Usando oligonucleotídeos sintéticos modificados para testar enzimas metabolizadoras de ácidos nucleicos

Então, meu grupo de pesquisa, estamos realmente interessados em enzimas envolvidas na replicação e reparo do DNA. Em particular, estamos estudando enzimas de microrganismos extremófilos e também de patógenos porque queremos entender como essas enzimas permitem que esses organismos sobrevivam aos desafios ambientais. Estamos interessados tanto na função biológica das enzimas quanto nas aplicações biotecnológicas.

Portanto, trabalhamos muito com DNA e RNA ligases, e recentemente estabelecemos o papel de um tipo mínimo de DNA ligase que parece ser trafegado para fora da célula bacteriana. E determinamos que isso desempenha um papel na formação de biofilme no patógeno Neisseria gonorrhoeae. Nós também, juntamente com nossos colaboradores da ArcticZymes, caracterizamos uma nova ligase de RNA para DNA que é capaz de anexar adaptadores de DNA a qualquer extremidade de um pedaço de RNA.

Portanto, nossos colaboradores da ArcticZymes, que também contribuíram para este protocolo, estão caracterizando diferentes enzimas metabolizadoras de DNA e RNA que têm aplicações potenciais em biologia molecular. E então eles estão usando esse tipo de protocolo como um primeiro passo para entender o espectro de atividades que essas enzimas têm e compará-las em relação ao que já está disponível no mercado. O protocolo oferece uma alternativa mais fácil e segura para testar enzimas metabolizadoras de ácidos nucleicos em comparação com o uso de substratos radiomarcados.

Os substratos de DNA ou RNA marcados com fluorescência tornam nossa abordagem mais eficiente, pois podemos misturar e combinar os oligonucleotídeos para fazer uma variedade de substratos. Então, no momento, estamos realmente focados em entender a função biológica de algumas novas nucleases que descobrimos em um genoma ambiental antártico. Essas nucleases têm homólogos em outros organismos extremófilos e, portanto, estamos tentando entender qual o papel que elas desempenham em permitir que esses micróbios sobrevivam.

Também estamos realmente interessados na atividade de algumas de nossas novas enzimas em análogos de ácidos nucleicos não naturais e seus usos potenciais como parte de um kit de ferramentas de biologia molecular com substratos não naturais de DNA e RNA.