Name: Extração de histonas de amostras clínicas para perfilamento epigenético por espectrometria de massa (Vídeo) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-11-21T12:30:00.000+00:00
Duration: 10 min 54 s
Description: Aprenda a extrair histonas de amostras clínicas para perfilamento epigenético por espectrometria de massa. Este método permite quantificar até 50 modificações pós-traducionais a partir de apenas 1000 células.

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<table><tbody><tr><td><forte>Químicos</forte></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Histolemon RS para Histologia</td><td>Carlo Erba</td><td>454912</td><td>2,5 L</td></tr><tr><td>Acetonitrila (ACN)</td><td>Carlo Erba</td><td>412341</td><td>1L</td></tr><tr><td>Bicarbonato de amônio (AmBic)</td><td>Sigma Aldrich</td><td>A6141</td><td>500 g</td></tr><tr><td>Persulfato de acômio (APS)</td><td>WDR</td><td>1.012.010.500</td><td>500 g</td></tr><tr><td>Inibidor da protease da aprotinina</td><td>Sigma Aldrich & nbsp;</td><td>A1153</td><td>5 mg</td></tr><tr><td>Nuclease benzonase</td><td>Merk</td><td>E1014</td><td>25 KU</td></tr><tr><td>Bisacrilamida 30% 37,5 M</td><td>AppliChem</td><td>APA36261000</td><td>1 L</td></tr><tr><td>Buffer A 0,1% ácido fórmico em ddH2O</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>10229884</td><td>500 mL&nbsp;</td></tr><tr><td>Buffer B 0,1% ácido fórmico / 80% acetonitrila em ddH2O</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>15431423</td><td>500 mL</td></tr><tr><td>Resina C18</td><td>Merck</td><td>66883-U</td><td>Diâmetro de 47 mm</td></tr><tr><td>Coomassie Instant Blue</td><td>Abcam</td><td>ab119211</td><td>1 L</td></tr><tr><td>Ditiotreitol (DTT)&nbsp;</td><td>WDR</td><td>441496P</td><td>25 g</td></tr><tr><td>Etanol</td><td>Carlo Erba</td><td>414608</td><td>2,5 L</td></tr><tr><td>Leupeptina &nbsp; Inibidor de protease</td><td>Sigma-Aldrich&nbsp;</td><td>L8511</td><td>5 mg</td></tr><tr><td>N,N,N&prime;,N&prime;-Tetrametil etilendiamina (TEMED)</td><td>Sigma Aldrich</td><td>1.107.320100</td><td>100 mL</td></tr><tr><td>Buffer de amostra LDS do NuPAGE</td><td>Invitrogen</td><td>NP0007</td><td>4x</td></tr><tr><td>PBS - Soro salino tamponado com fosfato & nbsp;</td><td>Microgem</td><td>TL1006</td><td>500 mL</td></tr><tr><td>Fenoianato (PIC)</td><td>Sigma Aldrich</td><td>185353</td><td>100 g</td></tr><tr><td>Inibidor de protease de fenilmetilsulfonil fluoreto (PMSF)</td><td>Sigma Aldrich & nbsp;</td><td>P7626</td><td>1 g</td></tr><tr><td>Anidrido propiônico (PRO)</td><td>Sigma Aldrich</td><td>240311</td><td>50 g</td></tr><tr><td>Histona Recombinante H3.1 Humano</td><td>Biolaboratórios da Nova Inglaterra</td><td>M2503</td><td>1 & micro; g/& micro; L</td></tr><tr><td>Tripsina de grau sequenciante</td><td>Promega</td><td>V5113</td><td>100 ug</td></tr><tr><td>Inibidor de histona deacetliase do butirato de sódio (NaBut)</td><td>Merck</td><td>B5887</td><td>5 g</td></tr><tr><td>Dodecilsulfato de sódio (SDS)</td><td>Sigma Aldrich</td><td>L3771</td><td>100 g</td></tr><tr><td>Bicarbonato de trietilamônio</td><td>Sigma Aldrich</td><td>T7408</td><td>100 mL</td></tr><tr><td>Ácido trifluoroacético (TFA)</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>28904</td><td>1x10mL</td></tr><tr><td>Tris-HCl</td><td>Sigma Aldrich</td><td>T3253</td><td>100 g</td></tr><tr><td>Detergente Triton X-100</td><td>Sigma-Aldrich&nbsp;</td><td>X100RS</td><td>5 g</td></tr><tr><td><forte>Kits / Equipamentos/Software </forte></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Microplaca de 96 poços</td><td>Corning</td><td>PCR-96-FS-C</td><td>Não pirogênica, livre de Rnase/Dnase</td></tr><tr><td>Equilíbrio</td><td>Kern</td><td>19024</td><td></td></tr><tr><td>Centrífuga de bancada</td><td>Laboratório de Biofúgio Hareus</td><td>Pico, 23396</td><td></td></tr><tr><td>Dispositivo de Sonicação Bioruptor</td><td>Diagenodo</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Sonificador Digital Branson 250</td><td>Emerson</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Filtro celular 100 & micro; m</td><td>Falcão</td><td>352360</td><td></td></tr><tr><td>Concentrador plus</td><td>Eppendorf</td><td>5305000509</td><td></td></tr><tr><td>Dounce Homogeneizador (ex.g&nbsp; Dounce, Wheaton...)</td><td>Dounce, Wheaton</td><td></td><td>1 mL de moedor de tecidos</td></tr><tr><td>Cromatografia Líquida EASY-nLC 1200</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Coluna HPLC C18 EASY-Spray</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>ES902</td><td>2 & micro; m, 100&nbsp; &Aring;, 75 &micro; m x 25 cm</td></tr><tr><td>Script EpiProfile2.0</td><td>https://github.com/zfyuan/EpiProfile2.0_Family</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Software de Fiji</td><td>https://imagej.net/software/fiji/downloads</td><td></td><td></td></tr><tr><td>MATLAB</td><td>https://www.mathworks.com</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Mecanismo de busca MaxQuant</td><td>https://maxquant.net/maxquant/</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Pilão A (solto)</td><td>Dounce, Wheaton</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Pestel B (apertado)</td><td>Dounce, Wheaton</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Sistema LC-MS/MS Orbitrap Q Exactive Plus</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Roda giratória</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>11496548</td><td></td></tr><tr><td>Bisturi</td><td>Kiato</td><td>13010</td><td></td></tr><tr><td>Tesoura</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>15207266</td><td></td></tr><tr><td>Tapete de Vedação</td><td>Corning</td><td>AM-96-PCR-RD</td><td>Automação compatível</td></tr><tr><td>Centrífuga de rotor oscilante</td><td>Beckman coulter</td><td>Allegra X-15R</td><td></td></tr><tr><td>Compacto termomisturador</td><td>Eppendorf</td><td>5350</td><td></td></tr><tr><td>Vórtice</td><td>PBI</td><td>Vibromix</td><td></td></tr><tr><td>Software Xcalibur</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>OPTON-30965</td><td></td></tr></tbody></table>

extração de histonas de amostras clínicas para perfilamento epigenético por espectrometria de massa

Extraction of Histones from Clinical Specimens for Epigenetic Profiling by Mass Spectrometry

Extração de histonas de amostras clínicas para perfilamento epigenético por espectrometria de massa

Extensive experimental evidence supports the role of epigenetic mechanisms in cancer onset, progression, and recurrence. Among these, histone variants and ...

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Research

JoVE Journal

Cancer Research

Pesquisa sobre o Câncer

Ao combinar nativa e reticulação da cromatina imunoprecipitação com alta resolução de Espectrometria de Massa, ChroP abordagem permite a dissecar a arquitectura proteómica composto de histonas modificações, variantes e proteínas não-histonic sinergia na cromatina domínios funcionalmente distintos.

A Abordagem ChroP Combina chip e Espectrometria de Massa dissecar proteômica Paisagens Locus específicas da cromatina

Este protocolo descreve um fluxo de trabalho totalmente integrado para a caracterização de histonas modificações pós-traducionais, utilizando espectrometria de massa (MS). O fluxo de trabalho inclui a purificação histona de culturas de células ou tecidos, derivação histona e digestão, análise de MS utilizando cromatografia líquida de nano-fluxo e instruções para a análise de dados. O protocolo é projetado para a conclusão dentro de 2 - 3 dias.

Fluxo de trabalho completo para Análise de histona modificações pós-traducionais Usando Bottom-up Espectrometria de Massa: De histona Extração de Análise de Dados

O objetivo deste artigo é fornecer um guia abrangente, sistemático para a purificação eficiente das histonas H3 e H4 e quantificação dos resíduos de histona acetilado.

Purificação de H3 e H4 histona proteínas e a quantificação do Histone acetilado marcas em células e tecidos cerebrais

O protocolo foi desenvolvido para extrair efetivamente histonas intactas de materiais de folhas de sorgo para o perfil de modificações pós-translacionais de histona que podem servir como potenciais marcadores epigenéticos para ajudar as culturas resistentes à seca de engenharia.

Isolamento de Histone do tecido da folha de sorgo para perfil de espectrometria de massa de top down de potenciais marcadores epigenéticos

Este protocolo descreve como um sistema de cultura celular tridimensional pode ser usado para modelar, tratar e analisar modificações de cromatina em um estado quase fisiológico.

Quantificação de nível global de modificações pós-translacionais histone em um modelo de cultura celular 3D de tecido hepático

Um fluxo de trabalho analítico baseado em cromatografia líquida, espectrometria de mobilidade iônica aprisionada e espectrometria de massa por tempo de voo (LC-TIMS-ToF MS/MS) para alta confiança e análise "bottom-up" altamente reprodutível de modificações e identificação de histonas com base em parâmetros principais (tempo de retenção [TR], seção transversal de colisão [CCS] e relação massa-carga [m/z] precisa).

Triagem de modificação de histona usando cromatografia líquida, espectrometria de mobilidade iônica aprisionada e espectrometria de massa por tempo de voo

Este método descreve uma estratégia simples e rápida para caracterização e investigação de proteoformas de histonas.

Revelando proteoformas de histonas usando eletroforese em gel 2D-TAU

Aqui, apresentamos um protocolo para automatizar a análise de modificação pós-translacional de histonas de célula única usando uma estratégia de rotulagem isotópica de dois plexos e digestão com ArgC. Esse fluxo de trabalho permite um perfil quantitativo, reproduzível e de alta sensibilidade da heterogeneidade da cromatina e respostas epigenéticas em resolução de célula única.

Preparação Automatizada de Amostras para a Análise Multiplexada de Modificações Pós-Traducionais de Histonas de Célula Única (sc-hPTM2)

Aqui, apresentamos uma eletroforese em gel bidimensional (2DE) acoplada com espectrometria de massa (MS) para separar e identificar adenoma de hipófise humana tecido proteome, que apresenta um padrão de 2DE bom e reprodutíveis. Muitas proteínas são observadas em cada ponto de 2DE quando analisando proteome complexo de câncer com o uso de MS de alta sensibilidade.

Eletroforese em Gel bidimensional juntamente com métodos de espectrometria de massa para uma análise do proteoma de tecido humano Adenoma de hipófise

Obtenção de DNA genômico de alta qualidade dos tecidos de tumor é um primeiro passo essencial para a análise de alterações genéticas, utilizando a próxima geração de sequenciamento. Neste artigo, apresentamos um método simples e rápido para enriquecer as células do tumor e obter DNA intacto do toque espécimes de citologia de impressão.

Método simples e rápido para obter alta qualidade Tumor DNA de espécimes clínico-patológica usando toque citologia de impressão

Aprenda a extrair histonas de amostras clínicas para perfilamento epigenético por espectrometria de massa. Este método permite quantificar até 50 modificações pós-traducionais a partir de apenas 1000 células.

Extração de histonas de amostras clínicas para perfilamento epigenético por espectrometria de massa

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