Name: Amostragem ambiental de micróbios fotossintéticos e seus vírus: do campo ao laboratório (Vídeo) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-07-03T14:30:00.000+00:00
Duration: 8 min 1 s
Description: Aprenda técnicas de amostragem ambiental para isolar cianófagos e seus hospedeiros em ecossistemas aquáticos. Este método utiliza sequenciamento de alto rendimento, PCR quantitativa e microscopia eletrônica para caracterizar dinâmicas vírus-hospedeiro e desenvolver modelos preditivos em virologia.

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<ol><li>Zhang, D., You, F., He, Y., Te, S. H., Gin, K. Y. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+and+characterization+of+the+first+freshwater+cyanophage+infecting+Pseudanabaena%5BTitle%5D)+AND+%22J+Virol%22%5BJournal%5D)">Isolation and characterization of the first freshwater cyanophage infecting Pseudanabaena.</a> J Virol. 94 (17), 10-1128 (2020).</li>
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<li>Ceballos, R. M., Stacy, C. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantifying+relative+virulence%3A+when+%C2%B5+max+fails+and+AUC+alone+just+is+not+enough%5BTitle%5D)+AND+%22J+General+Virol%22%5BJournal%5D)">Quantifying relative virulence: when µ max fails and AUC alone just is not enough.</a> J General Virol. 102 (1), 001515(2021).</li>
<li>Hour, S., Pierce, A. J., Heng, S. Y., Plymale, R., Ceballos, R. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantifying+Resilience+in+Single-Host%2FSingle-Virus+Infections%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Quantifying Resilience in Single-Host/Single-Virus Infections.</a> Appl Microbiol. 5 (1), 18(2025).</li>
<li>Ceballos, R. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Differential+virus+host-ranges+of+the+Fuselloviridae+of+hyperthermophilic+Archaea%3A+implications+for+evolution+in+extreme+environments%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Differential virus host-ranges of the Fuselloviridae of hyperthermophilic Archaea: implications for evolution in extreme environments.</a> Front Microbiol. 3, 295(2012).</li>
<li>Ceballos, R. M., Drummond, C. G., Stacy, C. L., Padilla-Crespo, E., Stedman, K. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Host-dependent+differences+in+replication+strategy+of+the+Sulfolobus+spindle-shaped+virus+strain+SSV9+%28aka%2C+SSVK1%29%3A+infection+profiles+in+hosts+of+the+family+Sulfolobaceae%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Host-dependent differences in replication strategy of the Sulfolobus spindle-shaped virus strain SSV9 (aka, SSVK1): infection profiles in hosts of the family Sulfolobaceae.</a> Front Microbiol. 11, 1218(2020).</li>
<li>Rippka, R., Deruelles, J., Waterbury, J. B., Herdman, M., Stanier, R. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Generic+assignments%2C+strain+histories+and+properties+of+pure+cultures+of+cyanobacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiology%22%5BJournal%5D)">Generic assignments, strain histories and properties of pure cultures of cyanobacteria.</a> Microbiology. 111 (1), 1-61 (1979).</li>
<li>Kliphuis, A. M., Janssen, M., van den End, E. J., Martens, D. E., Wijffels, R. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Light+respiration+in+Chlorella+sorokiniana%5BTitle%5D)+AND+%22J+Appl+Phycol%22%5BJournal%5D)">Light respiration in Chlorella sorokiniana.</a> J Appl Phycol. 23, 935-947 (2011).</li>
<li>Lea-Smith, D. J., Vasudevan, R., Howe, C. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Generation+of+marked+and+markerless+mutants+in+model+cyanobacterial+species%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Generation of marked and markerless mutants in model cyanobacterial species.</a> J Vis Exp. (111), e54001(2016).</li>
<li>Noroozi, M., Amozegar, M. A., Rahimi, R., Shahzadeh Fazeli, S. A., Bakhshi Khaniki, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+isolation+and+preliminary+characterization+of+native+cyanobacterial+and+microalgal+strains+from+lagoons+contaminated+with+petroleum+oil+in+Khark+Island%5BTitle%5D)+AND+%22Biol+J+Microorg%22%5BJournal%5D)">The isolation and preliminary characterization of native cyanobacterial and microalgal strains from lagoons contaminated with petroleum oil in Khark Island.</a> Biol J Microorg. 5 (20), 33-41 (2017).</li>
<li>Nübel, U., Garcia-Pichel, F., Muyzer, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((PCR+primers+to+amplify+16S+rRNA+genes+from+cyanobacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">PCR primers to amplify 16S rRNA genes from cyanobacteria.</a> Appl Environ Microbiol. 63 (8), 3327-3332 (1997).</li>
<li>Tragin, M., Lopes dos Santos, A., Christen, R., Vaulot, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Diversity+and+ecology+of+green+microalgae+in+marine+systems%3A+an+overview+based+on+18S+rRNA+gene+sequences%5BTitle%5D)+AND+%22Perspect.+Phycol%22%5BJournal%5D)">Diversity and ecology of green microalgae in marine systems: an overview based on 18S rRNA gene sequences.</a> Perspect. Phycol. 3 (3), 141-154 (2016).</li>
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<li>Marei, E. M., Elbaz, R., Hammad, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Induction+of+temperate+cyanophages+using+heavy+metal-copper%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Microbiol+Res+Rev%22%5BJournal%5D)">Induction of temperate cyanophages using heavy metal-copper.</a> Int J Microbiol Res Rev. 5 (5), 472(2013).</li>
<li>Bratchkova, A., Kroumov, A. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microalgae+as+producers+of+biologically+active+compounds+with+antibacterial%2C+antiviral%2C+antifungal%2C+antialgal%2C+antiprotozoal%2C+antiparasitic+and+anticancer+activity%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Microbiol+Bulgarica%22%5BJournal%5D)">Microalgae as producers of biologically active compounds with antibacterial, antiviral, antifungal, antialgal, antiprotozoal, antiparasitic and anticancer activity.</a> Acta Microbiol Bulgarica. 36 (3), 79-89 (2020).</li>
<li>Storms, Z. J., Teel, M. R., Mercurio, K., Sauvageau, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+virulence+index%3A+a+metric+for+quantitative+analysis+of+phage+virulence%5BTitle%5D)+AND+%22Phage%22%5BJournal%5D)">The virulence index: a metric for quantitative analysis of phage virulence.</a> Phage. 1 (1), 27-36 (2020).</li>
<li>Omata, T., Murata, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+and+characterization+of+three+types+of+membranes+from+the+cyanobacterium+%28blue-green+alga%29+Synechocystis+PCC+6714%5BTitle%5D)+AND+%22Arch+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Isolation and characterization of three types of membranes from the cyanobacterium (blue-green alga) Synechocystis PCC 6714.</a> Arch Microbiol. 139, 113-116 (1984).</li>
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<li>Grasso, C. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+review+of+cyanophage-host+relationships%3A+Highlighting+cyanophages+as+a+potential+cyanobacteria+control+strategy%5BTitle%5D)+AND+%22Toxins%22%5BJournal%5D)">A review of cyanophage-host relationships: Highlighting cyanophages as a potential cyanobacteria control strategy.</a> Toxins. 14 (6), 385(2022).</li>
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<li>Cai, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Abundant+and+cosmopolitan+lineage+of+cyanopodoviruses+lacking+a+DNA+polymerase+gene%5BTitle%5D)+AND+%22ISME+J%22%5BJournal%5D)">Abundant and cosmopolitan lineage of cyanopodoviruses lacking a DNA polymerase gene.</a> ISME J. 17 (2), 252-262 (2023).</li>
<li>Komárek, J., Kaštovský, J., Mareš, J., Johansen, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Taxonomic+classification+of+cyanoprokaryotes+%28cyanobacterial+genera%29+2014%2C+using+a+polyphasic+approach%5BTitle%5D)+AND+%22Preslia%22%5BJournal%5D)">Taxonomic classification of cyanoprokaryotes (cyanobacterial genera) 2014, using a polyphasic approach.</a> Preslia. 86 (4), 295-335 (2014).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Bomba de transferência de aço inoxidável de 1 hp&nbsp;</td><td>Utilitech, Charlotte, Carolina do Norte, EUA</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>Tubos de 1,5 ml</td><td>www.eppendorf.com</td><td>30123611</td><td></td></tr><tr><td>Concentrador de rotação Centricon Plus 70 10K NMWL</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>UFC701008</td><td></td></tr><tr><td>Frascos Erlenmeyer de 250 mL com defletores&nbsp;</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>CLS4450250</td><td></td></tr><tr><td>Gerador Inversor de 3800-Watts&nbsp;</td><td>WEN Products, West Dundee, IL, EUA</td><td>WEN 56380i</td><td></td></tr><tr><td>3K NMWL Amicon 15 mL&nbsp;</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>UFC800308</td><td></td></tr><tr><td>Balões Erlenmeyer de 500 mL com defletores&nbsp;</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>CLS4450500</td><td></td></tr><tr><td>Jarros de água de 5 galões&nbsp;</td><td>www.homedepot.com</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>80 pés de comprimento, 0,5 " diâmetro, nylon&nbsp;</td><td>https://facomex.mx/producto/combo/</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>Um console central de 26 pés de profundidade V Sailfish 2660 com dois motores de popa Yamaha de 150 hp&nbsp;</td><td>https://yamahaoutboards.com/</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>Acetato de amónio (CH3CO2NH4)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>631618</td><td></td></tr><tr><td>Ácido bórico (H3BO3)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>10043353</td><td></td></tr><tr><td>Cloreto de cálcio di-hidratado (CaCl2. 2H2O)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>10035048</td><td></td></tr><tr><td>Centrífuga 5920&nbsp; R</td><td>www.eppendorf.com</td><td>5948000107</td><td></td></tr><tr><td>Ácido cítrico (C6H8O7)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>77929</td><td></td></tr><tr><td>Nitrato de cobalto (II) hexahidratado [Co (NO3) 2.6H2O]</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>10026229</td><td></td></tr><tr><td>Mangueira flexível de borracha resistente ao colapso&nbsp;</td><td>swanhose.com</td><td>CELTF58050</td><td></td></tr><tr><td>Sulfato de cobre (II) pentahidratado (CuSO4.5H2O)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>7758998</td><td></td></tr><tr><td>Tubos de centrífuga Corning 50 mL&nbsp;</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>CLS430291</td><td></td></tr><tr><td>Fosfato dipotássico (K2HPO4)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>7758114</td><td></td></tr><tr><td>Ácido etilenodiaminotetracético dissódico (Na2EDTA)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>6381926</td><td></td></tr><tr><td>DS-11 FX+_Microvolume e Espectrofotômetro e Florômetro</td><td>www.denovix.com</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>Fita adesiva</td><td>www.homedepot.com</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>Tubos Eppendorf</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>EP022364120</td><td></td></tr><tr><td>Etanol</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>64175</td><td></td></tr><tr><td>Ácido etilenodiaminotetracético (EDTA)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>60004</td><td></td></tr><tr><td>Citrato de amônio férrico (C6H8O7&middot; xFe3+&middot; yNH3)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>1185575</td><td></td></tr><tr><td>Tubo de PVC azul Flex-plus&nbsp;</td><td>www.carlonsales.com</td><td>12008-750</td><td></td></tr><tr><td>Innova S44i - Incubadora Agitadora Empilhável</td><td>www.eppendorf.com</td><td>2231001081</td><td></td></tr><tr><td>LVEM5 Microscopia eletrônica Microscope_Transmission eletrônica de bancada (TEM)</td><td>delongamerica.com</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>Sulfato de magnésio heptahidratado (MgSO4.7 H2O)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>10034998</td><td></td></tr><tr><td>Cloreto de manganês (II) tetrahidratado (MnCl2.4H2O)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>13446349</td><td></td></tr><tr><td>Âncora de Cogumelo Revestida em Vinil Preto/30 lbs</td><td>www.homedepot.com</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>Placas de Petri em poliestireno</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>Pág. 5481</td><td></td></tr><tr><td>Copo filtrante de membrana de polietersulfona (PES) com 0,22 mm</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>Z358193-1CS</td><td></td></tr><tr><td>Copo filtrante de membrana de polietersulfona (PES) com 0,45 mm</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>Z370622-1CS</td><td></td></tr><tr><td>Xantogenato de etilo de potássio (C2H5OCSSK)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>140896</td><td></td></tr><tr><td>Carbonato de sódio (Na2CO3)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>497198</td><td></td></tr><tr><td>Dodecil sulfato de sódio [CH3(CH2)11OSO3Na]</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>151213</td><td></td></tr><tr><td>Molibdato de sódio di-hidratado (Na2MoO4.2H2O)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>10102406</td><td></td></tr><tr><td>Nitrato de sódio (NaNO3)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>7631994</td><td></td></tr><tr><td>Aci tris(hidroximetil)metil]-2-aminoetanossulfónico (TES) (C6H15NO6S)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>7365448</td><td></td></tr><tr><td>Triton X-100</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>T8787</td><td></td></tr><tr><td>Cloridrato de Trizma (Tris-HCl)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>1185531</td><td></td></tr><tr><td>Bomba de vácuo/pressão&nbsp;</td><td>Cole-Parmer; Vernon Hills, IL, EUA</td><td>EW-79204-00</td><td></td></tr><tr><td>Tubulação de vinil&nbsp;</td><td>www.homedepot.com</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>Sulfato de zinco heptahidratado (ZnSO4.7H2O)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>7446200</td><td></td></tr></tbody></table>

amostragem ambiental de micróbios fotossintéticos e seus vírus: do campo ao laboratório

Environmental Sampling of Photosynthetic Microbes and Their Viruses: From Field to Lab

Amostragem ambiental de micróbios fotossintéticos e seus vírus: do campo ao laboratório

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Um projeto de ciência cidadã foi projetado para recrutar residentes de San Diego para coletar amostras ambientais para sars-cov-2. Uma plataforma multilíngue baseada na Web foi criada para envio de dados usando uma interface de dispositivo móvel fácil de usar. Um sistema de gerenciamento de informações laboratorial facilitou a coleta de milhares de amostras geograficamente diversas com rastreamento de resultados em tempo real.

Limpando o Ambiente Urbano - Um Pipeline para Amostragem e Detecção de SARS-CoV-2 de Reservatórios Ambientais

Esta publicação descreve o desenho de fotobioreatores laboratoriais (PBRs) com regimes de luz personalizáveis. O crescimento de cianobactérias ou microalgas, usando bicarbonato como fonte de carbono, é monitorado continuamente pela medição da produção volumétrica de oxigênio. Esses PBRs facilitam comparações rápidas e replicadas de crescimento laboratorial com pouca intervenção do usuário durante os experimentos.

Operação de Fotobioreatores laboratoriais com Medições de Crescimento Online e Regimes de Luz Personalizáveis

A concentração de vírus a partir de amostras ambientais de água e efluentes é uma tarefa desafiadora, realizada principalmente para a identificação e quantificação de vírus. Embora vários métodos de concentração viral tenham sido desenvolvidos e testados, demonstramos aqui a eficácia da ultrafiltração e floculação de leite desnatado para vírus de RNA com diferentes tipos de amostras.

Concentração de Partículas de Vírus de Amostras Ambientais de Água e Efluentes Usando Floculação e Ultrafiltração de Leite Desnatado

Formas confiáveis e precisas de análise de DNA implantável em campo são cruciais para muitas indústrias. Este artigo oferece dois métodos para análise microbiana ambiental em campo: 1) o isolamento de DNA microbiano de amostras ambientais usando um kit de extração biológica de campo, e 2) a análise do DNA via unidade qPCR de campo.

Análise de DNA microbiano em campo usando um kit de extração biológica de campo e uma unidade qPCR de campo

Este vídeo ilustra a técnica para a extração de DNA das espécies de micróbios residentes no intestino posterior de cupins. A preparação de uma lâmina de montagem molhada, o que é útil para visualizar a comunidade microbiana do intestino também é ilustrado, e um tour pela espécie ambiente rico intestino é dado.

Extração de DNA a partir do Micróbios Gut da térmita (Zootermopsis Angusticollis) e Visualizing micróbios do intestino

Este vídeo documenta métodos de coleta de amostras de água costeiros marinhos e processá-los para várias aplicações a jusante, incluindo concentração de biomassa, a purificação de ácido nucléico, a abundância de células, nutrientes e gases traço.

A amostragem da água do mar e Cobrança

Aprenda técnicas de amostragem ambiental para isolar cianófagos e seus hospedeiros em ecossistemas aquáticos. Este método utiliza sequenciamento de alto rendimento, PCR quantitativa e microscopia eletrônica para caracterizar dinâmicas vírus-hospedeiro e desenvolver modelos preditivos em virologia.

Amostragem ambiental de micróbios fotossintéticos e seus vírus: do campo ao laboratório

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