Name: Perfil de Acessibilidade por Cromatina em Larvas Plenas de Caenorhabditis elegans L4 (Vídeo) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-04-17T13:25:00.000+00:00
Duration: 8 min 2 s
Description: Aprenda o protocolo ATAC-seq otimizado para perfil de acessibilidade cromatínica em larvas L4 de Caenorhabditis elegans. Este método supera a cutícula rica em colágeno, permitindo análises genômicas eficientes em apenas um dia.

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<ol><li>Poulet, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+and+characterization+of+histones+in+Physarum+polycephalum+evidence+a+phylogenetic+vicinity+of+mycetozoans+to+the+animal+kingdom%5BTitle%5D)+AND+%22NAR+Genom.+Bioinform%22%5BJournal%5D)">Identification and characterization of histones in Physarum polycephalum evidence a phylogenetic vicinity of mycetozoans to the animal kingdom.</a> NAR Genom. Bioinform. 3 (4), lqab107(2021).</li>
<li>Meléndez-Ramírez, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dynamic+landscape+of+chromatin+accessibility+and+transcriptomic+changes+during+differentiation+of+human+embryonic+stem+cells+into+dopaminergic+neurons%5BTitle%5D)+AND+%22Sci.+Rep%22%5BJournal%5D)">Dynamic landscape of chromatin accessibility and transcriptomic changes during differentiation of human embryonic stem cells into dopaminergic neurons.</a> Sci. Rep. 11 (1), 16977(2021).</li>
<li>Mansisidor, A. R., Risca, V. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromatin+accessibility%3A+methods%2C+mechanisms%2C+and+biological+insights%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleus%22%5BJournal%5D)">Chromatin accessibility: methods, mechanisms, and biological insights.</a> Nucleus. 13 (1), 236-276 (2022).</li>
<li>Koyanagi, K. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Inferring+chromatin+accessibility+during+murine+hematopoiesis+through+phylogenetic+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Res.+Notes%22%5BJournal%5D)">Inferring chromatin accessibility during murine hematopoiesis through phylogenetic analysis.</a> BMC Res. Notes. 16 (1), 222(2023).</li>
<li>Gómora-García, J. C., Furlan-Magaril, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pioneer+factors+outline+chromatin+architecture%5BTitle%5D)+AND+%22Curr.+Opin.+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Pioneer factors outline chromatin architecture.</a> Curr. Opin. Cell Biol. 93, 102480(2025).</li>
<li>Boivin, A., Dura, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+vivo+chromatin+accessibility+correlates+with+gene+silencing+in+Drosophila%5BTitle%5D)+AND+%22Genetics%22%5BJournal%5D)">In vivo chromatin accessibility correlates with gene silencing in Drosophila.</a> Genetics. 150 (4), 1539-1549 (1998).</li>
<li>Penagos-Puig, A., Furlan-Magaril, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Heterochromatin+as+an+important+driver+of+genome+organization%5BTitle%5D)+AND+%22Front.+Cell+Dev.+Biol%22%5BJournal%5D)">Heterochromatin as an important driver of genome organization.</a> Front. Cell Dev. Biol. 8, 579137(2020).</li>
<li>Escamilla-Del-Arenal, M., Recillas-Targa, F. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((GATA-1+modulates+the+chromatin+structure+and+activity+of+the+chicken+alpha-globin+3%E2%80%B2+enhancer%5BTitle%5D)+AND+%22Mol.+Cell.+Biol%22%5BJournal%5D)">GATA-1 modulates the chromatin structure and activity of the chicken alpha-globin 3′ enhancer.</a> Mol. Cell. Biol. 28 (2), 575-586 (2008).</li>
<li>Zhong, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mapping+nucleosome+positions+using+DNase-seq%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Res%22%5BJournal%5D)">Mapping nucleosome positions using DNase-seq.</a> Genome Res. 26 (3), 351-364 (2016).</li>
<li>Johnson, S. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Flexibility+and+constraint+in+the+nucleosome+core+landscape+of+Caenorhabditis+elegans+chromatin%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Res%22%5BJournal%5D)">Flexibility and constraint in the nucleosome core landscape of Caenorhabditis elegans chromatin.</a> Genome Res. 16 (12), 1505-1516 (2006).</li>
<li>Boyle, A. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-resolution+mapping+and+characterization+of+open+chromatin+across+the+genome%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">High-resolution mapping and characterization of open chromatin across the genome.</a> Cell. 132 (2), 311-322 (2008).</li>
<li>Buenrostro, J. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transposition+of+native+chromatin+for+fast+and+sensitive+epigenomic+profiling+of+open+chromatin%2C+DNA-binding+proteins%2C+and+nucleosome+position%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Methods%22%5BJournal%5D)">Transposition of native chromatin for fast and sensitive epigenomic profiling of open chromatin, DNA-binding proteins, and nucleosome position.</a> Nat. Methods. 10 (12), 1213-1218 (2013).</li>
<li>Buenrostro, J. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ATAC-seq%3A+A+method+for+assaying+chromatin+accessibility+genome-wide%5BTitle%5D)+AND+%22Curr.+Protoc.+Mol.+Biol%22%5BJournal%5D)">ATAC-seq: A method for assaying chromatin accessibility genome-wide.</a> Curr. Protoc. Mol. Biol. 109, 21.29.1-21.29.9 (2015).</li>
<li>Corces, M. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+chromatin+accessibility+landscape+of+primary+human+cancers%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">The chromatin accessibility landscape of primary human cancers.</a> Science. 362 (6413), eaav1898(2018).</li>
<li>Shema, E., Bernstein, B. E., Buenrostro, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+and+single-molecule+epigenomics+to+uncover+genome+regulation+at+unprecedented+resolution%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Genet%22%5BJournal%5D)">Single-cell and single-molecule epigenomics to uncover genome regulation at unprecedented resolution.</a> Nat. Genet. 51 (1), 19-25 (2019).</li>
<li>Cao, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+human+cell+atlas+of+fetal+gene+expression%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">A human cell atlas of fetal gene expression.</a> Science. 370 (6518), eaba7721(2020).</li>
<li>Ma, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromatin+potential+identified+by+shared+single-cell+profiling+of+RNA+and+chromatin%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Chromatin potential identified by shared single-cell profiling of RNA and chromatin.</a> Cell. 183 (4), 1103-1116.e20 (2020).</li>
<li>Jänes, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromatin+accessibility+dynamics+across+C.+elegans+development+and+ageing%5BTitle%5D)+AND+%22eLife%22%5BJournal%5D)">Chromatin accessibility dynamics across C. elegans development and ageing.</a> eLife. 7, e37344(2018).</li>
<li>Dhillon-Richardson, R. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fishing+for+developmental+regulatory+regions%3A+Zebrafish+tissue-specific+ATAC-seq%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol.+Biol%22%5BJournal%5D)">Fishing for developmental regulatory regions: Zebrafish tissue-specific ATAC-seq.</a> Methods Mol. Biol. 2599, 271-282 (2023).</li>
<li>Huynh, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genetic+variation+in+chromatin+state+across+multiple+tissues+in+Drosophila+melanogaster%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Genet%22%5BJournal%5D)">Genetic variation in chromatin state across multiple tissues in Drosophila melanogaster.</a> PLoS Genet. 19 (5), e1010439(2023).</li>
<li>Lee, R. C., Feinbaum, R. L., Ambros, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+C.+elegans+heterochronic+gene+lin-4+encodes+small+RNAs+with+antisense+complementarity+to+lin-14%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">The C. elegans heterochronic gene lin-4 encodes small RNAs with antisense complementarity to lin-14.</a> Cell. 75 (5), 843-854 (1993).</li>
<li>Fire, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Potent+and+specific+genetic+interference+by+double-stranded+RNA+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Potent and specific genetic interference by double-stranded RNA in Caenorhabditis elegans.</a> Nature. 391 (6669), 806-811 (1998).</li>
<li>Hillier, L. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genomics+in+C.+elegans%3A+so+many+genes%2C+such+a+little+worm%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Res%22%5BJournal%5D)">Genomics in C. elegans: so many genes, such a little worm.</a> Genome Res. 15 (12), 1651-1660 (2005).</li>
<li>Daugherty, A. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromatin+accessibility+dynamics+reveal+novel+functional+enhancers+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Res%22%5BJournal%5D)">Chromatin accessibility dynamics reveal novel functional enhancers in C. elegans.</a> Genome Res. 27 (12), 2096-2107 (2017).</li>
<li>Johnstone, I. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+cuticle+of+the+nematode+Caenorhabditis+elegans%3A+a+complex+collagen+structure%5BTitle%5D)+AND+%22Bioessays%22%5BJournal%5D)">The cuticle of the nematode Caenorhabditis elegans: a complex collagen structure.</a> Bioessays. 16 (3), 171-178 (1994).</li>
<li>Zhang, S., Banerjee, D., Kuhn, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+and+culture+of+larval+cells+from+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Isolation and culture of larval cells from C. elegans.</a> PLoS One. 6 (4), e19505(2011).</li>
<li>Stiernagle, T. Maintenance of Caenorhabditis elegans. WormBook. , The C. elegans. Research Community. (2006).</li>
<li>Porta-de-la-Riva, M., Fontrodona, L., Villanueva, A., Cerón, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Basic+Caenorhabditis+elegans+methods%3A+synchronization+and+observation%5BTitle%5D)+AND+%22JoVE%22%5BJournal%5D)">Basic Caenorhabditis elegans methods: synchronization and observation.</a> JoVE. (64), e4019(2012).</li>
<li>Corces, M. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+improved+ATAC-seq+protocol+reduces+background+and+enables+interrogation+of+frozen+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Methods%22%5BJournal%5D)">An improved ATAC-seq protocol reduces background and enables interrogation of frozen tissues.</a> Nat. Methods. 14 (10), 959-962 (2017).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>250 mL, 0.22 &micro;m PES</td><td>Ultra Curz</td><td>sc-200253</td><td></td></tr><tr><td>Agar</td><td>BD</td><td>214010</td><td></td></tr><tr><td>Agencourt AMPURE XP</td><td>Nalgene</td><td>A63886</td><td></td></tr><tr><td>Bovine Serum Albumin</td><td>Maplica</td><td>200100</td><td></td></tr><tr><td>Calcium Chloride</td><td>Sigma</td><td>C5670-100G</td><td></td></tr><tr><td>CellTrics 20 &micro;m</td><td>Sysmex</td><td>04-0042-2315</td><td></td></tr><tr><td>Cholesterol</td><td>Sigma</td><td>C8503-25G</td><td></td></tr><tr><td>Digitonin</td><td>Sigma</td><td>D141-500 mg</td><td></td></tr><tr><td>Disposable gloves</td><td>Microflex</td><td>94-243</td><td></td></tr><tr><td>DL-Dithiothreitol</td><td>sigma</td><td>D0632-10G</td><td>Nocivo</td></tr><tr><td>Ethyl alcohol, pure</td><td>Sigma</td><td>1003661421</td><td></td></tr><tr><td>Fetal Bovine Serum</td><td>biowest</td><td>S181S-500</td><td></td></tr><tr><td>HEPES</td><td>Sigma</td><td>H3375-250 G</td><td></td></tr><tr><td>Illumina Tagment DNA Enzyme and Buffer (large Kit)</td><td>Illumina</td><td>20034211</td><td></td></tr><tr><td>Kapa Syber 50 mL</td><td>Sigma</td><td>KK4618</td><td></td></tr><tr><td>L-15 Medium (Leivobitz)</td><td>sigma</td><td>L4386-10L</td><td></td></tr><tr><td>Magnesium Chloride anhydrous</td><td>Sigma</td><td>M8266-100G</td><td></td></tr><tr><td>Magnesium Sulfate Heptahydrate</td><td>Sigma</td><td>M1880-500G</td><td></td></tr><tr><td>Magnesium Sulfate Heptahydrate</td><td>Sigma</td><td>M1880-500G</td><td></td></tr><tr><td>MinElute PCR Purification Kit (50 preps)</td><td>Qiagen</td><td>28004</td><td></td></tr><tr><td>NEBNext&reg; High-Fidelity 2X PCR Master Mix</td><td>NEB</td><td>M0541S</td><td></td></tr><tr><td>Nonidet P40 Substitute</td><td>Sigma</td><td>74835-1L</td><td></td></tr><tr><td>Pen Strep</td><td>Gibco</td><td>15140-122</td><td></td></tr><tr><td>Peptone</td><td>BD</td><td>211677</td><td></td></tr><tr><td>Petri dish 60 mm</td><td>Tritech</td><td>T3308</td><td></td></tr><tr><td>Petri dish 90 mm</td><td>Interlux</td><td>C9015-2C</td><td></td></tr><tr><td>Pipet tips 10 &micro;L, filter</td><td>Cellpro</td><td>800108</td><td></td></tr><tr><td>Pipet tips 20 &micro;L, filter</td><td>Cellpro</td><td>800708</td><td></td></tr><tr><td>Pipet tips 200 &micro;L, filter</td><td>Cellpro</td><td>800608</td><td></td></tr><tr><td>Potassium Chloride</td><td>Sigma</td><td>P9541 -500G</td><td></td></tr><tr><td>Potassium Phosphate Dibasic Powder</td><td>J.T. Baker</td><td>3252-01</td><td></td></tr><tr><td>Potassium Phosphate Monobasic, Crystal</td><td>J.T. Baker</td><td>3246-01 500G</td><td></td></tr><tr><td>Sodium Chloride</td><td>JT Baker</td><td>3624-01</td><td></td></tr><tr><td>Sodium dodecyl sulfate</td><td>sigma</td><td>L4509-100G</td><td></td></tr><tr><td>Sodium Hydroxide</td><td>Macron</td><td>7708-10</td><td></td></tr><tr><td>Sodium Hypochlorite</td><td>Cloralex</td><td>544394479</td><td></td></tr><tr><td>Sodium Phosphate Dibasic 7-Hydrated Crystal</td><td>J.T. Baker</td><td>3824-01</td><td></td></tr><tr><td>SPRIselect</td><td>Beckman</td><td>B23318</td><td></td></tr><tr><td>Sucrose</td><td>Sigma</td><td>S0389-500G</td><td></td></tr><tr><td>Syringe Filter PVDF 0.22 &micro;m</td><td>Ultra Curz</td><td>Sc-358812</td><td></td></tr><tr><td>Trizma base</td><td>Sigma</td><td>T1503 1KG</td><td></td></tr><tr><td>Tween 20</td><td>Sigma</td><td>P9416-50ML</td><td></td></tr></tbody></table>

perfil de acessibilidade por cromatina em larvas plenas de caenorhabditis elegans l4

Chromatin Accessibility Profiling in Whole Caenorhabditis elegans L4 Larvae

O controle de qualidade após a marcação garante uma preparação precisa da biblioteca Durante o protocolo, é importante prestar atenção especial à qPCR realizada após a marcação da cromatina (seção 9), pois é uma etapa vital para avaliar a qualidade do DNA e o desempenho do experimento. A Figura 1A mostra duas curvas de amplificação; A esquerda (com menos de 15 ciclos) representa um material de boa qualidade que mostra que tudo foi bem-sucedido até agora, então está tudo b...

Perfil de Acessibilidade por Cromatina em Larvas Plenas de Caenorhabditis elegans L4

Chromatin accessibility plays essential roles in transcription, DNA repair, and chromosome segregation. Hyper-accessible regions usually correlate with ...

Nossa pesquisa se concentra em como a regulação epigenética molda a expressão gênica, especificamente como a acessibilidade da cromatina controla a atividade gênica em diferentes condições biológicas. O ATAC-seq em C. elegans é limitado por sua cutícula protetora. Nossos protocolos superam essa barreira para permitir uma análise confiável da acessibilidade da cromatina.Para começar, obtenha uma população síncrona de vermes L1 e permita que cresçam por 26 horas a 20 graus Celsius. Confirme ao microscópio que a maioria dos vermes está no estágio L4. Recolha todos os vermes das placas com tampão M9 e transfira-os para um tubo de centrífuga de 1,5 mililitros.Lave os vermes cinco vezes com um mililitro de água estéril, deixando-os se assentar por gravidade. Em seguida, transfira o tubo contendo os vermes para um incubador a 25 graus Celsius por 30 minutos para remover os restos alimentares intestinais. Então, pegue 50 microliters do pellet de vermes e coloque-o em um novo tubo.Para lisar os vermes, adicione 200 microliters de tampão SDS-DTT fresco e misture em um rotador de tubo por exatamente cinco minutos. Em seguida, adicione um mililitro de tampão de ovo frio. Em seguida, centrifugue em um picofuge para remover o sobrenadante e repita seis vezes.Depois disso, adicione 80 microliters de pronase recém-preparada. Usando uma pipeta de 200 microliters com pontas filtradas, misture a mistura de vermes e pronase 70 vezes e incube-a à temperatura ambiente por 15 minutos. Adicione 800 microliters de meio L15 com 10% de soro bovino fetal e centrifugue a 500G por cinco minutos a quatro graus Celsius.Após a remoção do sobrenadante, adicione um mililitro de meio L15 com 10% de soro bovino fetal e centrifugue como demonstrado anteriormente. Uma vez que o pellet seja lavado três vezes, remova o sobrenadante e ressuspense o pellet em 900 microliters de meio L15 com 10% de soro bovino fetal. Em seguida, filtre a suspensão usando um filtro de 20 micrômetros.Centrifugue a suspensão celular filtrada a 500G por cinco minutos a quatro graus Celsius. Em seguida, remova o sobrenadante, deixando aproximadamente 50 microliters. Adicione 45 microliters de tampão de lise fresco e ressuspense cuidadosamente a amostra.Em seguida, adicione cuidadosamente 50 microliters de tampão de lavagem sem misturar a amostra. Centrifugue a 500G por cinco minutos a quatro graus Celsius. Remova o sobrenadante e mantenha a amostra no gelo.Enquanto centrifuga, prepare a mistura TN5 por amostra combinando 25 microliters de tampão TN5, 24,8 microliters de água livre de nuclease e 0,2 microliters de enzima TN5. Após a centrifugação, remova o sobrenadante e mantenha os núcleos no gelo. Adicione 50 microliters da mistura TN5 ao pellet nuclear.Em seguida, pipete para cima e para baixo sete vezes para misturar. Incube a 37 graus Celsius por 30 minutos em um bloco térmico e bata suavemente o tubo a cada 10 minutos. Após a incubação com TN5, adicione 300 microliters de tampão PB e misture vortexando à velocidade máxima por 25 segundos.Transfira todo o volume do tubo para a coluna de centrifugação. Centrifugue à temperatura ambiente por um minuto na velocidade máxima. Adicione 750 microliters de tampão PE à coluna de centrifugação e centrifugue novamente.Em seguida, descarte o sobrenadante com o tubo de coleta. Após uma centrifugação vazia, coloque a coluna em um novo tubo de 1,5 mililitros rotulado. Adicione 10 microliters de tampão EB a 37 graus Celsius no centro da coluna sem tocá-la.Deixe-o à temperatura ambiente por um minuto. Em seguida, centrifugue por um minuto na velocidade máxima à temperatura ambiente. Em seguida, repita as etapas de eluição para obter um volume final de 20 microliters em tampão EB.Realize uma PCR em tempo real para estimar o número de ciclos de amplificação adequado para amplificação da biblioteca ATAC. Estime o número final de ciclos de amplificação selecionando o ciclo em que o sinal de amplificação atinge 1/3 de seu máximo para cada amostra. Realize a amplificação final para a biblioteca ATAC e atribua um primer reverso diferente a cada amostra e registre-o.Amplifique cada amostra pelo número de ciclos estimado para aquela amostra. Realize a reação em cadeia da polimerase apresentada em tubos de 200 microliters usando 10 microliters de biblioteca de DNA em um volume total de reação de 50 microliters. Armazene as amostras a menos 20 graus Celsius se pausar o protocolo.Após purificar a biblioteca amplificada, realize a eletroforese capilar para ver o padrão de distribuição do tamanho do fragmento. A curva de amplificação resultando em uma amplificação final da biblioteca estimada de menos de 15 ciclos indica material de boa qualidade adequado para continuação. A curva de amplificação mostrando um aumento retardado indica material de má qualidade e não deve ser continuada.A distribuição de comprimento dos fragmentos após a amplificação mostrou padrões nucleossomais em aproximadamente 150 pares de bases e 300 pares de bases em amostras válidas. Um padrão de fragmentos manchados indicava DNA excessivamente fragmentado, exigindo repetição da amostra. Nosso protocolo permitirá o perfil de acessibilidade da cromatina em todo o genoma em vermes inteiros para entender como os ambientes influenciam a regulação gênica.O principal desafio é equilibrar a entrada de vermes e a atividade do TN5 para evitar tagamentação insuficiente ou excessiva, garantindo um perfil de acessibilidade da cromatina ideal. Essa abordagem abre oportunidades para estudar a variação epigenética em isolados selvagens, condições ambientais e até mesmo espécies alternativas.

chromatin-accessibility-profiling-whole-caenorhabditis-elegans-l4

Research

JoVE Journal

Genetics

Genética

Análise de microarrays foi conduzido para determinar perfis de expressão genética...

Determinar perfis de expressão genética em C. elegans Usando Microarray e PCR em tempo real

A questão de como os reguladores e os estados de cromatina cromatina afetar o genoma in vivo é essencial para a nossa compreensão de como o diagnóstico precoce decisões destino celular são feitas no embrião em desenvolvimento. Abordagem mais popular para investigar características de cromatina em um nível-se global definida aqui para embriões de Xenopus o chip-Seq-.

Snapshot Genome-wide de Reguladores da cromatina e Estados em<em&gt; Xenopus</em&gt; Os embriões por Chip-Seq

Aqui detalhamos protocolos projetados especificamente para monitorar defeitos morfogênicos que ocorrem durante as fases inicial e tardia do alongamento embrionário do nematóide Caenorhabditis elegans. Em última análise, esses protocolos são projetados para identificar genes que regulam essas fases e caracterizar suas necessidades diferenciais ao longo do eixo ântero-posterior do embrião.

Novas métricas para Caracterizar Embryonic Alongamento do nemátodo<em&gt; Caenorhabditis elegans</em

Aqui, apresentamos um quadro para relacionar a restrição dietética de vasta gama de expectativa de vida e expressão gênica. Descrevemos os protocolos para a vasta gama de restrição dietética e para a imagem latente quantitativa da expressão do gene sob esse paradigma. Nós esboçamos mais análises computacionais para revelar subjacentes recursos de processamento de informações dos circuitos genéticos envolveram na detecção comida.

Quantificação da informação codificada pelos níveis de expressão gênica durante modulação do tempo de vida sob ampla restrição alimentar em C. elegans.

Apresentamos um método automatizado para reconstrução tridimensional do germline Caenorhabditis elegans . Nosso método determina o número e a posição de cada núcleo dentro da linha germinativa e distribuição de proteína germline análises e estrutura do citoesqueleto.

Análise computacional do Germline Caenorhabditis elegans , para estudar a distribuição de núcleos, as proteínas e o citoesqueleto

Aqui, nós apresentamos uma aproximação combinatória usando a microscopia de alta resolução, as ferramentas computacionais, e a rotulagem da único-pilha em embriões vivos de C. elegans para compreender a única dinâmica da pilha durante o neurodevelopment.

Microscopia de folha de luz isotrópica e análise de linhagem de células automatizadas para catalogar Caenorhabditis elegans Embryogenesis com resolução subcelular

Este método é projetado para seguir a formação de domínios de cromatina mediada por PRC2 em linhas celulares, e o método pode ser adaptado para muitos outros sistemas.

Um método para estudar a formação de novo dos domínios da cromatina

Este trabalho descreve um protocolo semi-alta de supressão que permite imagens simultâneas de lapso de tempo 3D de embriaênese embrionária em embriões de 80-100 C. elegans em uma única corrida noturna. Além disso, as ferramentas de processamento e visualização de imagens são incluídas para simplificar a análise de dados. A combinação destes métodos com tensões personalizadas do repórter permite a monitoração detalhada do embryogenesis.

Um método de imagem semi-alta-fonte e um kit de ferramentas de visualização de dados para analisar o desenvolvimento embrionário de C. elegans

Foi apresentado um protocolo para a imagem dos microtúbulos dinâmicos in vivo usando proteína de ligação final rotulada fluorescente. Descrevemos os métodos para rotular, imagem e analisar os microtúbulos dinâmicos no neurônio de microtúbulo lateral posterior (PLM) de C. elegans.

In vivo Avaliação da Dinâmica e Orientação em Caenorhabditis elegans Neurônios

O presente protocolo descreve um procedimento para isolar intestinos de vermes nematoides adultos Caenorhabditis elegans manualmente para entrada em genômica, proteômica, microbioma ou outros ensaios.

Dissecção da Mão de Caenorhabditis elegans Intestinos

Este protocolo descreve um ensaio de interferência de RNA e ChIP para estudar a herança epigenética do silenciamento induzido por RNAi e modificações associadas da cromatina em C. elegans.

Análise da Herança Epigenética Transgeracional em C. elegans Usando um Fluorescente Reporter e Imunoprecipitação de Cromatina (ChIP)

Aprenda o protocolo ATAC-seq otimizado para perfil de acessibilidade cromatínica em larvas L4 de Caenorhabditis elegans. Este método supera a cutícula rica em colágeno, permitindo análises genômicas eficientes em apenas um dia.

Perfil de Acessibilidade por Cromatina em Larvas Plenas de Caenorhabditis elegans L4

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