$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
1. Культура клеток
- Подготовка облученных фидерных клеток SNL76/7 (irSNL76/7) для культивирования.
Клетки SNL76/7 обычно поддерживают в среде DMEM (модифицированная Дульбекко среда Игла), содержащей 10% эмбриональной бычьей сыворотки (FBS).
- Чашку или флакон для культивирования покрывают 0,1% раствором желатина при 37 °C в инкубаторе в течение 30 минут перед извлечением клеток SNL76/7 из жидкого азота.
- При достижении клетками SNL76/7 конфлюэнтности их отделяют трипсинизацией, центрифугируют при 400 g в течение 5 мин и ресуспендируют в свежей среде.
- Ресуспендированные клетки SNL76/7 облучают в иррадиаторе 60Co дозой 5000 Rads.
В качестве альтернативного подхода клетки SNL76/7 можно заменить эмбриональными фибробластами мыши (MEF), а облучение — инактивацией митомицином.
- После облучения клетки центрифугируют при 400 g в течение 5 мин, ресуспендируют в буфере для замораживания, состоящем из 10% диметилсульфоксида (DMSO) и FBS, разливают по криопробиркам и хранят в жидком азоте для дальнейшего использования.
- Подготовка клеток OP9-DL1 для дифференцировки in vitro.
Клетки OP9-DL1 обычно поддерживают в среде α-MEM (минимальная эссенциальная среда α), содержащей 20% FBS. При достижении конфлюэнтности клетки пересевают в разведении 1:5.
- Подготовка клеток тимомы E.G7.
Клетки тимомы E.G7 обычно поддерживают в среде RPMI-1640 (среда Института памяти Розуэлла Парка), содержащей 10% FBS. При достижении конфлюэнтности клетки пересевают в разведении 1:10.
- Общее содержание иPS-клеток и TCR-трансдуцированных иPS-клеток.
- Чашку для культивирования покрывают 0,1% раствором желатина при 37 °C в течение 30 минут перед высевом фидерных клеток irSNL76/7 за один день до восстановления или пассирования иPS-клеток.
- Для пассирования иPS-клеток их отделяют трипсинизацией, центрифугируют при 400 g в течение 5 мин и ресуспендируют в среде DMEM с 15% FBS.
- Трипсинизированные иPS-клетки инкубируют в чистой чашке для культивирования в течение 30 минут в инкубаторе при 37 °C перед высевом на свежую чашку с предварительно нанесенным слоем фидерных клеток irSNL76/7, чтобы исключить дифференцированные клетки и остатки фидерных клеток.
- После инкубации 4×106 клеток высевают в чашку для культивирования диаметром 100 мм.
2. Программирование in vitro
- Система кокультивирования in vitro.
- В день 0 5x104 иПСК высеивают в чашку Петри диаметром 100 мм, содержащую конфлюэнтный монослой клеток OP9-DL1 в среде α-MEM с 20% FBS.
- На 3-й день культуральную среду заменяют на свежую.
-
- На 5-й день клетки отделяют трипсином и центрифугируют при 400 g в течение 5 мин, после чего инкубируют в новой чашке Петри диаметром 100 мм в течение 30 минут в инкубаторе при 37 °C.
- Взвешенные клетки собирают и подсчитывают; 5x105 клеток переносят в новую чашку Петри, содержащую конфлюэнтный монослой клеток OP9-DL1 в среде α-MEM с 20% FBS. В культуру добавляют цитокин mFlt-3L (конечная концентрация: 5 ng/mL).
-
- На 8-й день слабо прикрепившиеся клетки осторожно осаждают с помощью пипетки.
- Подпитывающий слой OP9-DL1 промывают 10 mL PBS еще один раз для обеспечения максимального выхода частично дифференцированных иПСК.
- После сбора клеток из кокультуры их центрифугируют при 400 g в течение 5 мин и ресуспендируют в среде α-MEM с 20% FBS, дополненной mFlt-3L (5 ng/mL) и mIL-7 (1 ng/mL).
- Клетки переносят в 6-луночный планшет для культивирования, покрытый конфлюэнтными клетками OP9-DL1. Обычно иПСК, полученные из одной чашки Петри диаметром 100 мм, переносят в одну лунку 6-луночного планшета.
-
- Начиная с 10-го дня, культуральную среду заменяют через день (среда α-MEM с 20% FBS, дополненная mFlt-3L (5 ng/mL) и mIL-7 (1 ng/mL)).
- Планшеты с фидерными клетками OP9-DL1 заменяют каждые 4–6 дней в зависимости от роста фидерных клеток.
- Созревание частично дифференцированных иПСК in vivo.
- На 22-й день кокультивирования иПСК отделяют трипсином, центрифугируют при 400 g в течение 5 мин и инкубируют в новой чашке для культивирования при 37 °C в течение 30 минут.
- Взвешенные клетки собирают, пропускают через нейлоновый фильтр с порами 70 μm для удаления клеточных агрегатов, которые могут вызвать тромбоэмболию легочной артерии у мышей, и трижды промывают холодным PBS.
- Клетки ресуспендируют в PBS до концентрации 1.5x107 клеток/mL.
- Перед инъекцией клетки выдерживают на льду.
- Перед внутривенным (i.v.) введением в хвостовую вену мышей помещают под инфракрасную лампу для расширения вены хвоста.
- После расширения вены 200 μl клеточной суспензии или 3x106 клеток адаптивно переносят 4-недельной мыши линии B6.129S7-Rag1tm1Mom/J через хвостовую вену. Для созревания частично дифференцированных иПСК in vivo выжидают три недели.
- Оценка.
- Морфологические изменения дифференцированных клеток и степень восстановления клеток. Рисунок 1.
- На разные дни кокультивирования с клетками OP9-DL1 делают снимки живых клеток с помощью обычного микроскопа.
- Степень восстановления клеток рассчитывают на основе количества клеток, собранных из культуры.
- Проточный цитометрический анализ изменений поверхностных маркеров. Рисунок 2a.
- На разные дни кокультивирования клетки удаляют из культуры путем трипсинизации и промывают холодным PBS перед окрашиванием поверхности клеток.
- Перед окрашиванием антителами, конъюгированными с различными флуорохромами, клетки блокируют Fc-блокатором 24G2 при 4 °C в течение 20 минут.
- После 20-минутного окрашивания при 4 °C клетки трижды промывают холодным PBS перед проведением проточного цитометрического анализа.
- Активация иПСК, дифференцированных in vitro. Рисунок 2b.
- За один день до теста на активацию 24-луночный планшет предварительно покрывают анти-CD3 (конечная концентрация: 4 μg/mL в PBS) при 4 °C в течение ночи.
- На 22-й день кокультивирования Т-клетки, полученные из иПСК, собирают из культуры и промывают холодным PBS перед стимуляцией анти-CD3, нанесенными на планшет, и растворимыми антителами анти-CD28 (конечная концентрация: 4 μg/mL).
- Инкубацию проводят в инкубаторе при 37 °C и 5% CO2 в течение 40 часов, после чего в культуру добавляют бефилдин А еще на 4 часа.
- По окончании кокультивирования клетки собирают, промывают и блокируют Fc-блокатором, как описано выше. Заблокированные клетки окрашивают на поверхностные маркеры, такие как CD8 и Vβ-цепь TCR, используя антитела, конъюгированные с флуорохромами.
- После окрашивания поверхности клетки фиксируют 4% формальдегидом и пермеабилизируют с помощью набора для пермеабилизации Biolegend.
- После пермеабилизации внутриклеточные молекулы, такие как IL-2 и IFN-γ, окрашивают антителами, конъюгированными с флуорохромами.
- Перед окончательным проточным цитометрическим анализом клетки трижды промывают холодным PBS для удаления избытка антител.
- Созревание у мышей Rag-/-.
- После трех недель развития in vivo мышей Rag-/- усыпляют, извлекают селезенку и лимфатические узлы.
- Одиночные клетки получают путем механического разрушения тканей. Эритроциты лизируют с помощью буфера для лизиса ACK, затем собирают мононуклеары и дважды промывают их холодным PBS.
- После промывки клетки блокируют Fc-блокатором 24G2 при 4 °C в течение 20 минут, после чего окрашивают различными конъюгированными с флуорохромами антителами анти-CD3, анти-CD4, анти-CD8 и анти-TCRβ при 4 °C в течение 20 минут.
- По окончании окрашивания клетки трижды промывают холодным PBS перед проведением проточного цитометрического анализа.
3. Программирование in vivo
- Создание ретровирусной конструкции.
- Вектор MSCV-IRES-DsRED (MiDR) сконструирован на основе вектора MSCV-IRES-GFP путем замены гена GFP геном DsRED.
- Ген рецептора T-клеток OT-I субклонируют в вектор MiDR для создания конструкции OT-I/MiDR.
- Ретровирусная трансдукция и сортировка клеток.
- Клетки упаковки Plat-E используются для получения псевдовирусов, которые будут применяться для последующей трансдукции.
- 3x106 Клетки Plat-E высевают в чашку для культивирования диаметром 100 мм за один день до трансфекции.
- В день 0 клетки Plat-E будут трансфицированы плазмидой OT-I MiDR с использованием реагента для трансфекции GeneJamma.
- В 1-й день 1x106 Клетки иПСК высеют в одну лунку 24-луночного планшета, предварительно покрытого 0,1% желатином.
-
- На второй день супернатант, содержащий псевдовирусы, будет собран из культуры Plat-E и пропущен через фильтр с порами 0,4 мкм для удаления потенциальных загрязнений.
- Трансдукцию проведут при температуре 32 °C, центрифугируя при 1400 об/мин в течение 1 часа в присутствии полибрена в концентрации 5 мкг/мл.
- После трансдукции с использованием центрифугирования клетки помещают в условия 32 °C и 5% CO22 инкубатор на ночь.
- На 3-й день повторите процедуру трансдукции, описанную для 2-го дня. Планшет на 6 лунок будет предварительно засеян фидерными клетками irSNL76/7 для последующего использования.
- На 4-й день трансдуцированные иПСК трипсинизируют, центрифугируют при 400 g в течение 5 мин и высевают на предварительно подготовленные фидерные клетки irSNL76/7.
- При достижении конфлюэнтности клетки подвергают трипсинизации, центрифугируют при 400 g в течение 5 мин и подготавливают к сортингу. Клетки, имеющие двойную экспрессию GFP и DsRED, выделяют с помощью клеточного сортера MoFlo. Отсортированные клетки культивируют на фидерных клетках irSNL76/7 для дальнейшего использования.
- Адоптивный перенос и введение опухолевых клеток.
Клетки иПСК, трансдуцированные TCR OT-I (OT-I/iПСК), обычно культивируют на фидерных клетках irSNL76/7, как описано выше.
- В день адаптивного переноса клетки OT-I/iPS отделяют с помощью трипсина, центрифугируют при 400 g в течение 5 минут и ресуспендируют в свежей среде.
- Требуется инкубация в течение 30 минут в инкубаторе при 37 °C в чашке с новой культурой для удаления дифференцированных клеток и остаточных фидерных клеток.
- По окончании инкубации следует собрать плавающие клетки и центрифугировать их при 400 g в течение 5 мин.
- Осадок клеток трижды промывают холодным раствором PBS, при этом между двумя промывками клетки пропускают через нейлоновый фильтр с размером пор 70 мкм для удаления клеточных агрегатов (двойная фильтрация).
- После промывки клетки подсчитывают и ресуспендируют в холодном PBS до концентрации 1,5x10⁶.7 кл/мл
- Перед введением клетки следует хранить на льду.
- Для адаптивного переноса будут использованы самки мышей линии C57BL/6J в возрасте 4–6 недель. Перед в.в. для инъекции в хвостовую вену мышей помещают под инфракрасную лампу для расширения хвостовых вен.
- После расширения вены вводят 200 мкл клеточной суспензии или 3x106 клетки будут введены путем адаптивного переноса через хвостовую вену. Далее будет выдержана пауза в шесть недель для in vivo созревание индуцированных плюрипотентных стволовых клеток, трансдуцированных TCR мышей линии OT-I.
-
- Спустя шесть недель в/в инъекция, 4x106 Клетки тимомы E.G7 будут введены путем внутрибрюшинной инокуляции.
- Клетки тимомы E.G7 собирают из культуры и промывают трижды в PBS.
- По окончании промывки клетки будут суспендированы в холодном PBS в концентрации 8x10^6.7 клеток/мл.
- 50 мкл клеточной суспензии или 4x106 клетки будут введены в брюшную полость.
- Оценка.
- In vitro характеристика иПСК, трансдуцированных TCR мышей линии OT-I.
- Флуоресцентная микроскопия клеток, дважды положительных по DsRED и GFP, будет проводиться с использованием обычного флуоресцентного микроскопа на нефиксированных живых клетках.
- Интеграция и экспрессия гена будут проанализированы с помощью ПЦР и ОТ-ПЦР.
- Клеточную ДНК или РНК будут изолировать из образцов по отдельности с использованием набора для выделения ДНК или РНК компании Qiagen.
- ПЦР и ОТ-ПЦР будут проведены с использованием праймеров, специфически распознающих рекомбинированную область VDJ цепи TCR Vβ5.
- Развитие и созревание Т-клеток. Рисунок 3a.
- На 2-й, 4-й и 6-й неделе после переноса клеток животные будут подвергнуты эвтаназии, после чего у них будут извлечены селезенка и лимфатические узлы.
- Одноклеточная суспензия будет получена путем механического разрушения ткани. Эритроциты подвергнут лизису с использованием лизирующего буфера ACK, после чего мононуклеарные клетки соберут и дважды промоют в холодном PBS.
- После промывки клетки инкубируют с Fc-блокатором 24G2 при 4 °C в течение 20 минут; по окончании блокировки клетки разделяют на аликвоты и окрашивают антителами, конъюгированными с различными флуорохромами, при 4 °C в течение 20 минут.
- По завершении окрашивания клетки трижды промывают холодным фосфатно-солевым буфером (PBS) перед нанесением на проточный цитометр.
- Пептидная стимуляция. Рисунок 3b.
- На 50-й день после введения опухолевых клеток животных подвергнут эвтаназии, после чего извлекут селезенку и лимфатические узлы.
- Одноклеточная суспензия будет получена путем механического разрушения. Эритроциты будут лизированы с использованием лизирующего буфера ACK, после чего мононуклеары будут собраны и дважды промыты холодным PBS.
- CD8+ Т-клетки будут выделены с использованием набора CD8 компании Miltenyi Biotec.+ Набор для выделения Т-клеток. Выделенные CD8+ Т-клетки смешивают с облученными спленоцитами, выделенными из наивных мышей линии C57BL/6J, в соотношении 1:10 и подвергают пульсации 0,5 мкмоль/мл OVA257-264 пептид в течение 40 часов. После этого в культуру добавят брефелдин А еще на 4 часа.
- По завершении совместного культивирования клетки собирают, промывают и блокируют Fc-блокатором, как описано выше.
- Заблокированные клетки будут окрашены на поверхностные маркеры, такие как CD8 и цепь TCR Vβ5, с использованием конъюгированных с флуорохромами антител.
- После окрашивания поверхности клеток их фиксируют 4% формальдегидом и подвергают пермеабилизации с помощью набора для пермеабилизации клеток.
- После пермеабилизации внутриклеточные молекулы, такие как IL-2 и IFN-γ, окрашивают с помощью антител, конъюгированных с флуорохромом.
- Перед окончательным анализом методом проточной цитометрии клетки промывают трижды в холодном PBS для удаления избытка антител.
- In vivo анализ цитотоксичности (тест на гибель клеток) Рисунок 3C.
- Спленоциты мышей линии C57BL/6J (наивных) будут выделены и маркированы карбоксифлуоресцеин-сукцинимидным эфиром (CFSE) для использования в качестве клеток-мишеней.
- Клетки, меченые CFSE в концентрации 5 мкмоль/мл (CFSEЗдравствуйте клетки) будут стимулированы OVA в концентрации 10 мкг/мл257-264 пептид и клетки, меченные 0,5 мкмоль/мл CFSE (CFSEло клетки) не будут подвергаться воздействию импульсов.
- Смесь 2,5x106 CFSEЗдравствуйте клетки плюс 2,5x106 CFSE (карбоксифлуоресцеин сукцинимидэфир)ло клетки будут перенесены путем адаптивного переноса посредством внутривенной инъекции указанному реципиенту.
- Через 16 часов из этих мышей будут выделены спленоциты, после чего CFSE+ клетки будут проанализированы с помощью проточной цитометрии.
- Подсчет количества опухолевых клеток в брюшной полости. Рисунок 4.
На 20-й день после введения опухолевых клеток мышей усыпляют и проводят промывание брюшной полости холодным раствором PBS. Полученные в результате промывания опухолевые клетки подсчитывают.
- Идентификация Т-клеток, инфильтрирующих опухоль. Рисунок 5.
- На поздней стадии опухолевого воздействия мышей подвергнут эвтаназии и удалят опухоли из брюшной полости у животных из разных групп.
- Опухоль разделяют на фрагменты; один фрагмент помещают в криопробирку и немедленно переносят на сухой лед, вторую половину фиксируют в формальдегиде, а третий фрагмент сохраняют в кондиционированной среде RPMI-1640 для последующего использования.
- H&Окрашивание на E будет выполнено в соответствии с общим протоколом с использованием образцов, фиксированных формальдегидом и залитых парафином.
- Иммунофлуоресцентное окрашивание будет проведено на криоконсервированных образцах.
- Ткань будет нарезана на срезы и сохранена при температуре -20 °C до использования.
- Срезы тканей подвергнут высушиванию на воздухе в течение 15 минут, после чего проведут фиксацию холодным ацетоном в течение 15 минут.
- После фиксации срезы высушивают на воздухе еще в течение 15 минут, после чего промывают в PBS в течение 5 минут.
- После промывки поместите предметные стекла в увлажненную камеру и нанесите на срез ткани 30 мкл 3% раствора BSA в PBS на 30 минут для блокирования неспецифического связывания.
- По окончании блокировки удалите остатки блокирующего буфера с помощью фильтровальной бумаги и нанесите на срезы ткани 50 мкл смеси антител PE-anti-TCR Vα2 и антител FITC-anti-OVA, разведенных в 3% растворе BSA в PBS.
- Инкубируйте в увлажненной камере в течение 2 часов, после чего объектные стекла трижды промойте холодным фосфатно-солевым буфером (PBS) и закройте водойным закрепляющим средством перед исследованием с помощью флуоресцентной микроскопии.
- Проточный цитометрический анализ опухоль-инфильтрирующих Т-клеток.
- Опухоль будет гомогенизирована до получения суспензии из отдельных клеток, после чего эритроциты будут подвергнуты лизису с использованием лизирующего буфера ACK.
- После промывки и блокирования клетки будут помечены различными антителами, конъюгированными с флуорохромами, которые специфически распознают молекулы CD8, TCR Vα2 и TCR Vβ5, экспрессируемые на поверхности клеток.
- Выживаемость мышей. Рисунок 6.
После введения опухолевых клеток будет проводиться тщательный мониторинг выживаемости мышей.
4. Репрезентативные результаты
CD3 и TCRβ используются в качестве маркеров T-клеток. Чтобы определить, может ли стимуляция iPS-клеток лигандом Notch DL1 способствовать дифференцировке T-клеток, мы оценили экспрессию CD3 и TCRβ+ на клетках, производных от iPS-клеток, и далее проанализировали экспрессию CD4 и CD8, используя гейтирование по популяции CD3+ и TCRβ+. Как показано здесь, на 22-й день из iPS-клеток in vitro были получены CD3+ TCRβ+ CD4- CD8+ одноположительные (SP) T-клетки. Кроме того, полученные из iPS-клеток SP-клетки были способны вырабатывать IL-2 и IFN-γ при стимуляции in vitro антителами к CD3, нанесенными на планшет, и растворимыми антителами к CD28 (Рис. 2), что свидетельствует о функциональности полученных из iPS-клеток T-клеток.
После адаптивного переноса реципиентам-мышам большинство иПСК, трансдуцированных геном TCR, дифференцировались в CD8+ ЦТЛ, которые реагировали in vitro на стимуляцию пептидом путем секреции IL-2 и IFN-γ (Рис. 3). Что наиболее важно, адаптивный перенос трансдуцированных TCR иПСК вызывал инфильтрацию OVA-реактивных ЦТЛ в ткани опухоли и защищал животных от опухолевого воздействия (Рис. 5-6). Таким образом, иПСК, трансдуцированные геном TCR, могут дифференцироваться в функциональные антигенспецифические ЦТЛ in vivo.

Рисунок 1. Морфология дифференцировки иПСК. В разные дни иПСК мыши совместно культивировали с клетками OP9-DL1 в среде α-MEM с добавлением 20% FCS и 2.2 g/L бикарбоната натрия в присутствии 5 ng/ml mFlt3L и 1 ng/ml mIL-7.

Рисунок 2. Дифференцировка Т-клеток из иПСК. Мышиные иПСК культивировали совместно с клетками OP9-DL1, как описано на Рисунке 1. На 22-й день клетки, производные от иПСК, выделяли и анализировали. A) Клетки CD4+ CD8- или CD4- CD8+ после выделения популяций CD3+ и TCRβ+. B) Клетки стимулировали анти-CD3 антителами, нанесенными на планшет, и растворимыми анти-CD28 антителами в течение 5 часов при 37 °C и 5% CO2. Анализ IL-2 и IFN-γ проводили методом внутриклеточного окрашивания после выделения живых Т-клеток CD4- CD8+.

Рисунок 3. Развитие антигенспецифических CD8+ Т-клеток из iPS-клеток in vivo. iPS-клетки, трансдуцированные геном TCR OT-I, вводили i.v. мышам линии C57BL/6. Через шесть-десять недель определяли развитие OVA-специфических CD8+ Vβ5+ Т-клеток. A) Т-клетки CD8+ Vβ5+ из объединенных лимфатических узлов и селезенки анализировали методом проточной цитометрии после выделения популяции CD8+. B) Продукцию IL-2 и IFN-γ (темные линии; закрашенные области обозначают изотипический контроль) определяли с помощью внутриклеточного окрашивания на цитокины после выделения популяций CD8+ Vβ5+. C) Анализ пролиферации/цитотоксичности in vivo. Таргетные клетки CFSEhi (правые пики) и CFSElo (левые пики) подвергали пульсированию пептидом OVA257-264 и контролем соответственно, после чего вводили мышам через десять недель после переноса iPS-клеток или через один день после переноса CTL OT-I.

Рисунок 4. Адоптивный перенос iPS-клеток, трансдуцированных геном OT-I TCR, подавляет рост опухоли. iPS-клетки, трансдуцированные геном OT-I TCR, были адоптивно перенесены мышам C57BL/6. Одной группе мышей вводили OVA-реактивные CD8+ T-клетки от трансгенных мышей OT-I TCR, а в другой группе перенос клеток не проводился. Через шесть недель или на следующий день после переноса клеток мышам вводили опухолевые клетки E. G7. На 20-й день проводили подсчет опухолевых клеток в брюшной полости.

Рисунок 5. Инфильтрация опухолевых тканей антигенспецифическими CTL, полученными из иПСК. На 30–35 день после введения опухолевых клеток ткани опухоли были исследованы на наличие инфильтрации опухоль-реактивных Т-клеток. A) Окрашивание гематоксилином и эозином (H&E). Инфильтрация воспалительных клеток в ткани опухоли (↓). B) Иммуногистохимическое окрашивание. OVA-специфические Vα2+ CTL (красный цвет) инфильтрировали экспрессирующие OVA ткани опухоли (зеленый цвет). C) Суспензии одиночных клеток из тканей опухоли были проанализированы методом проточной цитометрии на экспрессию Vα2+ и Vβ5+ после гейтирования по популяции CD8+.

Рисунок 6. Адоптивный перенос iPS-клеток, трансдуцированных геном TCR OT-I, поддерживает выживаемость мышей. iPS-клетки, трансдуцированные геном TCR OVA, были адоптивно перенесены мышам линии C57BL/6, подвергнутым воздействию опухолевых клеток E. G7, как описано на рис. 4. Выживаемость мышей на 50-й день представлена кривыми выживаемости Каплана-Мейера (n=6).