Для просмотра этого контента требуется подписка на JoVE. Войдите или начните свой бесплатный пробный период.

Методическая статья

Оценка эффективности и токсичности РНК Ориентация ВИЧ-1 Производство для использования в генной или терапии наркотиками

7.2K просмотров

DOI:

10.3791/54486

5 сентября 2016 г.

В этой статье

Краткое содержание

Описаны методы оценки эффективности и токсичности молекул РНК, нацеленных на постинтеграционные этапы цикла репликации ВИЧ-1. Эти методы полезны для скрининга новых молекул и оптимизации формата существующих.

Аннотация

Терапия малыми РНК, нацеленная на постинтеграционные этапы цикла репликации ВИЧ-1, является одним из лучших кандидатов на генную терапию и имеет потенциал для использования в качестве лекарственной терапии инфекции ВИЧ-1. К ингибиторам постинтеграции относятся рибозимы, короткие РНК шпильки (sh), малые интерферирующие (si) РНК, интерференционные РНК U1 (U1i) и аптамеры РНК. Многие из них были выявлены с помощью анализов на транзиторную котрансфекцию с экспрессирующей плазмидой ВИЧ-1, а некоторые из них дошли до клинических испытаний. В дополнение к показателям эффективности, малые РНК были оценены на предмет их способности влиять на экспрессию РНК человека, изменять рост и/или дифференцировку клеток, а также вызывать врожденные иммунные реакции. В описанных здесь протоколах описан набор анализов транзиентной трансфекции, предназначенных для оценки эффективности и токсичности молекул РНК, нацеленных на постинтеграционные этапы цикла репликации ВИЧ-1. Мы использовали эти анализы для идентификации новых рибозимов и оптимизации формата шРНК и миРНК, нацеленных на РНК ВИЧ-1. Эти методы обеспечивают быстрый набор анализов, которые полезны для скрининга новых РНК против ВИЧ-1 и могут быть адаптированы для скрининга других постинтеграционных ингибиторов репликации ВИЧ-1.

Введение

Ограничение текущего лечения ВИЧ-1 является то, что они должны быть хронически введены, чтобы предотвратить прогрессирование заболевания. Пересадка ВИЧ-1 , резистентных Т - лимфоцит или гемопоэтических стволовых клеток, имеет потенциал для обеспечения долгосрочного контроля репликации ВИЧ-1 в отсутствие лекарственной терапии 1,2 , а также может быть эффективным подходом к достижению ВИЧ-1 - лекарство 3. Один из способов визуализации клеток , устойчивых к репликации ВИЧ-1, чтобы вставить один или несколько генов , кодирующих анти-ВИЧ-1 РНК или пептидов в клетки зараженного человека во время аутогенной трансплантации 4. Гены Несколько к....

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Протокол

1. Клетки и Трансфекция

  1. Культура НЕК 293T клеток в модифицированной Дульбекко среде Игла (DMEM) с добавлением 10% фетальной бычьей сыворотки (FBS) и 1% пенициллина / стрептомицина. Приготовить 2 х 10 5 клеток / мл суспензии в клеточной культуральной среде. Добавить 500, 100 и 1000 мкл клеточной суспензии в каждую лунку 24-луночного, 96-луночные и 12-луночные планшеты, для вирусного производства, жизнеспособности клеток и анализом активации иммунной системы , соответственно (рис 2А).
  2. Аккуратно водоворот пластин и инкубировать их O / N при 37 ° С с 5% CO 2. Рост клеток на 50-70% сплошности.
  3. Согласно ....

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Результаты

Общая схема процедур показан на рисунке 2 , с примерным планом для трансфекции трех тестовых РНК и РНК управления , предоставленному на фигуре 2В. Для вирусных производства и жизнеспособность клеток анализы, неизменяемый для каждой испытательной конструкции нормирована отрицательного контроля. Реплики трансфицируют в наборах, так что каждый тест РНК нормирована на прилегающей к нему отрицательного контроля. Это сделано, чтобы избежать неточных данных, от.......

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Обсуждение

Анализ производства ВИЧ-1 описано проводили с использованием клетки HEK293T (рисунок 2) и аналогично анализов , используемых для скрининга ВИЧ-1 РНК для эффективного рибозима 13, shRNA 10,29, миРНК 30 и U1i РНК 11,31 сайтов - мишеней. Используя различные методы для количественного определения ВИЧ-1 производства, большинство исследований измеряли вирусные производство на 48 часов после того, как со-трансфекции плазмиды экспрессии ВИЧ-1 с кандидатами РНК. После .......

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Раскрытие информации

Авторам нечего раскрывать.

Благодарности

Работа, представленная здесь, была поддержана Канадского института исследований в области здравоохранения (CIHR) (гранты DCB-120266, PPP-133377 и HBF-348967 к AG).

....

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Материалы

Список материалов, использованных в этой статье
ИмяКомпанияКаталожный номерКомментарии
DMEM HyCloneGE HealthcareSH30243.01
FBS HyCloneGE HealthcareSH30396.03
Пенициллин/стрептомицин GibcoThermo Fisher15140-122
Клеточные культуральные планшеты, 96 лунок, 24 лунки, 6 лунок.Corning353075, 353047, 353043
Микропробирки AxygenCorning311-08-051
Низкомолекулярный поли I:CInvivoGen3182-29-6
DharmaFECT-1DharmaconT-2001-01реагент для трансфекции синтетических РНК
TransIT-LT1MirusMIR 2300реагент для трансфекции плазмид
Nonidet P40 (NP-40)USB19628
[32P]dTTPPerkin ElmerBLU505H
шаблон поли(А) РНК Sigma-Aldrich10108626001
oligo(dT)12-18 праймер для ДНКThermo Fisher18418-012
DEAE filter mat paper Perkin Elmer1450-522
Микропланшетный сцинтилляционный счетчикPerkin Elmer1450-024
MTTSigma-AldrichM-2128
DPBS HyCloneGE HealthcareSH30028.02
Микропланшетный спектрофотометрBio-rad1706930
Лизис буферные таблеткиRoche4693159001, 4906837001ингибиторы протеазы и фосфатазы
МикроцентрифугаEppendorf5415R
Реагент BradfordBio-rad500-0006
Гелевая беговая камераHoeferSE600
Полусухая передаточная ячейкаBio-rad1703940
Белковая лестница EZ-RunThermo FisherBP3603-500
Нитроцеллюлозная мембранаBio-rad162-0094
BSASigma-AldrichA9647-1006
Раствор для удаления антителMillipore2504
ECL - PierceThermo Fisher 
Антителоот доктора Б.Л. Басса антитело
фосфо-T446-PKRAbcamab32036
антитело фосфо-S396-IRF3Cell Signaling4947
антителоот доктора А. Хованесяна
антитело IRF3Cell Signaling11904
Антитело к актинуMilliporeMAB1501
Peroxidase-меченый козий анти-кроликKPL474-1506
Меченый пероксидазой козий анти-мышиныйKPL474-1806
Ponceau S Сигма-Олдрич6226-79-5
экспрессии РНКPI32106 ADAR1 PKR

Ссылки

  1. Hoxie, J. A., June, C. H. Novel cell and gene therapies for HIV. Cold Spring Harb Perspect Med. 2, a007179(2012).
  2. Bobbin, M. L., Burnett, J. C., Rossi, J. J. RNA interference approaches for treatment of HIV-1 infection. Genome Med. 7, 50(2015).
  3. Allers, K., et al....

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Перепечатки и разрешения

Теги

1shRNA siRNABSL 3