Name: Design e Desenvolvimento Guiados por Estrutura de Novos Inibidores da Ciclofilina A e Derivados do Ganoderiol-F: Uma Abordagem In-Silico (Vídeo) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-06-23T12:30:00.000+00:00
Duration: 10 min 1 s
Description: Aprenda o design de inibidores da Ciclofilina A usando docking molecular e dinâmica computacional. Este método integra AutoDock e Gromacs para otimizar a afinidade ligante-receptor no desenvolvimento de fármacos anticâncer.

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<table><tbody><tr><td>Autodock&nbsp;</td><td>Autodock&nbsp;</td><td>v4.2.6</td><td>http://autodock.scripps.edu/downloads/autodock-registration/autodock-4-2-download-page/</td></tr><tr><td>CGenFF</td><td>CGenFF</td><td>v2024</td><td>https://cgenff.umaryland.edu</td></tr><tr><td>Chemsketch&nbsp;</td><td>Chemsketch&nbsp;</td><td>v2024</td><td>http://www.acdlabs.com/resources/freeware/</td></tr><tr><td>Cygwin terminal&nbsp;</td><td>Cygwin terminal&nbsp;</td><td>v3.6.3</td><td>http://www.cygwin.com/</td></tr><tr><td>Gromacs tutorial</td><td>Gromacs tutorial</td><td>v25.04 (Plucky Puffin)</td><td>http://www.mdtutorials.com/gmx/complex/index.html</td></tr><tr><td>MGL tools&nbsp;</td><td>MGL tools&nbsp;</td><td>v1.5.7</td><td>mgl tools 1.5.6 rc3</td></tr><tr><td>Open babel</td><td>Open babel</td><td>v3.1.1</td><td>http://openbabel.org/wiki/main_page</td></tr><tr><td>PyMOL</td><td>PyMOL</td><td>v3.1.6.1</td><td>PyMOL | pymol.org</td></tr><tr><td>Ubuntu</td><td>Ubuntu</td><td>v25.04l</td><td>https://ubuntu.com/download/desktop</td></tr><tr><td>UCSF chimera</td><td>UCSF chimera</td><td>v1.19</td><td>chimera-1.17.3-win64.exe</td></tr></tbody></table>

design e desenvolvimento guiados por estrutura de novos inibidores da ciclofilina a e derivados do ganoderiol-f: uma abordagem in-silico

Structure-Guided Design and Development of Novel Cyclophilin A Inhibitors and Ganoderiol-F Derivatives: An In-Silico Approach

Design e Desenvolvimento Guiados por Estrutura de Novos Inibidores da Ciclofilina A e Derivados do Ganoderiol-F: Uma Abordagem In-Silico

The cyclin Ds-CDKs axis (Cyclophilin A (Cyp /Ganoderiol F)) plays a critical role in cancer through various processes, such as controlling proliferation ...

structure-guided-design-development-novel-cyclophilin-inhibitors

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Bioquímica

Desenvolvemos métodos computacionais de design de proteínas de novo capazes de lidar com várias áreas importantes do design de proteínas. Para disseminar esses métodos, apresentamos o Protein WISDOM, uma ferramenta online para design de proteínas (http://www.proteinwisdom.org). A partir de um modelo estrutural, o projeto de proteínas monoméricas para maior estabilidade e complexos para maior afinidade de ligação pode ser realizado.

SABEDORIA Protein: A Workbench para<em&gt; In silico</em&gt;<em&gt; De novo</em&gt; Projeto de biomoléculas

Descrevemos a implementação da estratégia REPLACE para direcionar as interações proteína-proteína. REPLACE é uma estratégia iterativa envolvendo abordagens sintéticas e computacionais para a conversão de inibidores peptídicos otimizados em moléculas semelhantes a drogas.

Desenvolvimento de inibidores de interacções proteína-proteína através REPLACE: Aplicação para a concepção e desenvolvimento não-ATP inibidores de CDK Competitiva

Um método simples e geral para a síntese de peptídeos cíclicos usando irradiação de microondas é descrito. Este procedimento permite a síntese de peptídeos cíclicos de backbone com uma coleção de diferentes conformações, mantendo as cadeias laterais e as porções farmacofóricas., e, portanto, permite rastrear a conformação bioativa.

Desenvolvimento de um Backbone cíclica Biblioteca de Peptídeos como potencial antiparasitário Therapeutics Usando Microondas Irradiação

Apresentamos um protocolo para a construção de vinil/Tioéter peptídeos helicoidais sulfeto-amarrados usando foto-induzido thiol-ene/thiol-ino hydrothiolation.

Construindo Tioéter/sulfeto de vinil-amarrados induzida por peptídeos helicoidais Via foto Thiol-ene/ino Hydrothiolation

Aqui nós apresentamos um protocolo para demonstrar um método eficiente para a síntese de heterocíclicos spirocyclic. O processo de cinco etapas utiliza síntese de fase sólida e regenerando estratégias de vinculador de Michael. Geralmente é difícil sintetizar, apresentamos um método personalizável para a síntese de moléculas de spirocyclic inacessíveis para outras abordagens modernas.

Fase sólida síntese de [4,4] Spirocyclic oximas

Este papel utiliza um ensaio de fluxo cytometry-baseado para bibliotecas de tela de inibidores químicos para a identificação de inibidores e os alvos que influenciam a sinalização do receptor de células T. Os métodos descritos aqui também podem ser expandidos para as sessões de alta produtividade.

Identificação de mediadores do Receptor de células T através da triagem de bibliotecas de inibidor químico de sinalização

Bispiro enantiomerically enriquecido [γ-butirolactona-pyrrolidin-4, 4'-zolone] esqueletos assimetricamente são sintetizados através de uma reação de cicloadição 1,3-dipolar de organocatalytic simples.

Construção eficiente de andaimes de drogas, como Bispirocyclic Via Organocatalytic cicloadições de γ-lactonas α-Imino e pirazolonas Alkylidene

Aqui, descrevemos um bioensaio usando brometo de 3-(4′,5′-dimetiltiazol-2′-il)-2,5-difeniltetrazólio (MTT) para testar oximas espirocíclicos previamente sintetizados.

Síntese Espirocíclica Funcionalizada de Heterociclos e Ensaio de Citotoxicidade

Este protocolo apresenta a síntese de peptídeos cíclicos via bisalquilação entre cisteína e metionina e a reação fácil tiol-yne desencadeada pelo centro de propargil sulfônio.

Construindo peptídeos cíclicos usando um centro de sulfônio on-tether

Esse protocolo introduz uma metodologia de triagem fluorométrica otimizada para identificar inibidores naturais de produtos e pequenas moléculas na síntese de proteínas. Sua praticidade o torna adequado tanto para o ensino de graduação em técnicas de descoberta de fármacos quanto para a implementação em campanhas de química medicinal.

Um Protocolo Baseado em Fluorescência para Triagem Preliminar de Inibidores de Síntese de Proteínas de Fontes Naturais

Aprenda o design de inibidores da Ciclofilina A usando docking molecular e dinâmica computacional. Este método integra AutoDock e Gromacs para otimizar a afinidade ligante-receptor no desenvolvimento de fármacos anticâncer.

Design e Desenvolvimento Guiados por Estrutura de Novos Inibidores da Ciclofilina A e Derivados do Ganoderiol-F: Uma Abordagem In-Silico (Vídeo) | JoVE Journal

Design e Desenvolvimento Guiados por Estrutura de Novos Inibidores da Ciclofilina A e Derivados do Ganoderiol-F: Uma Abordagem In-Silico

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