Name: Triagem de compostos da medicina tradicional chinesa para inibir a atividade de UCHL3 com base na tecnologia de sonda enzimática de acoplamento molecular e desubiquitinação (Vídeo) | JoVE Journal
Uploaded: 2024-11-22T14:40:00.000+00:00
Duration: 10 min 25 s
Description: Descubra como identificar inibidores moleculares de enzimas desubiquitinantes usando docking molecular e sondas enzimáticas. Este método computacional revelou o Danshensu como inibidor do UCHL3 com potencial farmacológico.

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<meta charset="utf8"></head><body>Triagem e validação virtual de inibidores de UCHL3 usando docking molecular

<table><tbody><tr><td>30% de acrilamida</td><td>Beijing Lablead Biotech Co., Ltd</td><td>A3291</td><td></td></tr><tr><td>Persulfato de amônio</td><td>China National Medicines Corporation Ltd</td><td>10002616</td><td></td></tr><tr><td>Anti-coelho IgG, anticorpo ligado a HRP&nbsp;#7074</td><td>Tecnologia de Sinalização Celular</td><td>7074P2</td><td></td></tr><tr><td>BeyoECL Plus</td><td>Beyotime</td><td>P0018S</td><td></td></tr><tr><td>Kit</td> <td>de Ensaio de Proteína BradfordBeyotime</td><td>P0006</td><td></td></tr><tr><td>ClonExpress Ultra One Step Cloning Kit</td><td>Vazyme</td><td>C115-01</td><td></td></tr><tr><td>Danshensu</td><td>Shanghai yuanye Bio-Technology Co., Ltd</td><td>B20254</td><td></td></tr><tr><td>DMSO</td><td>Ameresco, Inc.</td><td>21K2356571</td><td></td></tr><tr><td>Biotecnologia</td><td>de Liuyi</td><td>112-0630</td><td></td></tr><tr><td>HEPES</td><td>Sigma</td><td>H3375</td><td></td></tr><tr><td>His-tagged jogo da purificação da proteína (grânulos magnéticos da agarose de NTA-Ni)</td> Membrana do Immun-Blot PVDF de <td>Beyotime</td><td>P2247S</td><td></td></tr><tr><td>, rolo, 26 cm x 3,3 m</td><td>Bio-Rad Laboratories (Shanghai) Co., Ltd</td><td>1620177</td><td></td></tr><tr><td>Isopropyl álcool</td><td>Macklin</td><td>I811925</td><td></td></tr><tr><td>M5 Prestained Protein Ladder</td><td>Mei5 Biotechnology Co.Ltd</td><td>MF-212-01</td><td></td></tr><tr><td>Maestro</td><td>Schr&ouml; Dinger' s</td><td>https://www.schrodinger.com/platform/products/maestro/</td><td></td></tr> <tr><td>Álcool metílico</td><td>China National Medicines Corporation Ltd</td><td>10014108</td><td></td></tr><tr><td>MF-Millipore</td><td>Millipore</td><td>HAWP04700</td><td></td></tr><tr><td>MyFug&nbsp; mini centrífuga</td><td>Sigma</td><td>Z764183</td><td></td></tr><tr><td>Pierce Ensaio rápido de proteína BCA de ouro sem diluição</td><td>Thermo Scientific</td><td>A55860</td><td></td></tr><tr><td>PR-619</td><td>Cell Signaling Technology</td><td>26065S</td> Tampão de diluição de anticorpos primários <td></td></tr><tr><td>para Western Blot</td><td>Macklin</td><td>P917820</td><td></td></tr><tr><td>Proteína humana recombinante HA-Ubiquitina vinil sulfona, CF</td><td>R & D Systems</td><td>U-212-025</td><td></td></tr><tr><td>Proteína AMC de ubiquitina humana recombinante, CF</td><td>R & D Systems</td><td>U-550-050</td><td></td></tr><tr><td>Leite Desnatado</td><td>Becton,Dickinson and Company</td><td>232100</td><td></td></tr><tr><td>Dodecil Sulfato de Sódio (SDS)</td><td>Ameresco, Inc.</td><td>205-788-1</td><td></td></tr><tr><td>TEMED</td><td>Ameresco, Inc.</td><td>2545C134</td><td></td></tr><tr><td>Tween 20</td><td>Beijing Lablead Biotech Co., Ltd</td><td>0777-1</td><td></td></tr><tr><td>UCHL3 (D25E6) Tecnologia</td><td>de sinalização celular</td> mAb de coelho <td>8141T</td><td></td></tr></tbody></table>

triagem de compostos da medicina tradicional chinesa para inibir a atividade de uchl3 com base na tecnologia de sonda enzimática de acoplamento molecular e desubiquitinação

Screening Traditional Chinese Medicine Compounds for Inhibiting UCHL3 Activity Based on Molecular Docking and Deubiquitinating Enzyme Probe Technology

Para filtrar as pequenas moléculas na Salvia miltiorrhiza Bge que podem efetivamente inibir o UCHL3, realizamos o acoplamento molecular entre as pequenas moléculas obtidas no site do TCMSP com o UCHL3. As 30 principais moléculas pequenas nos resultados de encaixe e suas pontuações são mostradas na Tabela 1. Os resultados do acoplamento para todas as moléculas pequenas são apresentados na Tabela Suplementar 1. Selecionamos Danshensu como uma pequena molécula representativa para a...

Triagem de compostos da medicina tradicional chinesa para inibir a atividade de UCHL3 com base na tecnologia de sonda enzimática de acoplamento molecular e desubiquitinação

Deubiquitinating enzymes&#160;(DUBs) play a pivotal role in modulating ubiquitination homeostasis, with UCHL3 being an archetypal cysteine DUB intricately ...

screening-traditional-chinese-medicine-compounds-for-inhibiting-uchl3

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Medicine

Medicina

Aqui descrevemos um ensaio de gene repórter baseado em células como uma ferramenta valiosa para rastrear bibliotecas químicas em busca de compostos que modulam os mecanismos de controle pós-transcricional exercidos por meio de 3' UTR.

Rastreio de alto rendimento para moduladores químicos de Genes Post-transcriptionally Regulamentados

O protocolo atual detalha um método para medir a atividade das enzimas funcionalmente homóloga deubiquitinating. Sondas especializados modificar covalentemente o enzima e permitir a detecção. Este método tem o potencial para identificar novos alvos terapêuticos.

Método para medir a actividade de enzimas deubiquitinating em linhas celulares e amostras de tecidos

A interacção entre os canais HCN e a sua sub-unidade auxiliar tem sido identificada como um alvo terapêutico em Perturbação Depressiva Major. Aqui, um método baseado em polarização de fluorescência para identificar pequenas moléculas inibidoras desta interacção proteína-proteína, é apresentada.

Método para a identificação de molécula pequena inibidores da interacção proteína-proteína entre HCN1 e TRIP8b

Este papel utiliza um ensaio de fluxo cytometry-baseado para bibliotecas de tela de inibidores químicos para a identificação de inibidores e os alvos que influenciam a sinalização do receptor de células T. Os métodos descritos aqui também podem ser expandidos para as sessões de alta produtividade.

Identificação de mediadores do Receptor de células T através da triagem de bibliotecas de inibidor químico de sinalização

O presente estudo fornece protocolos de ensaio de on-lona in vitro detalhados para a análise da atividade catalítica da ubiquitina E3. Proteínas recombinantes foram expressas usando sistemas procarióticos como a cultura Escherichia coli.

In vitro Análise da Função Ligase E3 Ubiquitin

Aqui, descrevemos um protocolo detalhado para o uso de um ensaio de repórter baseado em luciferase em um formato de triagem semi-automatizado e de alto rendimento.

Triagem de Drogas Baseadas em Células para Inibidores da Autofagia 4B Cisteína Peptidase Relacionada

Este protocolo explica como medir o efeito da variação genética associada a distúrbios do neurodesenvolvimento na atividade da enzima desubiquitilante, combinando a purificação de proteínas recombinantes com ensaios de clivagem da cadeia de ubiquitina.

Medindo a atividade enzimática de enzimas desubiquitilantes associadas a distúrbios do neurodesenvolvimento por meio de um ensaio de clivagem da cadeia de ubiquitina in vitro

Este protocolo descreve o uso de cromatografia líquida de ultra-alta performance acoplada à espectrometria de massa de alta resolução híbrida quadrupole-Orbitrap (UHPLC-Q-Orbitrap HRMS), combinada com farmacologia em rede e acoplamento molecular, para prever e validar a base material da fórmula Yiqi Qingjie (YQQJ) para o tratamento da nefropatia por IgA (IgAN).

Elucidação da Base Material da Fórmula Yiqi Qingjie contra Nefropatia por IgA Usando o UHPLC-Q-Orbitrap HRMS Integrado com Farmacologia em Rede

Um enema é um tipo de terapia da medicina tradicional chinesa (MTC) usada para tratar pancreatite aguda grave (PAS). A terapia envolve a instilação de um líquido TCM no reto e cólon através do ânus para manter o líquido no intestino, absorvendo através da mucosa intestinal. Este estudo tem como objetivo padronizar o procedimento do enema para pacientes com PAS.

Enema de Medicina Tradicional Chinesa para Pacientes com Pancreatite Aguda Grave

Neste estudo, uma série de métodos são apresentados para preparar amostras de DESI-MSI de plantas, e um procedimento de instalação de montagem de DESI, aquisição de dados MSI e processamento é descrito em detalhes. Este protocolo pode ser aplicado em diversas condições para aquisição de informações do metaboloma espacial em plantas.

Visualização de Metabólitos Identificados no Metaboloma Espacial da Medicina Tradicional Chinesa Utilizando DESI-MSI

Descubra como identificar inibidores moleculares de enzimas desubiquitinantes usando docking molecular e sondas enzimáticas. Este método computacional revelou o Danshensu como inibidor do UCHL3 com potencial farmacológico.

Triagem de compostos da medicina tradicional chinesa para inibir a atividade de UCHL3 com base na tecnologia de sonda enzimática de acoplamento molecular e desubiquitinação (Vídeo) | JoVE Journal

Triagem de compostos da medicina tradicional chinesa para inibir a atividade de UCHL3 com base na tecnologia de sonda enzimática de acoplamento molecular e desubiquitinação

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