Name: SCAnED - Uma macro de segmentação de pele de código aberto para detecção semiautomatizada de células e núcleos em compartimentos epidérmicos e dérmicos da pele (Vídeo) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-08-08T13:30:00.000+00:00
Duration: 6 min 34 s
Description: Aprenda a usar a macro SCAnED para segmentação semiautomatizada de células em seções de pele humana. Este método de código aberto melhora a precisão na análise de inflamação e câncer cutâneo sem exigir programação.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Lichtenberger, B. M., Kasper, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cellular+heterogeneity+and+microenvironmental+control+of+skin+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22J+Intern+Med%22%5BJournal%5D)">Cellular heterogeneity and microenvironmental control of skin cancer.</a> J Intern Med. 289 (5), 614-628 (2021).</li>
<li>Watt, F. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mammalian+skin+cell+biology%3A+at+the+interface+between+laboratory+and+clinic%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Mammalian skin cell biology: at the interface between laboratory and clinic.</a> Science. 346 (6212), 937-940 (2014).</li>
<li>Bergstresser, P. R., Pariser, R. J., Taylor, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Counting+and+sizing+of+epidermal+cells+in+normal+human+skin%5BTitle%5D)+AND+%22J+Invest+Dermatol%22%5BJournal%5D)">Counting and sizing of epidermal cells in normal human skin.</a> J Invest Dermatol. 70 (5), 280-284 (1978).</li>
<li>Régnier, M., Patwardhan, A., Scheynius, A., Schmidt, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Reconstructed+human+epidermis+composed+of+keratinocytes%2C+melanocytes+and+Langerhans+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Med+Biol+Eng+Comput%22%5BJournal%5D)">Reconstructed human epidermis composed of keratinocytes, melanocytes and Langerhans cells.</a> Med Biol Eng Comput. 36 (6), 821-824 (1998).</li>
<li>Régnier, M., Staquet, M. J., Schmitt, D., Schmidt, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integration+of+Langerhans+cells+into+a+pigmented+reconstructed+human+epidermis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Invest+Dermatol%22%5BJournal%5D)">Integration of Langerhans cells into a pigmented reconstructed human epidermis.</a> J Invest Dermatol. 109 (4), 510-512 (1997).</li>
<li>Bankhead, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((QuPath%3A+Open+source+software+for+digital+pathology+image+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">QuPath: Open source software for digital pathology image analysis.</a> Sci Rep. 7 (1), 16878(2017).</li>
<li>McQuin, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((CellProfiler+3.0%3A+Next-generation+image+processing+for+biology%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Biol%22%5BJournal%5D)">CellProfiler 3.0: Next-generation image processing for biology.</a> PLoS Biol. 16 (7), e2005970(2018).</li>
<li>Berg, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ilastik%3A+interactive+machine+learning+for+%28bio%29image+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">ilastik: interactive machine learning for (bio)image analysis.</a> Nat Methods. 16 (12), 1226-1232 (2019).</li>
<li>Schindelin, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fiji%3A+an+open-source+platform+for+biological-image+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Fiji: an open-source platform for biological-image analysis.</a> Nat Methods. 9 (7), 676-682 (2012).</li>
<li>Schmidt, U., Weigert, M., Broaddus, C., Myers, G. Cell detection with star-convex polygons. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aSchmidt%2C+U+%22Medical+Image+Computing+and+Computer+Assisted+Intervention+-+MICCAI+2018%22">Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention - MICCAI 2018</a>. Frangi, A., Schnabel, J., Davatzikos, C., Alberola-Lopez, C., Fichtinger, G. 11071, Springer. Cham. Lecture notes in Computer Science 265-273 (2018).</li>
<li>Google Colab. , Google. 
 <a target="_blank" href="https://colab.research.google.com/">https://colab.research.google.com/</a> (2025).</li>
<li>Balsini, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stiffness-dependent+lysyl+oxidase+regulation+through+hypoxia-inducing+factor+1+drives+extracellular+matrix+modifications+in+psoriasis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Invest+Dermatol%22%5BJournal%5D)">Stiffness-dependent lysyl oxidase regulation through hypoxia-inducing factor 1 drives extracellular matrix modifications in psoriasis.</a> J Invest Dermatol. 1145 (7), 1653-1669.e10 (2024).</li>
<li>Mahrle, G., Bolling, R., Osborn, M., Weber, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Intermediate+filaments+of+the+vimentin+and+prekeratin+type+in+human+epidermis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Invest+Dermatol%22%5BJournal%5D)">Intermediate filaments of the vimentin and prekeratin type in human epidermis.</a> J Invest Dermatol. 81 (1), 46-48 (1983).</li>
<li>de Waal, R. M., Semeijn, J. T., Cornelissen, M. H., Ramaekers, F. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Epidermal+Langerhans+cells+contain+intermediate-sized+filaments+of+the+vimentin+type%3A+an+immunocytologic+study%5BTitle%5D)+AND+%22J+Invest+Dermatol%22%5BJournal%5D)">Epidermal Langerhans cells contain intermediate-sized filaments of the vimentin type: an immunocytologic study.</a> J Invest Dermatol. 82 (6), 602-604 (1984).</li>
<li>Bata-Csorgo, Z., Hammerberg, C., Voorhees, J. J., Cooper, K. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Flow+cytometric+identification+of+proliferative+subpopulations+within+normal+human+epidermis+and+the+localization+of+the+primary+hyperproliferative+population+in+psoriasis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Med%22%5BJournal%5D)">Flow cytometric identification of proliferative subpopulations within normal human epidermis and the localization of the primary hyperproliferative population in psoriasis.</a> J Exp Med. 178 (4), 1271-1281 (1993).</li>
<li>Nakamura, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Expression+of+CD90+on+keratinocyte+stem%2Fprogenitor+cells%5BTitle%5D)+AND+%22British+Journal+of+Dermatology%22%5BJournal%5D)">Expression of CD90 on keratinocyte stem/progenitor cells.</a> British Journal of Dermatology. 154, 1062-1070 (2006).</li>
<li>Wetzel, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Increased+neutrophil+adherence+in+psoriasis%3A+role+of+the+human+endothelial+cell+receptor+Thy-1+%28CD90%29%5BTitle%5D)+AND+%22J+Invest+Dermatol%22%5BJournal%5D)">Increased neutrophil adherence in psoriasis: role of the human endothelial cell receptor Thy-1 (CD90).</a> J Invest Dermatol. 126 (2), 441-452 (2006).</li>
<li>RRID:SCR_018350. , Indica Labs. 
 <a target="_blank" href="https://www.indicalab.com/halo/">https://www.indicalab.com/halo/</a> (2025).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>0,3% Triton X&nbsp;</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>T9284</td><td></td></tr><tr><td>BSA (albumina sérica bovina)</td><td>Sigma Aldrich</td><td></td><td></td></tr><tr><td>CD90</td><td>Sinalização celular</td><td>D3V8A</td><td></td></tr><tr><td>DAPI&nbsp;</td><td>Roche</td><td>10236276001</td><td></td></tr><tr><td>Água desionizada</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>E-cadherina&nbsp;</td><td>Abcam</td><td>ab1416</td><td></td></tr><tr><td>Meio de montagem por fluorescência &nbsp;</td><td>Dako</td><td>S3023</td><td></td></tr><tr><td>Anticorpo secundário Cross-Adsorbed IgG1 anti-camundongo, Alexa Fluor 488&nbsp; (AF 488 anti-rato)</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>A-21121</td><td></td></tr><tr><td>Anticorpo secundário anti-camundongo IgG2a adsorvido cruzadamente, Alexa Fluor 647 (AF 647 anti-rato)</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>A-21241</td><td></td></tr><tr><td>Anticorpo secundário anti-coelho IgG (H+L) adsorbido cruzadamente para cabras, Alexa Fluor 568 (AF 568 anti-coelho)</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>A-11011</td><td></td></tr><tr><td>Soro de cabra&nbsp;</td><td>Agilent Technologies & Ouml; sterreich GmbH, Dako</td><td>X0907</td><td></td></tr><tr><td>PBS&nbsp;</td><td>Gibco</td><td>14190-094</td><td></td></tr><tr><td>Vimentin&nbsp;</td><td>Dako</td><td>M7020</td><td></td></tr><tr><td><forte>Materiais</resistente></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Caixa de câmara (caixa úmida)</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Coversslip&nbsp;</td><td>Thermo Fisher</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Caneta marcadora deslizante repelente de líquidos para coloração (hidrofóbica) & nbsp;</td><td>Daido Sangyo</td><td>Z377821</td><td>24x50mm</td></tr><tr><td><forte>Soluções</forte></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Buffer de permeabilização (0,3% Triton X em PBS) & nbsp;</td><td></td><td></td><td>Consulte a Tabela 2</td></tr><tr><td>Buffer de coloração (2% BSA em PBS) & nbsp;</td><td></td><td></td><td>Consulte a Tabela 2</td></tr><tr><td><forte>Software e Conjuntos de Dados</forte></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Microscópio de varredura a laser confocal &nbsp;</td><td>Olimpo</td><td>FV3000 baseado no IX83 invertido</td><td>equipado com um objetivo 10x (NA 0,4), 4 linhas laser (405 nm, 488 nm, 561 nm, 640 nm, coerente)</td></tr><tr><td>Fiji (ImageJ)&nbsp;</td><td></td><td>V1.54h</td><td></td></tr><tr><td>Google Colab</td><td>Google</td><td></td><td></td></tr><tr><td>GraphPad Prism&nbsp;</td><td>GraphPad Software Inc.</td><td>Prisma 10</td><td>para análise estatística adicional</td></tr><tr><td>HALO</td><td>Indica Labs</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Programa em Python</td><td></td><td>Python 3.11.12</td><td></td></tr><tr><td>QuPath</td><td>software aberto (Bankhead, P. et al, https://doi.org/10.1038/s41598-017-17204-5)</td><td>v0.5.1</td><td></td></tr><tr><td>StarDist</td><td></td><td></td><td>Instalar a versão da CPU TF1.15.0</td></tr></tbody></table>

scaned - uma macro de segmentação de pele de código aberto para detecção semiautomatizada de células e núcleos em compartimentos epidérmicos e dérmicos da pele

SCAnED - An Open-source Skin Segmentation Macro for Semi-automated Cell and Nuclei Detection in Epidermal and Dermal Skin Compartments

Em um estudo anterior, usamos com sucesso o SCAnED para detectar e quantificar células e níveis de expressão de lisil oxidase (LOX), uma proteína citoplasmática, e o fator de transcrição hipóxia-induzível 1 (HIF-1) em células dentro da derme da pele humana12 , destacando a aplicabilidade dessa ferramenta para pesquisa da pele.
Para avaliar ainda mais a precisão de nossa macro de segmentação da pele na identificação de células e núcleos nos compartimentos epidérmico e dé...

SCAnED - Uma macro de segmentação de pele de código aberto para detecção semiautomatizada de células e núcleos em compartimentos epidérmicos e dérmicos da pele

The spatial distribution of immune and non-immune cells within tissues and the expression of cell-specific markers provides essential information on cell ...

scaned-an-open-source-skin-segmentation-macro-for-semi-automated-cell

Research

JoVE Journal

Biology

Biologia

Xenopus embrionárias epitélios são um sistema modelo ideal para estudar os comportamentos das células, como o desenvolvimento de polaridade e mudar de forma durante a morfogênese epitelial. Histologia tradicional de amostras fixa é cada vez mais sendo complementado por live-célula de imagem confocal. Aqui nós demonstrar os métodos para isolar os tecidos de rã e visualizar ao vivo as células epiteliais e seus citoesqueleto usando live-célula microscopia confocal.

Em células vivas, Imagem e Análise Quantitativa de células embrionárias epiteliais em Xenopus laevis</em

Fonte: Hamid, H. S., et al. Imagem tridimensional e análise de mitocôndrias dentro de fibras nervosas intraepidérmicas humanas. J. Vis. Exp. (2017) Este vídeo demonstra o método para visualizar mitocôndrias específicas do nervo usando imagens tridimensionais. Ele descreve o processo de aquisição de varreduras sequenciais de fibras nervosas intraepidérmicas pré-marcadas e geração de imagens de superfície 3D para isolar e exibir mitocôndrias em relação às estruturas nervosas.

Visualização de mitocôndrias dentro das fibras nervosas intraepidérmicas

É apresentada uma estratégia para analisar quantitativamente os dados histológicos na medula óssea. A microscopia confocal de células marcadas com fluorescência em seções de tecido resulta em imagens bidimensionais, que são analisadas automaticamente. As análises de co-localização de diferentes tipos de células são comparadas com dados de imagens simuladas, fornecendo informações quantitativas sobre as interações celulares.

Automated Quantificação de células hematopoiéticas - Interações de células estromais em imagens histológicas de osso não descalcificadas

Este protocolo usa tridimensional (3D) de imagem e análise técnicas para visualizar e quantificar mitocôndrias nervo específico. As técnicas são aplicáveis a outras situações onde um sinal fluorescente é usado para isolar um subconjunto de dados de outro sinal fluorescente.

Imagem tridimensional e análise de mitocôndrias dentro as fibras nervosas intraepidérmicas humana

Aqui descrevemos um protocolo para a segmentação automática de tecidos fluorescente etiquetadas em slides utilizando um sistema de análise de alto teor widefield (WHCAS). Este protocolo tem aplicações abrangentes em qualquer campo que envolve a quantificação de marcadores fluorescentes em tecidos biológicos, incluindo as ciências biológicas, engenharia médica e Ciências da saúde.

Digitalização de slides automatizado e segmentação em tecidos fluorescente-rotulado, usando um sistema de análise de Widefield alto teor

O método aqui apresentado utiliza micropadronização em conjunto com a imagem quantitativa para revelar a organização espacial dentro das culturas de mamíferos. A técnica é fácil de estabelecer em um laboratório de biologia celular padrão e oferece um sistema tratável para estudar padronização in vitro.

Mapeando a organização espacial emergente de células de mamíferos usando Micropatterns e imagens quantitativas

Apresentamos um fluxo de trabalho livremente disponível construído para rápida exploração e análise precisa de corpos celulares em compartimentos celulares específicos em imagens de microscopia de fluorescência. Este fluxo de trabalho fácil de usar é projetado no software de código aberto Icy e também usa funcionalidades ImageJ. O gasoduto é acessível sem conhecimento em análise de imagens.

Analisador de subestrutura: Um fluxo de trabalho fácil de usar para exploração rápida e análise precisa de corpos celulares em imagens de microscopia de fluorescência

Apresentamos um método, que utiliza uma abordagem de análise de imagem generalizada baseada em área para identificar a contagem de células. A análise de diferentes populações celulares explorou as diferenças significativas de altura celular e estrutura entre tipos de células distintas dentro de um algoritmo adaptativo.

Algoritmo de análise de imagem baseado em área para quantificação de coculturas de macênfago-fibroblasto

A combinação de multiplexidade iterativa de branqueamento (IBEX) e um ensaio comercial de marcação de nucleotídeos (Click-iT EdU) permite a detecção e categorização de tipos de células em divisão em processos altamente dinâmicos em seções fixas de tecido murino congelado. Além disso, um novo pipeline de processamento de imagens de código aberto fornece aquisição e análise de imagens de alto rendimento.

Fluxo de trabalho de imagem e análise de alto rendimento para avaliar fenótipos de células da pele e estados de proliferação em amostras de tecido

Este protocolo apresenta um método comparativo para avaliar características estomáticas e epidérmicas em duas espécies distintas, utilizando peelings epidérmicos, técnicas de limpeza e análise de imagem assistida por IA. O objetivo é possibilitar a quantificação reprodutível e de alta capacidade das estruturas celulares subjacentes à função estomática para aplicações agrícolas e pesquisas amplas sobre plantas.

Caracterização de Características Estomáticas e Epidérmicas Usando Peelings, Clearing e Análise de Imagens Baseadas em IA

Aprenda a usar a macro SCAnED para segmentação semiautomatizada de células em seções de pele humana. Este método de código aberto melhora a precisão na análise de inflamação e câncer cutâneo sem exigir programação.

SCAnED - Uma macro de segmentação de pele de código aberto para detecção semiautomatizada de células e núcleos em compartimentos epidérmicos e dérmicos da pele (Vídeo) | JoVE Journal

SCAnED - Uma macro de segmentação de pele de código aberto para detecção semiautomatizada de células e núcleos em compartimentos epidérmicos e dérmicos da pele

Explorar mais vídeos