Методическая статья

Гибридная ДНК Добыча Метод для качественной и количественной оценки бактериальных сообществ из мяса птицы Образцы продукции

DOI:

10.3791/52161

⸱

10 декабря 2014 г.

 ,  ,  ,  ,  , 
1Egg Safety and Quality Research Unit, USDA-Agricultural Research Service, 2Poultry Microbiological Safety and Processing Research Unit, USDA-Agricultural Research Service, 3Department of Biochemistry and Biophysics, Oregon State University, 4College of Public Health, University of Georgia, 5Department of Biological Sciences, Center for Microbial Genetics and Genomics, Northern Arizona University

В этой статье

Краткое содержание

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Был разработан новый полуавтоматический метод гибридной экстракции ДНК для использования с образцами птицеводства, который продемонстрировал улучшения по сравнению с обычным механическим и ферментативным методом экстракции с точки зрения количественных и качественных оценок общего бактериального сообщества.

Аннотация

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Эффективность протоколов выделения ДНК может быть очень зависит как от типа образца изучается и типов ниже по течению анализов, выполненных. Учитывая, что использование новых методов анализа бактериальное сообщество (например, microbiomics, Метагеномика) становится все более распространенным в сельскохозяйственных и экологических наук и многих проб окружающей среды в рамках этих дисциплин может быть физико-химически и микробиологически уникальный (например, фекальные и образцы помета / постельные принадлежности от птицеводства спектр), надлежащие и эффективные методы выделения ДНК должны быть тщательно подобраны. Таким образом, роман полуавтоматический метод извлечения гибридная ДНК была разработана специально для использования с образцами производства на окружающую птицы. Этот метод является комбинацией двух основных типов выделения ДНК: механические и ферментативных. Двухступенчатый интенсивный ступенчатой ​​механической гомогенизации (с помощью валика избиение специально разработан для Environmenтий) был добавлен в начале "золотого стандарта" ферментативного способа экстракции ДНК образцы фекалий для повышения удаление бактерий и ДНК из матрицы образца и улучшить восстановление грамположительных членов бактериальных сообществ. После того, как ферментативная добыча часть гибридного метода была начата, оставаясь Процесс очистки автоматизирован с использованием роботизированной рабочей станции увеличить пропускную способность и уменьшить ошибку обработки образца. По сравнению с жесткими механическими и ферментативных методов извлечения ДНК, этот роман гибридный метод обеспечивает наилучшее общее совместное выступление при рассмотрении количественных (с использованием 16S рРНК кПЦР) и качественную (с использованием microbiomics) оценки общего бактериальных сообществ при обработке мяса птицы фекалии и образцы для мусора ,

Введение

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

При анализе сложных клинических образцов или образцов окружающей среды (например, фекалий, почвы) существуют две основные методологии, используемые для извлечения ДНК. Первый представляет собой механическое разрушение матрицы с помощью интенсивного этапа взбивания бусин, в то время как второй представляет собой ферментативное разрушение матрицы для химического высвобождения бактериальных клеток и одновременного ингибиторов ПЦР из матрицы. Учитывая различные способы, с помощью которых работают эти два типа методов экстракции, неудивительно, что предыдущие исследования показали, что подходящий метод экстракции ДНК в значительной степени зависит как от образца, так и от анализа. Сравнительные исследования экстракции ДНК ранее показали, что некоторые методы более подходят для улучшения качества и количества ДНК из образцов окружающей среды1-3, в то время как другие продемонстрировали улучшения для анализа на уровне сообщества, такого как денатурирующий градиентный гель-электрофорез (DGGE)4-6, полиморфизм длины концевого рестрикционного фрагмента (T-RFLP)7, автоматизированный рибосомный межгенный спейсерный анализ (ARISA)8 и филогенетические микрочипы9. Таким образом, необходимо использовать или разрабатывать соответствующие методы экстракции ДНК в зависимости от типов образцов окружающей среды и типов анализов, проводимых на этих образцах, особенно с учетом последних достижений в области анализа бактериальных сообществ.

Секвенирование нового поколения, в сочетании с более количественными оценками сообщества (например, количественной ПЦР (qPCR)), становится все более распространенным в экологических и клинических науках, однако было проведено очень мало исследований для определения влияния методов экстракции ДНК на эти наборы данных. Большинство сравнительных исследований по экстракции ДНК имели дело с оценками микробиомного сообщества на основе образцов человека или человеческой модели10,11, а не образцов сельскохозяйственных животных. Несколько исследований секвенирования следующего поколения, ориентированных на птицу, касались конкретных метагеномных12,13 или микробиомных14 вопросов; они не обсуждали влияние метода экстракции ДНК на полученные микробиомные анализы. Учитывая сложный характер образцов окружающей среды, связанных с птицеводством (например, фекалии, подстилка/подстилка, почва пастбищ), методы экстракции ДНК должны быть тщательно отобраны. Известно, что образцы окружающей среды, связанные с птицей, содержат большое количество ингибиторов ПЦР, и для ПЦР и последующего анализа требуется до 500-кратного разведения экстракта ДНК15-17. Поэтому важно, чтобы методы экстракции ДНК были оптимизированы для этих типов образцов, чтобы не только физически разрушать матрицу, но и иметь возможность уменьшать/устранять большое количество присутствующих ингибиторов.

Мини-набор QIAamp DNA Stool Mini, метод ферментативной экстракции, считается "золотым стандартом" при извлечении ДНК из сложных образцов кишечника/кала1,18,19 и был успешно применен к образцам окружающей среды птицы8,14. Ферментативное удаление ингибиторов ПЦР с помощью запатентованной матрицы является одним из самых больших преимуществ использования этого метода для этих типов проб окружающей среды, как и возможность значительно повысить производительность (и снизить погрешность обработки пробы) с помощью автоматизированных рабочих станций. Одним из основных недостатков является отсутствие этапа механической гомогенизации для физического отделения бактериальных клеток от матрицы окружающей среды. При тестировании образцов кишечника и кала нептицеводческого происхождения добавление этапа бисера или механического разрушения в протокол экстракции ДНК значительно повысило эффективность экстракции9, выход/качество ДНК1,4,5 и значительно улучшило последующий анализ сообщества с точки зрения полноты, разнообразия и охвата5,6,11. В этих исследованиях сравнивали не только методы механического взбивания бусин с «золотым стандартом» ферментативного метода, но некоторые из них также добавляли этап механического взбивания бусин в ферментативный протокол для улучшения результатов6,9,11.

Согласно результатам вышеупомянутых исследований, анализ бактериального сообщества (как качественный, так и количественный) может быть улучшен на основе образцов окружающей среды, связанных с птицей, путем добавления стадии механической гомогенизации к ферментативному методу. Таким образом, цель данного исследования была двоякой: (1) разработать новую технику экстракции ДНК, которая использует наиболее желательные аспекты как механических (мощная стадия гомогенизации), так и ферментативных (удаление и автоматизация ингибитора ПЦР) методов экстракции, и (2) сравнить количественные (с помощью количественной ПЦР) и качественные (с помощью микробиомики) оценки бактериального сообщества этого нового метода с репрезентативными механическими и ферментативными методами.

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Протокол

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

1. Механическая Гомогенизация окружающей среды птица Образцы продукции

  1. Перед экстракцией, установлен на водяной бане до 95 ° С и позволяют время на водяной бане, чтобы достичь этой температуры.
  2. Взвесить 0,33 г почвы или фекального материала в 2 мл Lysing матрицы Е трубки.
    1. Не превышайте 0,33 г образца в трубке, так как это вызовет следующие решения превышать пропускную способность трубы.
    2. Оттепель замороженные образцы до комнатной температуры перед взвешиванием.
    3. Для анализа в общей сложности 1 г почвы / кал, отвесить 3 репликации 0,33 г образцов для каждого отдельного окружающей образец.
    4. Магазин образцы при -20 ° С в течение конических труб матричных перед экстракцией, если это необходимо.
  3. Добавить 825 мкл натрий фосфатного буфера и 275 мкл раствора PLS к пробирку. Смешайте использованием вихревой за ~ 15 сек, а затем центрифуги образцов при 14000 х г в течение 5 мин.
  4. Слейте supernaдаря добавить 700 мкл буфера ASL. Смешайте с использованием вихрь в течение 5 сек.
    1. Убедитесь, что имеется свободное пространство (~ 10% от общего объема) доступны в конической трубе в этой точке. Если нет свободного пространства, трубы будут иметь тенденцию к протеканию во время следующей стадии гомогенизации, которая может привести к перекрестного загрязнения и / или потери образца.
  5. Поместите образцы в FastPrep 24 инструмента, и гомогенизировать образцы при скорости 6,0 м / сек в течение 40 сек.
  6. Центрифуга гомогенизированный образец при 14000 х г в течение 5 мин. Передача супернатант в стерильную 2 мл микроцентрифужных трубки.
  7. Чтобы максимизировать восстановление ДНК из образца, повторите шаги 1,4 до 1,6, комбинируя супернатантов в стерильной же, 2 мл микроцентрифужных трубки.

2. Ферментативный Ингибирование ингибиторов от образца гомогенаты

ПРИМЕЧАНИЕ: Этот протокол использует QIAamp ДНК стул Mini Kit.

  1. ВыдержитеСупернатант в C водяной бане 95 ° С в течение 5 мин, чтобы максимизировать восстановление ДНК из оставшихся клеток в супернатанте.
    1. Инкубируют при 70 ° С для образцов, содержащих в основном грамотрицательных микроорганизмов. Тем не менее, если грамположительные организмы присутствуют (как это имеет место с образцами птицы фекальных), инкубируют при 95 ° С.
    2. Используйте пластиковые стопорные защелки на микропробирок для того, чтобы трубы не будет "поп" открытым и потенциально теряют объем образца как давление может создать в этих закрытых микропробирок.
  2. Откройте каждый микроцентрифужную трубку, чтобы освободить от давления, повторно колпачок микроцентрифужных пробирок и смешать с использованием вихрь в течение 15 сек.
  3. Центрифуга образца при 14 000 мкг в течение 1 мин, снять 1,2 мл супернатанта и поместите его в новый стерильный 2 мл микроцентрифужных трубки.
  4. Добавить 1 вкладку Inhibitex к каждому образцу, и смешивать с помощью вихря, пока образец не станет равномерно белый / не совсем белого жидкости.
    1. Избегайте тouching вкладку Inhibitex при размещении его в микроцентрифужных трубки, содержащей образец. Чтобы достичь этого, поместить блистерную упаковку, содержащую вкладку непосредственно над открытой трубки микроцентрифужных и осторожно нажать на вкладку из блистерной упаковки и в микроцентрифужных трубки.
  5. Инкубируйте образца в течение 1 мин при комнатной температуре (~ 25 ° С) и центрифуге при 14000 х г в течение 5 мин.
  6. Передача всю жидкость в стерильную 1,5 мл микроцентрифужных трубки и центрифуге при 14000 х г в течение 5 мин.
    1. Во избежание любых оставшихся твердых частиц, которые могут быть осаждали в нижней части трубки микроцентрифужных в конце стадии 2,5 при переносе жидкости.

3. Автоматизированная Очистка ДНК с использованием QIAcube Robotic Workstation

ПРИМЕЧАНИЕ: Количество пластиковых расходных материалов, расположение образец ротора адаптерами в центрифуге, а также необходимые объемы Буферы / решений зависит от питчество образцов, которые в настоящее время работают.

  1. Добавить элюирования ламп и фильтрующих труб в соответствующие пазы внутри ротора адаптеров. Для каждого образца, добавить 400 мкл к среднему гнездо адаптера ротора. Поместите ротора адаптеры в рабочей станции центрифуге в правильном расположении в зависимости от числа проб очистки.
    1. Убедитесь, что все крышки трубки микроцентрифужных надежно закреплены в держатель ротора с неспособность сделать это может привести к сдвигу во время одного из этапов центрифугирования протокола очистки.
  2. Добавьте необходимое количество 1000 мкл и 200 мкл фильтр-советы на рабочую станцию, и заполнить предоставленный буфер бутылки с необходимым объемом буфера.
    ПРИМЕЧАНИЕ: буферы, необходимые для этого протокола очистки (AL, AW1, AW2 и АЭ) все содержащиеся в QIAamp ДНК стул Mini Kit. Пользователь должен поставить 100% этанола, который необходим для бу AWffers и в виде раствора, используемого в процессе очистки.
  3. Добавьте требуемый объем поставляемого протеиназы решения K в стерильный 1,5 мл трубки микроцентрифужных и поместить его в слот А на рабочей станции. Кроме того, добавить необходимое количество (равное количеству образцов очищается) из 2 мл безопасной блокировки образца микроцентрифужных пробирках RB в разделе шейкер рабочей станции.
    1. Убедитесь, что крышки пробирки с образцом надежно помещаются в соответствующие пазы на рабочей станции, так как неспособность сделать это приведет к ошибке, когда машина первоначально сканирует рабочую станцию, чтобы убедиться, все необходимые пластмасс и жидкости для просили запустить.
  4. Использование сенсорного на рабочей станции, выберите ДНК Стульчик - Человек Стульчик - обнаружение протокола возбудителя и прочитать последующих экранах для того, чтобы станция была загружена правильно. После того как все проверки экраны прошло, выберите Пуск, чтобы запустить этот протокол.
    1. Если экстракции ДНК из более чем 12 образцов, начать процесс гомогенизации (шаг 1) для следующего набора образцов, так как пробег 12 образцов занимает ~ 72 минут, чтобы завершить на рабочей станции.
  5. Удалить образцы из ротора адаптеров, крышка их, и место при температуре от -20 ° С до использования в последующих последующих анализов.
    1. В этот момент, объединить три дублирующие очисток для отдельного образца (общее количество анализировали = 1 г) с использованием / испарения на основе системы центрифугированием. Смешайте повторов и повторного элюата до конечного объема 100 мкл Трис-ЭДТА буфера.

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Результаты

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Для этого исследования, свежие фекальные помет и образцы помета были извлечены из коммерческих птичника (~ 25 000 птиц) в юго-востоке США. Бройлеров (Gallus Gallus) были Кобб-500 крестов, и они были 59 дней на момент отбора проб. Свежие фекальные и подстилки образцы были извлечены из четырех различных областях в доме (рядом охлаждающая подставка, недалеко от поливальщик / фидерных линий, между поливальщик / фидерных линий, а рядом вытяжных вентиляторов), а образцы из каждой из этих областей были включены пять о...

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Обсуждение

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Метод извлечения ДНК используется осуществляться количественные и качественные общей сметы бактериальные сообщества в отношении фекальных и подстилки образцов, поддерживая анализы проб зависимый характер методов экстракции ДНК видел ранее 1,3,6. Для обоих фекальных и подстилки образцов, порядок выполнения методов экстракции ДНК была различной для количественного (механические> гибридный> ферментативной) и качественного (ферментативной> гибридный> механические) Общая смета бактериальные сообщества....

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Раскрытие информации

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Авторам нечего раскрывать.

Благодарности

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Авторы выражают признательность Латойе Уиггинс и Кейтлин Гриффин за их помощь в сборе образцов, а также Лоре Ли Резерфорд за их помощь в отборе проб и молекулярном анализе. Мы также хотели бы поблагодарить Сару Оуэнс из Аргоннской национальной лаборатории за подготовку образцов микробиомики и секвенирование. Эти исследования в равной степени поддерживались Службой сельскохозяйственных исследований, проектами CRIS Министерства сельского хозяйства США «Снижение патогенов и параметры обработки в системах переработки птицы» #6612-41420-017-00 и «Молекулярные подходы для характеристики патогенов пищевого происхождения у домашней птицы» #6612-32000-059-00.

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Материалы

Список материалов, использованных в этой статье
ИмяКомпанияКаталожный номерКомментарии
Лизирующая матрица E tubeMPBio6914-050Различные размеры доступны и последние 3 номера кошки. Нет. указать размер (-050 = 50 пробирок, -200 = 200 пробирок, -1000 = 1 000 пробирок)
Раствор фосфата натрияMPBio6570-205Можно приобрести отдельно, или также включить в состав набора FastDNA Spin Kit для кала (кат. No 116570200)
PLS BufferMPBio6570-201
Buffer ASL (560 мл)Qiagen19082
FastPrep 24 гомогенизаторMPBio11600450048 x 2 мл адаптер HiPrep (кат. No 116002527) доступен для удвоения производительности этапа механической гомогенизации
QIAamp DNA Stool Mini KitQiagen51504
QIAcube24 (110V)Qiagen9001292Предварительные результаты показывают, что QIAcube HT (кат. No 9001793) можно использовать для повышения производительности, но для этого станка требуются другие расходные материалы, и необходимо провести дополнительную сравнительную работу.
Фильтрующие наконечники, 1 000 мл (1024)Qiagen990352
, 200 мл (1024)Qiagen990332
QIAcube (10 x 24)Qiagen990394Для микроцентрифужных пробирок объемом 1,5 мл, входящих в комплект адаптера ротора, есть альтернатива. Это Sarstedt Micro Tube 1,5 мл Safety Cap, Cat. No 72.690
Пробирки для образцов RB (2 мл)Qiagen990381Альтернатива: микропробирка Eppendorf Safe-Lok, кат. No 022363352
Фильтрующие наконечники Адаптеры для ротора

Ссылки

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Maukonen, J., Simoes, C., Saarela, M. The currently used commercial DNA-extraction methods give different results of clostridial and actinobacterial populations derived from human fecal samples. FEMS microbiology ecology. 79, 697-708 (2012).
  2. Tang, J. N., et al. An effective method for isolation of DNA from pig faeces and comparison of five different methods. Journal of microbiological. 75, 432-436 (2008).
  3. McOrist, A. L., Jackson, M., Bird, A. R. A comparison of five methods for extraction of bacterial DNA from human faecal samples. Journal of microbiological. 50, 131-139 (2002).
  4. Ariefdjohan, M. W., Savaiano, D. A., Nakatsu, C. H. Comparison of DNA extraction kits for PCR-DGGE analysis of human intestinal microbial communities from fecal specimens. Nutrition journal. 9, 23(2010).
  5. Carrigg, C., Rice, O., Kavanagh, S., Collins, G., O'Flaherty, V. DNA extraction method affects microbial community profiles from soils and sediment. Applied microbiology and biotechnology. 77, 955-964 (2007).
  6. Smith, B., Li, N., Andersen, A. S., Slotved, H. C., Krogfelt, K. A. Optimising Bacterial DNA Extraction from Faecal Samples: Comparison of Three Methods. The Open microbiology journal. 5, 14-17 (2011).
  7. Claassen, S., et al. A comparison of the efficiency of five different commercial DNA extraction kits for extraction of DNA from faecal samples. Journal of microbiological. 94, 103-110 (2013).
  8. Scupham, A. J., Jones, J. A., Wesley, I. V. Comparison of DNA extraction methods for analysis of turkey cecal microbiota. Journal of applied microbiology. 102, 401-409 (2007).
  9. Salonen, A., et al. Comparative analysis of fecal DNA extraction methods with phylogenetic microarray: effective recovery of bacterial and archaeal DNA using mechanical cell lysis. Journal of microbiological methods. 81, 127-134 (2010).
  10. Peng, X., et al. Comparison of direct boiling method with commercial kits for extracting fecal microbiome DNA by Illumina sequencing of 16S rRNA tags. Journal of microbiological. 95, 455-462 (2013).
  11. Yuan, S., Cohen, D. B., Ravel, J., Abdo, Z., Forney, L. J. Evaluation of methods for the extraction and purification of DNA from the human microbiome. PloS one. 7, 33865(2012).
  12. Qu, A., et al. Comparative Metagenomics Reveals Host Specific Metavirulomes and Horizontal Gene Transfer Elements in the Chicken Cecum Microbiome. PloS one. 3, 2945(2008).
  13. Sekelja, M., et al. Abrupt temporal fluctuations in the chicken fecal microbiota are explained by its gastrointestinal origin. Applied and environmental microbiology. 78, 2941-2948 (2012).
  14. Oakley, B. B., et al. The Poultry-Associated Microbiome: Network Analysis and Farm-to-Fork Characterizations. PloS one. 8, 57190(2013).
  15. Cook, K. L., Rothrock, M. J., Eiteman, M. A., Lovanh, N., Sistani, K. Evaluation of nitrogen retention and microbial populations in poultry litter treated with chemical, biological or adsorbent amendments. Journal of environmental management. 92, 1760-1766 (2011).
  16. Rothrock, M. J., Cook, K. L., Warren, J. G., Eiteman, M. A., Sistani, K. Microbial mineralization of organic nitrogen forms in poultry litters. Journal of environmental quality. 39, 1848-1857 (2010).
  17. Rothrock, M. J., Cook, K. L., Warren, J. G., Sistani, K. The effect of alum addition on microbial communities in poultry litter. Poultry science. 87, 1493-1503 (2008).
  18. Li, M., et al. Evaluation of QIAamp DNA Stool Mini Kit for ecological studies of gut microbiota. Journal of microbiological. 54, 13-20 (2003).
  19. Dridi, B., Henry, M., El Khechine, A., Raoult, D., Drancourt, M. High precalence of Methanobrevibacter smithii and Methanosphaera stadtmanae detected in the human gut using an improved DNA detection protocol. PloS one. 4, 7063(2009).
  20. Harms, G., et al. Real-time PCR quantification of nitrifying bacteria in a municipal wastewater treatment plant. Environmental science and technology. 37, 343-351 (2003).
  21. Rothrock, M. J. Comparison of microvolume DNA quantification methods for use with volume-sensitive environmental DNA extracts. Journal of natural and environmental sciences. 2, 34-38 (2011).
  22. Navas-Molina, J. A., et al. Methods in Enzymology. DeLong Edward, F. 531, Academic Press. 371-444 (2013).
  23. Caporaso, J. G., et al. Ultra-high-throughput microbial community analysis on the Illumina HiSeq and MiSeq platforms. The ISME journal. 6, 1621-1624 (2012).
  24. Caporaso, J. G., et al. Global patterns of 16S rRNA diversity at a depth of millions of sequences per sample. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 108 Suppl 1, 4516-4522 (2011).
  25. Caporaso, J. G., et al. QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data. Nature methods. 7, 335-336 (2010).
  26. Edgar, R. C., Haas, B. J., Clemente, J. C., Quince, C., Knight, R. UCHIME improves sensitivity and speed of chimera detection. Bioinformatics. 27, 2194-2200 (2011).
  27. Edgar, R. C. Search and clustering orders of magnitude faster than BLAST. Bioinformatics. 26, 2460-2461 (2010).
  28. DeSantis, T. Z., et al. Greengenes, a chimera-checked 16S rRNA gene database and workbench compatible with ARB. Applied and environmental microbiology. 72, 5069-5072 (2006).
  29. Caporaso, J. G., et al. PyNAST: a flexible tool for aligning sequences to a template alignment. Bioinformatics. 26, 266-267 (2010).
  30. Price, M. N., Dehal, P. S., Arkin, A. P. FastTree 2–approximately maximum-likelihood trees for large alignments. PloS one. 5, 9490(2010).
  31. Cook, K. L., Rothrock, M. J., Lovanh, N., Sorrell, J. K., Loughrin, J. H. Spatial and temporal changes in the microbial community in an anaerobic swine waste treatment lagoon. Anaerobe. 16, 74-82 (2010).
  32. Cook, K. L., Rothrock, M. J., Warren, J. G., Sistani, K. R., Moore, P. A. Effect of alum treatment on the concentration of total and ureolytic microorganisms in poultry litter. Journal of environmental quality. 37, 2360-2367 (2008).
  33. Lovanh, N., Cook, K. L., Rothrock, M. J., Miles, D. M., Sistani, K. Spatial shifts in microbial population structure within poultry litter associated with physicochemical properties. Poultry science. 86, 1840-1849 (2007).

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Перепечатки и разрешения

Запросить разрешение на повторное использование текста или иллюстраций этой статьи JoVE

Запросить разрешение

Теги

Mechanical HomogenizationEnzymatic ExtractionBead BeatingRobotic WorkstationPCR Inhibitor Removal16S rRNA qPCRMicrobiome AnalysisPoultry Fecal SamplesEnvironmental Sample Processing

Похожие статьи