Для просмотра этого контента требуется подписка на JoVE. Войдите или начните свой бесплатный пробный период.

Методическая статья

Зондовая гибридизация и амплификация сигнала в РНК in situ Hybridization: метод обнаружения специфических последовательностей РНК в срезах тканей

3.2K просмотров

30 апреля 2023 г.

В этой статье

Аннотация

Источник: Outh-Gauer, S. et al. хромогенная гибридизация in situ как инструмент для диагностики рака головы и шеи, связанного с ВПЧ. J. Vis. Exp. (2019)

Это видео описывает стратегию последовательной гибридизации, которая включает в себя гибридизацию зондов мРНК мРНК с определенной мишенью. После гибридизации зондов проводится усиление сигнала для повышения разрешения за счет снижения отношения сигнал/шум во время РНК-CISH гистологических образцов.

Протокол

Все процедуры с участием людей были выполнены в соответствии с институциональными, национальными и международными рекомендациями по благополучию человека и были проверены местным институциональным наблюдательным советом.

1. Выполнение анализа

ПРИМЕЧАНИЕ: Не допускайте высыхания секций между этапами инкубации.

  1. Гибридизация зонда ВПЧ
    ПРИМЕЧАНИЕ: Перед использованием убедитесь, что зонды предварительно нагреты, чтобы растворить любые осадки. На этом этапе вместо зонда ВПЧ также может быть использована пептидил-пролилилизомераза B (PPIB) для положительного контроля или дигидродипиколитриуктаза (DAPB) для отрицательного контроля (см. Таблицу материалов).
    1. Коснитесь и/или прокрутите предметные стекла, чтобы удалить лишнюю жидкость и поместить их в решетку для слайдов. Добавьте ~4 капли зонда для ВПЧ, чтобы полностью покрыть каждый участок.
    2. Накройте противень крышкой и поставьте его в духовку на 2 часа при температуре 40 °C.
      ПРИМЕЧАНИЕ: Чтобы предотвратить испарение, убедитесь, что поворотная ручка полностью повернута в положение блокировки.
    3. Выньте противень из духовки и снимите решетку.
    4. По одному слайду за раз, быстро удалите лишнюю жидкость и поместите предметное стекло в решетку для слайдов, погруженную в форму для окрашивания, заполненную буфером для стирки 1x.
    5. Промойте предметные стекла в буфере для стирки 1x в течение 2 минут при комнатной температуре при постоянном перемешивании. Повторите это со свежим буфером для стирки 1x.
  2. Гибридизация AMP1, AMP2, AMP3 и AMP4
    ПРИМЕЧАНИЕ: Эти этапы включают в себя гибридизацию в гибридизационной печи и AMP1–AMP4 из приобретенного набора (см. Таблицу материалов).
    1. Коснитесь и/или проведите пальцем, чтобы удалить лишнюю жидкость со слайдов и поместить их в решетку для слайдов. Добавьте ~4 капли AMP1, чтобы полностью покрыть каждую секцию.
    2. Накройте противень крышкой и поставьте в духовку на 30 минут при температуре 40 °C.
    3. Выньте противень из духовки и снимите решетку.
    4. По одному слайду за раз, быстро удалите лишнюю жидкость и поместите предметное стекло в решетку для слайдов, погруженную в форму для окрашивания, заполненную буфером для стирки 1x.
    5. Промойте предметные стекла в буфере для стирки 1x в течение 2 минут при комнатной температуре при постоянном перемешивании. Повторите это со свежим буфером для стирки 1x.
    6. Повторите шаги 1.2.1–1.2.5, но используйте ~4 капли AMP2 вместо AMP1 и выдерживайте в течение 15 минут при 40 °C. Промойте предметные стекла 2 раза в течение 2 минут, оба раза в свежем буфере для стирки.
    7. Повторите шаги 1.2.1–1.2.5, но используйте ~4 капли AMP3 вместо AMP1 и выдерживайте в течение 30 минут при 40 °C. Промойте предметные стекла 2 раза в течение 2 минут, оба раза в буфере для свежей стирки.
    8. Повторите шаги 1.2.1–1.2.5, но используйте ~4 капли AMP4 вместо AMP1 и выдерживайте в течение 15 минут при 40 °C. Промойте предметные стекла 2 раза в течение 2 минут, оба раза в буфере для свежей стирки.
  3. Гибридизация AMP5 и AMP6
    ПРИМЕЧАНИЕ: Эти шаги включают в себя не гибридизацию в духовке, а гибридизацию при комнатной температуре. AMP5 и AMP6 поставляются из купленного комплекта (см. Таблицу материалов).
    1. Коснитесь и/или прокрутите предметные стекла, чтобы удалить лишнюю жидкость и поместить их в решетку для слайдов. Добавьте ~4 капли AMP5, чтобы полностью покрыть каждую секцию.
    2. Накройте лоток крышкой и выдерживайте 30 минут при комнатной температуре.
    3. По одной горке за раз, быстро удалите лишнюю жидкость и поместите ее в решетку для слайдов, погруженную в посуду для окрашивания, заполненную 1x буфером для стирки.
    4. Промойте предметные стекла в буфере для стирки 1x в течение 2 минут при комнатной температуре при постоянном перемешивании. Повторите это со свежим буфером для стирки 1x.
    5. Повторите шаги 1.3.1–1.3.4, но используйте ~4 капли AMP6 вместо AMP5 и выдерживайте в течение 15 минут при комнатной температуре. Промойте предметные стекла 2 раза в течение 2 минут, оба раза в свежем буфере для стирки.

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Раскрытие информации

Конфликт интересов не декларируется.

Материалы

Список материалов, использованных в этой статье
ИмяКомпанияКаталожный номерКомментарии
Духовой шкаф HybEZ (110 В) Advanced Cell Diagnostics Inc. 321710 (Английский
Штатив для выдвижных тележек HybEZ Advanced Cell Diagnostics Inc. 300104
RNAscope 2.5 HD Реагенты для детектирования-BROWNAdvanced Cell Diagnostics Inc.322310 (АнглийскийВ этот набор входят реагенты амплификации AMP1, AMP2, AMP3, AMP4, AMP5 и AMP6, а также реагенты детектирования DAB-A и DAB-B
РНК-скоп 3-плексный зонд с отрицательным контролем Advanced Cell Diagnostics Inc.320871DAPB
РНК-скоп 3-плексный положительный контрольный зонд Advanced Cell Diagnostics Inc.320861ППИБ
Зонд для РНК-ВПВ16/18 Advanced Cell Diagnostics Inc.311121
Промывочные буферные реагенты RNAscopeAdvanced Cell Diagnostics Inc.310091Буфер для стирки 50X x4
) )

Теги

Z