1. VNP (CPMV, BMV, PVX, и ВТМ) Распространение
- Установите камеру закрытый завод контролирует до 15 часов в день (100% света, 25 ° C, влажность 65%) и 9 ч ночи (0% света, 22 ° С, 60% влажности).
- Инокулировать растений в соответствии с графиком в таблице 1.
| CPMV | PVX, ВТМ, и BMV |
| День 0: Plant 3 вигны семян / горшок. | День 0: Завод ~ 30 Н. benthamiana семян / горшок. Удобрять раз в неделю с 1 столовую ложку удобрения / 5 л воды. |
| День 14: Re-пот Н. benthamiana на 1 растение / банк. |
| День 10: Infect оставляет первичные листья с CPMV (5 мкг/50 мкл / лист) механической инокуляции с помощью светового пыль карборунда. | День 28: Infect трех до FIve листья с PVX, ВТМ, или BMV (5 мкг/50 мкл / лист) механической инокуляции с помощью светового пыль карборунда. |
| День 20: Harvest листья и хранят в -80 ° C. | День 42: Harvest листья и хранят в -80 ° C. |
Таблица 1. Сроки растет, заражение, и сбор урожая листьев.
Примечание: только распространение CPMV показана в качестве примера.
2. VNP (CPMV, BMV, PVX, и ВТМ) очистки
Примечание: Все действия выполняются на льду или при температуре 4 ° C.
- Однородный 100 г замороженных листьев в стандартный блендер использованием 2-х томах холодного раствора (см. таблицу 2). Фильтр через 2-3 слоя марли.
- Для PVX, отрегулировать рН до 6,5 с помощью 1 M HCl. Добавить 0,2% (вес / объем) аскорбиновой кислоты и 0,2% (вес / объем) натрия sulfiТе.
- Центрифуга гомогената растительным сырьем при 5500 х г в течение 20 мин. Сбор супернатант.
- Для BMV, слой 25 мл супернатанта более 5 мл 10% (вес / объем) раствор сахарозы. Центрифуга при 9000 мкг в течение 3 ч и ресуспендируют гранул в 38,5% CsCl решение (вес / объем). Mix путем встряхивания в течение 5 часов, а затем продолжить с шага 2.12.
- Извлечение растительного материала путем добавления 0,7 объемов 1:1 (объем / объем) хлороформа :1-бутанола. Размешайте смесь в течение 30-60 мин.
- Центрифуга решение при 5500 х г в течение 20 мин. Соберите верхнюю водную фазу.
- Добавить NaCl до 0,2 М и 8% (вес / объем) ПЭГ (MW 8000). Для ВТМ, добавить 1% (V / V) Triton X-100. Движение по крайней мере, 1 час, то пусть сидят, по крайней мере, 1 час.
- Центрифуга решение при 15000 х г в течение 15 мин. Ресуспендируют гранул в 10 мл буфера. Для PVX, добавить 0,1% β-меркаптоэтанол и мочевины до 0,5 М.
- Центрифуга при 8000 мкг в течение 30 минут и собирают супернатант.
- Ультрацентрифуге супернатанта при 160000 х г в течение 3 часов. Ресуспендируют гранул в 5 мл буфера выводаvernight.
- Подготовить 10-40% сахарозы градиентом, используя равные объемы 10%, 20%, 30% и 40% сахарозы в буфере (тяжелый первый). Разрешить градиента, чтобы уравновесить ночь при комнатной температуре.
- Ультрацентрифуга суспендируют осадок на градиенте сахарозы при 100000 х г в течение 2 часов (24 ч для BMV).
- Сбор светлая полоса рассеяния и диализ против буфера.
- Охарактеризовать VNPs (см. ниже) и хранить при 4 ° C. Для длительного хранения, хранят при температуре -80 ° C.
| CPMV и ВТМ | 0,1 М калий-фосфатного буфера (рН 7,0) 38,5 мм KH 2 PO 4 61,5 мм K 2 HPO 4 |
| PVX | 0,5 М бората буфером (рН 7,8) 0,5 М борной кислоты Отрегулируйте рН с NaOH |
| BMV | SAMA буфером (рН 4,5) 250 мМ ацетата натрия 10 мМ MgCl 2 2 мМ β-меркаптоэтанол (добавить свежие) |
Таблица 2. Буферы и их рецепты для каждого VNP.
Примечание: только распространение CPMV показана в качестве примера.
3. VNP (CPMV, BMV, PVX, и ВТМ) Характеристика
- Выполните УФ / видимой спектроскопии для определения концентрации VNPs.
- Измерить абсорбцию во 2 мкл образца с помощью NanoDrop спектрофотометр.
- Определить концентрацию частиц и красителей помощью Beer-Lambert закон (= εcl, где это поглощение, ε-коэффициент экстинкции, с-концентрация, и я это путь длиной). Длина пути составляет 0,1 см для NanoDrop.
VNP конкретные коэффициенты экстинкции являются:
CPMV: 8,1 см -1 мг -1 мл (при 260 нм)
PVX: 2,97 см -1 мг -1 мл (при 260 нм)
TMV: 3,0 см -1 мг -1 мл (при 260 нм)
BMV: 5,15 см -1 мг -1 мл (при 260 нм)
- Анализ частиц по размерам и исключения быстрой жидкостной хроматографии белков (FPLC).
- Использование Superose 6 гель-колонки и Akta Explorer, нагрузка 50-100 мкг VNPs в 200 мкл 0,1 М калий-фосфатного буфера (рН 7,0).
- Установка детекторов до 260 нм (нуклеиновые кислоты), 280 нм (белок), а длина волны возбуждения любого красителей прилагается.
- Запуск при скорости потока 0,5 мл / мин в течение 72 мин.
- Профиль элюции и A260: A280 нм указывает, является ли подготовка VNP чисто и ли частицы целы и собраны.
Следующие A260: 280 отношения указывают чистого препарата VNP:
CPMV: 1,8 ± 0,1
PVX: 1,2 ± 0,1
TMV:1,1 ± 0,1
BMV: 1,7 ± 0,1
- Выполните денатурации (сборные NuPAGE) Bis-Tris полиакриламидном 4-12% градиентного гель-электрофореза для анализа чистоты подготовке и сопряжения отдельных белков пальто.
- Добавьте 3 мл буфера для образцов 4x LDS до 10 мкг частиц в 9 мкл буферного раствора фосфата калия. Добавить еще 1 мкл образца 4x LDS буфера и 3 мкл β-меркаптоэтанола к BMV сократить большое количество дисульфидных связей.
- Инкубируйте в нагревательный блок в течение 5 мин при температуре 100 ° C.
- Загрузка образцов на гель SDS.
- Выполнить образцы при 200 В в течение 1 часа в 1x MOPS работает буфер.
- Документ гель под воздействием ультрафиолетового излучения для визуализации флуоресцентных белков пальто.
- Для не-флуоресцентный белок, пятно Кумасси синего (0,25% (вес / объем) Кумасси Brilliant Blue R-250, 30% (об / об) метанола, 10% (V / V) уксусной кислоты) в течение 1 часа.
- Destain с 30% метанола, 10% уксусной кислоты в течение ночи. ChanGE решение, если требуется.
- Документ гель при дневном свете.
- Анализ целостности частиц методом просвечивающей электронной микроскопии (ПЭМ).
- Развести образцы 0.1-1 мг / мл в 20 мкл дистиллированной воды.
- Поместите 20 мкл капли образца на Parafilm.
- Крышка капель с сеткой ТЕА и пусть сидят в течение 2 мин. Вика излишки раствора на сетку с фильтровальной бумагой.
- Промойте сетку размещения на каплю воды DI, то влагу сухой.
- Пятно сетку, поставив на 20 мкл капли 2% (вес / объем) уранилацетата в течение 2 мин. Вика лишнее пятно с фильтровальной бумагой.
- Промойте сетку еще раз в воду.
- Соблюдайте сетку под просвечивающего электронного микроскопа.
4. Химическая Сопряжение VNPs с ПЭГ и флуорофоры, очистка и характеристика
- Для расчетов для реакций ниже, молярная масса VNPs являются:
CPMV: 5,6х 10 6 г / моль
PVX: 35 х 10 6 г / моль
TMV: 41 х 10 6 г / моль
BMV: 4,6 х 10 6 г / моль - Сопряженные красителей и ПЭГ на поверхности лизинов из CPMV и ХВК, используя один шаг N-гидроксисукцинимид реакции сочетания: Добавить 2500 молярных эквивалентов (все молярной эксцессов относятся к молярным избытком в ВНП) от Alexa Fluor 647 сукцинимидил эфира и 4500 эквивалентами NHS- PEG (MW 5.000) растворяли в ДМСО в CPMV в 0,1 М фосфатного буфера калия. При работе с PVX, добавьте 10000 молярный избыток NHS-красителя и NHS-PEG. Отрегулируйте буфер и ДМСО объемы такие, что конечная концентрация CPMV и PVX составляет 2 мг / мл и ДМСО содержание составляет 10% от общего объема реакции. Выдержите в течение ночи реакционную смесь при комнатной температуре в защищенном от света месте. CPMV и PVX есть 300 и 1270 адресуемых лизина, соответственно. (Отсылаем читателя к следующей ссылки для дальнейшего чтения похимическая модификация CPMV и PVX: 13-15).
- Сопряженные красителей и PEG в тирозины ВТМ по диазония связи следует меди (I)-катализируемой азид-циклоприсоединения алкинов.
- Подготовка соли диазония (алкинов) путем смешивания 400 мкл 0,3 М р-толуолсульфокислоты, 25 мкл 3,0 М нитрита натрия и 75 мкл 0,68 млн. дистиллированной 3-ethynylaniline растворяют в ацетонитриле при 4 ° С в течение 1 часа.
- Добавить 3,3 мл боратного буфера, рН 8,8, содержащий 100 мМ NaCl в 1,25 мл ВТМ (20 мг / мл раствора).
- Реакция ВТМ с 450 мкл соли диазония (алкинов) раствор в ледяной бане в течение 3 часов, чтобы добавить алкином перевязки обращаться к ВТМ по диазония связи. Решение превратится в светло-коричневый цвет. TMV есть 2140 доступных тирозины для сопряжения.
- Очищают окончательного продукта с использованием сахарозы подушке, как описано в пункте 4.4.
- Прикрепить азид-функциональной Alexa Fluor 647 и ПЭГ-азид (MW 5.000) Усинг меди (I)-катализируемой азид-циклоприсоединения алкинов (CuAAC). Добавить 2 эквивалентов красителей и PEG-азид в белковую оболочку и инкубируют с 1 мМ CuSO 4, 2 мМ AMG, и 2 мМ аскорбата натрия при комнатной температуре в течение 15 мин. Отрегулируйте объем буфера так, чтобы конечная концентрация реакции ВТМ составляет 2 мг / мл. (Отсылаем читателя к следующей ссылки для дальнейшего чтения по химической модификации TMV: 16,17).
- Сопряженные красителей для лизина и цистеина PEG, чтобы из BMV цистеина мутант (cBMV):
- Добавить 2000 молярных эквивалентов Орегон Зеленый 488 сукцинимидил эфира растворяют в ДМСО в cBMV в 0,1 М TNKM буфера (50 мМ Трис-основания, 50 мМ NaCl, 10 мМ KCl, 5 мМ MgCl 2, рН 7,4). Отрегулируйте буфер и ДМСО объемы такие, что конечной концентрации BMV составляет 1 мг / мл и ДМСО содержание составляет 10% от общего объема реакции. Инкубируйте реакционной смеси в течение ночи при 4 ° C в защищенном от света.
- Purify частицы с помощью центробежнойfugal фильтры, как описано в пункте 4.4.
- Добавить 2000 молярного избытка PEG-малеимида (MW 2.000) с использованием тех же условиях реакции, как до, так и инкубировать реакционной смеси в течение 2 ч при 4 ° C. cBMV имеет 180 реактивных лизина и цистеина. (Отсылаем читателя к следующей ссылки для дальнейшего чтения по химической модификации BMV: 18).
- Очистка: Передать раствор через 40% (вес / объем) сахарозы подушке на 160000 мкг в течение 2,5 часов. Повторно растворить осадок в буфер. Кроме того, диализ против соответствующего буфера, используя 10 кДа отсечки фильтров спина.
- Характеристика: ПЭГилированный и флуоресцентно-меченных VNPs анализируются с помощью описанных выше методов: УФ / видимой спектроскопии, SDS гель-электрофореза, FPLC, и TEM (не показан, однако, относятся к рис. 6 и 7).
5. Нацеливание на опухоль и визуализации с использованием модели мыши ксенотрансплантата
- Культура НТ-29 толстой кишки человека раковых клеток в среде RPMI с добавлением 5% FBS, 1% пенициллина, стрептомицина и 1% L-глутамина при 37 ° С в 5% СО 2 с использованием 175 см 2 колбы культуре клеток.
- Вымойте клетки дважды стерильной PBS и сбора урожая путем инкубации с 5 мл трипсина-EDTA при 37 ° C в течение 5 мин. Инактивации трипсина с 5 мл среды RPMI. Сбор клеток путем центрифугирования при 500 мкг в течение 5 мин. при 4 ° С и ресуспендируют в свежей RPMI на 5x10 6 cells/50 мкл среды (определить общее количество клеток с использованием трипанового синего и гемоцитометр). Смешать с равным объемом матригель перед инъекцией (держать все решения и реагенты стерильные).
- Закупка шестинедельных NCR Nu / Nu мыши и сохранить их на люцерну диета на 2 недели. [Примечание:. Всех животных процедуры должны быть IACUC утвержденных] Вызвать ксенотрансплантатов опухоли путем подкожной инъекции 5x10 6 клеток/100 мкл / опухоли в бока (2 опухолей / мышь), используя 18 1/2 калибровочных стерильныхиглу. Следить за животным регулярно. Измерьте размер опухоли использованием суппортами и позволяют опухоли расти в среднем объеме 20 мм 3 (в течение 12 дней). Назначение мышей к двум различным группам случайным: PBS и ВНП (п = 3 животных / группы / момент времени). Использование 1 мл 28 Шприц инсулин датчика, управление внутривенно хвостовой вены для инъекций 100 мкл стерильной PBS или 10 мг / кг VNP формулировки.
Примечание: Культура ткани экспериментов и исследований с живыми животными не будет показано. Практическая демонстрация будет ограничено обработки тканей и сбора данных. Для ссылки на HT-29 модель ксенотрансплантатов опухоли, мы отсылаем читателя к работе 19.
Три методы используются для оценки опухоли самонаведения VNPs:
- Флуоресценция визуализации с использованием Maestro Imaging System: Жертва мышей в различные моменты времени (2, 24 и 72 часов) с использованием CO 2газа. Препарировать животных и акцизных все основные органы (мозг, сердце, легкие, селезенка, почки и печень), а также опухоли на флангах, разместить тканей на парафильмом и анализа с флуоресцентной инструмент визуализации с использованием желтого возбуждения и испускания фильтры (800 мс воздействия), чтобы обнаружить присутствие флуоресцентные сигналы в тканях (производное от A647 этикетке сопряженных с VNPs). Сохранить изображения и анализа интенсивности использования флуоресцентных ImageJ 1.44o программного обеспечения ( http://imagej.nih.gov/ij ). Сравните структуру поглощения VNPs в опухолях с другими крупными ткани со временем.
- После обработки изображений, разрезать каждую ткань пополам и одну половину вставлять в октябре соединение для крио-срезов и конфокальной анализа. Сбор другая половина в предварительно взвешенные крио-флаконов и сразу же заморозить их использованием жидкого N 2. Хранить при температуре от -80 ° C до готовности для дальнейшей обработки.
- Флуоресценция определения: ReШнур тканей веса. Оттепель замороженных тканей при комнатной температуре и поместите их в отдельную 50 мл пробирки Сокол, содержащий 1 мл PBS. Использование ручной гомогенизатор тканей, гомогенизации ткани в течение 2-3 мин в PBS затем передать гомогената в микроцентрифуге труб. Центрифуга гомогенатах в течение 10 мин при 13000 мкг для удаления не гомогенизированные ткани.
- Внесите 100 мкл супернатанта из тканей из каждой группы (PBS и VNP составы / моменты времени) в 384-луночные черные УФ пластины. Оценка интенсивности флуоресценции (Ex / Em длинами волн 600/665) с помощью планшетов. Нормализация полученных флуоресцентных значения по ткани весом.
- Иммуногистохимия: Подготовка крио-микротома разделах (10 мкм) и хранить при температуре -20 ° C. Пятно срезов тканей для клеточных ядер (DAPI) и эндотелиальные клетки маркером (FITC-меченных анти-CD31 антитела мыши). Провести конфокальной микроскопии анализа для сопоставления сосудистой и внутри опухолевой локализации флуоресцентно-меченных VNPс.
Примечание: Эта процедура не будет продемонстрировано, представитель данные приведены на рисунке 8. Для ссылки на иммуногистохимии и описаны методы окрашивания, мы отсылаем читателя к работе 19.