Name: Incorporando a Estrutura da Proteína-Alvo, Flexibilidade e Dinâmica na Descoberta Computacional de Medicamentos Usando Análise de Docking Baseada em Conjunto (Vídeo) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-06-20T13:10:00.000+00:00
Duration: 8 min 49 s
Description: Descubra como a análise de docking baseada em conjunto incorpora flexibilidade proteica para descoberta computacional de medicamentos. Este método utiliza dinâmica molecular e inteligência artificial para melhorar a precisão no design de fármacos.

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<table><tbody><tr><td>AutoDock</td><td>The Scripps Research Institute, EUA</td><td>Versão 4.2.6</td><td></td></tr><tr><td>Ferramentas AutoDock</td><td>The Scripps Research Institute, EUA</td><td>Versão 1.5.6</td><td></td></tr><tr><td>Avogadro</td><td>Geoffrey R Hutchison, Departamento de Química, Universidade de Pittsburgh, Pittsburgh, EUA</td><td>Versão 1.95</td><td></td></tr><tr><td>Discovery Studio</td><td>Dassault Syst&egrave; mes, Massachusetts,</td><td>EUA Versão 2021</td><td></td></tr><tr><td>GROMACs</td><td>University of Groningen Royal Institute of Technology Uppsala University, Suécia</td><td>Versão 2023</td><td></td></tr><tr><td>UCSF Chimera</td><td>Resource for Biocomputing, Visualization, and Informatics University of California</td><td>Version 1.16</td><td></td></tr></tbody></table>

incorporando a estrutura da proteína-alvo, flexibilidade e dinâmica na descoberta computacional de medicamentos usando análise de docking baseada em conjunto

Incorporating Target Protein Structure Flexibility and Dynamics in Computational Drug Discovery Using Ensemble-Based Docking Analysis

A estrutura química e a representação estrutural 3D do FB após a otimização são mostradas na Figura 8A. A Figura 8B mostra a estrutura 3D da lisozima com o código pdb 1LYZ no estado inicial antes da simulação MD. A fim de estudar a dinâmica e flexibilidade da estrutura 3D da lisozima, foi realizada uma simulação de MD para 100 ns. A energia total da estrutura da proteína foi estável durante a simulação, conforme mostrado na <stro...

Incorporando a Estrutura da Proteína-Alvo, Flexibilidade e Dinâmica na Descoberta Computacional de Medicamentos Usando Análise de Docking Baseada em Conjunto

The drug discovery process is a rigorous, time-consuming, and expensive operation. The computational approach in drug discovery allows researchers to ...

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Research

JoVE Journal

Biology

Biologia

Desenvolvemos métodos computacionais de design de proteínas de novo capazes de lidar com várias áreas importantes do design de proteínas. Para disseminar esses métodos, apresentamos o Protein WISDOM, uma ferramenta online para design de proteínas (http://www.proteinwisdom.org). A partir de um modelo estrutural, o projeto de proteínas monoméricas para maior estabilidade e complexos para maior afinidade de ligação pode ser realizado.

SABEDORIA Protein: A Workbench para<em&gt; In silico</em&gt;<em&gt; De novo</em&gt; Projeto de biomoléculas

Descrevemos a implementação da estratégia REPLACE para direcionar as interações proteína-proteína. REPLACE é uma estratégia iterativa envolvendo abordagens sintéticas e computacionais para a conversão de inibidores peptídicos otimizados em moléculas semelhantes a drogas.

Desenvolvimento de inibidores de interacções proteína-proteína através REPLACE: Aplicação para a concepção e desenvolvimento não-ATP inibidores de CDK Competitiva

Espectrometria de massa (MS) emergiu como uma importante ferramenta para a investigação da estrutura e a dinâmica dos conjuntos macromoleculares. Aqui, nós integramos abordagens baseadas em MS para interrogar a formação do complexo de proteínas e a ligação do ligante.

Análise de arquiteturas de proteínas e complexos proteína-ligante por espectrometria de massa estrutural Integrativa

Este estudo teve como objetivo apresentar uma estratégia para identificar interações medicamentosa-peptídeos. A estratégia envolve o biopanning de peptídeos curtos que reconhecem drogas com base em um biosensor de microequilísã de quartzo-cristal (QCM), seguido de análise bioinformática para avaliação quantitativa das informações obtidas para o reconhecimento de medicamentos e anotação dos locais de ligação medicamentosa em proteínas.

Estratégia de análise de biopanning e bioinformática baseada em biosensor para a validação global de interações medicamentosas-proteínas

O experimento usado aqui mostra um método de docking molecular combinado com ensaio de deslocamento térmico celular para prever e validar a interação entre pequenas moléculas e alvos proteicos.

Predição de Alvos de Proteínas e Validação de Compostos de Moléculas Pequenas

Aqui, apresentamos um protocolo para o desenho guiado por estrutura da interação de ligação proteína-ligante entre Sangliferina A e Ciclofilina A/Ganoderiol-F, essencial para a descoberta de novos medicamentos. A estabilidade do complexo ligante-receptor foi avaliada por meio de simulação de dinâmica molecular.

Design e Desenvolvimento Guiados por Estrutura de Novos Inibidores da Ciclofilina A e Derivados do Ganoderiol-F: Uma Abordagem In-Silico

Este estudo utilizou estratégias in-silico para identificar a Etravirina Enumerada como um agente terapêutico promissor para o HIV. Nossas descobertas sobre interações e dinâmicas moleculares apóiam o design racional de novos NNRTIs como possíveis alternativas de tratamento do HIV.

Relação Quantitativa Estrutura-Atividade, Predição de Atividade e Dinâmica Molecular de Inibidores da Transcriptase Reversa Não Nucleotídica

Este protocolo bilíngue fornece um fluxo de trabalho computacional de descoberta de fármacos avaliando as interações proteína-ligando das Quinases Tipo Polo 1 a 3 (PLK1–3) e das propriedades de Absorção, Distribuição, Metabolismo, Excreção, Toxicidade e Estabilidade (ADMET-S) de moléculas naturais provenientes de bancos de dados.

Um Fluxo de Trabalho Computacional Bilíngue para Identificar Potenciais Inibidores de PLK1 na Língua de Sinais Americana e no Inglês

O design de proteínas envolve a construção de sequências de aminoácidos e a incorporação de motivos específicos para criar variantes funcionais. Essa abordagem é fundamental para o desenvolvimento de peptídeos antimicrobianos (AMPs) para combater patógenos resistentes a antibióticos. Este artigo apresenta um procedimento para construção de proteínas usando várias ferramentas de bioinformática.

Aplicação de I TASSER, trRosetta, UCSF Chimera, servidor HADDOCK e HEX loria para design de proteínas De Novo e In Silico

Nós aplicamos rótulo sem análise da interação da proteína usando X100 Biacore para estrutura-função de análise da ligação de mutantes B várias cistatina à papaína através da caracterização cinética. Calibração livre de análise de concentração (ACCP) mede a concentração de proteína com actividade de ligação retida sem a necessidade de uma curva padrão. Nós mostramos que a confirmação de concentrações usando ACCP aumenta a confiabilidade da análise cinética e que constantes cinéticas pode ser...

A importância da concentração de proteína correta para Cinética e Determinação Affinity na estrutura-função Análise

Descubra como a análise de docking baseada em conjunto incorpora flexibilidade proteica para descoberta computacional de medicamentos. Este método utiliza dinâmica molecular e inteligência artificial para melhorar a precisão no design de fármacos.

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