Макродиссекция опухолевой ткани FFPE: метод получения специфической опухолевой ткани из неокрашенных образцов

Аннотация

Источник: Sugimoto, K. et al. Полногеномный анализ метилирования ДНК при раке желудочно-кишечного тракта. J. Vis. Exp. (2020)

Это видео описывает метод ручного макропрепарирования раковой ткани из неокрашенных образцов ткани для получения специфической раковой ткани. Тканевый срез может быть обработан для получения ДНК для полногеномных исследований рака желудочно-кишечного тракта.

Протокол

1. Скребок слайдов

1. Приготовьте буфер для разложения/лизиса из 650 мл воды, обработанной диэтилпирокарбонатом (DEPC), 100 мл этилендиаминтетрауксусной кислоты (ЭДТА), 50 мл трис гидрохлорида (Tris-HCL) 2 М pH 8,8 и 200 мл 10% додецилсульфата натрия (SDS) (см. Таблицу материалов).
2. Наполните одноразовую полипропиленовую пробирку объемом 1,5 мл 80 мкл буфера для разложения/лизиса (см. Таблицу материалов).
3. Поместите чистый наконечник для пипетки в буфер.
4. Определите раковые ткани опухолевого участка, наиболее подходящие для макродиссекции, в соответствии с соответствующим H&E-окрашенным срезом.
5. Макродиспартация раковой ткани на основе отмеченного H&E-окрашенного участка.
   1. Возьмите чистое лезвие бритвы и аккуратно соскребите раковую ткань со предметного стекла, стараясь сохранить ее в целости и сохранности, чтобы с ней было легче работать.
   2. Извлеките наконечник пипетки из одноразовой полипропиленовой пробирки, содержащей буфер, и используйте его для переноса отбракованной ткани в буферный флакон (см. Таблицу материалов).
      ПРИМЕЧАНИЕ: Влажный кончик должен притягивать ткань, что облегчает перенос.
6. Повторите шаг 1.5 с остальными слайдами.
7. После того, как вся ткань находится в одноразовой полипропиленовой трубке, используйте наконечник, чтобы убедиться, что ткань полностью погружена и не прилипает к стенке трубки.
8. Добавьте во флакон 20 мкл сериновой протеазы, связанной с субтилизином, и аккуратно перемешайте (см. Таблицу материалов).
9. Поместите флакон в блок с температурой 55 °C не менее чем на 4 часа или на ночь. Убедитесь, что через 2 часа произойдет небольшой вихрь.

Материалы

Список материалов, использованных в этой статье

Имя	Компания	Каталожный номер	Комментарии
10% додецилсульфат натрия (SDS)	Качественное биологическое	351-032-721 ЭА
Вода, прошедшая очистку от DEPC	Качественное биологическое	351-068-131 (Английский
Этилендиаминтетрауксусная кислота (ЭДТА)	Корнинг	46-034-CL
Трис гидрохлорид (Tris-HCL) 2 М pH 8,8	Качественное биологическое	351-092-101
Протеиназа К	Биолаборатории Новой Англии	П8107С
Одноразовая полипропиленовая (Eppendorf) трубка	Эппендорф	24533495

)