Сплит-и-бассейн Синтез и свойства пептида третичный амид библиотеки

Summary

Пептидные третичные амиды (ПТС) представляют собой надсемейство пептидомиметиков, которые включают, но не ограничиваются ими пептидами, пептоиды и N-метилированных пептидов. Здесь мы опишем синтетический метод, который сочетает в себе как сплит-и-бассейн и стратегии суб-мономера для синтеза одной шарик один-соединение библиотеку ПТС.

Abstract

Пептидомиметики большие источники белка лигандов. Олигомерный природа этих соединений позволяет получить доступ к большой синтетические библиотеки на твердой фазе с использованием комбинаторной химии. Одним из наиболее хорошо изученных классов пептидомиметиков является пептоиды. Пептоиды легко синтезировать и было показано, что протеолиз устойчивых клеток и проницаемого. За последние десять лет, многие полезные белковые лиганды были определены через скрининга пептоидной библиотек. Тем не менее, большинство из лигандов, определенными по пептоидной библиотек не отображаются высокое сродство, за редким исключением. Это может быть обусловлено, в частности, с отсутствием хиральных центров и конформационных ограничений в пептоидной молекул. В последнее время мы описали новый путь синтеза для доступа пептидные третичные амиды (ПТС). ПТС представляют собой суперсемейство пептидомиметиков, которые включают, но не ограничиваются ими пептидами, пептоиды и N-метилированных пептидов. С боковых цепей на обоих α-углерода и основных атомов азота цепь,конформация этих молекул значительно сдерживается стерических препятствий и аллильном 1,3 деформации. (Рис. 1) Наше исследование показывает, что эти молекулы PTA которые хорошо структурированы в растворе и может быть использован для идентификации белковых лигандов. Мы считаем, что эти молекулы могут быть будущий источник высоким сродством белковых лигандов. Здесь мы опишем метод синтеза сочетающего в себе мощь как сплит-и-бассейном и стратегий суб-мономера для синтеза образец один-шарик один-соединение (OBOC) библиотеки ПТС.

Introduction

Пептидомиметики являются соединения, которые имитируют структуру природных пептидов. Они предназначены, чтобы сохранить биологическую активность, преодолевая некоторые из проблем, связанных с природными пептидами, в том числе проницаемости клеток и устойчивости к протеолизу ^1-3. В связи с олигомерной природы этих соединений, большие синтетические библиотеки могут быть легко доступны через мономерных или суб-путей синтеза мономерных ^4-7. Одним из наиболее изученных классов пептидомиметиков является Пептоиды. Пептоиды являются олигомеры N-алкилированных глицинов, которые могут быть синтезированы легко использует стратегию, суб-мономера ^{8, 9.<....}

Protocol

1. Основы Сплит-и-бассейн синтеза

Для того чтобы эффективно генерировать большое количество соединений на твердой фазе, синтез сплит-и-бассейн часто используется в качестве общей стратегии. Как показано на рисунке 4, TentaGel шарики сначала раскол на три части. Каждая часть взаимодействует с другом реагента, генерации первого остатка на бусины. После первой реакции, все три порции объедин ют вместе, смешивают, а затем снова разделить на три части. Каждая часть будет снова реагируют с другом реагента, генерации второго остатка на бусины. После двух этапов сплит-и бассейн, девять соединения генерируются.

Results

Здесь мы показываем, три представительства MALDI спектры от PTA тримера с линкера. Как показано на фиг.6А, когда расщепляется при комнатной температуре с использованием 50%-ного раствора TFA / DCM, значительное ухудшение наблюдается. На рисунке 6A, пик 593 и 484 соответствуют линкера и ОТА тримера соответственно, показывают, что вся молекула была успешно синтезировали на шарик, но разрушаются во время расщепления. Когда расщепляется в условиях низкой температуры, как описано выше, колич.......

Discussion

Пептидные третичные амиды (ПТС) представляют собой суперсемейство пептидомиметических олигомеров. Помимо хорошо изученных пептидов, пептоиды и N-метилированных пептидов, большая часть соединений в этой семье остается недостаточно изученной, Majorly из-за отсутствия синтетического метода иметь доступ к общему N-алкилированные пептиды. Здесь мы описываем эффективный метод синтеза хиральных АРУ с строительные блоки, полученные из аминокислот. Ранее мы уже сообщали использовать новый суб-мономера маршрут к синтеза библиотек.......

Materials

List of materials used in this article

Name	Company	Catalog Number	Comments
2,4,6 триметилпиридин	ACROS	161950010	CAS:108-75-8
2-морфолиноэтанамин	Sigma-Aldrich	06680	CAS:2038-03-1
48% водный раствор HBr	ALFA AESAR	AA14036AT	CAS:10035-10-6
Ацетальдегид	Sigma-Aldrich	402788	CAS:75-07-0
Ацетонитрил	Фишера	SR015AA-19PS	CAS:75-05-8
Безводный тетрагидрофуран (THF)		EMD EM-TX0277-6	CAS:109-99-9
Бензиламин	Sigma-Aldrich	185701	CAS:100-46-9
бис(трихлорметил) карбонат (BTC)	ACROS	258950050	CAS:32315-10-9
Бромоуксусная кислота	ACROS	106570010	CAS:79-08-3
Хлоранил	Сигма-Олдрич	23290	CAS:118-75-2
Циклогексанметиламин	Сигма-Олдрич	101842	CAS:3218-02-8
D2O	Кембриджский изотоп	DLM-4-99.8-1000	CAS:7789-20-0
D-аланин	Anaspec	61387-100	CAS:338-69-2
Дихлорметан (DCM)	Фишер	BJ-NS300-20	CAS:75-09-2
Диметилформамид (DMF)	Fisher	BJ-076-4	CAS:68-12-2
Этиленгликоль	Oakwood	44710	CAS:107-21-1
Изопентиламин	Sigma-Aldrich	W321907	CAS:107-85-7
KBr	ACROS	424070025	CAS:7758-02-3
L-аланин	Anaspec	61385-100	CAS:56-41-7
3-метоксипропиламин	сигма-олдрич	M25007	CAS:5332-73-0
2-метоксиэтиламин	сигма-олдрич	143693	CAS:109-85-3
N-(3-аминопропил)-2-пирролидинон	сигма-олдрич	136565	CAS:7663-77-6
N,N'-Диизопропилкарбодиимид (DIC)	ACROS	115211000	CAS:693-13-0
N,N-Диизопропилэтиламин (DIPEA)	Sigma-Aldrich	D125806	CAS:7087-68-5
NaNO2	ACROS	424340010	CAS:7631-99-4
NAOD 40% раствор в воде	ACROS	200058-506	CAS:7732-18-5
Пиперидин	ALFA AESAR	A12442-AE	CAS:110-89-4
Пиперониламин	Sigma-Aldrich	P49503	CAS:2620-50-0
Пропиламин	Sigma-Aldrich	240958	CAS:107-10-8
Трифторуксусная кислота	Sigma-Aldrich	299537	CAS:76-05-1
α-Циано-4-гидроксикоричная кислота	Sigma-Aldrich	39468	CAS:28166-41-8
α-Кетоглутарат	ALFA AESAR	AAA10256-22	CAS:328-50-7
Смола тентагеля с линкером RINK	Rapp-Polymere	S30023
Аланинтрансаминаза	Roche	10105589001	AKA: Глутамат-пируваттрансаминаза (GPT)
Инкубатор	Нью-Брансуик Scientific	Innova44
NMR	Bruker	400 МГц
MALDI масс-спектрометр	Applied Biosystems	4800 MALDI-TOF/TOF
Лиофилизатор	SP Scientific	VirTis настольный K
Шприцевой реактор	INTAVIS	Реакционная колонка	3 мл, 5 мл, 10 мл, 20 мл
Вакуумный коллектор	Promega	A7231	Vac-Man