Name: Relação Quantitativa Estrutura-Atividade, Predição de Atividade e Dinâmica Molecular de Inibidores da Transcriptase Reversa Não Nucleotídica (Vídeo) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-05-09T12:40:00.000+00:00
Duration: 10 min 29 s
Description: Aprenda a usar dinâmica molecular e docking computacional para projetar inibidores da transcriptase reversa não nucleotídica contra HIV. Este método acelera a descoberta de fármacos com alta performance computacional.

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<table><tbody><tr><td>GaussView</td><td>GaussView</td><td></td><td>V6.1.1</td></tr><tr><td>KNIME&nbsp;</td><td>KNIME</td><td></td><td>V4.7.1</td></tr><tr><td>Schrödinger Maestro V13.6</td><td>SCHRÖDINGER INC.</td><td></td><td>Ano de lançamento da licença 2023-2</td></tr></tbody></table>

relação quantitativa estrutura-atividade, predição de atividade e dinâmica molecular de inibidores da transcriptase reversa não nucleotídica

Quantitative Structure-Activity Relationship, Activity Prediction, and Molecular Dynamics of Non-nucleotide Reverse Transcriptase Inhibitors

Relação Quantitativa Estrutura-Atividade, Predição de Atividade e Dinâmica Molecular de Inibidores da Transcriptase Reversa Não Nucleotídica

The increasing incidence of HIV-1 drug resistance presents a challenge to the effectiveness of combination antiretroviral therapy, particularly in ...

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Research

JoVE Journal

Chemistry

Química

Source: Scarborough, R. J., et al. Evaluation of the Efficacy And Toxicity of RNAs Targeting HIV-1 Production for Use in Gene or Drug Therapy. J. Vis. Exp. (2016).This video demonstrates a reverse transcriptase (RT) assay to assess the effect of a test RNA on virus-like particle (VLP) production. Cells are co-transfected with plasmids, and RT activity is measured as a quantitative indicator of VLP output. A decrease in RT activity reflects suppression of viral gene expression by the test RNA.

Reverse Transcriptase Activity as a Marker for Virus-Like Particle Production

Alta capacidade seletiva 2 'acilação hidroxila analisados ​​por extensão primer (SHAPE) utiliza um romance químico sondagem tecnologia, transcrição reversa, eletroforese capilar e software de predição de estrutura secundária para determinar as estruturas de RNAs de várias centenas a vários milhares de nucleotídeos em única resolução de nucleotídeos.

RNA Secundária Previsão Estrutura Usando SHAPE de alta capacidade

Três ensaios, incluindo o efeito citopático (CPE) baseado em ensaio, o ensaio de dose-resposta e (TOA) ensaio de Tempo-de-adição ter sido desenvolvido, optimizado e validado e utilizado para identificar novos medicamentos antivirais contra o vírus da febre catarral (VFC), bem como para determinar o possível mecanismo de ação-de-(MOA) para antivirais recentemente identificados.

Ensaios para a identificação de novos antivirais contra a febre catarral ovina vírus

Os ensaios in vitro para medir a replicação do vírus tem sido melhorada pelo desenvolvimento de vírus de RNA recombinantes que expressam luciferase ou outras enzimas capazes de bioluminescência. Aqui detalhamos uma triagem gasoduto de alto rendimento, que combina essas linhagens recombinantes de sarampo e vírus chikungunya para isolar os antivirais de amplo espectro de bibliotecas químicas.

Triagem de alta capacidade para amplo espectro químico Inibidores de Vírus RNA

Aqui, descrevemos a citotoxicidade celular e ensaios de infecciosidade redondas únicas que permitem a triagem rápida e exacta de compostos para determinar a sua citotoxicidade celular (CC 50) e os valores de IC50 contra a WT e resistentes de HIV-1 da droga.

Triagem rápida de HIV transcriptase reversa e integrase Inibidores

Este protocolo descreve o NAME, um ensaio que permite a rápida identificação de moléculas capazes de inibir in vitro as atividades chaperonas da proteína do nucleocapsídeo do HIV-1.

Nucleocápside Annealing-Mediated Eletroforese (NAME) ensaio permite a identificação rápida de HIV-1 Nucleocápside Inibidores

Aqui nós apresentamos uma abordagem profunda de sequenciamento que fornece uma análise imparcial da nascente 3'-termini, bem como perfis mutacional de moléculas de DNA único-encalhado. A aplicação principal é a caracterização de DNAs complementares retrovirais nascentes (cDNAs), os intermediários gerados durante o processo de transcrição reversa retroviral.

Determinante 3'-Termini e sequências de moléculas de ADN Viral de Single-Stranded nascente durante o HIV-1 inverter transcrição em células infectadas

O objetivo do protocolo é ilustrar os diferentes ensaios relativos à entrada viral que podem ser utilizados para identificar os inibidores da entrada viral do candidato.

Uso de ensaios de entrada viral e análise de ancoragem molecular para a identificação de candidatos antivirais contra coxsackievirus a16

Foram desenvolvidos ensaios de atividade com base em RMN para identificar e caracterizar inibidores de duas enzimas de riboidrolase nucleósidas. Os protocolos são fornecidos para ensaios compostos iniciais em 500 μM e 250 μM, ensaios de dose-resposta para a determinação de valores de IC50 , ensaios de tela de contador de detergente, ensaios de tela de contador de diluição de salto e ensaios em células inteiras de e. coli .

Ensaios de atividade com base em RMN para determinação da inibição de compostos, valores de IC50 , atividade Artifactual e atividade de células inteiras de Ribohidrolases nucleósidos

Neste trabalho, descrevemos os protocolos usados em ensaios baseados em enzimas cílicas e virais para triagem de inibidores da replicação do vírus Zika em um formato de triagem de alto rendimento.

Ensaios antivirais de alta produtividade para tela para inibidores da replicação do vírus Zika

O protocolo fornece instruções para modificar o RNA com sulfato de dimetilo para experimentos de perfil mutacional. Inclui sondagem in vitro e in vivo com dois métodos alternativos de preparação de bibliotecas.

Sondando a estrutura do RNA com perfil mutacional de sulfato de dimetilo com sequenciamento in vitro e em células

Aprenda a usar dinâmica molecular e docking computacional para projetar inibidores da transcriptase reversa não nucleotídica contra HIV. Este método acelera a descoberta de fármacos com alta performance computacional.

Relação Quantitativa Estrutura-Atividade, Predição de Atividade e Dinâmica Molecular de Inibidores da Transcriptase Reversa Não Nucleotídica (Vídeo) | JoVE Journal

Relação Quantitativa Estrutura-Atividade, Predição de Atividade e Dinâmica Molecular de Inibidores da Transcriptase Reversa Não Nucleotídica

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