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JoVE Journal Biology
Strand-Specific Analysis of Proteins at Replicating DNA Strands by Enrichment and Sequencing of Protein-Associated Nascent DNA Method

Análise específica de fitas de proteínas em fitas de DNA replicantes por enriquecimento e sequenciamento do método de DNA nascente associado a proteínas

Full Text
1,000 Views
08:53 min
May 2, 2025

DOI: 10.3791/67120-v

Srinivasu Karri1, Quinn Dickinson1, Zhiming Li2, Chuanhe Yu1, Zhiguo Zhang3

1Hormel Institute,University of Minnesota, 2West China School of Public Health and West China Fourth Hospital, State Key Laboratory of Biotherapy,Sichuan University, 3Institute for Cancer Genetics, Department of Pediatrics and Department of Genetics and Development,Columbia University Medical Center

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Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.

Overview

This research addresses the mechanism of epigenetic inheritance, specifically focusing on the parent histone recycling process during DNA replication. Using yeast and mouse embryonic stem cells, the study employs the enrichment and sequencing of protein-associated nascent DNA (eSPAN) to analyze histone deposition. This approach reveals important insights into chromatin replication dynamics.

Key Study Components

Research Area

  • Epigenetic inheritance
  • Histone recycling during DNA replication
  • Chromatin dynamics

Background

  • Parental histone recycling is a fundamental step in epigenetic inheritance.
  • The study identifies key players in this process, including helicase complexes and DNA polymerases.
  • Traditional methods have limitations that eSPAN effectively addresses.

Methods Used

  • Enrichment and sequencing of protein-associated nascent DNA (eSPAN).
  • Model organisms include yeast and mouse embryonic stem cells.
  • High-throughput sequencing technologies utilized for data analysis.

Main Results

  • Revealed the mechanism of parental histone deposition biased toward the lagging strand in wild-type yeast.
  • Identified distinct nucleosome patterns surrounding autonomously replicating sequences.
  • Confirmed roles of identified proteins in histone transfer processes.

Conclusions

  • The study advances understanding of chromatin replication and its epigenetic implications.
  • Findings contribute to the broader field of molecular biology by elucidating mechanisms of epigenetic inheritance.

Frequently Asked Questions

What is the significance of histone recycling in DNA replication?
Histone recycling is crucial for maintaining epigenetic information during DNA replication, affecting gene expression and cellular identity.
How does eSPAN improve upon previous methods?
eSPAN provides a powerful tool for studying protein interactions with nascent DNA, allowing for greater insights into histone transfer processes.
What model systems were used in this study?
The study utilized yeast and mouse embryonic stem cells to explore histone dynamics in chromatin.
What were the key findings regarding strand bias in histone deposition?
In wild-type yeast, parental histone deposition was observed to have a slight bias towards the lagging strand during replication.
What role do DNA polymerases play in histone recycling?
DNA polymerases are involved in the deposition of parental histones on newly replicated DNA, ensuring proper epigenetic inheritance.
How do the findings impact our understanding of epigenetic inheritance?
These findings enhance our understanding of how epigenetic information is preserved during cell division, impacting future research in genetics and developmental biology.

O enriquecimento e sequenciamento do DNA nascente associado a proteínas (eSPAN) foi desenvolvido para detectar a abundância relativa de uma proteína associada à cromatina em duas fitas replicantes de DNA, revelando assim insights moleculares sobre a replicação da cromatina e seus processos acoplados. Este protocolo descreve procedimentos de eSPAN em células-tronco embrionárias (ES) de levedura e camundongo.

Nossa pesquisa se concentra no mecanismo de herança epigenética. Especificamente, a replicação do DNA acoplou o processo de reciclagem de histonas parentais, que representam a primeira etapa emissora na herança epigenética. A deposição de múltiplas histonas parentais envolvidas na replicação do DNA foi identificada como desempenhando um papel importante na reciclagem de histonas parentais.

Isso inclui complexo D helicase, DNA polimerase e replicação para complexo de proteção. Abordagens genéticas e bioquímicas tradicionais têm sido valores utilizados neste campo de pesquisa. Tradicionalmente, métodos de sequenciamento de alto rendimento estão sendo empregados para entender o processo de transferência de histonas parentais.

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