Массив сравнительная геномная гибридизация (Array CGH) для обнаружения геномной количество копий Варианты

Summary

Массив ГРЭС для обнаружения геномных вариантов числа копий заменил G-полосатую анализ кариотипа. Эта статья описывает технологии и их применение в диагностической лаборатории службы.

Abstract

Array CGH для обнаружения вариантов числа геномных копий заменил анализ кариотипа G-диапазона. В данной работе описана технология и ее применение в лаборатории клинико-диагностической службы. ДНК, выделенная из образца пациента (кровь, слюна или другие типы тканей), помечается флуорохромом (цианином 5 или цианином 3). Эталонный образец ДНК помечается противоположным флуорохром. Далее следует этап очистки для удаления неинкорпорированных нуклеотидов перед тем, как меченые ДНК смешиваются и ресуспендируются в буфере для гибридизации и наносятся на массив, состоящий из ~60 000 олигонуклеотидных зондов из локусов по всему геному, с высокой плотностью зондов в клинически важных областях. После гибридизации матрицы промывают, затем сканируют, а полученные изображения анализируют для измерения красной и зеленой флуоресценции для каждого зонда. Программное обеспечение используется для оценки качества каждого измерения зонда, расчета соотношения красной и зеленой флуоресценции и обнаружения потенциальных вариантов числа копий.

Introduction

Она была известна в течение многих лет, что делеции или дополнительные копии хромосомных сегментов вызывают интеллектуальной инвалидности, дисморфизм и congentical пороки развития, а в некоторых случаях вызывать генетические синдромы ^1. Тем не менее, только технологии, доступные до середины 2000-х годов для генома обнаружения этих изменений было G-диапазонов хромосомный анализ, который имеет разрешение около 5-10MB, в зависимости от региона и характера дисбаланс, и которые не могут обнаружить аномальные хромосомы, где материал был заменен на области с различной хромосомы с той же схеме диапазонов. Вспомогательные цитогенетические методы, такие как флуоресц....

Protocol

1. Маркировка Реакция

1. Перед использованием предварительно аликвоту цианин 3 и 5-меченых dUTPs, без маркировки нуклеотидов и случайных праймеров в концентрациях Рекомендуемая производителем в 96-луночные планшеты и хранить при температуре -20 С готов к использованию. Для целей настоящего Протокола, аликвотной 10,5 мкл соответствующей маркировкой дУТФ и 10,5 мкл немаркированные нуклеотидов и случайных праймеров в каждую лунку.
2. Оттепель готовый к использованию 96-луночного планшета нуклеотидов и праймеров при 4 ° С в течение приблизительно 1 ч, защищенном от света.
3. После оттаивания равновесие эту пластинку при комнатной температуре в течен....

Results

Каждый зонд на гибридизированной массива визуализируется в виде смеси красных и зеленых флуорохромами (рис 1). Отношение красного до зеленого флуоресцентного сигнала для каждого зонда можно измерить с помощью сканера и соответствующего программного обеспечения участки них как отношения log2 в соответствии с их геномной позиции, и выявить районы, выходящие за пределы заданных границ. Полученные следы массива позволяют интерпретацию регионах, выявленных как genomically несбалансированным. Например, след о.......

Discussion

Массив ГРЭС не будет обнаруживать сбалансированные перестройки или плоидности аномалии, такие как триплоидии. Кроме того, мозаика дисбаланс низкий уровень может быть не обнаружен. Тем не менее, массив ГРЭС имеет более высокое разрешение для обнаружения CNV, чем G-ленточной хромосомного анализа, который он заменил во многих цитогенетики лабораторий. Поэтому ток золотой стандарт для генома обнаружения CNV. Это может быть заменен технологий секвенирования следующего поколения в будущем, но в настоящее время, их стоимость и.......

Materials

List of materials used in this article

Name	Company	Catalog Number	Comments
CGH микрочип 8 x 60K	Agilent	G4126
Массив CGH промывочные буферы	Agilent	5188-5226
Массив CGH гибридизационный буфер	Agilent	5188-5380
Набор для очистки минелюта	Qiagen	28006
Массив CGH набор для маркировки	Enzo	ENZ-42672-0000