Name: Visualizando a dinâmica microbiana do ciclo de metano em zonas úmidas costeiras (Vídeo) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-01-31T14:30:00.000+00:00
Duration: 7 min 26 s
Description: Explore a dinâmica microbiana do ciclo de metano em zonas úmidas costeiras usando PCR otimizado e visualização GIS. Este método ajuda pesquisadores a mapear genes como mmoX e entender a regulação do metano.

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<table><tbody><tr><td>Tubos de PCR de 0,2 mL</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>AB0620</td><td>https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/AB0620?SID=srch-srp-AB0620</td></tr><tr><td>Tubos de PCR de 0,5 mL</td><td>Promega</td><td>E4941</td><td>https://www.promega.com/products/biochemicals-and-labware/tips-and-accessories/0_5ml-pcr-tubes/?catNum=E4941</td></tr><tr><td>10 &mu; Pontas L</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>05-408-187</td><td>Ponta de Pipeta SureGrip da Fisherbrand com Sistema de Rack ou Recarga Natural; 10&mu; L; | </td></tr><tr><td>Tubo de centrífuga Fisher Scientific 15 mL</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>14-959-53A</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/falcon-15ml-conical-centrifuge-tubes-5/p-193301</td></tr><tr><td>200 &mu; Pontas L</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>05-408-190</td><td>Ponta de Pipeta SureGrip da Fisherbrand com Sistema de Racks ou Recarga Pontas Naturais; 200&mu; L; | Fisher Scientific</td></tr><tr><td>1000 &mu; Pontas L</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>02-707-402</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/sureone-micropoint-pipette-tips-specific-standard-fit/02707402?gclid=Cj0KCQiAp NW6BhD5ARIsACmEb kUsQ9Lu0YIq5i4vWege 17qPdtxIYZyvmJH1cDo ARuwereO1V4GLz9UaA lDREALw_wcB& ef_id=C j0KCQiApNW6BhD5ARI sACmEbkUsQ9Lu0YIq5i 4vWege17qPdtxIYZyvmJ H1cDoARuwereO1V4GLz 9UaAlDREALw_wcB:G:s & ppc_id=PLA_goog_2175 7693617_171052169911_02 707402__715434303113_1555 377385658230343& ev_chn=sh op& s_kwcid=AL!4428!3!71543430 3113!! 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visualizando a dinâmica microbiana do ciclo de metano em zonas úmidas costeiras

Visualizing Methane-Cycling Microbial Dynamics in Coastal Wetlands

Para entender a distribuição e abundância de genes relacionados ao ciclismo CH4 (mcrA, pmoA1, pmoA2 e mmoX) nas zonas úmidas costeiras do sul do Texas, o eDNA extraído de cada amostra foi analisado por cPCR e qPCR. Primers universais para cada biomarcador foram selecionados para executar cPCR de estudos anteriores (Tabela 1) 22 , 34 , 35 , <sup class="xre...

Visualizando a dinâmica microbiana do ciclo de metano em zonas úmidas costeiras

Coastal wetlands are the largest biotic source of methane, where methanogens convert organic matter into methane and methanotrophs oxidize methane, thus ...

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Research

JoVE Journal

Environment

Ambiente

Análise de fluxo cytometric demonstrou ser valiosa para investigar culturas puras e monitoração dinâmica da comunidade microbiana. Apresentamos três abrangentes fluxos de trabalho, de recolha de amostras para análise de dados, para culturas puras e comunidades complexas em meio clara, bem como em matrizes desafiadoras, respectivamente.

Caracterizando Microbiome dinâmica – citometria de fluxo com base em fluxos de trabalho de culturas puras de comunidades naturais

Este protocolo descreve uma única taxa de transferência de técnicas complementares, analíticas e omics, culminando em uma caracterização-pareado de matéria orgânica natural e proteomics microbiana nos diferentes ecossistemas. Esta abordagem permite comparações robustas para a identificação de vias metabólicas e transformações importantes para descrever a produção de gás de efeito estufa e prevendo respostas a mudanças ambientais.

Single-produção complementares técnicas analíticas de alta resolução para caracterização de misturas complexas de matéria orgânica Natural

É apresentado um protocolo para a geração de paisagens químicas dinâmicas por fotolise dentro de configurações microfluidas e milfluidas. Essa metodologia é adequada para estudar diversos processos biológicos, incluindo o comportamento motil, a absorção de nutrientes ou adaptação a produtos químicos de microrganismos, tanto no nível celular quanto populacional.

Gerando paisagens químicas controladas e dinâmicas para estudar comportamento microbiano

Aqui, objetivamos visualizar a zonação da produtividade biológica em Narragansett Bay, Rhode Island, com base no modelo de balanço de massa de nitrogênio. Os resultados servirão de base para o manejo de nutrientes nas regiões costeiras para reduzir a hipóxia e a eutrofização.

Visualização de zonas de produtividade com base no modelo de balanço de massa de nitrogênio em Narragansett Bay, Rhode Island

Este estudo demonstra uma abordagem para medir as concentrações de gás metano em amostras aquosas usando analisadores ópticos portáteis acoplados a uma câmara de injeção em circuito fechado. Os resultados são semelhantes à cromatografia gasosa convencional, apresentando uma alternativa prática e de baixo custo, particularmente adequada para estudos de campo remotos.

Medição de metano dissolvido em ecossistemas aquáticos usando um analisador de gás de espectroscopia óptica

Um protocolo é descrito para a preparação de um ecossistema modelo simples que recria o contragradiente metano-oxigênio encontrado no habitat natural de bactérias oxidantes aeróbicas de metano, permitindo o estudo de sua fisiologia em um contexto espacialmente resolvido. Modificações em ensaios bioquímicos comuns para uso com o ecossistema modelo baseado em agarose também são descritas.

Ecossistema modelo baseado em agarose para cultivo de metanotróficos em um gradiente de contador de metano-oxigênio

Aqui apresentamos um protocolo descrevendo como amostrar amostras de madeira para a avaliação geral de suas estruturas de crescimento. São descritas as técnicas de preparação e visualização macro e microscópicas necessárias para gerar conjuntos de dados anatômicos e dendroecológicos de madeira bem replicados e altamente resolvidos.

Uma perspectiva técnica em Modern Tree-anel Research - Como superar dendroecologia e Madeira anatômicas Desafios

Este manuscrito descreve uma abordagem automatizada de seleção de tamanho de gel para purificar fragmentos de DNA para sequenciamento de próxima geração. A tecnologia Ranger fornece automação completa de todo o processo de carregamento de gel de agarose, análise eletroforética e recuperação de fragmentos de DNA direcionados, permitindo bibliotecas de sequenciamento de última geração de alto rendimento e alta qualidade.

Automated Gel seleção de tamanho para melhorar a qualidade das bibliotecas de sequenciação de próxima geração Preparado a partir de amostras de água do ambiente

Um protocolo para quantificar genes bacterianos de rRNA 16S e transcritos de sedimentos costeiros por meio de PCR em tempo real é fornecido. A metodologia inclui a coextração de DNA e RNA; preparação de RNA livre de DNA; e quantificação do gene 16S rRNA e transcrito via RT-q-PCR, incluindo construção de curva padrão.

DNA-RNA simultânea de extração de sedimentos costeiros e quantificação de 16S rRNA genes e transcritos por PCR em tempo real

ácidos graxos de fosfolipídios fornecer informações sobre a estrutura das comunidades microbianas do solo. Apresenta-se métodos para a extracção de amostras de solo com uma mistura de fase única de clorofórmio, fraccionamento de lípidos extraídos, utilizando colunas de extracção em fase sólida, e a metanólise para produzir ésteres de metilo de ácidos gordos, que são analisadas por cromatografia de gás capilar.

Extração e Análise de Microbial Phospholipid Fatty Acids em solos

Explore a dinâmica microbiana do ciclo de metano em zonas úmidas costeiras usando PCR otimizado e visualização GIS. Este método ajuda pesquisadores a mapear genes como mmoX e entender a regulação do metano.

Visualizando a dinâmica microbiana do ciclo de metano em zonas úmidas costeiras

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