Name: Um fluxo de trabalho de metaproteômica clínica implementado na plataforma Galaxy Bioinformatics para analisar as interações hospedeiro-microbioma subjacentes à doença humana (Vídeo) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-01-10T14:45:00.000+00:00
Duration: 9 min 52 s
Description: Explore um fluxo de trabalho de metaproteômica clínica na plataforma Galaxy Bioinformatics para analisar proteínas microbianas em amostras clínicas. Este método permite identificar peptídeos microbianos relacionados a doenças como fibrose cística e COVID-19.

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<meta charset="utf8"></head><body>Metaproteômica habilitada para galáxias: insights sobre a interação hospedeiro-microbioma

<table><tbody><tr><td>Recolher coleção</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy versão 5.1.1</td><td>Combina uma coleção de lista de conjuntos de dados em um único arquivo (na ordem da lista)</td></tr><tr><td>Concatenar conjuntos de dados</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy versão 0.1.1</td><td>Concatenar arquivos cauda a cabeça</td></tr><tr><td>Cortar</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy versão 1.0.2</td><td>Cortar (selecionar) colunas especificadas de um arquivo</td></tr><tr><td>FASTA Mesclar arquivos e filtrar sequências</td> <td>exclusivasGalaxyP</td><td>Galaxy Versão 1.2.0</td><td>Concatenar arquivos de banco de dados FASTA</td></tr><tr><td>FastaCLI</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Versão 4.0.41+galaxy1</td><td>Anexa sequências de chamariz aos arquivos FASTA</td></tr><tr><td>FASTA-to-Tablular</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Versão 1.1.0</td><td>Converter sequências formatadas em FASTA para formato delimitado por TAB</td></tr><tr><td>Filtro</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Versão 1.1.1</td><td>Filtrar colunas usando expressões simples</td></tr><tr><td>Filtrar tabular</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Versão 3.3.0</td><td>Filtrar um arquivo tabular por meio de filtros de linha</td></tr><tr><td>Servidor Galaxy Europe (EU)</td><td>GalaxyP</td><td></td><td>https://usegalaxy.eu/</td></tr> <tr><td>Grupo</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Versão 2.1.4</td><td>Agrupe um arquivo por uma coluna específica e execute funções agregadas</td></tr><tr><td>Parâmetros de identificação</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Versão 4.0.41+galaxy1</td><td>Defina os parâmetros de identificação para o SearchGUI/PeptideShaker</td></tr><tr><td>Learning Pathway: Fluxos de trabalho de metaproteômica clínica no Galaxy</td><td>GalaxyP</td><td></td><td>https://training.galaxyproject.org/training-material/learning-pathways/clinical-metaproteomics.html</td></tr><tr><td>MaxQuant</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy versão 2.0.3.0+galaxy0 (módulo de descoberta); Galaxy Versão 1.6.17.0+galaxy4 (Módulo de quantificação)</td><td>Pacote de software de proteômica quantitativa para análise de grandes arquivos de dados de espectrometria de massa</td></tr><tr><td>MetaNovo</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Versão 1.9.4+galaxy4</td><td>Pesquise dados MS/MS em um banco de dados FASTA (de proteínas conhecidas) para produzir um banco de dados direcionado (de proteínas combinadas) para análise de espectrometria de massa</td></tr><tr><td>msconvert</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Versão 3.0.20287.2</td><td>Converter e/ou filtrar arquivos de espectrometria de massa</td></tr><tr><td>MSstatsTMT</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Versão 2.0.0+pacote baseado em galaxy1</td><td>R para detecção de proteínas diferencialmente abundantes em experimentos proteômicos baseados em espectrometria de massa shotgun usando rotulagem de tag de massa em tandem (TMT)</td></tr><tr><td>PepQuery2</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Versão 2.0.2+galaxy0</td><td>Mecanismo de pesquisa centrado em peptídeos para identificação e/ou validação de peptídeos conhecidos e novos de interesse</td></tr><tr><td>PeptideShaker</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Versão 2.0.33+galaxy1</td><td>Interprete os resultados da PesquisaGUI para identificação de proteínas</td></tr><tr><td>Downloader de banco de dados de proteínas</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Versão 0.3.4</td><td>Baixe sequências de proteínas especificadas como um arquivo FASTA</td></tr><tr><td>Consulta tabular</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Versão 3.3.0</td><td>Carregar arquivos tabulares em um&nbsp; Banco de dados SQLite</td></tr><tr><td>Remover o início</td> do <td>GalaxyP</td><td>Galaxy Versão 1.0.0</td><td>Remover o número especificado de linhas (cabeçalho) de um arquivo</td></tr><tr><td>SearchGUI</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Versão 4.0.41+galaxy1</td><td>Executar mecanismos de pesquisa em listas de pico MGF e preparar resultados para entrada em Peptide Shaker</td></tr><tr><td>Selecione</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Versão 1.0.4</td><td>Selecione linhas que correspondam a uma expressão</td></tr><tr><td>Unipept</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Versão 4.5.1</td><td>Recupere entradas UniProt e informações taxonômicas para peptídeos trípticos</td></tr><tr><td>UniProt</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Versão 2.3.0</td><td>Baixe o proteoma como um arquivo XML (UniProtXML) ou FASTA do UniProtKB</td></tr></tbody></table>

um fluxo de trabalho de metaproteômica clínica implementado na plataforma galaxy bioinformatics para analisar as interações hospedeiro-microbioma subjacentes à doença humana

A Clinical Metaproteomics Workflow Implemented within Galaxy Bioinformatics Platform to Analyze Host-Microbiome Interactions Underlying Human Disease

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Um fluxo de trabalho de metaproteômica clínica implementado na plataforma Galaxy Bioinformatics para analisar as interações hospedeiro-microbioma subjacentes à doença humana

Clinical metaproteomics reveals host-microbiome interactions underlying diseases. However, challenges to this approach exist. In particular, the ...

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JoVE Journal

Immunology and Infection

Imunologia e Infecção

Este protocolo é para a extração e concentração de proteína e DNA de biomassa microbiana coletada da água do mar, seguida pela geração de peptídeos trípticos adequados para análise proteômica baseada em espectrometria de massa em tandem.

Um Aquatic Microbial metaproteômica fluxo de trabalho: a partir de células para Tryptic Peptides adequado para análise baseada em espectrometria de massa em tandem

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Single-produção complementares técnicas analíticas de alta resolução para caracterização de misturas complexas de matéria orgânica Natural

OpenProt é um banco de dados livremente acessível que impõe um modelo policistrônico de genomas eucarióticos. Aqui, apresentamos um protocolo para o uso de bancos de dados OpenProt quando interrogando datasets de espectrometria de massa. Usando o OpenProt banco de dados para análise de experimentos de proteomic permite a descoberta do romance e proteínas anteriormente indetectáveis.

Espectrometria de massa-baseado Proteomics análises usando banco de dados OpenProt para desvendar novas proteínas traduzidas de Frames de leitura abertos não-canônicos

É descrito aqui um procedimento de funcionamento padrão simplificado para o perfilamento do microbioma usando o sequenciação metagenômica 16s rRNA e a análise usando ferramentas livremente disponíveis. Este protocolo ajudará os investigadores que são novos ao campo do microbioma assim como aqueles que exigem actualizações em métodos para conseguir o perfilamento bacteriano em uma definição mais elevada.

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Um<em&gt; In vitro</em&gt; Modelo de Co-infecção para Estudar<em&gt; Plasmodium falciparum</em&gt;-HIV-1 Interacções em monócitos humanos primários derivados de células imunes

Vírus ou vesículas extracelulares foram imunocapturados com nanopartículas magnéticas de 15 nm acopladas a anticorpos que reconhecem antígenos de superfície. Os vírions ou vesículas capturados foram marcados com anticorpos fluorescentes contra outros antígenos de superfície. Os complexos resultantes foram separados em alto campo magnético e analisados com citômetros de fluxo convencionais acionados por fluorescência.

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