Name: Análise automatizada de imagens de fluorescência de C. elegans usando SegElegans (Vídeo) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-10-10T14:05:00.000+00:00
Duration: 6 min 27 s
Description: Aprenda a usar SegElegans para segmentação automatizada de C. elegans em imagens de microscopia de campo amplo. Este sistema de aprendizado profundo reduz o tempo de análise de 245 para menos de 60 segundos, mantendo acurácia superior a 93%.

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<ol><li>Kaletta, T., Hengartner, M. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Finding+function+in+novel+targets%3A+C.+elegans+as+a+model+organism%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Drug+Discov%22%5BJournal%5D)">Finding function in novel targets: C. elegans as a model organism.</a> Nat Rev Drug Discov. 5 (5), 387-398 (2006).</li>
<li>Markaki, M., Tavernarakis, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Caenorhabditis+elegans+as+a+model+system+for+human+diseases%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Caenorhabditis elegans as a model system for human diseases.</a> Curr Opin Biotechnol. 63, 118-125 (2020).</li>
<li>Zuryn, S. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((elegans+as+a+model+for+health+and+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Semin+Cell+Dev+Biol%22%5BJournal%5D)">elegans as a model for health and disease.</a> Semin Cell Dev Biol. 154 (Pt A), 1-3 (2024).</li>
<li>Corsi, A. K., Wightman, B., Chalfie, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+transparent+window+into+biology%3A+A+primer+on+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22WormBook%22%5BJournal%5D)">A transparent window into biology: A primer on Caenorhabditis elegans.</a> WormBook. , 1-31 (2015).</li>
<li>Kerr, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Imaging+the+activity+of+neurons+and+muscles%5BTitle%5D)+AND+%22WormBook%22%5BJournal%5D)">Imaging the activity of neurons and muscles.</a> WormBook. , 1-13 (2006).</li>
<li>Feinberg, E. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((GFP+reconstitution+across+synaptic+partners+%28GRASP%29+defines+cell+contacts+and+synapses+in+living+nervous+systems%5BTitle%5D)+AND+%22Neuron%22%5BJournal%5D)">GFP reconstitution across synaptic partners (GRASP) defines cell contacts and synapses in living nervous systems.</a> Neuron. 57 (3), 353-363 (2008).</li>
<li>Hammarlund, M., Jin, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Axon+regeneration+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Neurobiol%22%5BJournal%5D)">Axon regeneration in C. elegans.</a> Curr Opin Neurobiol. 27, 199-207 (2014).</li>
<li>Daniele, J. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((UPR%28ER%29+promotes+lipophagy+independent+of+chaperones+to+extend+life+span%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Adv%22%5BJournal%5D)">UPR(ER) promotes lipophagy independent of chaperones to extend life span.</a> Sci Adv. 6 (1), eaaz1441(2020).</li>
<li>Yemini, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((NeuroPAL%3A+A+multicolor+atlas+for+whole-brain+neuronal+identification+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">NeuroPAL: A multicolor atlas for whole-brain neuronal identification in C. elegans.</a> Cell. 184 (1), 272-288.e11 (2021).</li>
<li>Sinnige, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Kinetic+analysis+reveals+that+independent+nucleation+events+determine+the+progression+of+polyglutamine+aggregation+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Kinetic analysis reveals that independent nucleation events determine the progression of polyglutamine aggregation in C. elegans.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 118 (11), e2021888118(2021).</li>
<li>Gkikas, I., Daskalaki, I., Kounakis, K., Tavernarakis, N., Lionaki, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MitoSNARE+assembly+and+disassembly+factors+regulate+basal+autophagy+and+aging+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Mol+Sci%22%5BJournal%5D)">MitoSNARE assembly and disassembly factors regulate basal autophagy and aging in C. elegans.</a> Int J Mol Sci. 24 (4), 4230(2023).</li>
<li>Kutscher, L. M., Shaham, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Forward+and+reverse+mutagenesis+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22WormBook%22%5BJournal%5D)">Forward and reverse mutagenesis in C. elegans.</a> WormBook. , 1-26 (2014).</li>
<li>Praitis, V., Maduro, M. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transgenesis+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Transgenesis in C. elegans.</a> Methods Cell Biol. 106, 161-185 (2011).</li>
<li>Kim, H. M., Colaiacovo, M. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((CRISPR-Cas9-guided+genome+engineering+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Protoc+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">CRISPR-Cas9-guided genome engineering in Caenorhabditis elegans.</a> Curr Protoc Mol Biol. 129 (1), e106(2019).</li>
<li>Kamath, R. S., Ahringer, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-wide+RNAi+screening+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Methods%22%5BJournal%5D)">Genome-wide RNAi screening in Caenorhabditis elegans.</a> Methods. 30 (4), 313-321 (2003).</li>
<li>Lai, C. H., Chou, C. Y., Ch'ang, L. Y., Liu, C. S., Lin, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+novel+human+genes+evolutionarily+conserved+in+Caenorhabditis+elegans+by+comparative+proteomics%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Res%22%5BJournal%5D)">Identification of novel human genes evolutionarily conserved in Caenorhabditis elegans by comparative proteomics.</a> Genome Res. 10 (5), 703-713 (2000).</li>
<li>Kuwabara, P. E., O'Neil, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+use+of+functional+genomics+in+C.+elegans+for+studying+human+development+and+disease%5BTitle%5D)+AND+%22J+Inherit+Metab+Dis%22%5BJournal%5D)">The use of functional genomics in C. elegans for studying human development and disease.</a> J Inherit Metab Dis. 24 (2), 127-138 (2001).</li>
<li>Ranganathan, R., Sawin, E. R., Trent, C., Horvitz, H. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mutations+in+the+Caenorhabditis+elegans+serotonin+reuptake+transporter+MOD-5+reveal+serotonin-dependent+and+-independent+activities+of+fluoxetine%5BTitle%5D)+AND+%22J+Neurosci%22%5BJournal%5D)">Mutations in the Caenorhabditis elegans serotonin reuptake transporter MOD-5 reveal serotonin-dependent and -independent activities of fluoxetine.</a> J Neurosci. 21 (16), 5871-5884 (2001).</li>
<li>Lackner, M. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chemical+genetics+identifies+Rab+geranylgeranyl+transferase+as+an+apoptotic+target+of+farnesyl+transferase+inhibitors%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Cell%22%5BJournal%5D)">Chemical genetics identifies Rab geranylgeranyl transferase as an apoptotic target of farnesyl transferase inhibitors.</a> Cancer Cell. 7 (4), 325-336 (2005).</li>
<li>Yoon, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microfluidics+in+high-throughput+drug+screening%3A+Organ-on-a-chip+and+C.+elegans-based+innovations%5BTitle%5D)+AND+%22Biosensors+%28Basel%29%22%5BJournal%5D)">Microfluidics in high-throughput drug screening: Organ-on-a-chip and C. elegans-based innovations.</a> Biosensors (Basel). 14 (1), 55(2024).</li>
<li>Schindelin, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fiji%3A+An+open-source+platform+for+biological-image+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Fiji: An open-source platform for biological-image analysis.</a> Nat Methods. 9 (7), 676-682 (2012).</li>
<li>Schindelin, J., Rueden, C. T., Hiner, M. C., Eliceiri, K. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+ImageJ+ecosystem%3A+An+open+platform+for+biomedical+image+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Reprod+Dev%22%5BJournal%5D)">The ImageJ ecosystem: An open platform for biomedical image analysis.</a> Mol Reprod Dev. 82 (7-8), 518-529 (2015).</li>
<li>Rueden, C. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ImageJ2%3A+ImageJ+for+the+next+generation+of+scientific+image+data%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">ImageJ2: ImageJ for the next generation of scientific image data.</a> BMC Bioinformatics. 18 (1), 529(2017).</li>
<li>Valente, A. J., Maddalena, L. A., Robb, E. L., Moradi, F., Stuart, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+simple+ImageJ+macro+tool+for+analyzing+mitochondrial+network+morphology+in+mammalian+cell+culture%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Histochem%22%5BJournal%5D)">A simple ImageJ macro tool for analyzing mitochondrial network morphology in mammalian cell culture.</a> Acta Histochem. 119 (3), 315-326 (2017).</li>
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<li>Exploring deep learning architectures in NAECON 2018. Proc IEEE NAECON. Alom, M. Z., Yakopcic, C., Taha, T. M., Asari, V. K. IEEE National Aerospace and Electronics Conference, , 228-233 (2018).</li>
<li>Micallef, N., Seychell, D., Bajada, C. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exploring+the+U-Net%2B%2B+model+for+automatic+brain+tumor+segmentation%5BTitle%5D)+AND+%22IEEE+Access%22%5BJournal%5D)">Exploring the U-Net++ model for automatic brain tumor segmentation.</a> IEEE Access. 9, 125523-125539 (2021).</li>
<li>Plebani, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-throughput+segmentation+of+unmyelinated+axons+by+deep+learning%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">High-throughput segmentation of unmyelinated axons by deep learning.</a> Sci Rep. 12 (1), 1198(2022).</li>
<li>Fudickar, S., Nustede, E. J., Dreyer, E., Bornhorst, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mask+R-CNN+based+C.+elegans+detection+with+a+DIY+microscope%5BTitle%5D)+AND+%22Biosensors+%28Basel%29%22%5BJournal%5D)">Mask R-CNN based C. elegans detection with a DIY microscope.</a> Biosensors (Basel). 11 (8), 257(2021).</li>
<li>Lalit, M., Tomancak, P., Jug, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((EmbedSeg%3A+Embedding-based+instance+segmentation+for+biomedical+microscopy+data%5BTitle%5D)+AND+%22Med+Image+Anal%22%5BJournal%5D)">EmbedSeg: Embedding-based instance segmentation for biomedical microscopy data.</a> Med Image Anal. 81, 102523(2022).</li>
<li>Layana Castro, P. E., Garvi, A. G., Sanchez-Salmeron, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Automatic+segmentation+of+Caenorhabditis+elegans+skeletons+in+worm+aggregations+using+improved+U-Net+in+low-resolution+image+sequences%5BTitle%5D)+AND+%22Heliyon%22%5BJournal%5D)">Automatic segmentation of Caenorhabditis elegans skeletons in worm aggregations using improved U-Net in low-resolution image sequences.</a> Heliyon. 9 (4), e14715(2023).</li>
<li>A convolutional neural network model for worm imaging in 2020. Proc IEEE ISBI. Chen, L., et al. IEEE 17th International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI), , 508-512 (2020).</li>
<li>Guan, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cell+lineage-resolved+embryonic+morphological+map+reveals+signaling+associated+with+cell+fate+and+size+asymmetry%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Cell lineage-resolved embryonic morphological map reveals signaling associated with cell fate and size asymmetry.</a> Nat Commun. 16 (1), 3700(2025).</li>
<li>Cao, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Establishment+of+a+morphological+atlas+of+the+Caenorhabditis+elegans+embryo+using+deep-learning-based+4D+segmentation%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Establishment of a morphological atlas of the Caenorhabditis elegans embryo using deep-learning-based 4D segmentation.</a> Nat Commun. 11 (1), 6254(2020).</li>
<li>Zhao, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((EmbSAM%3A+Cell+boundary+localization+and+Segment+Anything+Model+for+fast+images+of+developing+embryos%5BTitle%5D)+AND+%22bioRxiv%22%5BJournal%5D)">EmbSAM: Cell boundary localization and Segment Anything Model for fast images of developing embryos.</a> bioRxiv. , (2024).</li>
<li>Castro, P. E. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SegElegans%3A+Instance+segmentation+using+dual+convolutional+recurrent+neural+network+decoder+in+Caenorhabditis+elegans+microscopic+images%5BTitle%5D)+AND+%22Comput+Biol+Med%22%5BJournal%5D)">SegElegans: Instance segmentation using dual convolutional recurrent neural network decoder in Caenorhabditis elegans microscopic images.</a> Comput Biol Med. 190, 110012(2025).</li>
<li>Trebing, K., Stańczyk, T., Mehrkanoon, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SmaAt-UNet%3A+Precipitation+nowcasting+using+a+small+attention-UNet+architecture%5BTitle%5D)+AND+%22Pattern+Recognit+Lett%22%5BJournal%5D)">SmaAt-UNet: Precipitation nowcasting using a small attention-UNet architecture.</a> Pattern Recognit Lett. 145, 178-186 (2021).</li>
<li>Woo, S., Park, J., Lee, J. Y., Kweon, I. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((CBAM%3A+Convolutional+block+attention+module%5BTitle%5D)+AND+%22arXiv%22%5BJournal%5D)">CBAM: Convolutional block attention module.</a> arXiv. , (2018).</li>
<li>Shi, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Convolutional+LSTM+network%3A+A+machine+learning+approach+for+precipitation+nowcasting%5BTitle%5D)+AND+%22arXiv%22%5BJournal%5D)">Convolutional LSTM network: A machine learning approach for precipitation nowcasting.</a> arXiv. , (2015).</li>
<li>Stuhr, N. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rapid+lipid+quantification+in+Caenorhabditis+elegans+by+Oil+Red+O+and+Nile+Red+staining%5BTitle%5D)+AND+%22Bio+Protoc%22%5BJournal%5D)">Rapid lipid quantification in Caenorhabditis elegans by Oil Red O and Nile Red staining.</a> Bio Protoc. 12 (5), e4340(2022).</li>
<li>Kuzmic, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+situ+visualization+of+carbonylation+and+its+co-localization+with+proteins%2C+lipids%2C+DNA+and+RNA+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Free+Radic+Biol+Med%22%5BJournal%5D)">In situ visualization of carbonylation and its co-localization with proteins, lipids, DNA and RNA in Caenorhabditis elegans.</a> Free Radic Biol Med. 101, 465-474 (2016).</li>
<li>Fang, E. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+vitro+and+in+vivo+detection+of+mitophagy+in+human+cells%2C+C.+elegans%2C+and+mice%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">In vitro and in vivo detection of mitophagy in human cells, C. elegans, and mice.</a> J Vis Exp. (129), e56301(2017).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Computador com acesso à internet (exemplo: Dell Vostro Desktop)</td><td>Vários (Dell, por exemplo)</td><td>&nbsp;-</td><td>Isso permitirá rodar SegElegans online via computação em nuvem conforme recomendado e usando softwares de análise de imagem como o ImageJ.</td></tr><tr><td>Unidade de Processamento Gráfico compatível com CUDA com pelo menos 6 GB de VRAM (exemplo: MSI Geforce RTX&nbsp; RTX3050 Ventus 2X 6GB) (Opcional)</td><td>NVIDIA + vários fabricantes (Micro Star International, por exemplo)</td><td>https://developer.nvidia.com/cuda-gpus</td><td>Isso permitirá rodar SegElegans offline em uma máquina local. chipsets de GPU compatíveis com CUDA podem ser encontrados aqui: https://developer.nvidia.com/cuda-gpus A VRAM depende da implementação real do chipset em uma GPU pelo fabricante. AVISO: Você precisará de uma placa CUDA cara e poderosa muito além dos requisitos mínimos (16+ GB de VRAM) para igualar o desempenho alcançado pela versão de computação em nuvem.</td></tr><tr><td>Microscópio de Epifluorescência (Invitrogen EVOS FL Auto 2)</td><td>ThermoFisher Scientific&nbsp;</td><td>AMAFD2000, por exemplo</td><td>Recomendamos o uso de um sistema que possa adquirir automaticamente imagens tanto de campo claro quanto de um ou mais canais de fluorescência quase simultaneamente.</td></tr><tr><td>ImageJ (Opcional)</td><td>NIH</td><td>https://imagej.net/software/fiji/downloads</td><td>Recomendamos a distribuição de Fiji, disponível aqui: https://imagej.net/software/fiji/downloads</td></tr><tr><td>PC com compatibilidade com GPU NVIDIA (exemplo: Dell Vostro Desktop) (Opcional)&nbsp;</td><td>Vários (Dell, por exemplo)</td><td>&nbsp;-</td><td>Isso é necessário em conjunto com a GPU para rodar SegElegans offline em uma máquina local. Uma GPU exigirá hardware compatível com Windows com os slots PCI apropriados na placa-mãe, espaço para acomodar a placa e uma fonte de alimentação suficientemente potente.</td></tr><tr><td>SegElegans</td><td>-</td><td>https://github.com/KonstantinosKounakis/SegElegansOnline/tree/v1.0&nbsp;</td><td>Veja o manuscrito para instruções completas.</td></tr></tbody></table>

análise automatizada de imagens de fluorescência de c. elegans usando segelegans

Automated Analysis of C. elegans Fluorescence Images using SegElegans

Análise automatizada de imagens de fluorescência de C. elegans usando SegElegans

Microscopy, particularly of the fluorescent kind, is a frequently used tool in C. elegans research. The analysis of data from microscopy experiments can, ...

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Research

JoVE Journal

Biology

Biologia

Relata-se o desenvolvimento de um sistema automatizado para geração de imagens e análise de zebrafish embriões transgênicos em placas de vários poços. Isso demonstra a capacidade de medir os efeitos dose-dependente de uma pequena molécula, BCI, na expressão do gene Fator de Crescimento de Fibroblastos repórter e fornecer tecnologia para o estabelecimento de high-throughput telas química zebrafish.

Desenvolvimento de imagem automatizada e análise química para as telas de zebrafish.

Imagem C. elegans Os embriões utilizando um microscópio de epifluorescência e Software de Código Aberto

A abundância de receptores de neurotransmissores nas sinapses cluster influencia fortemente a força sináptica. Este método quantifica receptores de neurotransmissores fluorescente-etiquetados em três dimensões com um único sinapse resolução...

Quantificação automatizada de fluorescência em Synaptic<em&gt; C. elegans</em

Temos desenvolvido um vídeo taxa de sistema de microscópio de rastreamento que pode gravar e...

C. elegans Acompanhamento e Medição do Comportamento

Este vídeo descreve o uso de software de vídeo e rastreamento para registrar o movimento do verme em uma arena. O protocolo de exemplo mede o efeito da exposição ao etanol na locomoção do verme.

C. elegans Rastreamento de movimento: um método para avaliar a locomoção em vermes

Uma metodologia eficiente e simples para a análise baseada em computador do comportamento de natação nematóide em líquido é descrito. O método requer pouco ou nenhum investimento para C. elegans laboratórios. O hardware utilizado é padrão, e o software de computador para a análise comportamental (CELEST) é uma fonte aberta um.

Análise automatizada de<em&gt; C. elegans</em&gt; Comportamento Swim Usando CELEST Software

Aqui, apresentamos um quadro para relacionar a restrição dietética de vasta gama de expectativa de vida e expressão gênica. Descrevemos os protocolos para a vasta gama de restrição dietética e para a imagem latente quantitativa da expressão do gene sob esse paradigma. Nós esboçamos mais análises computacionais para revelar subjacentes recursos de processamento de informações dos circuitos genéticos envolveram na detecção comida.

Quantificação da informação codificada pelos níveis de expressão gênica durante modulação do tempo de vida sob ampla restrição alimentar em C. elegans.

Aqui, nós apresentamos uma aproximação combinatória usando a microscopia de alta resolução, as ferramentas computacionais, e a rotulagem da único-pilha em embriões vivos de C. elegans para compreender a única dinâmica da pilha durante o neurodevelopment.

Microscopia de folha de luz isotrópica e análise de linhagem de células automatizadas para catalogar Caenorhabditis elegans Embryogenesis com resolução subcelular

Este estudo esboça medidas quantitativas do tamanho e da localização sináptica, da morfologia do músculo, e da forma mitochondrial em C. elegans usando ferramentas livremente disponíveis do processamento de imagem. Esta aproximação permite que os estudos futuros em C. elegans comparem quantitativamente a extensão de mudanças estruturais do tecido e do organela em conseqüência das mutações genéticas.

Abordagens quantitativas para o estudo de estruturas celulares e morfologia organelle em Caenorhabditis elegans

Este trabalho descreve um protocolo semi-alta de supressão que permite imagens simultâneas de lapso de tempo 3D de embriaênese embrionária em embriões de 80-100 C. elegans em uma única corrida noturna. Além disso, as ferramentas de processamento e visualização de imagens são incluídas para simplificar a análise de dados. A combinação destes métodos com tensões personalizadas do repórter permite a monitoração detalhada do embryogenesis.

Um método de imagem semi-alta-fonte e um kit de ferramentas de visualização de dados para analisar o desenvolvimento embrionário de C. elegans

Worm-align/Worm_CP é um simples fluxo de trabalho FIJI/CellProfiler que pode ser usado para endireitar e alinhar amostras de elegans de Caenorhabditis e para marcar ensaios baseados em imagens de vermes inteiros sem a necessidade de etapas de treinamento prévias. Aplicamos o alinhamento/Worm_CP de vermes à quantificação da expressão induzida por choque de calor em animais vivos ou gotículas lipídicas em amostras fixas.

Linha de worm e Worm_CP, dois gasodutos de código aberto para endireitar e quantificação de dados de imagem fluorescência obtidos de elegans caenorhabditis

Aprenda a usar SegElegans para segmentação automatizada de C. elegans em imagens de microscopia de campo amplo. Este sistema de aprendizado profundo reduz o tempo de análise de 245 para menos de 60 segundos, mantendo acurácia superior a 93%.

Análise automatizada de imagens de fluorescência de C. elegans usando SegElegans

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