EasyFiji: Uma interface gráfica para processamento de imagens de fluorescência amigável no Fiji

Se você já usa Fiji, sabe o quão poderoso ele é e como pode se perder rapidamente em todos esses menus e configurações. O EasyFiji tira o estresse do processamento de imagem com botões simples, controles deslizantes e ferramentas inteligentes que simplesmente funcionam. É Fiji, mas amigável.

A forma recomendada de instalar o EasyFiji é através do site de atualizações Fiji. Basta clicar na ajuda, atualizar, clicar em gerenciar atualizar site e digitar EasyFiji. Lembre-se de clicar aqui, aplicar e fechar.

Aplique mudanças e depois reinicie o EasyFiji. Usuários avançados também podiam optar por baixar os arquivos JAR da página do GitHub. Para o ajuste do canal de cor, podemos abrir qualquer imagem multicanal e, usando a aba de cor do canal, podemos escolher diferentes tabelas de consulta aqui.

Podemos escolher vermelho, verde, azul, extra, ou podemos escolher o preto para desativar o canal específico. Podemos usar todos os canais para mostrar todas as cores dos canais, ou podemos usar cada canal para exibir apenas um canal específico. Para os controles deslizantes de ganho, podemos deixar as imagens mais claras.

Se a imagem estiver muito escura, podemos deixá-la mais clara. E para o deslocado, podemos definir a intensidade mínima na imagem. Então podemos ajustar a cor de todos os canais ou apenas canais específicos.

Para a visualização em canal, abra a imagem de interesse. Esta é uma imagem multicanal. Então, cada canal individual tem intensidades e locais diferentes.

Para o botão de Colocalização, ele criará as imagens RGB usando dois canais. Ele destaca regiões onde ambos os canais têm intensidades semelhantes, exibindo nesses pixels em amarelo. O botão FFMerge também combina dois canais em uma tela RGB, mas de forma diferente.

Aqui, cada canal permanece igualmente visível. Isso facilita a interpretação de regiões sobrepostas sem perder o equilíbrio dos canais. O botão FGMerge sobrepõe um ou mais canais a um canal verde da escala.

É útil ao combinar com imagens em escala verde como DIC ou EM. Canais são preservados pelo tamanho do canal em escala verde, o contraste geral pode proporcionar uma qualidade de imagem muito melhor. Aqui está outro exemplo de imagens usando FGMerge. Para as visualizações de pilha, o plugin EasyFiji oferece funções como projeção de intensidade máxima, visões de fatia ortogonais e o kymograph.

Aba de processamento de imagem. Abra uma imagem, clique no botão de gravar para iniciar o comando de gravação. A função suave aplicará um desfoque gaussiano, a função de redução de ruído aplicará um filtro Median, o botão sharpen aplicará uma máscara 2D de desnitidez, e o fundo do sujeito aplicará o algoritmo de sinal de bola rolante e bola rolante para remover fundo.

E a tabela de busca aplicada vai mudar o ganho e o deslocamento conforme especificado no painel de exibição. Aqui podemos ver, depois de aplicar esse comando de processamento, a qualidade da imagem melhora muito. Aqui vou mostrar um exemplo de usar o botão de Correção Local para aplicar um fator de correção, de modo que a intensidade média de cada quadro se torne local ao valor da curva de ajuste.

A correção local e global pode ser aplicada sequencialmente ao mesmo conjunto de dados. Aqui mostra o perfil de intensidade antes e depois da correção de descoloração. Pudemos ver que o sinal foi corrigido.

Aqui mostramos diferentes opções de poupança. O painel de salvamento é orientado a casos de uso para não especialistas na seleção do formato de arquivo correto para seu uso. Podemos salvar as imagens como um conjunto de dados bruto.

Ela conterá todas as informações da imagem. Podemos salvar como JPEG para apresentação, ou podemos salvar as imagens no formato PNJ. E também podemos salvar a pilha de imagens como filmes.

O painel de informações de imagem, este painel exibe metadados de aquisição específicos do fornecedor de forma legível para as imagens adquiridas dessa forma. Após este vídeo, você deve ter um bom entendimento de como usar esse plugin para visualizar e processar imagens biomédicas. Nosso objetivo ao desenvolver o EasyFiji é tornar a análise de imagens mais fácil, rápida e acessível para cientistas da vida.

Seja para registrar contraste, aplicar filtros ou explorar metadados de imagens, a EasyFiji está aqui para tornar seu trabalho com Fiji mais suave e agradável.