$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
Антигенного разнообразия ВИЧ-1 уже давно препятствием для вакцины дизайн, и эта изменчивость особенно проявляется в цикле V3 поверхностных гликопротеинов конверт вируса. Ранее мы предложили корону петля V3, хотя динамичной и последовательность переменной, ограничивается для всего населения ВИЧ-1, вирусов на иммунологически соответствующих β-шпильки третичной структуры. Важно отметить, что Существуют тысячи различных последовательностей петля V3 корону в циркулирующих ВИЧ-1, вирусов, что делает 3D-структурные характеристики тенденции в разнообразие вирусов трудно или невозможно по кристаллографии или ЯМР. Наши предыдущие успешные исследования с переносом V3 корона 1, 2, используемый алгоритм неэмпирических 3 доступны в ICM-Pro молекулярной пакет программного обеспечения для моделирования (Molsoft LLC, Ла-Хойя, Калифорния) и предложил корону петли V3, в частности, от должности от 10 до 22, льгот достаточно от гибкости и длина его стеблей фланговые вести себя в значительной степени, как если бы это было неограниченным пептид свободно складывающиеся в растворе. Таким образом, быстрое неэмпирического складывания только эта часть петли V3 любого человека штамм 60000 + циркулирующих ВИЧ-1 штаммы могут быть информативными. Здесь мы сложенном петли V3 R2 напрягаться, чтобы вникнуть в структурную основу его уникальные свойства. R2 медведи редкими последовательность петля V3 считается ответственным за изысканной чувствительности этого штамма к нейтрализации сывороток пациентов и моноклональных антител, 4, 5. Напряжение посредником CD4-независимых инфекции и, похоже, вызывают широко нейтрализующих антител. Мы показываем, как оценка результатов складывания может быть информативным для связывания наблюдаемые структуры в складной с иммунологическими деятельности наблюдается R2.