До появления молекулярной диагностики, микроорганизмы, присутствующие в окружающей среде нишах или в клинических образцах часто обнаруживается путем культивирования их на разных селективных средах, в основном на агар в чашках Петри. Фенотип бактериальных колоний и их метаболической активности бактерий затем дают классификацию на видовом уровне. Бульон также могут быть использованы для повышения чувствительности детектирования. Тем не менее, оба метода не позволяют восстановление бактерий, которые растут медленно или вообще не на этих средах. Это причина, почему молекулярные подходы так широко используется в настоящее время. Тем не менее, обнаружение ДНК не дает никакой подсказки на жизнеспособность бактерий. Кроме того, Вопреки культуры, молекулярные подходы не приведет к деформации, которые могут быть дополнительно охарактеризованы.
Изучение патогенных микроорганизмов, которые растут плохо на твердой среде или которые нуждаются клеток расти сложно. Большинство из них "трудно расти" бактерии привередливый ВВЕДЕНИбесклеточные бактерии, часто открытые и характеризуются следующие крупных вспышек, как это было в случае с легионелл. Эта бактерия характеризуется после вспышки, которая произошла во время конвенции Американского легиона. Целых 182 человек были инфицированы и 29 умер из-за тяжелой пневмонии 1,2. Позже было показано, что амебы были естественными носителями этой бактерии и что их присутствие в отель системы кондиционирования воздуха и водопроводных сетей было в начале вспышки заболевания так называемой легионера 3.
Амеба присутствуют во всем мире и были изолированы от почвы, воздуха, воды и слизистой оболочки носа человеческих добровольцев (отзывы в 4). Эти "свободной гостиная" амебы обычно деления автономно в окружающую среду, но может иногда вторгаются разрешительных хозяев 5. Амеба питаются различными микроорганизмами через фагоцитоза и последующего лизосом переваривания гиdrolases 6. Многие факультативные или облигатными внутриклеточными бактериями способны противостоять пищеварение и таким образом заразить и разделить в амеб как, например Legionella, Chlamydia, связанные с бактериями или микобактериями (отзывы в 7 и 8). Бесплатный амебах всего представляют собой важный потенциальный резервуар для внутриклеточных бактерий, которые еще не были обнаружены. Это привело нашу группу для реализации в Лозанне две основные методы, называемые amoebal сокультивирования и amoebal обогащения, что позволило разные группы, чтобы изолировать несколько новых облигатными внутриклеточными микроорганизмами из различных проб окружающей среды 9-15.
С амебы профессиональные фагоциты, пасущиеся на бактерии, бактерия способна противостоять фагоцитоз и расти внутри этих простейших также может колонизировать человека фагоциты и быть патогенными по отношению к людям. Это было частично показано для некоторых Хламидиоз-родственных бактерий, таких как Waddlia чоndrophila. W. chondrophila может расти не только в амебы, но и в нескольких типов клеток, таких как эпителиальные клетки млекопитающих, макрофагов и клеточных линий 16-18 рыб. Amoebal сокультивирования также появляется соответствующая для обнаружения внутриклеточных бактерий в клинических образцах 19,20, включая табуретки, которые сильно загрязненных различных видов бактерий 21.
Здесь мы опишем основные этапы amoebal сокультивирования и amoebal обогащения, в том числе (а) лечения экологических или клинических образцах, (б) ростом амеб на аксенными СМИ и на бактериальной лужайке кишечной палочки и (с) отбора и характеристики внутриклеточных бактерий.