Name: Um guia passo a passo para o isolamento e análise da superfície foliar e RNA apoplástico usando rosetas de Arabidopsis (Vídeo) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-08-08T13:50:00.000+00:00
Duration: 9 min 56 s
Description: Aprenda a isolar e analisar RNA apoplástico e da superfície foliar em Arabidopsis usando eletroforese de alta resolução e sequenciamento Illumina. Este método permite estudar a dinâmica do RNA em resposta ao estresse biótico.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Vorholt, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbial+life+in+the+phyllosphere%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Microbial life in the phyllosphere.</a> Nat Rev Microbiol. 10 (12), 828-840 (2012).</li>
<li>Ritpitakphong, U., Falquet, L., Vimoltust, A., Berger, A., M'etraux, J., L'Haridon, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+microbiome+of+the+leaf+surface+of+Arabidopsis+protects+against+a+fungal+pathogen%5BTitle%5D)+AND+%22New+Phytol%22%5BJournal%5D)">The microbiome of the leaf surface of Arabidopsis protects against a fungal pathogen.</a> New Phytol. 210 (3), 1033-1043 (2016).</li>
<li>Chaudhry, V., Runge, P., Sengupta, P., Doehlemann, G., Parker, J. E., Kemen, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Shaping+the+leaf+microbiota%3A+plant-microbe-microbe+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Bot%22%5BJournal%5D)">Shaping the leaf microbiota: plant-microbe-microbe interactions.</a> J Exp Bot. 72 (1), 36-56 (2021).</li>
<li>Vacher, C., Hampe, A., Port'e, A. J., Sauer, U., Compant, S., Morris, C. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+phyllosphere%3A+microbial+jungle+at+the+plant-climate+interface%5BTitle%5D)+AND+%22Ann+Rev+Ecol+Evol+Syst%22%5BJournal%5D)">The phyllosphere: microbial jungle at the plant-climate interface.</a> Ann Rev Ecol Evol Syst. 47, 1-24 (2016).</li>
<li>Mahmoudi, M., Almario, J., Lutap, K., Nieselt, K., Kemen, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbial+communities+living+inside+plant+leaves+or+on+the+leaf+surface+are+differently+shaped+by+environmental+cues%5BTitle%5D)+AND+%22ISME+Commun%22%5BJournal%5D)">Microbial communities living inside plant leaves or on the leaf surface are differently shaped by environmental cues.</a> ISME Commun. 4 (1), ycae103(2024).</li>
<li>Borniego, M. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Diverse+plant+RNAs+coat+Arabidopsis+leaves+and+are+distinct+from+apoplastic+RNAs%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Diverse plant RNAs coat Arabidopsis leaves and are distinct from apoplastic RNAs.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 122 (1), e2409090121(2025).</li>
<li>Ren, B., Wang, X., Duan, J., Ma, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rhizobial+tRNA-derived+small+RNAs+are+signal+molecules+regulating+plant+nodulation%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Rhizobial tRNA-derived small RNAs are signal molecules regulating plant nodulation.</a> Science. 365 (6456), 919-922 (2019).</li>
<li>Chery, M., Drouard, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Plant+tRNA+functions+beyond+their+major+role+in+translation%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Bot%22%5BJournal%5D)">Plant tRNA functions beyond their major role in translation.</a> J Exp Bot. 74 (7), 2352-2363 (2022).</li>
<li>Panstruga, R., Spanu, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transfer+RNA+and+ribosomal+RNA+fragments-Emerging+players+in+plant-microbe+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22New+Phytol%22%5BJournal%5D)">Transfer RNA and ribosomal RNA fragments-Emerging players in plant-microbe interactions.</a> New Phytol. 241 (2), 567-577 (2024).</li>
<li>Baldrich, P., Rutter, B. D., Karimi, H. Z., Podicheti, R., Meyers, B. C., Innes, R. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Plant+extracellular+vesicles+contain+diverse+small+RNA+species+and+are+enriched+in+10-+to+17-nucleotide+%26%2334%3BTiny%26%2334%3B+RNAs%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Cell%22%5BJournal%5D)">Plant extracellular vesicles contain diverse small RNA species and are enriched in 10- to 17-nucleotide &#34;Tiny&#34; RNAs.</a> Plant Cell. 31 (2), 315-324 (2019).</li>
<li>Rutter, B. D., Rutter, K. L., Innes, R. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+and+quantification+of+plant+extracellular+vesicles%5BTitle%5D)+AND+%22Bio+Protoc%22%5BJournal%5D)">Isolation and quantification of plant extracellular vesicles.</a> Bio Protoc. 7 (17), e2533(2017).</li>
<li>Zhang, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((OsHSD1%2C+a+hydroxysteroid+dehydrogenase%2C+is+involved+in+cuticle+formation+and+lipid+homeostasis+in+rice%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Sci%22%5BJournal%5D)">OsHSD1, a hydroxysteroid dehydrogenase, is involved in cuticle formation and lipid homeostasis in rice.</a> Plant Sci. 249, 35-45 (2016).</li>
<li>Zhou, L., Ni, E., Yang, J., Zhou, H., Liang, H., Li, J., Jiang, D., Wang, Z., Liu, Z., Zhuang, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rice+OsGL1-6+is+involved+in+leaf+cuticular+wax+accumulation+and+drought+resistance%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Rice OsGL1-6 is involved in leaf cuticular wax accumulation and drought resistance.</a> PLoS One. 8 (5), e65139(2013).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Marcador de escada de ssRNA de 14-30 nt</td><td>Takara</td><td>3416</td><td></td></tr><tr><td>Tubos de microcentrífuga de 1,5 mL</td><td>VWR</td><td>20170-038</td><td></td></tr><tr><td>Seringa sem agulha de 10 mL</td><td>BD</td><td>303347</td><td></td></tr><tr><td>Tubos de falcão de 15 mL</td><td>VWR</td><td>89039-668</td><td></td></tr><tr><td>15% Mini-PROTEAN TBE-Urea Gel, 10 poços/12 poços, 30 &micro; L/20 e micro; L</td><td>Bio-Rad</td><td>4566053 / 4566055</td><td></td></tr><tr><td>Inserções de bandeja de 36 células</td><td>Mercado de Folhas Verdadeiras</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Solução de acrilamida e bisacrilamida a 40%, 37,5:1</td><td>Bio-Rad</td><td>1610148</td><td></td></tr><tr><td>Potes redondos de 4 polegadas</td><td>Mercado de Folhas Verdadeiras</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Tubos de falcão de 50 mL</td><td>VWR</td><td>89039-656</td><td></td></tr><tr><td>Seringa sem agulha de 50 mL</td><td>BD</td><td>309653</td><td></td></tr><tr><td>96 bem placa de fundo preto</td><td>Grenier</td><td>655090</td><td></td></tr><tr><td>Acrodisc 0.22 &mu; Filtro de seringa M</td><td>Pall</td><td>4192</td><td></td></tr><tr><td>Acrodisc 0.45 &mu; Filtro de seringa M</td><td>Pall</td><td>4454</td><td></td></tr><tr><td>Persulfato de amônio (APS)&nbsp;</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>Resposta 3678</td><td></td></tr><tr><td>Cloreto de cálcio&nbsp;</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>C1016</td><td></td></tr><tr><td>Clorofórmio (sem RNase)</td><td>Macron Química Fina</td><td>MK444110</td><td></td></tr><tr><td>Cúpulas de plástico transparente</td><td>Hummert Internacional</td><td>11 3348</td><td>Qualquer cúpula de plástico pode ser usada para cobrir as plantas e manter a umidade</td></tr><tr><td>Bastão com ponta de algodão grau médico</td><td>Uline</td><td>S-21102</td><td></td></tr><tr><td>Etanol (sem Rnase)</td><td>Laboratórios Decon, Inc.</td><td>2716GEA</td><td></td></tr><tr><td>Cafeteira French Press, 24 fl oz</td><td>Pico de Neve</td><td>CS-111</td><td></td></tr><tr><td>Bandeja de cultivo sem furos 10 x 20</td><td>Mercado de Folhas Verdadeiras</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Balde de gelo&nbsp;</td><td>Schuett-Biotech, Spongex</td><td>3-680 052</td><td></td></tr><tr><td>Isopropanol</td><td>Thermo Científico</td><td>149320050</td><td></td></tr><tr><td>Rotor de ângulo fixo JA-14</td><td>Beckman Coulter; modelo: JA-14</td><td>339247</td><td></td></tr><tr><td>Kimwipes</td><td>KCWW, Kimberly-Clark</td><td>34120</td><td></td></tr><tr><td>Carga de ssRNA de baixo alcance</td><td>NEB</td><td>N0364S</td><td></td></tr><tr><td>Hidrato de MES</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>M8250</td><td></td></tr><tr><td>Leitor de microplacas</td><td>BioTek</td><td>&nbsp; Sinergia H1</td><td></td></tr><tr><td>Milagre-Gro</td><td>Milagre-Gro</td><td>24-8-16</td><td>É um alimento vegetal para todos os fins. Dependendo da fonte de solo usada para cultivar as plantas, a aplicação pode ser ajustada.</td></tr><tr><td>Frasco de centifuge Nalgene 250 mL (sem tampa)</td><td>Nalgene</td><td>3120</td><td></td></tr><tr><td>Toalhas de papel</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>ParaFilm&nbsp; Filme M Lab</td><td>Parafilme</td><td>S-25929</td><td></td></tr><tr><td>Copo de plástico (500 mL)</td><td>Uline</td><td>S-21658</td><td></td></tr><tr><td>Glicogênio livre de RNase (20 mg/mL)</td><td>Thermo Científico</td><td>R0561</td><td></td></tr><tr><td>RootShield Plus WP Fungicida Biológico</td><td>BioWorks</td><td>68539-9</td><td></td></tr><tr><td>Tesoura</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Silwet L-77</td><td>Laboratórios Phytotech</td><td>S7777</td><td>Qualquer marca Silwet L-77 pode ser usada. No entanto, Silwet perde sua eficácia com o passar do tempo. É ideal substituí-lo uma vez por ano.</td></tr><tr><td>Cloreto de sódio</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>S7653</td><td></td></tr><tr><td>Pincel de cabelo de nylon macio</td><td>NOS. Fornecimento de arte</td><td>Nº 6</td><td></td></tr><tr><td>Frasco de spray</td><td>Uline</td><td>S-7272</td><td>Qualquer frasco de spray pode ser usado, mas as configurações de spray devem estar no chuveiro.</td></tr><tr><td>Mistura de Cultivo Profissional Sungro</td><td>Sungro</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Mistura de Propagação Sungro</td><td>Sungro</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Mancha de gel de ácido nucleico SYBR Gold (10.000x concentrado em DMSO)</td><td>Thermo Científico</td><td>S11494</td><td></td></tr><tr><td>TEMED</td><td>Thermo Científico</td><td>17919</td><td></td></tr><tr><td>Reagente de TRIzol</td><td>Invitrogen</td><td>15596026</td><td></td></tr><tr><td>Água ultrapura sem Dnase/Rnase</td><td>Invitrogen</td><td>10977015</td><td></td></tr><tr><td>Ureia</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>U5378</td><td></td></tr><tr><td>Câmara de vácuo, 0,20 pés cúbicos</td><td>SP Scienceware - Produtos Bel-Art - Instrumento HB</td><td>Rolamento F42031-0000</td><td></td></tr><tr><td>Bomba de vácuo, 3,5 CFM</td><td>Produtos de vácuo ideais</td><td>P101532</td><td></td></tr><tr><td>Balança</td><td>Escali</td><td>WBB480535</td><td>Este é apenas um exemplo. Qualquer balança pode ser usada.</td></tr></tbody></table>

um guia passo a passo para o isolamento e análise da superfície foliar e rna apoplástico usando rosetas de arabidopsis

A Stepwise Guide to the Isolation and Analysis of Leaf Surface and Apoplastic RNA Using Arabidopsis Rosettes

Um guia passo a passo para o isolamento e análise da superfície foliar e RNA apoplástico usando rosetas de Arabidopsis

The surface of plant leaves and intercellular space within leaves (the apoplast) serve as key interfaces for molecular exchange between plants and their ...

a-stepwise-guide-to-isolation-analysis-leaf-surface-apoplastic-rna

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Imunologia e Infecção

Este vídeo mostra um procedimento para isolar protoplastos intactos a partir de tecidos de 14 dias de idade, mudas de Arabidopsis. Dado que o protoplastos isolados permanecem intactos por pelo menos 96h e são isoladas de mudas, em vez de um mês de idade plantas maduras, esse procedimento agiliza ensaios exigindo protoplastos intactos.

Isolamento de Protoplastos de tecidos de 14 dias de idade, mudas de Arabidopsis thaliana</em

Análise de célula específico<em&gt; Arabidopsis</em&gt; Folhas utilizando ordenação células activadas por fluorescência

Nós relatamos um método eficiente e simples para isolar os embriões em estágios iniciais de desenvolvimento...

Isolamento eficiente e rápida de embriões em início de carreira a partir de<em&gt; Arabidopsis thaliana</em&gt; Sementes

Este protocolo descreve um método fácil de extrair e fracionar transcritos de tecidos vegetais com base no número de ribossomos ligados. Permite uma estimativa global da atividade de tradução e a determinação do status translacional de mRNAs específicos.

Um método fácil para a planta polysome Profiling

Aqui, apresentamos um protocolo de captura interativo aplicado aos protoplastos de mesofila da folha de Arabidopsis thaliana . Este método baseia-se criticamente na reticulação UV in vivo e permite o isolamento e identificação de proteínas de ligação a mRNA de plantas a partir de um ambiente fisiológico.

Capacidade de interactomo do mRNA a partir de protoplastos de plantas

Aqui, apresentamos um protocolo para estudar o comportamento do crescimento de planta e especialmente fenótipos de forma reproduzível. Mostramos como fornecer variável e ao mesmo tempo estável condições de luz. Adequada análises dependem de números suficientes de amostra e avaliações de estatísticas válidas.

Análise do comportamento de crescimento de Arabidopsis thaliana em diferentes qualidades de luz

Aqui, apresentamos um método de triagem modificado que pode ser amplamente usado para triagem rapidamente de supressores de RNA em patógenos vegetais.

Triagem e Identificação de Supressores de Silenciamento de RNA de agentes secretos de patógenos vegetais

Traduzir purificação de afinidade costela (TRAP) oferece a possibilidade de dissecar programas de desenvolvimento com processamento mínimo de órgãos e tecidos. O protocolo produz RNA de alta qualidade a partir de células direcionadas com uma subunidade ribossômica rotulada como proteína fluorescente verde (GFP). Ferramentas de análise a jusante, como qRT-PCR ou RNA-seq, revelam perfis de expressão específicos de tecido e célula.

Traduzindo a Purificação da Afinidade ribossófica (TRAP) para investigar o desenvolvimento raiz arabidopsis thaliana em uma escala específica de tipo de célula

A viabilidade e a eficácia de métodos scRNA-seq de alto rendimento anunciam uma era de célula única na pesquisa de plantas. Apresentamos aqui um procedimento robusto e completo para o isolamento de tipos específicos de células de raízes de Arabidopsis thaliana e posterior construção e análise da biblioteca de transcriptomas.

Isolamento e Análise do Transcriptoma de Tipos Celulares Vegetais

Este protocolo descreve um método otimizado para isolar vesículas extracelulares (EVs) das folhas de Arabidopsis thaliana para apoiar análises moleculares e funcionais posteriores.

Isolamento e purificação de vesículas extracelulares vegetais de folhas de Arabidopsis usando um método otimizado de coleta por lavagem apoplástica

Aprenda a isolar e analisar RNA apoplástico e da superfície foliar em Arabidopsis usando eletroforese de alta resolução e sequenciamento Illumina. Este método permite estudar a dinâmica do RNA em resposta ao estresse biótico.

Um guia passo a passo para o isolamento e análise da superfície foliar e RNA apoplástico usando rosetas de Arabidopsis

Explorar mais vídeos