Name: Uma abordagem simplificada para proteômica baseada em espectrometria de massa usando regiões de tecido selecionadas (Vídeo) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-04-18T14:30:00.000+00:00
Duration: 9 min
Description: Aprenda uma abordagem simplificada de proteômica por espectrometria de massa para análise de regiões específicas em tecidos FFPE. Este método melhora a precisão na identificação de alterações proteicas em doenças pancreáticas.

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<ol><li>Van Maldegem, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effects+of+processing+delay%2C+formalin+fixation%2C+and+immunohistochemistry+on+RNA+recovery+from+formalin-fixed+paraffin-embedded+tissue+sections%5BTitle%5D)+AND+%22Diagn+Mol+Pathol%22%5BJournal%5D)">Effects of processing delay, formalin fixation, and immunohistochemistry on RNA recovery from formalin-fixed paraffin-embedded tissue sections.</a> Diagn Mol Pathol. 17 (1), 51-58 (2008).</li>
<li>Fox, C. H., Johnson, F. B., Whiting, J., Roller, P. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Formaldehyde+fixation%5BTitle%5D)+AND+%22J+Histochem+Cytochem%22%5BJournal%5D)">Formaldehyde fixation.</a> J Histochem Cytochem. 33 (8), 845-853 (1985).</li>
<li>Fraenkel-Conrat, H., Olcott, H. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+reaction+of+formaldehyde+with+proteins%3B+cross-linking+between+amino+and+primary+amide+or+guanidyl+groups%5BTitle%5D)+AND+%22J+Am+Chem+Soc%22%5BJournal%5D)">The reaction of formaldehyde with proteins; cross-linking between amino and primary amide or guanidyl groups.</a> J Am Chem Soc. 70 (8), 2673-2684 (1948).</li>
<li>Basyuni, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Large-scale+analysis+of+whole+genome+sequencing+data+from+formalin-fixed+paraffin-embedded+cancer+specimens+demonstrates+preservation+of+clinical+utility%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Large-scale analysis of whole genome sequencing data from formalin-fixed paraffin-embedded cancer specimens demonstrates preservation of clinical utility.</a> Nat Commun. 15 (1), 7731(2024).</li>
<li>Gracia Villacampa, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-wide+spatial+expression+profiling+in+formalin-fixed+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Genomics%22%5BJournal%5D)">Genome-wide spatial expression profiling in formalin-fixed tissues.</a> Cell Genomics. 1 (3), 100065(2021).</li>
<li>Zhang, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Characterization+of+the+genomic+landscape+in+large-scale+Chinese+patients+with+pancreatic+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22EBioMedicine%22%5BJournal%5D)">Characterization of the genomic landscape in large-scale Chinese patients with pancreatic cancer.</a> EBioMedicine. 77, 103897(2022).</li>
<li>Ren, Z., Ordway, B., Lin, P. -H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Archival+FFPE+blocks%3A+the+gift+that+keeps+giving%5BTitle%5D)+AND+%22Innov%22%5BJournal%5D)">Archival FFPE blocks: the gift that keeps giving.</a> Innov. 5 (1), 100532(2024).</li>
<li>Magdeldin, S., Yamamoto, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Toward+deciphering+proteomes+of+formalin-fixed+paraffin-embedded+%28FFPE%29+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22Proteomics%22%5BJournal%5D)">Toward deciphering proteomes of formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissues.</a> Proteomics. 12 (7), 1045-1058 (2012).</li>
<li>Soni, R. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protocol+for+deep+proteomic+profiling+of+formalin-fixed+paraffin-embedded+specimens+using+a+spectral+library-free+approach%5BTitle%5D)+AND+%22STAR+Protoc%22%5BJournal%5D)">Protocol for deep proteomic profiling of formalin-fixed paraffin-embedded specimens using a spectral library-free approach.</a> STAR Protoc. 4 (3), 102381(2023).</li>
<li>Gustafsson, O. J. R., Arentz, G., Hoffmann, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Proteomic+developments+in+the+analysis+of+formalin-fixed+tissue%5BTitle%5D)+AND+%22Biochim+Biophys+Acta+Proteins+Proteomics%22%5BJournal%5D)">Proteomic developments in the analysis of formalin-fixed tissue.</a> Biochim Biophys Acta Proteins Proteomics. 1854 (6), 559-580 (2015).</li>
<li>O'Rourke, M. B., Padula, M. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analysis+of+formalin-fixed%2C+paraffin-embedded+%28FFPE%29+tissue+via+proteomic+techniques+and+misconceptions+of+antigen+retrieval%5BTitle%5D)+AND+%22Biotechniques%22%5BJournal%5D)">Analysis of formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) tissue via proteomic techniques and misconceptions of antigen retrieval.</a> Biotechniques. 60 (5), 229-238 (2016).</li>
<li>Ye, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integrated+proteomics+sample+preparation+and+fractionation%3A+method+development+and+applications%5BTitle%5D)+AND+%22TrAC+Trends+Anal+Chem%22%5BJournal%5D)">Integrated proteomics sample preparation and fractionation: method development and applications.</a> TrAC Trends Anal Chem. 120, 115667(2019).</li>
<li>Nwosu, A. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In-depth+mass+spectrometry-based+proteomics+of+formalin-fixed%2C+paraffin-embedded+tissues+with+a+spatial+resolution+of+50-200+%C2%B5m%5BTitle%5D)+AND+%22J+Proteome+Res%22%5BJournal%5D)">In-depth mass spectrometry-based proteomics of formalin-fixed, paraffin-embedded tissues with a spatial resolution of 50-200 µm.</a> J Proteome Res. 21 (9), 2237-2245 (2022).</li>
<li>Coscia, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+streamlined+mass+spectrometry-based+proteomics+workflow+for+large-scale+FFPE+tissue+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Pathol%22%5BJournal%5D)">A streamlined mass spectrometry-based proteomics workflow for large-scale FFPE tissue analysis.</a> J Pathol. 251 (1), 100-112 (2020).</li>
<li>Makhmut, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+framework+for+ultra-low-input+spatial+tissue+proteomics%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Syst%22%5BJournal%5D)">A framework for ultra-low-input spatial tissue proteomics.</a> Cell Syst. 14 (11), 1002-1014.e5 (2023).</li>
<li>Shin, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+TUBB2A+by+quantitative+proteomic+analysis+as+a+novel+biomarker+for+the+prediction+of+distant+metastatic+breast+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Clin+Proteomics%22%5BJournal%5D)">Identification of TUBB2A by quantitative proteomic analysis as a novel biomarker for the prediction of distant metastatic breast cancer.</a> Clin Proteomics. 17 (1), 16(2020).</li>
<li>Lee, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dual+oxidase+2+%28DUOX2%29+as+a+proteomic+biomarker+for+predicting+treatment+response+to+chemoradiation+therapy+for+locally+advanced+rectal+cancer%3A+using+high-throughput+proteomic+analysis+and+machine+learning+algorithm%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Mol+Sci%22%5BJournal%5D)">Dual oxidase 2 (DUOX2) as a proteomic biomarker for predicting treatment response to chemoradiation therapy for locally advanced rectal cancer: using high-throughput proteomic analysis and machine learning algorithm.</a> Int J Mol Sci. 23 (21), 12923(2022).</li>
<li>Tüshaus, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Towards+routine+proteome+profiling+of+FFPE+tissue%3A+insights+from+a+1%2C220-case+pan-cancer+study%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+J%22%5BJournal%5D)">Towards routine proteome profiling of FFPE tissue: insights from a 1,220-case pan-cancer study.</a> EMBO J. 44 (1), 304-329 (2024).</li>
<li>Schweizer, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantitative+multiorgan+proteomics+of+fatal+COVID-19+uncovers+tissue-specific+effects+beyond+inflammation%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+Mol+Med%22%5BJournal%5D)">Quantitative multiorgan proteomics of fatal COVID-19 uncovers tissue-specific effects beyond inflammation.</a> EMBO Mol Med. 15 (9), e17459(2023).</li>
<li>Kobayashi, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Proteomic+profiling+of+FFPE+specimens%3A+discovery+of+HNRNPA2%2FB1+and+STT3B+as+biomarkers+for+determining+formalin+fixation+durations%5BTitle%5D)+AND+%22J+Proteomics%22%5BJournal%5D)">Proteomic profiling of FFPE specimens: discovery of HNRNPA2/B1 and STT3B as biomarkers for determining formalin fixation durations.</a> J Proteomics. 301, 105196(2024).</li>
<li>Kawashima, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-shot+10k+proteome+approach%3A+over+10%2C000+protein+identifications+by+data-independent+acquisition-based+single-shot+proteomics+with+ion+mobility+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22J+Proteome+Res%22%5BJournal%5D)">Single-shot 10k proteome approach: over 10,000 protein identifications by data-independent acquisition-based single-shot proteomics with ion mobility spectrometry.</a> J Proteome Res. 21 (6), 1418-1427 (2022).</li>
<li>Li, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+and+prognostic+analysis+of+biomarkers+to+predict+the+progression+of+pancreatic+cancer+patients%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Med%22%5BJournal%5D)">Identification and prognostic analysis of biomarkers to predict the progression of pancreatic cancer patients.</a> Mol Med. 28 (1), 43(2022).</li>
<li>Martinelli, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((GATA6+regulates+EMT+and+tumour+dissemination%2C+and+is+a+marker+of+response+to+adjuvant+chemotherapy+in+pancreatic+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Gut%22%5BJournal%5D)">GATA6 regulates EMT and tumour dissemination, and is a marker of response to adjuvant chemotherapy in pancreatic cancer.</a> Gut. 66 (9), 1665-1676 (2017).</li>
<li>Racu, M. -L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Smad4+positive+pancreatic+ductal+adenocarcinomas+are+associated+with+better+outcomes+in+patients+receiving+FOLFIRINOX-based+neoadjuvant+therapy%5BTitle%5D)+AND+%22Cancers%22%5BJournal%5D)">Smad4 positive pancreatic ductal adenocarcinomas are associated with better outcomes in patients receiving FOLFIRINOX-based neoadjuvant therapy.</a> Cancers. 15 (15), 3765(2023).</li>
<li>Roy, L. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MUC1+enhances+invasiveness+of+pancreatic+cancer+cells+by+inducing+epithelial+to+mesenchymal+transition%5BTitle%5D)+AND+%22Oncogene%22%5BJournal%5D)">MUC1 enhances invasiveness of pancreatic cancer cells by inducing epithelial to mesenchymal transition.</a> Oncogene. 30 (12), 1449-1459 (2011).</li>
<li>Shi, H., Tsang, Y., Yang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+CEACAM5+as+a+stemness-related+inhibitory+immune+checkpoint+in+pancreatic+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Cancer%22%5BJournal%5D)">Identification of CEACAM5 as a stemness-related inhibitory immune checkpoint in pancreatic cancer.</a> BMC Cancer. 22 (1), 1291(2022).</li>
<li>Waters, A. M., Der, C. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((KRAS%3A+the+critical+driver+and+therapeutic+target+for+pancreatic+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Cold+Spring+Harb+Perspect+Med%22%5BJournal%5D)">KRAS: the critical driver and therapeutic target for pancreatic cancer.</a> Cold Spring Harb Perspect Med. 8 (9), a031435(2018).</li>
<li>Yao, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Glypican-3+and+KRT19+are+markers+associating+with+metastasis+and+poor+prognosis+of+pancreatic+ductal+adenocarcinoma%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Biomark%22%5BJournal%5D)">Glypican-3 and KRT19 are markers associating with metastasis and poor prognosis of pancreatic ductal adenocarcinoma.</a> Cancer Biomark. 17 (4), 397-404 (2016).</li>
<li>Zhan, L., Chen, L., Chen, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Knockdown+of+FUT3+disrupts+the+proliferation%2C+migration%2C+tumorigenesis+and+TGF%CE%B2+induced+EMT+in+pancreatic+cancer+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Oncol+Lett%22%5BJournal%5D)">Knockdown of FUT3 disrupts the proliferation, migration, tumorigenesis and TGFβ induced EMT in pancreatic cancer cells.</a> Oncol Lett. 16 (1), 924-930 (2018).</li>
<li>Frohlich, K., Furrer, R., Schori, C., Handschin, C., Schmidt, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Robust%2C+precise%2C+and+deep+proteome+profiling+using+a+small+mass+range+and+narrow+window+data-independent-acquisition+scheme%5BTitle%5D)+AND+%22J+Proteome+Res%22%5BJournal%5D)">Robust, precise, and deep proteome profiling using a small mass range and narrow window data-independent-acquisition scheme.</a> J Proteome Res. 23 (3), 1028-1038 (2024).</li>
<li>Li, K. W., Gonzalez-Lozano, M. A., Koopmans, F., Smit, A. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Recent+developments+in+data+independent+acquisition+%28DIA%29+mass+spectrometry%3A+application+of+quantitative+analysis+of+the+brain+proteome%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Mol+Neurosci%22%5BJournal%5D)">Recent developments in data independent acquisition (DIA) mass spectrometry: application of quantitative analysis of the brain proteome.</a> Front Mol Neurosci. 13, 564446(2020).</li>
<li>Searle, B. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromatogram+libraries+improve+peptide+detection+and+quantification+by+data+independent+acquisition+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Chromatogram libraries improve peptide detection and quantification by data independent acquisition mass spectrometry.</a> Nat Commun. 9 (1), 5128(2018).</li>
<li>Prakash, J., Shaked, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+interplay+between+extracellular+matrix+remodeling+and+cancer+therapeutics%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Discov%22%5BJournal%5D)">The interplay between extracellular matrix remodeling and cancer therapeutics.</a> Cancer Discov. 14 (8), 1375-1388 (2024).</li>
<li>Perez, V. M., Kearney, J. F., Yeh, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+PDAC+extracellular+matrix%3A+a+review+of+the+ECM+protein+composition%2C+tumor+cell+interaction%2C+and+therapeutic+strategies%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Oncol%22%5BJournal%5D)">The PDAC extracellular matrix: a review of the ECM protein composition, tumor cell interaction, and therapeutic strategies.</a> Front Oncol. 11, 751311(2021).</li>
<li>Ferrara, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+extracellular+matrix+in+pancreatic+cancer%3A+description+of+a+complex+network+and+promising+therapeutic+options%5BTitle%5D)+AND+%22Cancers%22%5BJournal%5D)">The extracellular matrix in pancreatic cancer: description of a complex network and promising therapeutic options.</a> Cancers. 13 (17), 4442(2021).</li>
<li>Weniger, M., Honselmann, K. C., Liss, A. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+extracellular+matrix+and+pancreatic+cancer%3A+a+complex+relationship%5BTitle%5D)+AND+%22Cancers%22%5BJournal%5D)">The extracellular matrix and pancreatic cancer: a complex relationship.</a> Cancers. 10 (9), 316(2018).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>0,1% FA em ACN (grau LC-MS)</td><td>Fisher Chemical</td><td>LS120-212</td><td></td></tr><tr><td>0,1% FA em água (grau LC-MS)</td><td>Fisher Chemical</td><td>LS118-4</td><td></td></tr><tr><td>0,5M TCEP</td><td>Thermo Scientific</td><td>77720</td><td></td></tr><tr><td>10% SDS</td><td>Invitrogen</td><td>2679093</td><td></td></tr><tr><td>1M TEAB (pH 8,5)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>102545001</td><td></td></tr><tr><td>1M Tris-cl (pH 8,5)</td><td>Centrífuga BIOSOLUTION</td><td>BTO21</td><td></td></tr><tr><td>A-14C</td><td>Satorious</td><td>167709</td><td></td></tr><tr><td>Acetona (grau HPLC)</td><td>Fisher Scientific</td><td>A949-4</td><td></td></tr><tr><td>ACN (grau HPLC)</td><td>J.T.Baker</td><td>9017-88</td><td></td></tr><tr><td>CHCl3 (grau HPLC)</td><td>Thermo Scientific</td><td>022920.k2</td><td></td></tr><tr><td>papel CR</td><td>ADVANTEC</td><td>70406001</td><td></td></tr><tr><td>DIA-NN versão 1.9&nbsp;</td><td>Código aberto&nbsp;</td><td>https://github.com/vdemichev/DiaNN</td><td>Motor de Busca de Proteômica</td></tr><tr><td>Leitor de microplacas EPOCH2</td><td>Agilent&nbsp;</td><td></td><td></td>2106208</tr><tr><td>Etanol</td><td>MERCK</td><td>K50505283 836</td><td></td></tr><tr><td>FA (grau LC-MS)</td><td>Fisher Chemical</td><td>A117-50</td><td></td></tr><tr><td>Ingenuity Pathway Analysis (IPA)</td><td>QIAGEN</td><td>830018</td><td>Ferramenta de bioinformática</td></tr><tr><td>Liofilizador (armadilha SRF110R+vaper)</td><td>Thermo Scientific</td><td>SRF-110-115</td><td></td></tr><tr><td>MeOH (grau HPLC)</td><td>MERCK</td><td>UN1230</td><td></td></tr><tr><td>Kit de ensaio de proteína BCA Microplate compatível</td> com <td>Thermo Scientific</td><td>23252</td><td></td></tr><tr><td>MSConvert&nbsp;</td><td>Código aberto&nbsp;</td><td>http://proteowizard.sourceforge.net/tools.shtml</td><td>software de transformação de dados MS</td></tr><tr><td>Orbitrap Exploris 480</td><td>Thermo Scientific</td><td>MA10813C</td><td>MS</td></tr><tr><td>PepMAP RSLC C18 coluna de separação&nbsp;</td><td>Thermo Scientific</td><td>ES903</td><td></td></tr><tr><td>Perseus</td><td>Ferramenta estatística de código</td><td></td><td>aberto</td> https://cox-labs.github.io/coxdocs/perseus_instructions.html</tr><tr><td>PIERCE cloroacetamida Formato sem peso</td><td>Thermo Scientific</td><td>A39270</td><td></td></tr><tr><td>PIERCE Peptídeo colorimétrico quantitativo Ensaio</td><td>Thermo Scientific</td><td>23275</td><td></td></tr><tr><td>Agitador de placas&nbsp;</td><td>Sonda Sonda SSeriker</td><td>VS-202D</td><td></td>Verde</tr><tr><td></td><td>VibraCellTM</td><td>VCX750</td><td></td></tr><tr><td>Protein LoBind Tube 1.5 mL</td><td>Eppendorf</td><td>22431081</td><td></td></tr><tr><td>QSP 10 &micro; Ponta de pipeta L Thermo</td><td>Scientific</td><td>TLR102RS-Q</td><td></td></tr><tr><td>QSP 300 &micro; Ponta de pipeta L Thermo</td><td>Scientific</td><td>TLR106RS-Q</td><td></td></tr><tr><td>Bisturi</td><td>Bard-Parker</td><td>372615</td><td></td></tr><tr><td>S-Trap: Preparação Rápida Universal de Amostras MS</td><td>PROTIFI</td><td>CO2-mini-40</td><td></td></tr><tr><td>SureSTART Frasco 0,2 mL</td><td>Thermo Scientific</td><td>6pk1655</td><td></td></tr><tr><td>TFA</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>102614284</td><td></td></tr><tr><td>ThermoMixer C</td><td>Eppendorf</td><td>5382</td><td></td></tr><tr><td>Tripsina / Lys-C (grau LC-MS)</td> <td>Promega</td><td>V5073</td><td></td></tr><tr><td>Vanquish NEO</td><td>Thermo Scientific</td><td>8348249</td><td></td></tr><tr><td>LC Water (grau HPLC)</td> <td>Honeywell</td><td>AH365-4</td><td></td></tr><tr><td>Xcalibur ver 4.7</td><td>Thermo Scientific</td><td>30966</td><td>MS software de aquisição de dados</td></tr><tr><td>Xylene</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>102033629</td><td></td></tr></tbody></table>

uma abordagem simplificada para proteômica baseada em espectrometria de massa usando regiões de tecido selecionadas

A Streamlined Approach for Mass Spectrometry-Based Proteomics Using Selected Tissue Regions

A preparação de amostras proteômicas baseadas em filtro de aprisionamento de suspensão estabelecida, combinada com quantificação sem marcação usando aquisição independente de dados de disparo único, foi aplicada a tecidos FFPE císticos pancreáticos (Figura 1). O isolamento preciso da ROI durante o processamento do tecido FFPE foi obtido em diferentes tecidos císticos pancreáticos FFPE (Figura 2A), resultando na aquisição de cromatogramas de íons totais reprodutí...

Uma abordagem simplificada para proteômica baseada em espectrometria de massa usando regiões de tecido selecionadas

Mass spectrometry (MS)-based proteomics enables comprehensive proteome analysis across a wide range of biological samples, including cells, tissues, and ...

a-streamlined-approach-for-mass-spectrometry-based-proteomics-using

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Bioquímica

Análises aprofundadas de proteomas de células cancerígenas facilitam a identificação de novos alvos de drogas e biomarcadores diagnósticos. Descrevemos um fluxo de trabalho experimental para análise quantitativa de (fosfo-)proteomas em subpopulações de células cancerígenas derivadas de tumores líquidos e sólidos. Isso é conseguido combinando estratégias de enriquecimento celular com espectrometria de massa quantitativa baseada em Super-SILAC.

Quantitative Mass Spectrometric Profiling de proteomas de células do cancro da derivadas do líquido e tumores sólidos

É apresentado um protocolo para extração abrangente de lipídios, metabólitos e proteínas de tecidos biológicos usando uma amostra.

Um Método de Extração Fracionada Simples para a Análise Abrangente de Metabolitos, Lípidos e Proteínas de uma única amostra

Apresentamos um protocolo para dosar com precisão as proteínas com rotulagem isobárica, fracionamento extensivo, ferramentas de bioinformática e etapas de controle de qualidade em combinação com cromatografia líquida interfaceada com um espectrômetro de massa de alta resolução.

Proteome profunda de criação de perfil por isobárica rotulagem extensa cromatografia líquida, espectrometria de massa e quantificação assistida por Software

Aqui, apresentamos uma eletroforese em gel bidimensional (2DE) acoplada com espectrometria de massa (MS) para separar e identificar adenoma de hipófise humana tecido proteome, que apresenta um padrão de 2DE bom e reprodutíveis. Muitas proteínas são observadas em cada ponto de 2DE quando analisando proteome complexo de câncer com o uso de MS de alta sensibilidade.

Eletroforese em Gel bidimensional juntamente com métodos de espectrometria de massa para uma análise do proteoma de tecido humano Adenoma de hipófise

Apresentamos um protocolo de rotulagem de etiquetagem tandem (TMT) otimizado que inclui informações detalhadas para cada uma das seguintes etapas: extração de proteínas, quantificação, precipitação, digestão, rotulagem, submissão a uma instalação de proteômica e análises de dados.

Preparação da amostra TMT para envio de instalações proteômicas e análise de dados subsequentes

O protocolo descrito fornece uma análise de proteômica quantitativa otimizada das amostras de tecido usando duas abordagens: quantitação baseada em rótulos e sem rótulos. As abordagens baseadas em rótulos têm a vantagem de uma quantitação mais precisa de proteínas, enquanto uma abordagem sem rótulos é mais econômica e usada para analisar centenas de amostras de uma coorte.

Fluxo de trabalho abrangente da proteômica de espingarda baseada em espectrometria de massa de amostras de tecido

O protocolo visa introduzir o uso de um espectrômetro de massa quadrupole triplo para monitoramento de reação múltipla (MRM) de proteínas de amostras clínicas. Fornecemos um fluxo de trabalho sistemático desde a preparação da amostra até a análise de dados para amostras clínicas com todas as precauções necessárias a serem tomadas.

Fluxo de trabalho de proteômica quantitativa usando detecção baseada em monitoramento de múltiplas reações de proteínas do tecido cerebral humano

A proteína arginina (R)-metilação é uma modificação pós-translacional generalizada que regula múltiplas vias biológicas. A espectrometria de massas é a melhor tecnologia para traçar globalmente o perfil do R-metil-proteoma, quando acoplada a abordagens bioquímicas para enriquecimento peptídico modificado. O fluxo de trabalho projetado para a identificação de alta confiança da R-metilação global em células humanas é descrito aqui.

Uma Abordagem Proteômica Baseada em Espectrometria de Massa para Análise de R-Metilação de Proteínas Global e de Alta Confiança

Os dados proteômicos baseados em espectrometria de massa estão disponíveis em bancos de dados abertos e acessíveis por meio de ferramentas gratuitas. Dada a complexidade das pesquisas e descrições de bancos de dados, muitos biólogos não têm conhecimento para utilizar esses conjuntos de dados. Aqui, fornecemos um guia sobre o uso de ferramentas gratuitas para pesquisas básicas de dados proteômicos.

Navegando nos dados proteômicos baseados em espectrometria de massa usando ferramentas computacionais gratuitas

flexibilidade conformacional desempenha um papel crucial na função da proteína. Aqui, nós descrevemos o uso de espectrometria de massa por ionização por electropulverização resolvida no tempo acoplado a troca de hidrogénio-deutério para sondar as rápidas mudanças estruturais que conduzem a função de proteínas ordenadas e desordenadas.

resolvida no tempo com ionização por electrospray Hidrogénio-deutério troca Espectrometria de Massa para estudar a estrutura e dinâmica das proteínas

Aprenda uma abordagem simplificada de proteômica por espectrometria de massa para análise de regiões específicas em tecidos FFPE. Este método melhora a precisão na identificação de alterações proteicas em doenças pancreáticas.

Uma abordagem simplificada para proteômica baseada em espectrometria de massa usando regiões de tecido selecionadas

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