Name: Arranjo Espacialmente Compacto de Seções de Larvas de Peixe-Zebra para Análise Transcriptômica Espacial (Vídeo) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-05-16T12:50:00.000+00:00
Duration: 7 min 40 s
Description: Aprenda a alinhar e cortar larvas de Danio rerio para análise transcriptômica espacial. Este método econômico minimiza efeitos de lote e permite estudos em larga escala do desenvolvimento da bexiga.

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<ol><li>Rao, A., Barkley, D., França, G. S., Yanai, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exploring+tissue+architecture+using+spatial+transcriptomics%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Exploring tissue architecture using spatial transcriptomics.</a> Nature. 596 (7871), 211-220 (2021).</li>
<li>Longo, S. K., Guo, M. G., Ji, A. L., Khavari, P. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integrating+single-cell+and+spatial+transcriptomics+to+elucidate+intercellular+tissue+dynamics%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Genet%22%5BJournal%5D)">Integrating single-cell and spatial transcriptomics to elucidate intercellular tissue dynamics.</a> Nat Rev Genet. 22, 627-644 (2021).</li>
<li>Duhan, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+transcriptomics%3A+background%2C+technologies%2C+applications%2C+and+challenges%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Biol+Rep%22%5BJournal%5D)">Single-cell transcriptomics: background, technologies, applications, and challenges.</a> Mol Biol Rep. 51, 600(2024).</li>
<li>Ståhl, P. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Visualization+and+analysis+of+gene+expression+in+tissue+sections+by+spatial+transcriptomics%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Visualization and analysis of gene expression in tissue sections by spatial transcriptomics.</a> Science. 353 (6294), 78-82 (2016).</li>
<li>Colman, R. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Whole-genome+and+targeted+sequencing+of+drug-resistant+Mycobacterium+tuberculosis+on+the+iSeq100+and+MiSeq%3A+A+performance%2C+ease-of-use%2C+and+cost+evaluation%5BTitle%5D)+AND+%22PLOS+Med%22%5BJournal%5D)">Whole-genome and targeted sequencing of drug-resistant Mycobacterium tuberculosis on the iSeq100 and MiSeq: A performance, ease-of-use, and cost evaluation.</a> PLOS Med. 16 (4), e1002194(2019).</li>
<li>Marques, I. J., Lupi, E., Mercader, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Model+systems+for+regeneration%3A+zebrafish%5BTitle%5D)+AND+%22Development%22%5BJournal%5D)">Model systems for regeneration: zebrafish.</a> Development. 146 (18), dev167692(2019).</li>
<li>Mohideen, M. P. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Histology-based+screen+for+zebrafish+mutants+with+abnormal+cell+differentiation%5BTitle%5D)+AND+%22Dev+Dyn%22%5BJournal%5D)">Histology-based screen for zebrafish mutants with abnormal cell differentiation.</a> Dev Dyn. 228 (3), 414-423 (2003).</li>
<li>Copper, J. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparative+analysis+of+fixation+and+embedding+techniques+for+optimized+histological+preparation+of+zebrafish%5BTitle%5D)+AND+%22Comp+Biochem+Physiol+C+Toxicol+Pharmacol%22%5BJournal%5D)">Comparative analysis of fixation and embedding techniques for optimized histological preparation of zebrafish.</a> Comp Biochem Physiol C Toxicol Pharmacol. 208, 38-46 (2018).</li>
<li>Stock, R. J., Labudovich, M., Ducatman, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Asymptomatic+first-trimester+liver+cell+adenoma%3A+diagnosis+by+fine-needle+aspiration+cytology+with+cytochemical+and+ultrastructural+study%5BTitle%5D)+AND+%22Obstet+Gynecol%22%5BJournal%5D)">Asymptomatic first-trimester liver cell adenoma: diagnosis by fine-needle aspiration cytology with cytochemical and ultrastructural study.</a> Obstet Gynecol. 66 (2), 287-290 (1985).</li>
<li>Petukhov, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cell+segmentation+in+imaging-based+spatial+transcriptomics%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Cell segmentation in imaging-based spatial transcriptomics.</a> Nat Biotechnol. 40 (3), 345-354 (2022).</li>
<li>Meyer, T., Tiburcy, M., Zimmermann, W. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cardiac+macrotissues-on-a-plate+models+for+phenotypic+drug+screens%5BTitle%5D)+AND+%22Adv+Drug+Deliv+Rev%22%5BJournal%5D)">Cardiac macrotissues-on-a-plate models for phenotypic drug screens.</a> Adv Drug Deliv Rev. 140, 93-100 (2019).</li>
<li>Kimmel, C. B., Ballard, W. W., Kimmel, S. R., Ullmann, B., Schilling, T. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stages+of+embryonic+development+of+the+zebrafish%5BTitle%5D)+AND+%22Dev+Dyn%22%5BJournal%5D)">Stages of embryonic development of the zebrafish.</a> Dev Dyn. 203 (3), 253-310 (1995).</li>
<li>Yu, K., Xing, J., Zhang, J., Zhao, R., Zhang, Y., Zhao, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effect+of+multiple+cycles+of+freeze-thawing+on+the+RNA+quality+of+lung+cancer+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Tissue+Bank%22%5BJournal%5D)">Effect of multiple cycles of freeze-thawing on the RNA quality of lung cancer tissues.</a> Cell Tissue Bank. 18 (3), 433-440 (2017).</li>
<li>Yang, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Decontamination+of+ambient+RNA+in+single-cell+RNA-seq+with+DecontX%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol%22%5BJournal%5D)">Decontamination of ambient RNA in single-cell RNA-seq with DecontX.</a> Genome Biol. 21 (1), 57(2020).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>1 L Copo</td><td>Pyrex</td><td>1003</td><td></td></tr><tr><td>200 prova etanol puro</td><td>Koptec</td><td>V1001</td><td></td></tr><tr><td>Ácido acético, glacial</td><td>VWR</td><td>0714</td><td>álcool acidificado</td></tr><tr><td>Folha</td><td></td><td></td><td></td>de alumínio</tr><tr><td>Lamínulas</td><td>Epredia</td><td>24X50-1.5-001G</td><td></td></tr><tr><td>Molde de base descartável</td><td>Fisher HealthCare</td><td>22-363-556</td><td></td></tr><tr>Água <td></td><td></td><td></td><td>destilada</td></tr><tr><td>DPX mountant</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>06522</td><td>mountant para histologia</td></tr><tr><td>Pellets</td><td></td><td></td><td></td>de gelo seco</tr><tr><td>Dumont #5SF Fórceps</td><td>Fine Science Tools</td><td>11252-00</td><td></td></tr><tr><td>Eosin-Y Alcoólico</td><td>Epredia</td><td>71204</td><td>Eosina Y 1%</td></tr> <tr><td>Gill 1 Hematoxilina</td><td>Epredia</td><td>72411</td><td>Hematoxilina</td></tr><tr><td>Kimwipe</td><td>Kimberly-Clark Professional</td><td>34120</td><td>absorvente, lenço sem fiapos</td></tr><tr><td>Fita de rotulagem de laboratório</td><td>VWR</td><td>89097-934</td><td></td></tr><tr><td>Lâmina de micrótomo MX35 Ultra</td><td>Epredia</td><td>3053835</td><td></td></tr><tr><td>Criostato de micrótomo</td><td>Thermo Scientific</td><td>Microme HM 525</td><td></td></tr><tr><td>O.C.T. Composto</td><td>Fisher HealthCare</td><td>23-730-571</td><td>meio de congelamento</td></tr><tr><td>Paraformaldeído</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>158127</td><td>PFA</td></tr><tr><td>Marcador Permanente</td><td>VWR</td><td>52877-886</td><td></td></tr><tr><td>Transferidor</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>SafeClear Substituto de Xileno</td><td>Fisherbrand</td><td>68551-16-6</td><td>Lâminas</td></tr><tr><td>de Borda Única de Substituto de</td> Xileno <td>American Line</td><td>66-0407</td><td></td></tr><tr><td>Steriomicroscope</td><td>Zeiss</td><td>4350639000</td><td>Stemi 305 c/ LED de ponto duplo (4355259020) e suporte K lab (4354259010)</td></tr><tr><td>Superfrost Plus Micro Slides</td><td>VWR</td><td>48311-703</td><td></td></tr><tr><td>Pipeta</td><td></td><td></td><td></td>de transferência</tr><tr><td>Xenium V1 slide</td><td>10X/Xenium</td><td>3000941</td><td>slide de imagem transcriptômica espacial</td></tr></tbody></table>

arranjo espacialmente compacto de seções de larvas de peixe-zebra para análise transcriptômica espacial

Spatially Compact Arrangement of Larval Zebrafish Sections for Spatial Transcriptomic Analysis

Neste método (Figura 1), o peixe-zebra é usado como modelo animal para sondar padrões de expressão gênica espacialmente resolvidos. A criossecção eficiente de larvas de peixe-zebra para imagens espaciais é um desafio. As seções devem ser de alta qualidade para reter a estrutura do tecido e os genes detectáveis (Figura 4). As seções contendo várias amostras para imagens espacialmente eficientes devem ser alinhadas com precisão para analisar as regiões de interess...

Arranjo Espacialmente Compacto de Seções de Larvas de Peixe-Zebra para Análise Transcriptômica Espacial

Spatial transcriptomic techniques are a sophisticated tool in biomedical research to visualize spatially registered gene expression patterns. Imaging and ...

spatially-compact-arrangement-larval-zebrafish-sections-for-spatial

Research

JoVE Journal

Developmental Biology

Biologia do Desenvolvimento

Montar toda a hibridização in situ é uma das técnicas mais utilizadas em biologia do desenvolvimento. Aqui, apresentamos uma alta resolução de dupla fluorescentes em protocolo de hibridização in situ para analisar o padrão de expressão precisa de um único gene e para determinar a sobreposição dos domínios de expressão dos dois genes. Incluímos uma propidium iodeto nuclear contra-coloração para destacar a organização do tecido.

Zebrafish Whole Mount Alta Resolução Duplo Fluorescente In Situ Hibridização

Somitogenesis é um processo de desenvolvimento rítmico que espacialmente padrões do eixo do corpo de embriões vertebrados. Anteriormente, desenvolvemos linhas de zebrafish transgênicos que usam repórteres fluorescentes para observar os genes cíclicos que impulsionam esse processo. Aqui, a cultura dispersas células destas linhas e imagem suas oscilações ao longo do tempo in vitro.

Geração de Disperso Presomitic mesoderme culturas de células for Imaging da Segmentação Relógio Zebrafish em células individuais

O nosso laboratório desenvolveu um novo sistema de imagem automatizado de alto débito, que é útil para a detecção de vários comportamentos diferentes em larvas de peixe-zebra de 7 dias de idade. O sistema pode ser utilizado para detectar alterações subtis no comportamento após as larvas foram expostas a agentes tóxicos ambientais ou de produtos farmacêuticos.

Automatizados análises comportamentais de alto rendimento em larvas do peixe

O uso de um sistema de vídeo automático 3D que pode rastrear indivíduos e grupos de peixes-zebra é descrito. Como exemplo de aplicação, exploramos os efeitos do antagonista do receptor NMDA MK-801 em cardumes de peixe-zebra.

Usando um sistema automatizado de rastreamento 3D para registrar indivíduos e cardumes de peixes-zebra adultos

Processos de desenvolvimento, tais como a proliferação, a modelagem, diferenciação, e a orientação do axónio pode ser facilmente modelada na medula espinal do peixe-zebra. Neste artigo, nós descrevemos um procedimento de montagem para os embriões de peixe-zebra, que otimiza a visualização destes eventos.

Dissecção e montagem lateral de embriões Zebrafish: Análise de Desenvolvimento da Medula Espinhal

Para analisar os perfis de expressão de genes cardíacos durante o desenvolvimento do coração de peixe-zebra, o RNA total foi de ser extraído do coração isolado. Aqui, apresentamos um protocolo para a coleta / corações batendo funcionais por um rápido esvaziamento manual a partir de embriões de peixes-zebra para obter mRNA específico cardíaca.

Em larga escala Zebrafish Embryonic Coração de dissecação para a análise transcricional

Aqui, nós descrevemos um método para reduzir o tamanho de embriões do zebrafish sem interromper processos desenvolventes normais. Esta técnica permite o estudo da escala do teste padrão e do robustez desenvolvente de encontro à mudança do tamanho.

Redução cirúrgica do tamanho do zebrafish para o estudo da escala padrão embrionária

Este protocolo descreve como obter imagens combinando hibridização in situ e imunohistoquímica de cortes embrionários de zebrafish. A hibridização in situ foi realizada antes da criossecção, seguida da coloração de anticorpos. É útil detectar os padrões de expressão de dois genes em peixes-zebra se houver escassez de anticorpos.

In situ Hibridização Combinada com Imunohistoquímica em Embriões de Zebrafish Crioseccionados

Apresentamos aqui um protocolo para imagens in vivo de todo o cérebro de larvas de peixes-zebra usando microscopia de fluorescência tridimensional. O procedimento experimental inclui preparo da amostra, aquisição e visualização das imagens.

In vivo Imagem do cérebro inteiro de larvas de peixe-zebra usando microscopia de fluorescência tridimensional

Aqui, descrevemos um método para isolamento intestinal de larvas de zebrafish aos 5 dias após a fertilização, para análise de sequenciamento de RNA de célula única.

Isolamento Intestinal de Larvas de Zebrafish para Sequenciamento de RNA de Célula Única

Uma estratégia de preparação de amostras para imagens de embriões iniciais de peixe-zebra dentro de um córion intacto usando um microscópio de folha de luz é descrita. Ele analisa as diferentes orientações que os embriões adquirem dentro do córion nos estágios de 70% de epibólia e gema e detalha estratégias de imagem para obter resolução em escala celular em todo o embrião usando o sistema de folha de luz.

Imagem de microscopia de folha de luz e estratégias de montagem para embriões iniciais de peixe-zebra

Aprenda a alinhar e cortar larvas de Danio rerio para análise transcriptômica espacial. Este método econômico minimiza efeitos de lote e permite estudos em larga escala do desenvolvimento da bexiga.

Arranjo Espacialmente Compacto de Seções de Larvas de Peixe-Zebra para Análise Transcriptômica Espacial

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