Name: Usando listas de genes diferencialmente expressos em humanos para realizar análise de enriquecimento de vias a jusante e priorização de alvos (Vídeo) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-10-03T13:20:00.000+00:00
Duration: 3 min 8 s
Description: Aprenda a usar o algoritmo Pathway2Targets para priorizar alvos terapêuticos em câncer colorretal a partir de dados de RNA-seq. Este método computacional identifica vias de sinalização significativas e genes como EGFR, TP53 e AKT1.

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<ol><li>Dobin, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ultrafast+universal+RNA-seq+aligner%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Ultrafast universal RNA-seq aligner.</a> Bioinformatics. 29 (1), 15-21 (2013).</li>
<li>Kim, D., Paggi, J. M., Park, C., Bennett, C., Salzberg, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Graph-based+genome+alignment+and+genotyping+with+hisat2+and+hisat-genotype%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Graph-based genome alignment and genotyping with hisat2 and hisat-genotype.</a> Nat Biotechnol. 37 (8), 907-915 (2019).</li>
<li>Patro, R., Duggal, G., Love, M. I., Irizarry, R. A., Kingsford, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Salmon+provides+fast+and+bias-aware+quantification+of+transcript+expression%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Salmon provides fast and bias-aware quantification of transcript expression.</a> Nat Methods. 14 (4), 417-419 (2017).</li>
<li>Love, M. I., Huber, W., Anders, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Moderated+estimation+of+fold+change+and+dispersion+for+RNA-seq+data+with+DESeq2%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol%22%5BJournal%5D)">Moderated estimation of fold change and dispersion for RNA-seq data with DESeq2.</a> Genome Biol. 15 (12), 550(2014).</li>
<li>Ritchie, M. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Limma+powers+differential+expression+analyses+for+RNA-sequencing+and+microarray+studies%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Limma powers differential expression analyses for RNA-sequencing and microarray studies.</a> Nucleic Acids Res. 43 (7), e47(2015).</li>
<li>Robinson, M. D., McCarthy, D. J., Smyth, G. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Edger%3A+A+bioconductor+package+for+differential+expression+analysis+of+digital+gene+expression+data%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Edger: A bioconductor package for differential expression analysis of digital gene expression data.</a> Bioinformatics. 26 (1), 139-140 (2010).</li>
<li>Orjuela, S., Huang, R., Hembach, K. M., Robinson, M. D., Soneson, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Armor%3A+An+automated+reproducible+modular+workflow+for+preprocessing+and+differential+analysis+of+RNA-seq+data%5BTitle%5D)+AND+%22G3+%28Bethesda%29%22%5BJournal%5D)">Armor: An automated reproducible modular workflow for preprocessing and differential analysis of RNA-seq data.</a> G3 (Bethesda). 9 (7), 2089-2096 (2019).</li>
<li>Zhang, X., Jonassen, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rasflow%3A+An+RNA-seq+analysis+workflow+with+Snakemake%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Rasflow: An RNA-seq analysis workflow with Snakemake.</a> BMC Bioinformatics. 21 (1), 110(2020).</li>
<li>Bhardwaj, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Snakepipes%3A+Facilitating+flexible%2C+scalable%2C+and+integrative+epigenomic+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Snakepipes: Facilitating flexible, scalable, and integrative epigenomic analysis.</a> Bioinformatics. 35 (22), 4757-4759 (2019).</li>
<li>Chen, Y., Xu, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Drug+repurposing+for+glioblastoma+based+on+molecular+subtypes%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biomed+Inform%22%5BJournal%5D)">Drug repurposing for glioblastoma based on molecular subtypes.</a> J Biomed Inform. 64, 131-138 (2016).</li>
<li>Xu, Y., Kong, J., Hu, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Computational+drug+repurposing+for+Alzheimer%27s+disease+using+risk+genes+from+GWAS+and+single-cell+RNA+sequencing+studies%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Pharmacol%22%5BJournal%5D)">Computational drug repurposing for Alzheimer's disease using risk genes from GWAS and single-cell RNA sequencing studies.</a> Front Pharmacol. 12, 617537(2021).</li>
<li>Subramanian, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+next-generation+connectivity+map%3A+L1000+platform+and+the+first+1%2C000%2C000+profiles%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">A next-generation connectivity map: L1000 platform and the first 1,000,000 profiles.</a> Cell. 171 (6), 1437-1452.e17 (2017).</li>
<li>Wang, Z., Lachmann, A., Keenan, A. B., Ma'ayan, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((L1000fwd%3A+Fireworks+visualization+of+drug-induced+transcriptomic+signatures%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">L1000fwd: Fireworks visualization of drug-induced transcriptomic signatures.</a> Bioinformatics. 34 (12), 2150-2152 (2018).</li>
<li>Chan, J., Wang, X., Turner, J. A., Baldwin, N. E., Gu, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Breaking+the+paradigm%3A+Dr+insight+empowers+signature-free%2C+enhanced+drug+repurposing%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Breaking the paradigm: Dr insight empowers signature-free, enhanced drug repurposing.</a> Bioinformatics. 35 (16), 2818-2826 (2019).</li>
<li>Keenan, A. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+library+of+integrated+network-based+cellular+signatures+NIH+program%3A+System-level+cataloging+of+human+cells+response+to+perturbations%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Syst%22%5BJournal%5D)">The library of integrated network-based cellular signatures NIH program: System-level cataloging of human cells response to perturbations.</a> Cell Syst. 6 (1), 13-24 (2018).</li>
<li>Jackson, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transcriptomic+insights+into+gas6-induced+placental+dysfunction%3A+Gene+targets+for+preeclampsia+therapy%5BTitle%5D)+AND+%22Cells%22%5BJournal%5D)">Transcriptomic insights into gas6-induced placental dysfunction: Gene targets for preeclampsia therapy.</a> Cells. 14 (4), 278(2025).</li>
<li>Rapier-Sharman, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Secondary+transcriptomic+analysis+of+triple-negative+breast+cancer+reveals+reliable+universal+and+subtype-specific+mechanistic+markers%5BTitle%5D)+AND+%22Cancers+%28Basel%29%22%5BJournal%5D)">Secondary transcriptomic analysis of triple-negative breast cancer reveals reliable universal and subtype-specific mechanistic markers.</a> Cancers (Basel). 16 (19), 3379(2024).</li>
<li>Sutherland, L., Lang, J., Gonzalez-Juarbe, N., Pickett, B. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Secondary+analysis+of+human+bulk+RNA-seq+dataset+suggests+potential+mechanisms+for+letrozole+resistance+in+estrogen-positive+%28ER%2B%29+breast+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Issues+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Secondary analysis of human bulk RNA-seq dataset suggests potential mechanisms for letrozole resistance in estrogen-positive (ER+) breast cancer.</a> Curr Issues Mol Biol. 46 (7), 7114-7133 (2024).</li>
<li>Rapier-Sharman, N., Clancy, J., Pickett, B. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Joint+secondary+transcriptomic+analysis+of+non-Hodgkin%27s+B-cell+lymphomas+predicts+reliance+on+pathways+associated+with+the+extracellular+matrix+and+robust+diagnostic+biomarkers%5BTitle%5D)+AND+%22J+Bioinform+Syst+Biol%22%5BJournal%5D)">Joint secondary transcriptomic analysis of non-Hodgkin's B-cell lymphomas predicts reliance on pathways associated with the extracellular matrix and robust diagnostic biomarkers.</a> J Bioinform Syst Biol. 5 (4), 119-135 (2022).</li>
<li>Moreno, C., Bybee, E., Tellez Freitas, C. M., Pickett, B. E., Weber, K. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Meta-analysis+of+two+human+RNA-seq+datasets+to+determine+periodontitis+diagnostic+biomarkers+and+drug+target+candidates%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Mol+Sci%22%5BJournal%5D)">Meta-analysis of two human RNA-seq datasets to determine periodontitis diagnostic biomarkers and drug target candidates.</a> Int J Mol Sci. 23 (10), (2022).</li>
<li>Gray, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chikungunya+virus+time+course+infection+of+human+macrophages+reveals+intracellular+signaling+pathways+relevant+to+repurposed+therapeutics%5BTitle%5D)+AND+%22PeerJ%22%5BJournal%5D)">Chikungunya virus time course infection of human macrophages reveals intracellular signaling pathways relevant to repurposed therapeutics.</a> PeerJ. 10, e13090(2022).</li>
<li>Ochoa, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+next-generation+open+targets+platform%3A+Reimagined%2C+redesigned%2C+rebuilt%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">The next-generation open targets platform: Reimagined, redesigned, rebuilt.</a> Nucleic Acids Res. 51 (D1), D1353-D1359 (2023).</li>
<li>Dobbs Spendlove, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pathway2targets%3A+An+open-source+pathway-based+approach+to+repurpose+therapeutic+drugs+and+prioritize+human+targets%5BTitle%5D)+AND+%22PeerJ%22%5BJournal%5D)">Pathway2targets: An open-source pathway-based approach to repurpose therapeutic drugs and prioritize human targets.</a> PeerJ. 11, e16088(2023).</li>
<li>Li, Q. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-wide+profiling+in+colorectal+cancer+identifies+phf19+and+tbc1d16+as+oncogenic+super+enhancers%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Genome-wide profiling in colorectal cancer identifies phf19 and tbc1d16 as oncogenic super enhancers.</a> Nat Commun. 12 (1), 6407(2021).</li>
<li>Clough, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ncbi+geo%3A+Archive+for+gene+expression+and+epigenomics+data+sets%3A+23-year+update%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Ncbi geo: Archive for gene expression and epigenomics data sets: 23-year update.</a> Nucleic Acids Res. 52 (D1), D138-D144 (2024).</li>
<li>Katz, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+sequence+read+archive%3A+A+decade+more+of+explosive+growth%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">The sequence read archive: A decade more of explosive growth.</a> Nucleic Acids Res. 50 (D1), D387-D390 (2022).</li>
<li>Galaxy, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+galaxy+platform+for+accessible%2C+reproducible+and+collaborative+biomedical+analyses%3A+2022+update%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">The galaxy platform for accessible, reproducible and collaborative biomedical analyses: 2022 update.</a> Nucleic Acids Res. 50 (W1), W345-W351 (2022).</li>
<li>Tarca, A. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+novel+signaling+pathway+impact+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">A novel signaling pathway impact analysis.</a> Bioinformatics. 25 (1), 75-82 (2009).</li>
<li>Kanehisa, M., Furumichi, M., Tanabe, M., Sato, Y., Morishima, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Kegg%3A+New+perspectives+on+genomes%2C+pathways%2C+diseases+and+drugs%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Kegg: New perspectives on genomes, pathways, diseases and drugs.</a> Nucleic Acids Res. 45 (D1), D353-D361 (2017).</li>
<li>Gillespie, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Reactome+Pathway+Knowledgebase+2022%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">The Reactome Pathway Knowledgebase 2022.</a> Nucleic Acids Res. 50 (D1), D687-D692 (2022).</li>
<li>Li, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Construction+and+function+analysis+of+the+lncRNA-miRNA-mRNA+competing+endogenous+RNA+network+in+autoimmune+hepatitis%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Med+Genomics%22%5BJournal%5D)">Construction and function analysis of the lncRNA-miRNA-mRNA competing endogenous RNA network in autoimmune hepatitis.</a> BMC Med Genomics. 15 (1), 270(2022).</li>
<li>Subramanian, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Gene+set+enrichment+analysis%3A+A+knowledge-based+approach+for+interpreting+genome-wide+expression+profiles%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Gene set enrichment analysis: A knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 102 (43), 15545-15550 (2005).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Roteiro R Pathway2Targets</td><td>Universidade Brigham Young (Laboratório Pickett)</td><td>Versão 3.1</td><td>https://github.com/bpickett/Pathway2Targets/blob/main/Pathway2Targets.R</td></tr><tr><td>R Software</td><td>Rede Abrangente de Arquivos R (CRAN)</td><td>Versão: 4.4.3</td><td>https://cran.r-project.org</td></tr><tr><td>R Studio Desktop Software</td><td>Postular</td><td>Versão: 2024.12.1+563</td><td>https://posit.co/download/rstudio-desktop/</td></tr><tr><td>Script SPIA R</td><td>Universidade Brigham Young (Laboratório Pickett)</td><td>Versão: 3.1</td><td>https://github.com/bpickett/Pathway2Targets/blob/main/SPIA_Code.Rmd</td></tr></tbody></table>

usando listas de genes diferencialmente expressos em humanos para realizar análise de enriquecimento de vias a jusante e priorização de alvos

Using Human Differentially Expressed Gene Lists to Perform Downstream Pathway Enrichment Analysis and Target Prioritization

Usando listas de genes diferencialmente expressos em humanos para realizar análise de enriquecimento de vias a jusante e priorização de alvos

This protocol outlines a multi-step computational pipeline for identifying potential therapeutic targets from RNA-sequencing data, including installation ...

using-human-differentially-expressed-gene-lists-to-perform-downstream

Research

JoVE Journal

Biology

Biologia

Nós fornecemos um protocolo padronizado para a utilização da análise de enriquecimento conjunto do gene do transcriptomic de dados para identificar um modelo de mouse ideal para investigação de translação.Este protocolo pode ser usado com DNA microarray e dados de sequenciamento de RNA e mais pode ser estendido a outros dados omics se dados estão disponíveis.

Um protocolo para o uso de Gene definir análise de enriquecimento para identificar o modelo Animal adequado para investigação de translação

Este protocolo apresenta uma abordagem para a análise do transcriptoma toda de zebrafish embriões, larvas, ou células de classificados. Nós incluímos o isolamento do RNA, análise de caminho de dados de RNASeq e validação de qRT-PCR-baseados de mudanças de expressão do gene.

Preparação da amostra e análise de dados da expressão do Gene RNASeq-baseado de Zebrafish

Apresentado aqui é um protocolo para descobrir os genes condutores superexpressos mantendo as células-tronco de câncer estabelecidas derivadas de células HT29 colorretais. RNAseq com bioinformática disponível foi realizado para investigar e tela redes de expressão genética para elucidar um mecanismo potencial envolvido na sobrevivência de células tumorais direcionadas.

Descoberta de genes driver em tumores de câncer derivados de HT29 derivados do câncer colorretal

O protocolo aqui apresentado descreve um pipeline completo para analisar dados de transcriptome de sequenciamento de RNA desde leituras brutas até análises funcionais, incluindo etapas de controle de qualidade e pré-processamento para abordagens analíticas estatísticas avançadas.

Análise de transcriptome de alto rendimento para investigar interações host-pathogen

Desenvolvemos uma abordagem oncogenômica comparativa entre espécies utilizando análises genômicas e telas genômicas funcionais para identificar e comparar alvos terapêuticos em tumores surgidos em modelos de camundongos geneticamente modificados e o tipo de tumor humano correspondente.

Perfil Genético e Triagem de Abandono em Escala Genômica para Identificar Alvos Terapêuticos em Modelos Murinos de Tumor Maligno de Bainha de Nervo Periférico

Este protocolo descreve uma ferramenta útil para identificar alterações moleculares significativas no câncer e leva ao desenvolvimento de novas abordagens diagnósticas e terapêuticas para o carcinoma de células escamosas do esôfago.

Desenvolvimento de Compêndio para Carcinoma de Células Escamosas de Esôfago

Análise de Expressão Gênica Utilizando bacteriana Microarrays

Gene microarrays são ferramentas poderosas no perfil de expressão gênica ao nível do genoma. Esta tecnologia tem aplicação em uma variedade de disciplinas biológicas, incluindo biologia do desenvolvimento e toxicologia. Neste vídeo, detalhamos um protocolo para análise global de expressão gênica utilizando uma plataforma de microarray abrangente de oligonucleotídeos para o peixe-zebra.

Análise da expressão global de Gene usando uma plataforma Microarray Zebrafish Oligonucleotide

Este procedimento mostra como usar o sistema de Gene Pulser eletroporação MXcell rapidamente e facilmente identificar as melhores condições de eletroporação de fibroblastos de rato embrionárias (MEFs) ou outras células primárias. Considerações para solução de problemas também são discutidos no vídeo associado.

Usando o Sistema de Eletroporação Gene Pulser MXcell para transfectar pilhas com Alta Eficiência

Aqui estamos apresentando uma imunoprecipitação da cromatina (CHIP) procedimento para análise do genoma localização das isoformas de proteínas que diferem em um domínio de ligação de histonas. Estamos aplicando-a-CHIP Seq análise para identificar os alvos da demetilase KDM5A/JARID1A/RBP2 histonas.

Análise do genoma usando chip para identificar alvos isoforma específica Gene

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