Um pipeline computacional para quantificação de RNA intensificador intergênico/intragênico em células-tronco embrionárias de camundongo

Nosso grupo investiga epigenética e epitranscriptômica de aprimoradores, focando no desenvolvimento de métodos precisos para quantificar RNAs de potenciadores como indicadores de ativação de potenciadores. Como os realçadores intragênicos estavam com os transcritos do hospedeiro, distinguir sinais de DER do aprimorador e quantificá-los com precisão é desafiador. Para começar, abra o terminal e digite o comando para preparar os arquivos e referências necessários para identificação do aprimorador.

Digite o comando no terminal para entrar no diretório de trabalho. Depois, execute o comando que copia os scripts de identificação do aprimorador para o diretório atual. Depois, execute o comando correspondente para gerar arquivos BED para regiões promotoras, corpos gênicos e genes codificadores de proteínas usando anotação de código gen.