Name: Análise da Expressão de Oncogenes com Alterações no pH em uma Linhagem Celular Ductal Pancreática (Vídeo) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-04-11T14:10:00.000+00:00
Duration: 6 min 24 s
Description: Aprenda análise de RNA-seq para investigar a expressão de oncogenes em células ductais pancreáticas sob pH reduzido. Este método revela como ambientes ácidos afetam a biologia celular e o câncer.

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<ol><li>Franck, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Advanced+pancreatic+ductal+adenocarcinoma%3A+Moving+forward%5BTitle%5D)+AND+%22Cancers+%28Basel%29%22%5BJournal%5D)">Advanced pancreatic ductal adenocarcinoma: Moving forward.</a> Cancers (Basel). 12 (7), 1955(2020).</li>
<li>Kong, X., Sun, T., Kong, F., Du, Y., Li, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chronic+pancreatitis+and+pancreatic+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Gastrointest+Tumors%22%5BJournal%5D)">Chronic pancreatitis and pancreatic cancer.</a> Gastrointest Tumors. 1 (3), 123-134 (2014).</li>
<li>Jura, N., Archer, H., Bar-Sagi, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chronic+pancreatitis%2C+pancreatic+adenocarcinoma+and+the+black+box+in-between%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Res%22%5BJournal%5D)">Chronic pancreatitis, pancreatic adenocarcinoma and the black box in-between.</a> Cell Res. 15 (1), 72-77 (2005).</li>
<li>Kloppel, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chronic+pancreatitis%2C+pseudotumors+and+other+tumor-like+lesions%5BTitle%5D)+AND+%22Mod+Pathol%22%5BJournal%5D)">Chronic pancreatitis, pseudotumors and other tumor-like lesions.</a> Mod Pathol. 20 (Suppl 1), S113-S131 (2007).</li>
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<li>Coussens, L. M., Werb, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Inflammation+and+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Inflammation and cancer.</a> Nature. 420 (6917), 860-867 (2002).</li>
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<li>Clevers, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((At+the+crossroads+of+inflammation+and+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">At the crossroads of inflammation and cancer.</a> Cell. 118 (6), 671-674 (2004).</li>
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<li>Hegyi, P., Maléth, J., Venglovecz, V., Rakonczay, Z. Jr <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pancreatic+ductal+bicarbonate+secretion%3A+challenge+of+the+acinar+acid+load%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Physiol%22%5BJournal%5D)">Pancreatic ductal bicarbonate secretion: challenge of the acinar acid load.</a> Front Physiol. 2, 36(2011).</li>
<li>Ibrahim-Hashim, A., Estrella, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Acidosis+and+cancer%3A+from+mechanism+to+neutralization%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Metastasis+Rev%22%5BJournal%5D)">Acidosis and cancer: from mechanism to neutralization.</a> Cancer Metastasis Rev. 38 (1-2), 149-155 (2019).</li>
<li>Vakkila, J., Lotze, M. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Inflammation+and+necrosis+promote+tumour+growth%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Immunol%22%5BJournal%5D)">Inflammation and necrosis promote tumour growth.</a> Nat Rev Immunol. 4 (8), 641-648 (2004).</li>
<li>Zepecki, J. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regulation+of+human+glioma+cell+migration%2C+tumor+growth%2C+and+stemness+gene+expression+using+a+Lck+targeted+inhibitor%5BTitle%5D)+AND+%22Oncogene%22%5BJournal%5D)">Regulation of human glioma cell migration, tumor growth, and stemness gene expression using a Lck targeted inhibitor.</a> Oncogene. 38 (10), 1734-1750 (2019).</li>
<li>Kim, R. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Role+of+lymphocyte-specific+protein+tyrosine+kinase+%28LCK%29+in+the+expansion+of+glioma-initiating+cells+by+fractionated+radiation%5BTitle%5D)+AND+%22Biochem+Biophys+Res+Commun%22%5BJournal%5D)">Role of lymphocyte-specific protein tyrosine kinase (LCK) in the expansion of glioma-initiating cells by fractionated radiation.</a> Biochem Biophys Res Commun. 402 (4), 631-636 (2010).</li>
<li>Hu, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Requirement+of+Src+kinases+Lyn%2C+Hck+and+Fgr+for+BCR-ABL1-induced+B-lymphoblastic+leukemia+but+not+chronic+myeloid+leukemia%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Genet%22%5BJournal%5D)">Requirement of Src kinases Lyn, Hck and Fgr for BCR-ABL1-induced B-lymphoblastic leukemia but not chronic myeloid leukemia.</a> Nat Genet. 36 (5), 453-461 (2004).</li>
<li>Sharp, N. A., Luscombe, M. J., Clemens, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regulation+of+c-fgr+proto-oncogene+expression+in+Burkitt%27s+lymphoma+cells%3A+effect+of+interferon+treatment+and+relationship+to+EBV+status+and+c-myc+mRNA+levels%5BTitle%5D)+AND+%22Oncogene%22%5BJournal%5D)">Regulation of c-fgr proto-oncogene expression in Burkitt's lymphoma cells: effect of interferon treatment and relationship to EBV status and c-myc mRNA levels.</a> Oncogene. 4 (8), 1043-1046 (1989).</li>
<li>Hui, A. B., Lo, K. W., Yin, X. L., Poon, W. S., Ng, H. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Detection+of+multiple+gene+amplifications+in+glioblastoma+multiforme+using+array-based+comparative+genomic+hybridization%5BTitle%5D)+AND+%22Lab+Invest%22%5BJournal%5D)">Detection of multiple gene amplifications in glioblastoma multiforme using array-based comparative genomic hybridization.</a> Lab Invest. 81 (5), 717-723 (2001).</li>
<li>Fang, Z. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Proteomic+identification+and+functional+characterization+of+a+novel+ARF6+GTPase-activating+protein%2C+ACAP4%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell+Proteomics%22%5BJournal%5D)">Proteomic identification and functional characterization of a novel ARF6 GTPase-activating protein, ACAP4.</a> Mol Cell Proteomics. 5 (8), 1437-1449 (2006).</li>
<li>Okabe, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+of+development+and+differentiation+enhancing+factor-like+1+%28DDEFL1%29+as+a+drug+target+for+hepatocellular+carcinomas%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Oncol%22%5BJournal%5D)">Isolation of development and differentiation enhancing factor-like 1 (DDEFL1) as a drug target for hepatocellular carcinomas.</a> Int J Oncol. 24 (1), 43-48 (2004).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Tubos de centrífuga graduados de 15 mL (Falcon)&nbsp;</td><td>Tarsons&nbsp;</td><td>500031</td><td>usado para preparação de amostras&nbsp;</td></tr><tr><td>Tubos de centrífuga graduados de 50 mL (Falcon)</td><td>Tarsons&nbsp;</td><td>500041</td><td>usado para preparação de amostras&nbsp;</td></tr><tr><td>Instrumento Bioanalisador Agilent 2100</td><td>Agilent</td><td>Agilent G2938A</td><td>Instrment para avaliação de qualidade de RNA&nbsp;</td></tr><tr><td>Solução Antimistótica Antibiótica 100x líquido</td><td>Himedia</td><td>A002-100 mL</td><td>Usado para prevenir contaminação&nbsp;</td></tr><tr><td>Raspador de células com lâmina rotativa</td><td>Himedia&nbsp;</td><td>TCP223</td><td>Raspagem e coleta das células</td></tr><tr><td>CO2 incubadora&nbsp;</td><td>New Brunswick</td><td>Galaxy 170 S</td><td>Usado para incubar a cultura&nbsp;</td></tr><tr><td>Meio de Águia Modificado (DMEM) da Dulbecco, glicose alta&nbsp;</td><td>Himedia</td><td>AL007S-500 mL</td><td>Meio usado para cultivar as células</td></tr><tr><td>Dulbecco's Phosphate Buffered saline 1x</td><td>Himedia</td><td>TL1006-500mL</td><td>lavagem de células</td></tr><tr><td>Galaxy&nbsp;</td><td>(https://usegalaxy.org)</td><td></td><td>Ferramenta online para processamento de dados NSG&nbsp;</td></tr><tr><td>HI FBS (origem: Austrália)</td> <td>Gibco</td><td>10100-147</td><td>Usado para o crescimento de células&nbsp;</td></tr><tr><td>Linha de células epiteliais ductais pancreáticas humanas (HPDEC / H6C7)</td> <td>Addex Bio</td><td>T0018001</td><td>Linha de células ductais pancreáticas</td></tr><tr><td>Kit de RNA-Seq total de íons v2</td><td>Kit de preparação de amostras de RNA</td><td>de 4475936</td><td>científico Thermo fisher</td></tr><tr>Fluxo <td></td><td></td><td></td>de<td>ar laminar</td></tr><tr><td>Na2HPO 4 Diabasic</td><td>Sigma</td><td>Aldrich S3264-250G</td><td>Fosfato de sódio Preparação do tampão&nbsp;</td></tr><tr><td>NaH2PO4 Monobásico</td><td>Sigma</td><td>Aldrich S3139-250G</td><td>Preparação de tampão de fosfato de sódio&nbsp;</td></tr><tr><td></td><td>Sequenciador 3376672 Illumina NovaSeq 6000</td><td></td><td>&nbsp;</td></tr><tr><td>Nunclon Delta Surface (placa de 6 poços)</td> <td>Thermo Scientific</td><td>140675</td><td>Cultivando as células&nbsp;</td></tr><tr><td>Centrífuga de bancada refrigerada</td><td>Thermo Scientific&nbsp;</td><td>Sorvall ST 8R</td><td>Usado para centrifugação</td></tr><tr><td>RiboMinus Eukaryote System v2</td><td>Thermo fisher scientific</td><td>A15026</td><td>kit de depleção de rRNA&nbsp;</td></tr><tr><td>Kit Mini Rneasy&nbsp;</td><td>Kit Qiagen</td><td>74104</td><td>para isolar RNA Total das células&nbsp;</td></tr><tr><td>Termociclador</td><td>Eppendorf</td><td>E950040025</td><td>reação PCR&nbsp;</td></tr><tr><td>Banho-maria&nbsp;</td><td>Equitron</td><td>#8406M</td><td>Descongelamento da amostra</td></tr></tbody></table>

análise da expressão de oncogenes com alterações no ph em uma linhagem celular ductal pancreática

Oncogene Expression Analysis with Alterations in pH in a Pancreatic Ductal Cell Line

Alterações morfológicas A incubação de células ductais pancreáticas humanas em meio ácido alterou a morfologia das células. Um padrão celular confluente e compactado resultou em células dispersas sob condições ácidas, e a morte celular torna-se proeminente com o tempo. Em comparação com as células normais contendo meio, as células ductais encolheram e diminuíram de tamanho. Uma mudança drástica na taxa de mortalidade foi observada após 6 h de incubação. Após 24 h, o número de células diminuiu e as cél...

Análise da Expressão de Oncogenes com Alterações no pH em uma Linhagem Celular Ductal Pancreática

The fourth leading cause of cancer-related death, pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC), has a 12% five-year survival rate. This disease has a poor ...

oncogene-expression-analysis-with-alterations-ph-pancreatic-ductal

Research

JoVE Journal

Cancer Research

Pesquisa sobre o Câncer

Uma melhor compreensão da biologia do câncer de pâncreas é criticamente necessário para permitir o desenvolvimento de melhores opções terapêuticas para o tratamento de câncer no pâncreas. Para atender a essa necessidade, nós demonstramos um modelo ortotópico de câncer pancreático que permite o monitoramento não-invasivo de progressão do câncer...

Modelo ortotópico bioluminescente de progressão do câncer de pâncreas

Aqui, nós descrevemos um processo para o isolamento de células no microambiente pâncreas do rato a partir de tecido embrionário, neonatal e adulto, incidindo sobre o isolamento de células do mesênquima. Este método permite que perfis de expressão gênica celular e secreção de proteínas, a fim de elucidar os sinais extrínsecos que regulam o desenvolvimento pâncreas, função e tumorigênese.

Isolando e analisando células do pâncreas Mesênquima por citometria de fluxo

Aplicativos de jusante, modulação de expressão ou atividade de proteína, cultura e isolamento primário de células acinares são abundantemente úteis em ex vivo estudo de metaplasia acinares-para-ductal (ADM), um evento precoce no desenvolvimento de câncer no pâncreas.

Imitando e manipulando Metaplasia acinares-para-Ductal pancreático na cultura de pilha 3-dimensional

Este protocolo utiliza uma reação em cadeia da polimerase em tempo real (PCR), um ensaio de sulforhodamina B (SRB), 3 ' regiões não traduzidas (3 ' UTR) clonagem e um ensaio de luciferase para verificar os genes alvo de um miRNA de interesse e para compreender as funções de miRNAs.

Protocolo in vitro para avaliação de níveis de MicroRNA, funções e genes alvo associados em células tumorais

Este artigo descreve um método para identificar alterações clonais e subclonais entre diferentes espécimes de um determinado paciente. Embora os experimentos descritos aqui se concentrem em um tipo específico de tumor, a abordagem é amplamente aplicável a outros tumores sólidos.

Análise comparativa de lesões por meio de uma abordagem de sequenciamento direcionada

Aqui apresentamos um protocolo para testar a eficácia de terapias-alvo selecionadas com base na composição genômica de um tumor. O protocolo descreve a identificação e validação de rearranjos estruturais de DNA, o enxerto dos tumores dos pacientes em camundongos e as respostas de teste a medicamentos correspondentes.

Testando terapias-alvo em câncer usando análise estrutural de alteração de DNA e xenoenxertos derivados do paciente

O suco pancreático é uma fonte preciosa de biomarcadores para o câncer de pâncreas humano. Descrevemos aqui um método para o procedimento de coleta intraoperatória. Para superar o desafio de adotar esse procedimento em modelos murinos, sugerimos uma amostra alternativa, o líquido intersticial tumoral, e descrevemos aqui dois protocolos para seu isolamento.

Isolamento de Fluidos Proximais para Investigar o Microambiente Tumoral do Adenocarcinoma Pancreático

As células metaplásicas pancreáticas são precursoras de células malignas que dão origem a tumores pancreáticos. No entanto, isolar células pancreáticas viáveis intactas é um desafio. Apresentamos aqui um método eficiente para dissociação do tecido pancreático. As células podem então ser usadas para sequenciamento de RNA de célula única (scRNA-seq) ou para co-cultivo bidimensional ou tridimensional.

Dissecção do tecido pancreático para isolar células únicas viáveis

O objetivo deste protocolo é determinar os níveis autofágicos em câncer de pâncreas e células acinares pancreáticas através da imunofluorescência da LC3 e quantificação do ponto da CL3.

Avaliação dos Níveis de Autofagia em Dois Diferentes Modelos de Células Pancreáticas Utilizando Imunofluorescência LC3

O presente protocolo descreve a reprogramação do Adenocarcinoma Ductal Pancreático (ADP) e de células epiteliais ductais pancreáticas normais em células-tronco pluripotentes induzidas (iPSCs). Fornecemos um procedimento otimizado e detalhado, passo a passo, desde a preparação do lentivírus até o estabelecimento de linhas iPSC estáveis.

Reprogramação do Adenocarcinoma Ductal Pancreático para Pluripotência

O câncer de pâncreas continua sendo um dos cânceres mais difíceis de tratar. Portanto, é fundamental que os modelos pré-clínicos que avaliam a eficácia do tratamento sejam reprodutíveis e clinicamente relevantes. Este protocolo descreve um procedimento simples de co-cultura para gerar esferoides desmoplásicos reprodutíveis e clinicamente relevantes.

Cultivo de esferóides de câncer de pâncreas tridimensionais desmoplásicos de co-cultura

Aprenda análise de RNA-seq para investigar a expressão de oncogenes em células ductais pancreáticas sob pH reduzido. Este método revela como ambientes ácidos afetam a biologia celular e o câncer.

Análise da Expressão de Oncogenes com Alterações no pH em uma Linhagem Celular Ductal Pancreática

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