><td>Tanon-Mini Space 2000</td><td>Realiza experimentos rápidos de amplificação de genes com uma função de gradiente para mapear condições de amplificação e uma faixa de temperatura de gradiente de até 30 graus; C</td></tr><tr><td>NaCl</td><td>Pequim Solarbio Science& Tecnologia Co., Ltd.</td><td>S8210-100</td><td>Reagentes de formulação de tampão de isolamento nuclear.</td></tr><tr><td>Nanodrop One</td><td>Genes Ltda.</td><td>ND ONE</td><td>Quantifique amostras de DNA, RNA e proteínas em segundos com apenas 1-2 &micro; L da amostra</td></tr><tr><td>de polivinil pirrolidona</td><td>Shanghai yuanye Bio-Technology Co., Ltd</td><td>S30268-500g</td><td>Reagentes de formulação de tampão de isolamento nuclear.</td></tr><tr><td>Fabricante de gelo de floco de neve</td><td>Shanghai Zhixin Experimental Instrument Technology Co.</td><td>ZX-60X</td><td>Adotando o método de fabricação de gelo por extrusão rotativa, velocidade rápida de fabricação de gelo e alta eficiência na produção de gelo</td></tr><tr><td>Grânulos de aço inoxidável para homogeneizador de tecidos</td><td>Beyotime Biotechnology.&nbsp;</td><td>F6623</td><td>Equipamento para moagem e mistura de tecidos e outras amostras por</td></tr><tr><td>vibração Tampão de acetato-EDTA Tris</td><td>Beyotime Biotech Inc</td><td>ST716</td><td>TAE é um tampão comumente usado para eletroforese de DNA, freqüentemente empregado em eletroforese em gel de agarose.</td></tr><tr><td>Tris-HCl</td><td>Pequim Solarbio Science& Tecnologia Co., Ltd.</td><td>T8230</td><td>Reagentes de formulação de tampão de isolamento nuclear.</td></tr><tr><td>Chaleira de banho-maria</td><td>Shanghai Senxin Experimental Instrument Co.</td><td>DK-8D</td><td>Termostato preciso e regulação de temperatura, controle de temperatura preciso</td></tr> <tr><td>&beta;-mercaptoetanol</td><td>Shanghai Eon Chemical Technology Co.</td><td>R054186-100ml&nbsp; &nbsp;</td><td>Reagentes de formulação de tampão de isolamento nuclear.</td></tr></tbody></table>

aplicação de código de barras de dna para identificar plantas medicinais

Application of DNA Barcoding to Identify Medicinal Plants

Qualidade do DNA da amostra
A faixa de taxas de absorbância OD260 / OD280 foi de 1,80-1,84. A quantidade de DNA medida por espectrofotômetro para cada amostra foi superior a 100 ng/μL (Tabela 3), indicando uma boa qualidade da extração do DNA da amostra. Isso indica que as amostras não foram contaminadas por proteínas, RNA ou reagentes durante o processo de extração e que eram de boa qualidade e adequadas para amplificação por PCR a jusante.
Análise de PCR
A eletroforese em gel foi realizada no produto da PCR das três amostras experimentais paralelas. A configuração foi: Marker, amostras 1-3 (AS-1, AS-2, AS-3) e controle negativo (0), conforme mostrado na Figura 3. Os tamanhos de AS-1, AS-2 e AS-3 estão todos entre 500 pb com bandas simples, brilhantes e claras, e não há bandas no 0, indicando que o DNA extraído foi amplificado para 500 pb usando primers ITS2.
Comparação do banco de dados dos resultados do sequenciamento
Os resultados do sequenciamento identificaram A. sinensis com 100% de similaridade de sequência, combinando os resultados de identificação BLAST do banco de dados NCBI, que é o mesmo que os resultados de identificação de espécies do banco de dados GPGD (Tabela 4). O resultado do BLAST foi determinado usando a maior pontuação percentual de identidade e o menor valor e. A identificação de espécies foi considerada bem-sucedida quando a maior porcentagem máxima de identidade incluiu uma única espécie e pontuou &gt;99%. Se uma pontuação for ≤ 99%, verifique a qualidade do arquivo de sequenciamento ou se o produto de PCR está contaminado.
Análise filogenética baseada em árvores da identificação de espécies
Os resultados mostraram que na árvore filogenética NJ construída, todas as quatro espécies foram agrupadas em clados separados, e o P. praeruptorum como um grupo externo foi separado dos clados Angelica . As sequências de Splicing foram agrupadas com o clado A. sinensis OR879715.1, e o valor de suporte do clado (bootstrap) foi 100, e então as outras duas espécies, A. dahurica e A. cartilaginomarginata foram agrupadas em um clado separado, provando assim que as sequências de Splicing eram A. sinensis (Figura 4).
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66925/66925fig01.jpg"> Figura 1: Fluxograma de identificação de espécies de plantas medicinais. (A) Planta de processo, extração de DNA e sequenciamento de plantas medicinais, (B) comparação da sequência de espécies usando bancos de dados e (C) empregando árvores filogenéticas para validação taxonômica para confirmar as relações filogenéticas entre as espécies. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66925/66925fig01large.jpg" target="_blank">Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66925/66925fig02.jpg"> Figura 2: Fluxo de trabalho de extração de DNA de plantas medicinais. (A) Um total de 6 etapas estão envolvidas na extração de DNA de plantas medicinais. (B) Amplificação do instrumento de PCR e processo de ciclagem de PCR. (C) Eletroforese. (D) Sequenciamento de Sanger e o cromatograma de sequenciamento. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66925/66925fig02large.jpg" target="_blank">Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66925/66925fig03.jpg"> Figura 3: Eletroforese em gel de Angelica sinensis (Oliv.) Diels. Usando o marcador de DNA DL5000 como marcador molecular, AS-1, AS-2 e AS-3 são usados como amostras e 0 como grupo controle. A eletroforese em gel foi realizada e os resultados mostraram que as amostras AS-1, AS-2 e AS-3 apresentaram bandas a 500 pb, enquanto o controle não apresentou bandas. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66925/66925fig03large.jpg" target="_blank">Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.</a>
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66925/66925fig04.jpg"> Figura 4: Árvore filogenética de junção de vizinhos criada a partir de 13 sequências. Um total de 10 sequências de quatro espécies de plantas foram baixadas do banco de dados do NCBI, e as sequências de Splicing foram comparadas para analisar e comparar a variação de sequência intraespecífica e interespecífica e para construir árvores filogenéticas de junção de vizinhos. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66925/66925fig04large.jpg" target="_blank">Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.</a>
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody><tr><td>Nome do Material/Equipamento</td>
			<td>dose</td>
		</tr><tr><td>Polivinilpirrolidona</td>
			<td>10 gramas</td>
		</tr><tr><td>Tris-HCl</td>
			<td>1 M 50 mL</td>
		</tr><tr><td>Ácido etilenodiaminotetracético</td>
			<td>0,5 M 20 mL</td>
		</tr><tr><td>NaCl</td>
			<td>20,45 gramas</td>
		</tr><tr><td>β-mercaptoetanol</td>
			<td>10 mL</td>
		</tr><tr><td>Água deionizada esterilizada</td>
			<td>500 mL</td>
		</tr></tbody></table>Tabela 1: Reagentes de formulação de tampão de isolamento nuclear.
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody><tr><td>Código de barras</td>
			<td>Cartilha</td>
			<td colspan="2">Sequência de primer (5'-3')</td>
			<td colspan="3">Sequenciamento de amplificação de PCR</td>
		</tr><tr><td rowspan="5">SEU 2</td>
			<td rowspan="3">R:3R</td>
			<td colspan="2" rowspan="3">GACGCTTCTCCAGACTACAAT</td>
			<td>94°C</td>
			<td colspan="2">5min</td>
		</tr><tr><td>94°C</td>
			<td>anos 30</td>
			<td rowspan="3">40 ciclos</td>
		</tr><tr><td>56°C</td>
			<td>anos 30</td>
		</tr><tr><td rowspan="2">F: 2F</td>
			<td colspan="2" rowspan="2">ATGCGATACTTGGTGTGAAT</td>
			<td>72°C</td>
			<td>45 anos</td>
		</tr><tr><td>72°C</td>
			<td colspan="2">10min</td>
		</tr></tbody></table>Tabela 2: Primers de código de barras de DNA e condições de reação de PCR.
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody><tr><td>Amostras</td>
			<td>Extração de DNA (ng / μL)</td>
			<td>OD260/OD280</td>
		</tr><tr><td>AS-1</td>
			<td>124</td>
			<td>1.84</td>
		</tr><tr><td>AS-2</td>
			<td>184</td>
			<td>1.81</td>
		</tr><tr><td>AS-3</td>
			<td>164</td>
			<td>1.82</td>
		</tr></tbody></table>Tabela 3: Angelica sinensis (Oliv.) Diels extraiu a qualidade do DNA.
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody><tr><td>Amostras</td>
			<td>Comprimento alinhado da sequência (bp)</td>
			<td>Comprimento da sequência de emenda (bp)</td>
			<td>GC (%)</td>
			<td>NCBI: Porcentagem de explosão (%)</td>
			<td>GPGD: Percentagem de identificação das espécies (%)</td>
		</tr><tr><td>AS-1</td>
			<td>500 pb</td>
			<td>229 pb</td>
			<td>55.50%</td>
			<td>100%</td>
			<td>100%</td>
		</tr><tr><td>AS-2</td>
			<td>504 pb</td>
			<td>229 pb</td>
			<td>55.50%</td>
			<td>100%</td>
			<td>100%</td>
		</tr><tr><td>AS-3</td>
			<td>499 pb</td>
			<td>229 pb</td>
			<td>55.50%</td>
			<td>100%</td>
			<td>100%</td>
		</tr></tbody></table>Tabela 4: Comparação do banco de dados dos resultados do sequenciamento.

Aplicação de código de barras de DNA para identificar plantas medicinais

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