Name: Sequenciamento Multi-Locus para Tipagem de Tensão de Toxoplasma gondii (Vídeo) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-05-26T13:00:00.000+00:00
Duration: 11 min 9 s
Description: Aprenda a realizar genotipagem multi-locus de isolados de Toxoplasma gondii usando sequenciamento nanopore. Este protocolo computacional permite detectar SNPs e INDELs nos genes SAG2 e SAG3 para discriminação confiável de cepas.

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<ol><li>Uzelac, A., Djurkovic-Djakovic, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation%2C+genotyping+and+phenotyping+Toxoplasma+gondii+in+Europe+-+A+critical+perspective%5BTitle%5D)+AND+%22Food+Waterborne+Parasitol%22%5BJournal%5D)">Isolation, genotyping and phenotyping Toxoplasma gondii in Europe - A critical perspective.</a> Food Waterborne Parasitol. 40, e00279(2025).</li>
<li>Yaman, Y., Bay, V., Kişi, Y. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Discovery+of+host+genetic+factors+through+multi-locus+GWAS+against+toxoplasmosis+in+sheep%3A+addressing+one+health+perspectives%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Veterinary+Research%22%5BJournal%5D)">Discovery of host genetic factors through multi-locus GWAS against toxoplasmosis in sheep: addressing one health perspectives.</a> BMC Veterinary Research. 21 (1), 263(2025).</li>
<li>Khedr, A. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exploring+the+role+of+chitosan+and+curcumin-loaded+chitosan+nanoparticles+against+chronic+Toxoplasma+infection+in+experimental+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Scientific+Reports%22%5BJournal%5D)">Exploring the role of chitosan and curcumin-loaded chitosan nanoparticles against chronic Toxoplasma infection in experimental mice.</a> Scientific Reports. 15 (1), 41765(2025).</li>
<li>Joeres, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genotyping+of+European+Toxoplasma+gondii+strains+by+a+new+high-resolution+next-generation+sequencing-based+method%5BTitle%5D)+AND+%22Eur+J+Clin+Microbiol+Infect+Dis%22%5BJournal%5D)">Genotyping of European Toxoplasma gondii strains by a new high-resolution next-generation sequencing-based method.</a> Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 43 (2), 355-371 (2024).</li>
<li>Gohar, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Intra-strain+genetic+heterogeneity+in+Toxoplasma+gondii+ME49%3A+Oxford+Nanopore+long-read+sequencing+reveals+copy+number+variation+in+the+ROP8-ROP2A+locus%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">Intra-strain genetic heterogeneity in Toxoplasma gondii ME49: Oxford Nanopore long-read sequencing reveals copy number variation in the ROP8-ROP2A locus.</a> BMC Genomics. 26 (1), 1094(2025).</li>
<li>Koutsogiannis, Z., Denny, P. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rapid+genotyping+of+Toxoplasma+gondii+isolates+via+Nanopore-based+multi-locus+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22AMB+Express%22%5BJournal%5D)">Rapid genotyping of Toxoplasma gondii isolates via Nanopore-based multi-locus sequencing.</a> AMB Express. 14 (1), 68(2024).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22DNeasy+Blood+%26+Tissue+Kit+Handbook%22">DNeasy Blood & Tissue Kit Handbook</a>. , QIAGEN. (2023).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22User+manual+PCR+clean-up+and+Gel+extraction%22">User manual PCR clean-up and Gel extraction</a>. , MACHEREY-NAGEL. (2024).</li>
<li>Karst, S. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-accuracy+long-read+amplicon+sequences+using+unique+molecular+identifiers+with+Nanopore+or+PacBio+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Methods%22%5BJournal%5D)">High-accuracy long-read amplicon sequences using unique molecular identifiers with Nanopore or PacBio sequencing.</a> Nature Methods. 18 (2), 165-169 (2021).</li>
<li>Yu, P. -L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Next-generation+fungal+identification+using+target+enrichment+and+Nanopore+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">Next-generation fungal identification using target enrichment and Nanopore sequencing.</a> BMC Genomics. 24 (1), 581(2023).</li>
<li>Vilares, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Towards+a+rapid+sequencing-based+molecular+surveillance+and+mosaicism+investigation+of+Toxoplasma+gondii%5BTitle%5D)+AND+%22Parasitology+Research%22%5BJournal%5D)">Towards a rapid sequencing-based molecular surveillance and mosaicism investigation of Toxoplasma gondii.</a> Parasitology Research. 119 (2), 587-599 (2020).</li>
<li>Fazaeli, A., Ebrahimzadeh, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+new+perspective+on+and+re-assessment+of+SAG2+locus+as+the+tool+for+genetic+analysis+of+Toxoplasma+gondii+isolates%5BTitle%5D)+AND+%22Parasitology+Research%22%5BJournal%5D)">A new perspective on and re-assessment of SAG2 locus as the tool for genetic analysis of Toxoplasma gondii isolates.</a> Parasitology Research. 101 (1), 99-104 (2007).</li>
<li>Targa, L. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Toxoplasma+gondii+SAG2%2C+SAG3+and+GRA6+alleles+and+single+nucleotide+polymorphism+in+congenital+infections+with+known+parasite+load+and+clinical+outcome%5BTitle%5D)+AND+%22Rev+Inst+Med+Trop+Sao+Paulo%22%5BJournal%5D)">Toxoplasma gondii SAG2, SAG3 and GRA6 alleles and single nucleotide polymorphism in congenital infections with known parasite load and clinical outcome.</a> Rev Inst Med Trop Sao Paulo. 65, e8(2023).</li>
<li>Rico-Torres, C. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Can+cloning+and+sequencing+help+to+genotype+positive+Toxoplasma+gondii+clinical+samples%3F+Results+and+validation+using+SAG3+as+a+model%5BTitle%5D)+AND+%22Infect+Genet+Evol%22%5BJournal%5D)">Can cloning and sequencing help to genotype positive Toxoplasma gondii clinical samples? Results and validation using SAG3 as a model.</a> Infect Genet Evol. 101, 105283(2022).</li>
<li>Sanchez, S. G., Besteiro, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+pathogenicity+and+virulence+of+Toxoplasma+gondii%5BTitle%5D)+AND+%22Virulence%22%5BJournal%5D)">The pathogenicity and virulence of Toxoplasma gondii.</a> Virulence. 12 (1), 3095-3114 (2021).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Agarose powder</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>16500100</td><td>Para eletroforese em gel</td></tr><tr><td>Dulbecco&rsquo;s Modified Eagle Medium (DMEM)</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>11995065</td><td>Meio de cultura celular</td></tr><tr><td>epi2me-labs/wf-amplicon Nextflow workflow (v1.2.1)</td><td>Oxford Nanopore Technologies, UK</td><td>N/A</td><td>Workflow Nextflow para processamento e análise de dados de sequenciamento de amplicons de nanopore; versão 1.2.1 foi usada para análise reproduzível de dados MinION.</td></tr><tr><td>epi2me-labs/wf-alignment Nextflow workflow (v1.2.3)</td><td>Oxford Nanopore Technologies, UK</td><td>N/A</td><td>Workflow Nextflow para alinhamento de leituras de sequenciamento de nanopore a sequências de referência e visualização integrada usando IGV; versão 1.2.3 foi usada para análise reproduzível de dados MinION.</td></tr><tr><td>Ethyl alcohol, pure</td><td>Merck Life Science</td><td>51976-500ML-F</td><td>Para limpeza de contas</td></tr><tr><td>Fetal bovine serum (FBS)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>MFCD00132239</td><td>Suplemento para cultura celular</td></tr><tr><td>Flow Cell Wash Kit</td><td>Oxford Nanopore Technologies</td><td>EXP-WSH004</td><td>Lavagem do flow cell</td></tr><tr><td>GeneRuler 1 kb Plus DNA Ladder (10 kb)</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>SM1331</td><td>Confirmação de tamanho</td></tr><tr><td>HFF-1 human foreskin fibroblast cell line</td><td>American Type Culture Collection (ATCC)</td><td>SCRC-1041</td><td>Fibroblastos dérmicos humanos isolados de prepúcio neonatal; usados para propagação de parasitas</td></tr><tr><td>MinION Flow Cell (R10.4.1)</td><td>Oxford Nanopore Technologies</td><td>FLO-MIN114</td><td>Flow cell para sequenciamento</td></tr><tr><td>MinION Mk1B Sequencing Device</td><td>Oxford Nanopore Technologies, UK</td><td>MIN-101B</td><td>Sequenciador de nanopore; sequenciamento realizado usando o software MinKNOW (v25.09.16) para controle do dispositivo e chamada de base em tempo real.</td></tr><tr><td>MinKNOW Software</td><td>Oxford Nanopore Technologies, UK</td><td>N/A</td><td>Software usado para controle do dispositivo MinION Mk1B, sequenciamento em tempo real e chamada de base; versão 25.09.16.</td></tr><tr><td>Native Barcoding Kit 24 V14</td><td>Oxford Nanopore Technologies</td><td>SQK-NBD114.24</td><td>Barcode para amostras multiplexadas</td></tr><tr><td>NEB Blunt/TA Ligase Master Mix</td><td>New England Biolabs</td><td>M0367</td><td>Ligação de DNA</td></tr><tr><td>NEBNext Quick Ligation Module</td><td>New England Biolabs</td><td>E6056</td><td>Ligação de adaptador</td></tr><tr><td>NEBNext Quick Ligation Reaction Buffer (5&times;)</td><td>New England Biolabs</td><td>B6058</td><td>Usado na ligação de DNA</td></tr><tr><td>NEBNext Ultra II End Repair/dA-Tailing Module</td><td>New England Biolabs</td><td>E7546</td><td>Preparação de biblioteca</td></tr><tr><td>Nuclease-free water</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>R0581</td><td>Grau de biologia molecular</td></tr><tr><td>NucleoSpin Gel and PCR Clean-up Kit&nbsp;</td><td>Macherey-Nagel</td><td>740609.5</td><td>Purificação do produto PCR</td></tr><tr><td>Penicillin&ndash;Streptomycin (1%)</td><td>Thermo Fisher Scientific (Gibco)</td><td>15140-122</td><td>Mistura de antibióticos</td></tr><tr><td>Phosphate-buffered saline (PBS)</td><td>Thermo Fisher Scientific (Gibco)</td><td>10010023</td><td>Buffer de lavagem</td></tr><tr><td>Q5 High-Fidelity 2&times; Master Mix</td><td>New England Biolabs</td><td>M0492S</td><td>Polimerase de alta precisão</td></tr><tr><td>QIAamp DNA Blood Mini Kit</td><td>Qiagen</td><td>69504</td><td>Extração de DNA</td></tr><tr><td>Quick T4 DNA Ligase</td><td>New England Biolabs</td><td>M2200</td><td>Enzima de ligação de adaptador</td></tr><tr><td>SYBR Safe DNA Gel Stain</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>S33102</td><td>Corante de coloração de DNA</td></tr><tr><td>TriTrack DNA Loading Dye (6&times;)</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>R1161</td><td>Carregando amostras no gel</td></tr><tr><td>Trypsin&ndash;EDTA (0.25%)</td><td>Thermo Fisher Scientific (Gibco)</td><td>25200056</td><td>Para passagem de HFFs</td></tr><tr><td>1&times; TAE or 1&times; TBE buffer</td><td>&mdash;</td><td>&mdash;</td><td>Buffer de corrida</td></tr><tr><td>2&times; PCR premix</td><td>&mdash;</td><td>&mdash;</td><td>Mistura pronta para PCR</td></tr></tbody></table>

sequenciamento multi-locus para tipagem de tensão de toxoplasma gondii

Multi-Locus Sequencing for Strain Typing of Toxoplasma gondii

Sequenciamento Multi-Locus para Tipagem de Tensão de Toxoplasma gondii

Toxoplasma gondii is a globally distributed apicomplexan parasite characterized by substantial genetic diversity, necessitating accurate molecular ...

multi-locus-sequencing-for-strain-typing-of-toxoplasma-gondii

Research

JoVE Journal

Genetics

Genética

Impressões Digitais de DNA de Mycobacterium leprae Estirpes Usando Repita Tandem número variável (VNTR) - Análise Fragmento (FLA)

Nós descrevemos um multiplex PCR para a detecção rápida de Salmonella enterica sorotipos Enteritidis, Hadar, Heidelberg, e Typhimurium. Sorovares de Salmonella específicos podem ser identificados por alvo um multiplex PCR para os genes e as seqüências exclusivas para o cluster biossíntese O antígeno-flagelina e de um sorovar dado. Sorovar é atribuída então a uma Salmonella isolar baseado na aparência de amplicons específicos, o tamanho (produto de PCR) correspondente ao alelo alvo.

Uma PCR Allelotyping para Identificar Salmonella enterica Sorovares Enteritidis, Hadar, Heidelberg, e Typhimurium

Aqui nós relatamos um método para usar tipo I e tipo...

Manipulação genética em<em&gt; Δku80</em&gt; Cepas para Análise Genômica Funcional de<em&gt; Toxoplasma gondii</em

Massa phyloproteomics à base de espectrometria (MSPP) foi usado para digitar uma coleção de Campylobacter jejuni ssp. Doylei isola a nível da estirpe em comparação com digitação sequência multilocus (MLST).

subtipagem de<em&gt; Campylobacter jejuni</em&gt; Ssp.<em&gt; doylei</em&gt; Isolados Utilizando PhyloProteomics baseados em espectrometria de massa (MSPP)

Os detalhes são apresentados sobre como o mapeamento de QTL com um mapa genético baseado em seqüências genômicas inteiras pode ser usado para identificar um gene de resistência a drogas em Toxoplasma gondii e como isso pode ser verificado com o sistema CRISPR / Cas9 que edita eficientemente um alvo genômico, neste caso o Gene de resistência a drogas.

Mapeamento QTL e edição CRISPR / Cas9 para identificar um gene de resistência a medicamentos em<em&gt; Toxoplasma gondii</em

O ensaio de análise em tandem-repetição de número variável multi-Locus (MLVA) apresentado aqui permite a genotipagem de alta resolução barata, robusta e portátil da bactéria patogênica Yersinia ruckeri. Partindo das culturas puras, o ensaio emprega o PCR multiplex e a electroforese capilar para produzir os perfis do MLVA do dez-loci para aplicações a jusante.

Multi-Locus variável-número tandem-repita a análise do peixe-patogénico bactéria Yersinia ruckeri pela PCR multiplex e pela electroforese capilar

Esta plataforma computacional analítica fornece orientação prática para microbiologistas, ecologistas e epidemiologistas interessados em genômica populacional bacteriana. Especificamente, o trabalho aqui apresentado demonstrou como realizar: i) mapeamento guiado por filogenia de genótipos hierárquicos; ii) análise baseada em frequência de genótipos; iii) análises de parentesco e clonalidade; iv) identificação da linhagem diferenciando loci acessório.

Mineração heurística de genótipos hierárquicos e genoma acessório Loci em populações bacterianas

Este protocolo é um método eficaz e rápido de cultivo de leveduras e o molde Aspergillus fumigatus de grandes conjuntos de amostras de solo em apenas 7 dias. Os métodos podem ser facilmente modificados para acomodar uma gama de mídias de incubação e temperaturas conforme necessário para experimentos.

Isolamento de Leveduras culturais e moldes de solos para investigar estrutura populacional fúngica

A viabilidade de estratégias de sequenciamento do genoma completo (WGS) usando instrumentos de bancada simplificou a interrogação do genoma de cada micróbio de relevância para a saúde pública em um ambiente de laboratório. Uma adaptação metodológica do fluxo de trabalho para WGS bacteriano é descrita e um pipeline de bioinformática para análise também é apresentado.

Caracterização de uma cepa patogênica de Escherichia coli derivada de Oreochromis spp. Fazendas usando sequenciamento de genoma completo

Aqui, apresentamos um protocolo para permitir o sequenciamento do genoma completo de infecções bacterianas sexualmente transmissíveis a partir de amostras clínicas usando enriquecimento alvo. Este novo método baseado em painel sindrômico supera os desafios de DNA humano abundante e baixas cargas bacterianas, facilitando a vigilância genômica para Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoeae, Treponema pallidum e Mycoplasma genitalium.

Geração de genomas bacterianos inteiros a partir de amostras clínicas usando um fluxo de trabalho de enriquecimento alvo

Aprenda a realizar genotipagem multi-locus de isolados de Toxoplasma gondii usando sequenciamento nanopore. Este protocolo computacional permite detectar SNPs e INDELs nos genes SAG2 e SAG3 para discriminação confiável de cepas.

Sequenciamento Multi-Locus para Tipagem de Tensão de Toxoplasma gondii

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